مشكلة ثبات المسافات Equidistance : الساعة الجزيئية و غياب التدرج التطورى

فى مقالته الشهيرة "لا شئ فى البيولوجيا يمكن فهمه الا فى ضوء التطور" يستدل ثيودوسيوس دوبزانسكى بتدرج التشابهات البروتينية بين الكائنات المختلفة على التطور فيضرب لنا المثال ببروتينات الهيموجلوبين و السايتوكروم سى و كيف أننا عندما نقارن بين هذه البروتينات لدى الانسان و غيره من الكائنات نجد التدرج التطورى الذى نتوقعه ففارق هذه البروتينات بيننا و بين الشمبانزى هو الأقل (كونه الأقرب لنا تطوريا) ثم كلما ابتعدنا عبر شجرة العائلة التطورية (رئيسيات – ثدييات – فقاريات برية – برمائيات – أسماك) تزداد الفروق مما يدعم التدرج التطورى المفترض. يشبه لنا دوبنزانسكى الأمر بأنه تماما كما نجد تنوعات من تسلسلات الهيموجلوبين بين البشر فنردهم الى أسلاف مشتركة بشرية كطفرة حدثت فى عائلة معينة مثلا فان نفس المنطق ينطبق على جمع الكائنات من التصنيفات المختلفة تحت أسلاف مشتركة. طبعا هناك ردود بسيطة جدا على هذا الكلام الذى يتم اعطاءه أهمية و دلالة تفوق حجمه بمراحل مثل عجز التطور عن انتاج التطويات (أصول العائلات) البروتينية ابتداءا و هو ما يعنى أن اشتراكها بين الكائنات لابد و أن يكون مصدره التصميم و ليس السلف المشترك. أضف الى ذلك خلل أكثر أهمية فى هذا الاستدلال فهو من جديد مبنى على نفس فكرة التنادد/التشابه homology بسبب الانحدار من سلف مشترك و التى تتجاهل عمدا بسبب أيديولوجية التطور أن التشابه بسبب المتطلبات الوظيفية هو الأوقع و أنه كلما كانت الكائنات أكثر قربا (مع ملاحظة أن القرابة تصنيف/تشابه و ليست تطور/سلف مشترك) ليس من الغريب اشتراكها فى نفس المتطلبات الوظيفية التى تضع قيودا على الكثير من الأشياء فبروتينات الانسان أكثر شبها مع الأقرب له تصنيفا كالرئيسيات و بروتينات الثدييات متشابة لأنها ببساطة ثدييات تشترك فى السمات التصنيفية و فى قلب كل مجموعة بروتين التصنيف الأضيق أقرب الى بعضه البعض و هكذا

و لنعد الى أحد الأبحاث التأسيسية فى هذا المجال فى الستينات و قبل أن يتساءل أحد لماذا نأتى بأبحاث قديمة فالسبب هو أن قواعدا فاسدة وضعت فى هذه الأبحاث و لا يزال العمل بها مستمرا حتى اليوم – نعم الأساليب و التكنولوجيا تطورت لكن القواعد الفاسدة هى هى. بدأ الأمر عندما نجح العلماء فى تحديد تسلسلات الأحماض الأمينية المكونة للبروتينات فكان أول ما خطر على بال التطوريين هو محاولة الاستدلال بهذا على التطور و فى أوائل الستينات بدأت الأوراق تتوالى متحدثة عن السايتوكروم سى و المايوجلوبين و الهيموجلوبين و غيرها فتم فرض نفس طريقة الاستدلال التطورية المأدلجة الخاصة بالتنادد homology و التى يستخدمونها كقالب لتفسير البيانات ثم يزعمون أن هذا التفسير دليل على القالب! فمثلا نقرأ فى شرح ايميل زوكركندل لورقة تطور الهيموجلوبين و التى كانت من أوائل الأوراق المؤسسة لهذا المجال أننا ان وجدنا أحماض أمينية مشتركة كثيرة بين الهيموجلوبين فى كائنات مختلفة فمعنى هذا أنهم قد انحدروا من سلف مشترك

Enough is now known about the amino acid sequence of certain polypeptides to enable the chemical paleontologist to test the validity of three basic postulates. The first asserts that polypeptide chains in present-day organisms have arisen by evolutionary divergence from similar polypeptide chains that existed in the past. The present and past chains would be similar in that many of their amino acid residues match; such chains are said to be homologous

Emile Zuckerkandl "The Evolution of Hemoglobin" 1965 SCIENTIFIC AMERICAN

Zuckerkandl, E., L. Pauling. 1965. “Molecules as documents of evolutionary history.” J Theoretical Biology 8:357-366.

E. Zuckerkandl, L. Pauling "Evolutionary Divergence and Convergence in Proteins" Evolving Genes and Proteins A Symposium Held at the Institute of Microbiology of Rutgers: the State University with Support from the National Science Foundation 1965, Pages 97-166

لماذا يا ترى هذا دليل على ذاك؟ يتابع التطورى: لأنه من "غير المحتمل" أن تنشأ سلسلتان من الأحماض الأمينية و تتطورا بشكل مستقل لتؤديا نفس الوظيفة و يكون لهما نفس التطوى الثلاثى الأبعاد و تتشابه بينهما الأحماض الأمينية فى مواقع كثيرة سواءا فى كائنات مختلفة أو فى نفس الكائن كما يحدث فى الانسان مثلا اذ أنه يمتلك عدة سلاسل بعضها مخصص للنمو الجنينى و من "غير المحتمل" أن تنشأ كلها بهذا التشابه بشكل مستقل

it seems most improbable that two different and unrelated polypeptide chains could evolve in such a way as to have the same function, the same conformation and a substantial number of identical amino acid residues at corresponding molecular sites...argument for a common ancestry is strengthened by the fact that in the hemoglobins of man the beta chain is sometimes replaced by chains with still other amino acid sequences known as gamma, delta and epsilon chains. The epsilon chain is manufactured only for a brief period early in fetal life. The gamma chain replaces the beta chain during most of embryonic development and disappears almost entirely shortly after birth.

حقا؟ ألا يمكننا أن نقول ببساطة أن هذه التشابهات بسببب وجود أحماض أمينية مطلوبة ليكون البروتين هيموجلوبين و ليس شيئا اخر و ليتطوى بالشكل المناسب و ليقوم بوظيفته فى الامساك بالأكسجين و نقله ثم اطلاقه؟ أى أنها قيود وظيفية ليقوم البروتين المصمم بوظيفته؟ و أن الفروق اما أن لها فائدة وظيفية ككون وظيفة الهيموجلوبين النقل بينما وظيفة المايوجلوبين التخزين مما يجعله أقل قابلية لافلات الأكسجين أو كالفروق بين هيموجلوبين الأجنة و الكبار اذ أن الأول يحتاج الى قدرة أعلى على نزع الأكسجين ذلك لأنه لا يأخذه من الهواء بل ينتزعه انتزاعا من هيموجلوبين الأم؟ و أن كون جزئ الهيموجلوبين الواحد مكون من أربع بروتينات ليس لأن هذه البروتينات قد تعرضت للنسخ المكرر duplication بل لأنها قيود وظيفية على الجزئ لتحسين أداءه فى النقل كما هو مشروح فى هذا المقطع

https://www.youtube.com/watch?v=Qv-KExGKAYw

أو حتى أن بعض الفروق تمثل نسبة الأحماض الأمينية القابلة للتغير بأخطاء النسخ دون اتلاف البروتين المصمم؟

طبعا لا لأننا نحتاج الى طريقة نحشر بها أيديولوجيا عدم التصميم و السلف المشترك فى الموضوع لذا علينا أن نقول أن الهيموجلوبين لا يبدو هكذا لأن هذا هو التسلسل المطلوب للقيام بالوظيفة و لكن لأنه موروث من سلف مشترك و ذلك لأننا نبدأ أصلا بافتراض أنه غير مصمم بل نشأ بالصدفة لذا فمن الأرجح أن هذه الصدفة لم تحدث مرتين. هذه هى المشكلة اذن...نحن نفترض ابتداءا أن كل شيء ينشأ بلا تصميم و بما أن احتمال نشأته أكثر من مرة بلا تصميم بشكل متشابه ضعيفة جدا لذا فكلما وجدنا تشابهات أكثر أصبحت أدلة السلف المشترك أكبر لأننا اعتبرنا غياب التصميم مسلمة مركزية لا تناقش. لاحظ الخلل المنهجى فى الفكر التطورى: يبدأ بافتراض أنه غير مصمم ثم يضع قصة وفقا لهذه الفرضية ثم يزعم أنه أثبت أنه غير مصمم فالقصة مهما كانت سخيفة أو سطحية أو لا معقولة يجب أن تكون صحيحة و الدليل أنه غير مصمم و عدم التصميم صحيح و الدليل القصة التى وضعها! و هذا ليس فى الهيموجلوبين فقط بل فى كل شئ اخر و منذ ذلك الحين نجح التطوريون فى زرع الخدع الكلامية و المراوغات المنطقية و تأويل الأدلة و غيرها من الأساليب المميزة لنظرية التطور فى هذا المجال. و قد ذكرنا أمثلة أخرى فى مقالة التنادد المذكورة أعلاه على نفس الفلسفة العشوائية التى تتظاهر بأنها علم فى الشفرة الجينية و الأنظمة البيوكيميائية! طبعا نفس هؤلاء التطوريون عندما وجدوا أنهم غير قادرين على تصنيف كل الكائنات التى تمتلك صفة ما تحت سلف مشترك واحد اضطروا الى القول بأن هذا دليل على أن التطور أنتج نفس السمة أكثر من مرة بالتطور المتقارب فناقضوا أنفسهم و كأن شيئا لم يحدث.

التطور الجزيئى – نظرية فى أزمة:

بدأ التطوريون بعد ذلك فى مقارنة هذه البروتينات بين الكائنات المختلفة ليصلوا الى فكرة تدرج التشابهات التى شرحناها و التى استدل بها دوبزانسكى و غيره الكثير و كان التصور العام أن هناك معدل لتراكم الطفرات فى البروتينات يمكن حسابه و اعتباره "ساعة جزيئية" يتم الاستدلال بها فى تأريخ العلاقات التطورية و متى انفصلت الكائنات عن أسلافها المشتركة لدرجة أن زوكركندل كما فى الاقتباس الأول أسمى من يقوم بهذا الأمر عالم الأحافير الكيميائى chemical paleontologist و كأن ما يقوم به يشبه التأريخ الجيولوجى المبنى على الأحافير و طبقات الأرض و بسبب القناعات الراسخة بكون التطور حقيقة علمية فان أى بيانات معارضة لهذه الفكرة (كوجود فرق واضح بين مستويات الفروق فى البروتينات و فى السمات التشريحية و كون الأولى لا تمثل الثانية) كان يتم اختراع تبرير لها و قبوله بلا معارضة (بعبارة أخرى: دوجما)

molecular systematics is (largely) based on the assumption, first clearly articulated by Zuckerkandl and Pauling (1962), that degree of overall similarity reflects degree of relatedness. This assumption derives from interpreting molecular similarity (or dissimilarity) between taxa in the context of a Darwinian model of continual and gradual change. Review of the history of molecular systematics and its claims in the context of molecular biology reveals that there is no basis for the “molecular assumption.”[MA]… Crucial to this model is the assumption that lineages exist and that they are in constant states of gradual change.

this hypothesis is so entrenched that any explanation of inconsistency in the data is accepted without question… No doubt because it was completely Darwinian, the MA continued to dominate the increasingly influential field of what was now often called molecular systematic… King and Wilson’s insight should have provoked reconsideration of the MA… Nevertheless, Zuckerkandl and Pauling’s model of continual molecular change at the protein level was applied to DNA sequences primarily, we suggest, because of three factors: Kimura’s(1968,1985) neutral mutation theory; the importance post synthesis evolutionists attributed to selection in shaping phenotypes; and the weight of the central dogma, which portrayed DNA as the “blueprint of life.

Jeffrey H. Schwartz and Bruno Maresca “Do Molecular Clocks Run at All? A Critique of Molecular Systematics” Biological Theory 1(4) 2006, 357–371 (October 26, 2006)

و أهم هذه البيانات المعارضة هى مشكلة ثبات المسافات لذا فسينقسم هذا المقال الى قسمين: القسم الأول نشرح فيه مشكلة ثبات المسافات و التى تتعارض تماما مع كل مزاعم نظرية التطور و ساعتها الجزيئية و القسم الثانى نشرح فيه أنه حتى مع تجاهل ثبات المسافات لازالت الساعة الجزيئية عبارة عن كومة من الفرضيات و الاستدلالات الانتقائية التى لا يمكن اعتبارها دليل على أى شئ

مشكلة ثبات المسافات Equidistance

يظهر الخلل فى الاستدلال بالتباينات فى قلب عائلات البروتينات على تطورها بشكل أوضح عند النظر الى ما يسمى مشكلة ثبات المسافات equidistance و التى يتم تجاهلها كثيرا عند الاستدلال بتغير التسلسلات عبر الزمن. حتى نفهم هذه المشكلة دعنا نضرب عليها مثالا أولا بالأرقام. افترض أن الأرقام الاتية تمثل تسلسلا لبروتين معين فى الانسان و البرمائيات و الأسماك

الأسماك: 0123******

البرمائيات: 012345****

الانسان: 012345678*

كل رقم يمثل حمضا أمينيا محددا بينما علامة النجمة تمثل المواقع المتنوعة فى البروتين (التى قد تحتوى على أحماض امينية مختلفة بين أفراد التصنيف الواحد). نظرية التطور تستنتج من هذه البيانات أمرين. الأول هو حدوث "التطور"و هو التغير عبر الزمن فى التسلسل (كثيرا دون اثبات أن هذه الزيادات تكيفية فعلا) و الثانى هو أن الانسان أقرب الى البرمائيات منه الى الأسماك و هو ما يوحى بالترتيب التطورى. تظهر المشكلة عندما تقوم بالمقارنة من طرف الأسماك (أو المجموعة الأقل تطورا فى التسلسل أيا كانت) اذ يظهر لك أنها تقف على مسافة ثابتة من كل ما يليها. كيف هذا؟ ان نسبة التنوع فى هذا البروتين فى الأسماك 60% (6 أماكن متنوعة من أصل 10) معنى هذا أن متوسط اختلاف الأسماك عن البرمائيات 60% و كذلك عن الانسان 60% و هو ما يساوى اجمالى التنوع فى الأسماك! (لكى تفهم مصدر الرقم تذكر أن علامة ليست قيمة ثابتة أو حمض أمينى ثابت بل هى قيمة متغيرة لذا فهى فى المتوسط دائما مختلفة عندما تقارنها برقم ثابت أو بنجمة أخرى) معنى هذا أنه فى كل تسلسل من التسلسلات التى تتم مقارنتها لاثبات التطور فانك ستتوهم وجود التطور اذا نظرت من منطلق النوع فى نهاية السلسلة و لكنك سترى مسافات ثابتة نحو كل الأنواع اذا نظرت من منطلق النوع فى بداية السلسلة و هذا عكس التدرج الذى يفترضه التطور لأن الفروق فى الواقع ليست تدرج تطورى بل هى فروق اجمالى التنوع فى الكائن الأبسط

Two kinds of sequence alignment can be made using the same set of sequence data. The first aligns a recently evolved organism such as a mammal against those simpler or less complex species that evolved earlier such as amphibians and fishes. The second aligns a simpler outgroup organism such as fishes against those more complex sister species that appeared later such as amphibians and mammals. The first alignment indicates a near linear correlation between genetic distance and time of divergence, implying indirectly a constant mutation rate among different species. For example, human is closer to mouse, less to bird, still less to frog, and least to fish. The second alignment shows the genetic equidistance result where sister species are approximately equidistant to the simpler outgroup. For example, human, mouse, bird, and frog are all equidistant to fish in any given protein dissimilarity.

This notion that the maximum genetic diversity of a simple kind of outgroup organism determines the distance between the outgroup and the more complex clade can be illustrated by the example of cytochrome c. The maximum diversity in this protein sequence is about 70% difference within bacteria, for example, between Bordetella parapertussis and Paracoccus Versutus. The maximum distance between bacteria and mammals is about 65% difference, such as between Bordetella parapertussis and Pan troglodytes (chimpanzees). Within fungi, the maximum diversity is about 40% difference, for example, between Aspergillus oryzae and Yarrowia lipolytica. The maximum distance between fungi and mammals is about 43% difference, such as between Aspergillus oryzae and Pan troglodytes. Within arthropods, the maximum diversity is about 24% difference, for example, between Drosophila melanogaster and Tigriopus californicus. The maximum distance between arthropods and mammals is about 25% difference, such as between Drosophila melanogaster and Pan troglodytes.

Shi Huang (2008) "The Genetic Equidistance Result of Molecular Evolution is Independent of Mutation Rates" Journal of Computer Science & Systems Biology Vol.1

لنفصل قليلا فى مثال سايتوكروم سى المذكور فى الاقتباس أعلاه و الذى يستدل به التطوريون كثيرا لموافقته لشجرة التطور. هذا البروتين مجرد جزء بسيط من منظومة أكبر فهو ناقل الكترونات يعمل فى خط انتاج متكامل من الانزيمات و المضخات و المحركات الجزيئية

https://www.youtube.com/watch?v=nmoLoiFakxY

و خط الانتاج الذى يمثل سايتوكروم سى جزء منه هو الاخر يتلقى مدخلاته من خط انتاج اخر.طبعا هم لم يقدموا أصلا أى نموذج واقعى لتطور كل هذا خطوة خطوة و هل الخطوات نافعة و ما احتمال حدوثها بل أقوى حججهم هى: هذا يشبه هذا اذن هو التطور وقاموا برصد مستويات التشابه و الاختلاف بين الأنواع المختلفة و ترتيبها بشكل متدرج من منظور الكائن الأكثر تطورا الا أن هذه المستويات نفسها تروى قصة غير تطورية بالمرة عند النظر من منظور الكائن الأقل تطورا. ان نسبة الفروق بين التسلسلات لا تبدى نمط التغير التدريجى الذى تتطلبه نظرية التطور بل تقف على مسافات شبه ثابتة بين التصنيفات المختلفة. مثلا عند النظر الى الأقسام الثلاثة لحقيقيات النوى eukaryotes من الخمائر و النباتات و الحيوانات على ما بينها من تباين نجد نسبة الاختلاف فى تسلسلات سايتوكروم سى ثابتة عند نفس المسافة متوسط 65% من بدائيات النوى prokaryotes كالبكتيريا و لا نجد التسلسل المفترض المتدرج من الخمائر الى متعددات الخلايا الأكثر تطورا.

يظهر الشكل بالأعلى نسبة الاختلاف فى تسلسلات سايتوكروم سى بين بدائيات النوى (أبسط أنواع وحيدات الخلية) و حقيقيات النوى المختلفة و يمكنك أن تلاحظ الغياب التام للتدرج التطورى المزعوم: بدائيات نوى – حقيقيات نوى – لافقاريات -فقاريات (أسماك – كائنات برية)....بامكانك أن ترى أن متوسط الاختلاف يدور حول 65% باستثناءات بسيطة بل ان الثدييات و الطيور الأكثر تطورا من الأسماك و الحشرات أقرب منهم الى وحيدات الخلية. بل بامكانك أن تصل الى نتيجة فى منتهى السخف مفادها أن الخمائر أكثر تطورا من الثدييات!!! طبعا لهذا يتم تجاهل هذا الكلام أو اطلاق تفسيرات سطحية له (سنتعرض لها فى قسم لاحق من المقال) و التركيز على المنظور الذى يدعم التطور و هو المقارنة من ناحية الكائن الأكثر تطورا. لاحظ أن هذه السايتوكرومات فى حد ذاتها تختلف عن بعضها فبين الثدييات و الطيور و الأسماك و الحشرات و النباتات و الخمائر نسبة فرق حوالى 45% أى أن الزاوية بين الأسهم فى الشكل السابق مضبوطة بدقة و كأن كل تصنيف "يتطور" فى اتجاه و لكنه ينسق مع باقى التصنيفات الأخرى للحفاظ على مسافات ثابتة بينهم!

لا يوجد سيتوكروم "وسيط" بين مرحلة و أخرى و كل حقيقيات النوى تقف على مسافة واحدة و ليست على مسافات متدرجة من بدائيات النوى...ان الطبيعة تحمل بصمة الانقطاعات/الفجوات بين التصنيفات المستقلة و التى تتجمع معا كعنافيد clusters و ليس تغير تدرجى تطورى من نوع الى نوع فقط تعتمد نظرية التطور على المقارنة من منظور الكائن الأكثر تطورا و على التشبيه بالفروق الداخلية فى قلب التصنيفات (كما فعل دوبزانسكى بمقارنة تنوعات الهيموجلوبين بين البشر بتلك بين التصنيفات المختلفة) للمراوغة و الايحاء بأن هذه التغيرات تدرج تطورى تماما كمثال الأرقام الذى بدأنا به. تتكرر نفس الصورة على المستويات التصنيفية الأدنى ففى قلب مملكة الحيوانات نجد المسافات الثابتة و ليس التدرج مثلا بين المفصليات (لافقاريات) كالحشرات من جهة و بين الفقاريات على اختلاف أنواعها من الثدييات و الطيور و الزواحف و الفكيات و اللافكيات و التى يفترض كونها كلها تدرجات تطورية. اللافكيات التى يفترض كونها أقل الفقاريات تطورا فى القائمة أى أقرب الى نقطة انفصال الفقاريات عن اللافقاريات تقف على نفس المسافة من المفصليات (لافقاريات) كمسافة الكائنات "الأكثر تطورا" من فكيات و زواحف و ثدييات بل اننا نرى نتيجة مضحكة من منظور تراكم الطفرات و هو أن متوسط اختلاف اللافكيات (أقل هذه الفقاريات تطورا) عن اللافقاريات أكبر من أكثرها تطورا أى أن اللافكيات يجب أن تكون أكثر تطورا من الثدييات بينما يعتبرها التدرج التطورى أكثر بدائية!!!

أيضا حاول أن تنظر الى الصورة السابقة فى ضوء ما قبلها..لاحظ كيف أن الحشرات (موضع المقارنة هنا) كانت مع كل المجموعات الأخرى من حقيقيات النوى من ثدييات و طيور و أسماك تقف على مسافة واحدة (حوالى 65%) من بدائيات النوى و لكن عندما بدأنا بدراسة حقيقيات النوى وجدناها تقف على مسافات ثابتة من بعضها البعض. معنى هذا أن كل نوع يتغير أو "يتطور" بلغتهم فى اتجاهه الخاص مع حفظ المسافات بينه و بين كل التصنيفات الأخرى أى أن أى محاولة للزعم بأن ثبات المسافة كان بسبب كون هذه المسافة كانت موجودة لحظة الانفصال من سلف مشترك كلام فارغ لأن الثبات يستمر بعد الانفصال عن السلف المشترك المزعوم و فى قلب التصنيفات الفرعية التى تطورت الى أنواع أخرى (على زعمهم).

و عندما ننتقل الى تصنيف فرعى أدنى أى بعد الانفصال عن سلف مشترك جديد نجد نفس الظاهرة اذ يتكرر نفس الأمر فى قلب الفقاريات الأرضية فلا نجد التدرج التطورى المزعوم برمائيات – زواحف – ثدييات بل نجد الفقاريات الأرضية على تباينها و تدرجها التطورى المزعوم من الأسماك تقف على مسافة ثابتة من الأسماك (سلفها المشترك المزعوم)

لماذا تمثل هذه الظاهرة مشكلة تطورية الى هذا الحد؟ لأنها تتعارض مع التدرج التطورى المفترض و لأن هذه الصورة تتسق مع العملية التصنيفية بشكل مثالى مجموعات ضمن مجموعات - أشجار تصنيفية و لكنها ليست أشجار تطورية اذ لا تتفق الصورة أبدا مع نموذج نوع 1 تطور من نسله نوع 2 الذى تطور من نسله نوع 3 بل تتسق مع تصنيف 1 يضم داخله تصنيف 2 الذى يضم داخله تصنيف 3 و هو المعنى الحقيقة لعملية التصنيف كما وضحنا من قبل – تلك العملية التى سطت عليها نظرية التطور و سرقتها و أوحت للناس بأنها دليل عليها بينما عملية تصنيف الكائنات الحية وفق المشتركات برمتها سابقة على نظرية التطور و هذا التصنيف بشكل عام مفهوم ذهنى لا علاقة له بالأسلاف المشتركة و سائر ادعاءات النظرية

يظهر لنا بشكل واضح هنا هو أن البروتينات التى تتفق مع التصنيف الهرمى التطورى nested hierarchy لا تتفق معه بشكل يظهر التدرج التطورى المزعوم بل بشكل يظهر حقيقة التصنيف الهرمى أنه مجرد تصنيف: قوالب عامة لتصميم الكائنات تفصلها مسافات ثابتة لا تدرج تطورى. بعبارة أخرى السايتوكروم سى الدليل التطورى الشهير يشير فى الواقع الى أن الانقسام انقسام "تصنيف" لا "تطور/تدرج". و نحن استخدمنا السايتوكروم سى لكونه مثال تطورى شهير و لكنه ليس حالة فردية اذ يتكرر نفس الأمر فى الهيموجلوبين فنجد التمايز واضح دون التدرج المفترض...من جديد لا أثر للتدرج المزعوم لافكيات – فكيات – برمائيات – زواحف – ثدييات بل الانقسام حدى فكيات أو لا فكيات – فقاريات أو لافقاريات فالفكيات و ما تلاها تطوريا كلها فى قلب تصنيفها (أسماك-برمائيات-ثدييات) تقف على مسافة اختلاف واحدة من اللافكيات بدون تدرج تطورى و كذلك الفقاريات كلها بمختلف تصنيفاتها (لافكيات – فكيات – برمائيات – ثدييات – طيور) تقف على مسافة واحدة من اللافقاريات كالرخويات بدون التدرج التطورى المفترض

Based on Data from Dayhoff “Atlas of Protein Sequence and Structure” Silver Spring, MD: National Biomedical Research Foundation, vol. 5, Matrix 1, p. D-8.

و من جديد ستجد بعض النتائج المثيرة للسخرية من منظور تراكم الطفرات منها أن الشكل الأول يظهر الضفادع أكثر تطورا من الأسماك اللافكية عن الانسان و الانسان هو الأقل تطورا بين الجميع! و لكن بعيدا عن هذا فالأهم أننا من جديد لا نرى مطلقا تدرج لافقاريات – أسماك فقارية – برمائيات – كائنات برية بل نرى فجوة تصنيفية واضحة يقف فيها أعضاء نمط الفقاريات على تباينهم الداخلى على نفس متوسط المسافة من اللافقاريات.لاحظ أن هذه البيانات معروفة منذ السبعينات فمثلا واحدة من الأبحاث المبكرة فى المجال وجدت أن المسافة فى الأحماض الأمينية بين تصنيف من الفطريات و تصنيف اخر منها هى ذاتها المسافة بين ذلك التصنيف و كائنات أخرى كالقردة و البشر و الكنغر!

In a 1967 paper, Fitch and Margoliash compared the cytochrome c of 20 species. Table 3 of the paper clearly showed the genetic equidistance result, for example, the yeast Saccharomyces has 57 mutational differences from the yeast Neurospora, 57 from monkey, 56 from human, and 58 from kangaroo.

Shi Huang (2008) "The Genetic Equidistance Result of Molecular Evolution is Independent of Mutation Rates" Journal of Computer Science & Systems Biology Vol.1

و منذ ذلك الحين تتراكم البيانات التى تؤكد هذه النتيجة فى الكثير من البروتينات و تتزايد و هو ما يتعارض تماما مع توقعات نظرية التطور كما يؤكد الباحثون و مع ذلك حرص التطوريون عند عرض الأمر على العامة على تجاهل ذلك الجزء لتعارضه مع التطور أو على تبريره بمبررات واهية و التركيز على الجزء الاخر بل ان أحد أسباب افتراض أن الساعة الجزيئية تدق بمعدل ثابت أو شبه ثابت فى البداية كان محاولة تفسير مشكلة ثبات المسافات

The genetic equidistance result has been independently confirmed for numerous proteins and numerous species. This result is the most remarkable result of molecular evolution since it was completely unexpected from classical Neo-Darwinian theory. However, what has become popular known today is not the result itself but the molecular clock interpretation of it. Even the original discoverer of this result, E. Margoliash, has subsequently avoided highlighting the result.

Shi Huang (2008) "The Genetic Equidistance Result of Molecular Evolution is Independent of Mutation Rates" Journal of Computer Science & Systems Biology Vol.1

In 1963, Margoliash discovered the unexpected genetic equidistance result after comparing cytochrome c sequences from different species. This finding, together with the hemoglobin analyses of Zuckerkandl and Pauling in 1962, directly inspired the ad hoc molecular clock hypothesis...(A),Genetic distance measured using human as baseline, resulting in a linear progression of genetic distance. (B), Genetic distance using fish as baseline, resulting in all members of Tetrapoda being equally distant from fish. Both A and B can be interpreted equally well by the molecular clock assumption, but only A can also be interpreted by the theory of natural selection. As a result of teaching A rather than B as evidence of evolution, nearly all people with an evolutionary mindset interpret A via natural selection and readily predict A correctly but B incorrectly

TaoBo HU et al., "The genetic equidistance result: misreading by the molecular clock and neutral theory and reinterpretation nearly half of a century later" Life Sciences Review, March 2013 Vol.56 No.3: 254–261

الحل بالساعة الجزيئية:

كل العلماء يؤمنون بالتطور...عادة ما يتم ترديد هذه الجملة و كأنها دليل على صحة التطور و لكن الحقيقة هى دليل على أن الكثير من التفسيرات التى نسمعها ليست الا نتيجة ايمانهم المسبق بالتطور الذى يتم تلقينهم اياه فى كل المناهج و توفيقه مع البيانات المعارضة و فرض التفسيرات التطورية فرضا على البيانات لذا فان التطوريون لم يجدوا أى مشكلة فى محاولة اختراع تبريرات غير منطقية لهذه الظاهرة و منها الساعة الجزيئية الثابتة و هى افتراض تراكم الطفرات (الساعة تدق) بمعدل ثابت لكل بروتين معين بين الكائنات و الخطوط التطورية المختلفة و هى فكرة واضحة الفساد و مع ذلك تم طرحها كحل مشكلة ثبات المسافات. هذا هو حرفيا نموذج الحشو الكلامى الذى تتميز به النظرية و تخادع به العوام. أنت فقط قمت باعادة صياغة المشاهدات بعبارات تطورية

the molecular clock hypothesis is merely an ad hoc restatement of a factual observation, the genetic equidistance result. It is a tautology and does not qualify as a scientific theory with true explanatory power

Shi Huang (2008) "The Genetic Equidistance Result of Molecular Evolution is Independent of Mutation Rates" Journal of Computer Science & Systems Biology Vol.1

ان الكائنات عبر كل هذه التصنيفات تمتلك معدلات تكاثر و أعداد أجيال متباينة و أحجام مختلفة جدا من الجماعات الحية التى تعتبر المورد الاحتمالى لحدوث الطفرات لذا فليس من المعقول أبدا افتراض أن خطوط تطورية متباينة ستنسق مع أقاربها ليضبطوا أنفسهم للحفاظ على نفس المسافة/الفارق من تصنيفات أخرى و أن كل مجموعة تصنيفية قد قررت الحفاظ على فجوات ثابتة بمعدلات خاصة بهذه المجموعة بين أعضاءها و بين أعضاء التصنيفات المختلفة "لخداعنا" و ايهامنا بعدم وجود التدرج التطورى بل الاستنتاج الأوقع أنه غير موجود فعلا. الكثير من العوامل تختلف بشكل جذرى بين الأنواع سابقة الذكر من فطريات الى حشرات الى قوارض الى الى رئيسيات. و المشكلة ليست عابرة للتصنيفات فحسب بل فى قلب التصنيف الواحد ففى الفقاريات/الثدييات تنتج الفئران عدة أجيال فى السنة بينما يحتاج الانسان عدة سنوات للجيل و فى الحشرات تقدر الدورة التكاثرية/الجيل لذبابة الفاكهة بالأسابيع أما بعض أنواع الجراد فبالأعوام و مع ذلك يظهر ذلك التنسيق العجيب فى حجم الفجوات بين التصنيفات و كأن تأثير معدلات التكاثر و التطفر لا علاقة له بالتطور. لا يمكن لكل هذه الكائنات على اختلاف بيئاتها و معدلات تكاثرها أن تتناسق مع بعضها بهذا الشكل.

و بناءا على ذلك حاول التطوريون الزعم بأن ثبات المسافات ليس ظاهرة شاملة و أننا ان رصدنا معدلات تطفر غير متماثلة فى بروتين معين بين عدة خطوط تطورية فمعنى هذا أن المسافات غير متساوية و لكن ثبت فشل هذا الزعم أيضا و اتضح أنه حتى مع وجود معدلات التطفر المختلفة تبقى المسافات ثابتة و هذا من جديد لا يمكن تفسير تطوريا أبدا و يطعن بشدة فى كل نتائج دراسات العلاقات التطورية و التصنيفات الشجرية المبنية على أن التشابه الجزيئى دليل على العلاقات التطورية

Here it is shown that the equidistance result remains valid even when different species can be independently shown to have different mutation rates. A random sampling of 50 proteins shows that nearly all proteins display the equidistance result despite the fact that many proteins have nonconstant mutation rates...One important consequence of these exceptions is that they make it impossible to trust the molecular phylogenies constructed by the present methods of molecular analysis. These methods assume, despite numerous factual exceptions or contradictions, that closer molecular similarity always means closer evolutionary distance. As a result, major conflicts between molecular dating and fossil dating are common..

Shi Huang (2008) "The Genetic Equidistance Result of Molecular Evolution is Independent of Mutation Rates" Journal of Computer Science & Systems Biology Vol.1

و يضرب ذلك البحث أمثلة كثيرة من مقارنات بروتينات مختلفة فى فطريات و نباتات و أسماك و رئيسيات على خطأ هذه الفرضية باثبات تساوى المسافات بين التصنيفات المختلفة فى حالات معدلات التطفر غير المتماثلة و يشبه محاولة تفسير هذا بالساعة الجزيئية بمن وجد سباقا بين أرنب و زوجا من السلاحف وصلوا فيه الى خط النهاية معا فقرر تفسير هذا بوضع نظرية السرعة الثابتة زاعما أن وصولهم معا دليل على أنهما يتحركون بسرعة ثابتة برغم الفرق الواضح بين الأرنب و السلاحف فى اشارة واضحة للاستدلالات الانتقائية التى يتم القيام بها من أجل النظرية و طبعا لأنه يدرك عواقب هذه النتائج فهو يؤكد ضمنيا أنه ليس من جماعة الاله فعل ذلك التى لا تختلف عن جماعة الأرنب و السلحفاة لهما نفس السرعة محاولا بذلك مساواة الداروينية بالتصميم الذكى و سنعود الى رجل القش هذا لاحقا ان شاء الله

The result of the race is that the turtles and rabbit arrive at the finish line at approximately the same time in 1 hour. To explain this fact, one can deduce from the fact the same speed hypothesis. One can also deduce from the fact many other hypotheses such as ‘God did it’.

هذه الحقائق كانت واضحة جدا منذ اللحظة الأولى و لكن الرغبة فى الحفاظ على النتيجة التطورية أدت الى قبول فرضيات غير معقولة كما فى يؤكد اقتباس ورقة Jeffery Schwartz أعلاه و لكنهم فى النهاية اضطروا للاعتراف بالنتيجة و التى كانت أغرب مما تخيل حتى نقاد التطور. لا تقتصر المسألة على أن معدل التطور يخضع للتغير rate heterogeneity كما يسمونها - بين التصنيفات و فروع شجرة الحياة المختلفة بل يتغير معدل نفس البروتين فى قلب نفس التصنيف عبر الزمن و يتغير المعدل بين أجزاء نفس البروتين (أو على الأقل هذا ما يضطرون لافتراض حدوثه لتوفيق البيانات مع شجرة العلاقات التطورية) – بعبارة أخرى لا توجد ساعة جزيئية موحدة تدق لأى جين أو بروتين بنفس المعدل بين التصنيفات المختلفة على فروع شجرة الحياة أو حتى فى قلب نفس التصنيف عبر الزمن لتفسر هذا الثبات فى المسافات ناهيك طبعا عن احتمال وجود ساعات مختلفة لأجزاء مختلفة من نفس الجين أو البروتين. لقد فشلت الساعة الجزيئية فشلا لم يتخيله حتى منتقدى التطور

“the idea that there is a universal molecular clock ticking away has long since been discredited."

Andrew B. Smith and Kevin J. Peterson "Dating the Time of Origin of Major Clades: Molecular Clocks and the Fossil Record" Annual Review of Earth and Planetary Sciences, Vol. 30:65-88

Modern molecular clocks can handle various forms of evolutionary rate heterogeneity. Rates can vary across different parts of the genome (site effects), across taxa (lineage effects), and across time (here termed ‘epoch effects’)...An extra layer of interest and complexity emerges when two or more sources of rate heterogeneity interact. Site and lineage effects interact when different genes have different patterns of rate variability across taxa...Genomic datasets now routinely contain hundreds to thousands of gene loci, each (potentially) evolving according to a separate molecular clock.

Michael S.Y. Lee and Simon Y.W. Ho "Molecular clocks"Current Biology Volume 26, Issue 10 pR399-R402 May 23, 2016

Different genes in different clades evolve at different rates, different parts of genes evolve at different rates and, most importantly, rates within clades have changed over time

D. Jablonski et al., "Fossils, molecules and embryos: new perspectives on the Cambrian explosion" Development for advances in developmental biology and stem cells, Volume 126, Issue 5, p.856

The rate of molecular evolution can vary considerably among different organisms, challenging the concept of the ‘molecular clock’

Ho et al., “Accuracy of rate estimation using relaxed-clock models with a critical focus on the early metazoan radiation” Molecular Biology and Evolution, Volume 22, Issue 5 p. 1355

Numerous follow up studies, including ours, have falsified the concept of a universal molecular clock. Work on fossil sequences also invalidated the molecular clock.

TaoBo HU et al., "The genetic equidistance result: misreading by the molecular clock and neutral theory and reinterpretation nearly half of a century later" Life Sciences Review, March 2013 Vol.56 No.3: 254–261

Different types of proteins diverge at vastly different rates. Moreover, the same type of protein has been observed to evolve with different rates in different phylogenetic lineages...strong and lineage-specific regional effects were seen on the molecular clock rate of protein divergence

Raf Huttener et al., "Regional effect on the molecular clock rate of protein evolution in Eutherian and Metatherian genomes" BMC Ecology and Evolution volume 21, Article number: 153 (2021)

Whereas relaxed-clock methods are increasingly able to accommodate evolutionary rates that vary among lineages and among regions of the genome (‘site’ and ‘lineage’ effects), temporal variability in evolutionary rates (‘epoch effects’) remains far more difficult if not impossible to detect, much less control for. Epoch effects are especially intractable because they do not necessarily cause patterns of genomic diversity that violate the null predictions based on assumptions of rate homogeneity.

Sandra R Schachat et al., "Illusion of flight? Absence, evidence and the age of winged insects." Biological Journal of the Linnean Society 138(2), 143–168. (2023)

يتملص التطوريون من هذه النتائج عادة بالقول بأن الساعة الجزيئية تعتمد على تراكم الطفرات المحايدة و بالتالى فحدوث الانتخاب الطبيعى يؤثر عليها و هذا ببساطة مجرد هروب فبمجرد استدعاء الانتخاب الطبيعى الى الساحة فقد أصبحت معك عصا سحرية تفسر بها كل ما تشاء كما تشاء و هم أصلا كما وضحنا سابقا يبالغون بشدة فى قدرات الانتخاب الطبيعى: كلما وجدت نتيجة تخالف توقعاتك انسبها الى الانتخاب و لكن حتى هذا لن يفلح. هذه الخطوط التطورية كما ذكرنا مختلفة فى العوامل التى تؤثر على معدل حدوث الطفرات و الطفرات بدورها هى المورد الذى يعمل عليه الانتخاب الطبيعى بل و هى تعيش فى بيئات مختلفة تماما من حيث الضغوط الانتخابية فمنها ما هو بحرى و ما هو برى و ما هو برمائى و ما هو جوى - منها الحشرة و البكتيريا و السمكة و الحصان فأى انتخاب طبيعى هذا الذى سينسق مقدار الطفرات النافعة بين كل هذه الخطوط التطورية بهذا الشكل ليحافظ على ثبات المسافات؟

بل و فى بعض الأحيان تكون المسافات فى قلب الأنواع المتقاربة تطوريا مساوية أو أكبر منها بين الأنواع المتباعدة تطوريا فكيف حول قدر معين من الطفرات النافعة القردة الى بشر و لم يحول ثلاثة أضعاف هذا القدر السمك الى أى شئ اخر؟ كيف تكون كمية الطفرات المتراكمة بين نوعين من الفطر هى ذاتها بين أحدهما و الانسان. هل عدد الطفرات التى يحتاجها الانتخاب ليحول نوع من الفطر الى نوع اخر هو ذاته ما يحول به الفطر الى انسان؟ هل عدد الطفرات المطلوب لتتكيف جماعة من السمك مع بيئتها أكبر بثلاث مرات من عدد الطفرات التى ستحول قرد الى انسان؟

For example, the molecular distance between two subpopulations of medaka fish that had diverged for ~ 4 million years is 3-fold greater than that between humans and chimpanzees that are thought to have diverged for 5-7 million years. The molecular distance between two different fungi can be just as great as that between fungi and humans, which is completely unexpected from Neo-Darwinism and would indeed be shocking to anyone with a Neo-Darwinian mindset.

[also see Results section for more examples]

Shi Huang (2008) "The Genetic Equidistance Result of Molecular Evolution is Independent of Mutation Rates" Journal of Computer Science & Systems Biology Vol.1

أضف الى ذلك أن بعض الكائنات التى تعتبر أحافير حية مثل الأسماك الرئوية التى تعتبر من بقايا/أقارب عملية الانتقال الى البر و الأبوسوم الذى يعتبر قريب جدا من السلف المشترك للجرابيات يحافظون على نفس النمط الذى تمتلكه الكائنات التى يفترض انحدارها من خطوطهم التطورية و تعرضها لتغيرات مورفولوجية هائلة. مثلا يفترض انفصال الخط المؤدى الى الانسان عن الأسماك الرئوية منذ 400 مليون سنة اذ أن الأخيرة تعود الى زمن بداية تطور البرمائيات و كمية التغيرات التى خضع لها خط تطور الانسان المزعوم هائلة مقارنة بالأسماك الرئوية التى تعتبر أحافير حية و بينهما مراحل تطورية عدة من برمائيات أكثر "تطورا" و سلويات و ثدييات خضعت لتعديلات تشريحية و بيوكيميائة جذررية تغير عبرها تصميم القلب و الجهاز التنفسى و الدورة الدموية بل و تغيرت الخلايا الحمراء الحاملة للهيموجلوبين ذاتها و صغر حجمها الى أقل من النصف و خسرت بعض مكوناتها الداخلية لزيادة حمولة الهيموجلوبين و التمكن من الدخول فى الأوعية الدقيقة و مع ذلك يحافظ كليهما كفقاريات على نفس المسافة من اللافقاريات من حيث تسلسلات الهيموجلوبين. نفس الأمر سيظهر فى مقاربة أخرى اذ أن الأسماك الرئوية (فكيات) تقع على نفس درجة باقى الأسماك و البرمائيات و الثدييات فى تباين الهيموجلوبين مع أقاربها الأسماك اللافكية البدائية التى هى الأقرب لها عند نقطة انفصال الفكيات و اللافكيات.

مئات ملايين السنين من الطفرات و تغيرات الأحماض الأمينية النافعة التى حولت خطها التطورى الى برمائيات ثم الى زواحف ثم ثدييات ثم بشر - خضعت الأسماك الرئوية لمثلها للحفاظ على المسافة المتساوية فى تنوع الأحماض الأمينية مع اللافكيات أو مع اللافقاريات و لكن ظلت سمكة أحفورة حية كما كانت و كما عثر عليها فى الأحافير. هذا غير معقول طبعا لذا لا يمكن أبدا عزو الأمر الى اله فجوات نظرية التطور "الضغوط الانتخابية" و الطفرات التكيفية فان ان افترضنا أن هيموجلوبين خط تطور الانسان كان يتكيف مع التغيرات التى خضع لها فما الذى كان يتكيف معه هيموجلوبين الأسماك الرئوية التى لم تتغير أصلا؟

نفس الشئ بالنسبة للأبوسوم الذى يفترض أنه يمثل نقطة قريبة جدا من انفصال خط تطور الثدييات و مع ذلك يحافظ على نفس المسافة المشتركة مع "أحفاده"من الجرابيات من خطوط أسلاف الثدييات كالأسماك و البرمائيات مثله مثل الثدييات المتطورة (بل ربما هو أكثر اختلافا)

الخلاصة:

التدرج التطورى بين الجينات و البروتينات ليس موجودا حقا بل هو مجرد أثر جانبى لمقارنة مستوى التنوع الممكن بين الكائنات من الأعقد الى الأبسط بينما الحقيقة التى تظهر عند المقارنة من منظور الأبسط هى ثبات المسافات و غياب التدرج التطورى. تم اقتراح معدل تطور (ساعة جزيئية) ثابت لحل هذه المشكلة غير أن الساعة الجزيئية اتضح أنها ليست ثابتة. يحاول التطورى اقناعنا بأن الساعات الجزيئية التى تدق بمعدلات مختلفة بين التصنيفات المختلفة و عبر الفترات الزمنية المختلفة لنفس التصنيف بل و بين القطع المختلفة لنفس الجين/البروتين قد أدت الى مسافات متساوية بين هذه الكائنات و هذا كمن يقول لك أن عشر سيارات تسير بسرعات مختلفة و فى نفس الوقت تحافظ على المسافة بينها. انها الدائرة المربعة فى أبهى صورها – لننظر الى الشكل التالى

هذه شجرة تطورية تقليدية cladogram تظهر بعض نقاط التفرع الرئيسية للتصنيفات ابتداءا من أحاديات الخلية من بدائيات نوى ثم حقيقيات نوى و متعددات خلايا من لافقاريات و فقاريات – حشرات و أسماك و بشر. لكى تفسر لنا فرضية الساعة الجزيئية هذه البيانات فمعنى ذلك أن كل هذه الكائنات على تباينها الكبير فى سرعة التكاثر و عدد الأجيال و أحجام الجماعات الحية و الظروف البيئية (الضغوط الانتخابية) عبر مئات ملايين السنين قد ضبطت نفسها بحيث "تتطور" بمعدلات دقيقة للحفاظ على الفجوات ثابتة بين الأنواع!!! لاحظ أنه يمكنك أن تقرأ نفس الشجرة بالشكل التطورى المخادع الذى يركز على جانب من البيانات لأنه يدعم التطور فتقول أن البشر أقرب الى الفقاريات منهم الى اللافقاريات و أقرب الى اللافقاريات منهم الى الخمائر...الخ (و هذه شجرة سايتوكروم سى المثال التطورى الأثير بالمناسبة) فالتطورى عادة و هو يسرد لك تلك البيانات سيكتفى بالمقارنة من النهاية الى البداية فيقول لك هل رأيت؟ الانسان يختلف عن السمكة 20% و عن اللافقاريات 30% و عن الفطر 45% و عن البكتيريا 65% و هذا هو التدرج الذى يتوقعه التطور. و لكن ماذا عن الجانب الاخر من البيانات الذى تظهر فيه المسافة ثابتة بين كل تصنيف و ما يليه تطوريا؟ كل تسلسلات سايتوكروم سى فى الفقاريات من الأسماك اللافكية الى الانسان و كل ما بينهما على تباين هذه الكائنات و الذى يقدر بنحو خمس التسلسل (19%) كانت تتطور بمعدل ثابت للحفاظ على متوسط المسافة 29-30% مع اللافقاريات منذ الانفصال عن السلف المشترك المزعوم برغم أن هذه الكائنات من السمكة الى الانسان و ما بينهما نشأت فى أزمنة مختلفة و لها معدلات تكاثر و مستويات تعقيد مختلفة و تتعرض لضغوط بيئية مختلفة...الخ. ثم كل الفقاريات حافظت بالتنسيق مع كل اللافقاريات على تباين هذه أيضا (حوالى ثلث التسلسل) على معدل التطور الذى يحفظ متوسط الفرق بينها وبين حقيقيات النوى الأكثر بدائية كالفطريات و الخمائر عند 44% الى 47% (لاحظ أننا نتكلم عن تنسيق بين أعضاء المملكة الحيوانية بأسرها بكل ما فيها!). ثم كل حقيقيات النوى من الفطريات الى الانسان قد خضعت تسلسلات سايتوكروم سى فيها الى معدلات تطور تنسق مع بعضها بدقة لتحافظ على متوسط فارق حوالى 66% مع بدائيات النوى كالبكتيريا! ما هذا الضبط الرياضى الدقيق الذى تمارسه الطفرات و الأحداث الطارئة historical contingency الطبيعية؟! كيف حدث هذا و هذه البروتينات أصلا تخضع لمعدلات تغير (تطور) متباينة؟ لن يقول لك التطورى أن هذه المسافة ثابتة بين كل تصنيف من هذه و كل ما يفترض تطوره عنه بلا أى تدرج لأن هذه المسافة فى الواقع مساوية لاجمالى التنوع فى قلب التصنيف. و هذا النمط يتكرر فى كل البروتينات و يقضى تماما على محاولات التطوريين الاستدلال على نظريتهم و أشجارهم التطورية. و كل بروتين له معدله الخاص من التغيرات فحجم الفروق فى حالة سايتوكروم سى مثلا ليس هو ذاته فى حجم الهيموجلوبين و لكن هذه هى القاعدة العامة: لا تدرج. لاحظ أن التطورى ان أراد أن يستدل بشذوذات البيانات فهى ليست فى مصلحته أبدا اذ أن الفارق 69% هو فى الواقع بين البكتيريا و الخمائر التى هى أقرب حقيقيات النوى فى هذه المقارنة الى بدائيات النوى – بعبارة أخرى هذه الفجوة يجب تطوريا أن تكون هى الأصغر لا الأكبر.

من جديد الفجوات و الانقطاعات الموحية بالأنماط و القوالب archetypes المستقلة فى كل مكان و لا يوجد تدرج. من جديد يظهر لنا أن مجرد وجود تصنيف هرمى لا يعنى وجود تطور و تدرج كما يوحى الخطاب التطورى بل التصنيف الهرمى يتطابق تماما مع الانقطاعات و القفزات لأنه مجرد تصنيف/قوالب تصميم و ليست كائنات تتطور من بعضها البعض و لكن مع الأسف عندما يعرض التطوريون هذه البيانات فانهم عادة يهتمون بعرض عدد التغيرات عبر الزمن من منظور الكائن الأكثر تطورا و أحيانا يكون هذا على رسم بيانى مما يعطيك انطباعا بالتغير المستمر و لكن الحقيقة عند حساب النسب بين الأنواع تظهر صورة مختلفة تماما و هى صورة المسافات المتساوية و المتناقضة تماما مع التطور

الان ما هو التفسير "العلمى" بعيدا عن جماعة "الاله فعلها" (الغير موجودة أصلا الا فى خيال التطوريين). سواءا أراد التطورى أن يفسر هذا بتراكم الطفرات المحايدة أو بالانتخاب الطبيعى فسيواجه مشكلة. اننا نعلم يقينا اليوم أن معدل الطفرات عبر هذه الكائنات غير ثابت لكل وحدة زمنية فلم يعد من الممكن افتراض أن كل بروتين يدق بمعدل ثابت فى كل الكائنات (بل لم يكن هناك مبرر أصلا لهذه الفرضية العجيبة سوى تبرير البيانات تطوريا) أما افتراض أن كل هذه الخطوط التطورية المتباينة تخضع و يا محاسن الصدف لنفس نسبة الطفرات المفيدة فأكثر لا معقولية و هو مجرد تفسير بائس يتوسل بالصدف المستحيلة ناهيك عن أنه يصطدم بتناقض واضح مع البيانات. لا يملك التطورى هنا الا العودة الى القيود الوظيفية التى يحاربها بكل قوته و يحاول وضع السلف المشترك محلها فى تفسير النشأة و التشابهات و يا لها من مفارقة.

ان التفسير الأفضل هو الفرق فى التعقيد بين الكائنات بغض النظر هل تطورت من بعضها أم لم تفعل اذ تشير الدراسات الى أن الكائنات الأكثر تعقيدا (تطورا بلغتهم) تحتوى على الكثير من المعلومات و البرمجة الإضافية و هو ما يضع قيودا على مدى التنوع الممكن فى البروتينات فالتسلسل المشفر لمنتج واحد يحتوى على مساحة للتنوع أكثر (قيود وظيفية أقل) من التسلسل المشفر لعدة منتجات و الاكسون exon (قطعة البروتين) المستخدمة فى بروتين واحد فيها مساحة تنوع أكبر (قيود وظيفية أقل) من تلك المستخدمة فى عدة بروتينات و الالية التنظيمية أو النمائية التى ستتحكم فى عدد قليل من الأنسجة تحتوى على مساحة للتنوع أكثر (قيود وظيفية أقل) من تلك التى يجب أن تلائم أعضاءا و أنسجة كثيرة و المحفز promoter الذى يحتاج الى معلومات تنظيمية قليلة و يرتبط binding site بعنصر تنظيمى transcription factor واحد يمكنه التنوع أكثر لأن قيوده الوظيفية أقل من ذلك الذى يحتاج الى معلومات تنظيمية أكثر و سيرتبط بعدة عناصر تنظيمية و التسلسل الذى سيخضع لعمليات تنظيم فوق جينى epigenetic أقل يمكنه التنوع أكثر (لأن قيوده الوظيفية أقل) من الذى سيخضع لعدد أكبر من هذه العمليات و هكذا. يشبه الأمر أن يكون لديك كلمة مثلا "المال" يمكن أن تتغير الى "الماء" أو "الملل" بطفرة نقطية غيرت حرف واحد بدون مشكلة لكن بمجرد وضعها فى جملة تقيدها مثل "اشتريت الطعام بالمال" فان التغيير سيصبح ضارا بالمعنى.

لتوضيح الصورة أكثر يمكن مراجعة ما كتبناه سابقا عن الشفرات المتراكبة overlapping codes و التضفير البديل alternative splicing و ملخصه أنه فى الكائنات الأكثر تعقيدا نفس التسلسل عند قراءته من نقاط بداية و نهاية مختلفة يمكن أن ينتج منتجات وظيفية مختلفة و نفس المنتج الوظيفى يمكن ادراجه كجزء من الات جزيئية مختلفة ليقوم بوظائف متعددة و يمكن أن يحتوى على معلومات اضافية لتقوم بتحديد هذه الاستخدامات الجديدة وصفها البعض أنها تشبه "النحو" grammar الحاكم للجمل و المقيد لكيفية كتابتها و كلما زاد عدد الوظائف الذى سيقوم به تسلسل ما كلما أصبحت القيود الوظيفية عليه أكبر و أصبح أقل عرضة للتغير لأن التغير الذى لن يتلف الوظيفة الأولى قد يتلف الثانية خاصة و أن حتى ما يسمى بالطفرات الصامتة و التى تغير تسلسل الحمض النووى دون تغيير الحمض الأمينى اتضح أن لها تأثيرات وظيفية.

"All About Alternative Splicing" TheScientist (Sep 27, 2024)

Special “splice donor” and “splice acceptor” sequences flank the introns to guide the splicing process. The result is a kind of genetic grammar: a genetic locus transcript with multiple introns can be spliced in various ways to encode related but distinct proteins, ending the concept of genes as unitary entities.

James A. Shapiro "Evolution Is Neither Random Accidents nor Divine Intervention: Biological Action Changes Genomes" National Association of Scholars, Academic Questions Volume 37 Issue 1 (The State of Evolution) Spring 2024

النتيجة أنه لو قلنا على سبيل المثال أن تسلسلا من 10 أحماض أمينية فى كائن بسيط يضم ثلاثة مطلوبين للوظيفة و 7قابلين للتغير- هذه السبعة مساحة تنوعات فان تم استخدام هذا البروتين فى وظيفة اضافية فى كائن أكثر تعقيدا يصبح ثلاثة اخرين مثلا مطلوبين للوظيفة الجديدة فتصبح 6 أحماض أمينية مطلوبة للوظائف و 4 قابلين للتغير و بالتالى كلما زاد الكائن تعقيدا كلما قلت مساحة التنوع فى بروتيناته لذلك فما نراه بين الكائنات من فروق هى حدود التنوع الممكن فى التسلسل دون اتلاف وظائف البروتين و حدود التنوع تكون أكبر كلما كان الكائن أبسط و وظائف تسلسلاته أقل و يضرب البحث عدة أمثلة عملية كثيرة تكون فيها المسافة بين الكائن الأبسط و الأعقد قريبة جدا من مدى التباين الطبيعى فى قلب الكائن الأبسط و منها سايتوكروم سى المثال التطورى الشهير الذى شرحناه بالأعلى

Complex organisms also show complex gene expression patterns as indicated by the fact that 94% of human genes have alternative products or alternative splicing relative to only 10% in C. elegans...Most of the shared residues between two species are due to shared functions and shared epigenetic complexity. A small fraction of the shared residues may be due to common adaptation to a common environmental selection that may vary from time to time [Also, see section: "Epigenetic restriction of genetic diversity" and section "The maximum genetic diversity hypothesis explains numerous facts" For more details and examples]

Shi Huang "Inverse relationship between genetic diversity and epigenetic complexity" Nature Proceedings (2009)

معنى هذا أن كل هذه الكائنات لو ظهرت معا فى نقطة من الماضى السحيق ببروتيناتها الوظيفية لوصلنا الى نفس النتيجة الحالية...الأحماض الأمينية/النيوكليوتيدات المشتركة بسبب الوظائف المشتركة و تباينات كثيرة فى الكائنات الأبسط بسبب مساحة التنوع الكبيرة فيها لقلة الوظائف نسبيا ثم تباينات أقل منها فى الأعقد ثم الأعقد و تطورى يرسم أسهم بينها و يحدثنا عن الدليل الدامغ على التطور!!! طبعا من نافلة القول أن نؤكد أننا لا نتبنى هذا القول فنحن لا ننكر الأدلة كتعاقب الأحافير و العمود الجيولوجى و لكننا نوضح مدى سخف و ضحالة الاستدلال التطورى بالساعة الجزيئية و التدرج المزعوم فى الأحماض الأمينية أو طفرات الحمض النووى و اعتماده على بيانات لا علاقة لها بالتطور أصلا! ان هذه البيانات متوافقة تماما مع ظهور الكائنات سواءا دفعة واحدة أو تباعا و لكن دون أى انحدار من أسلاف مشتركة (ناقشنا أسباب ظهور الكائنات تباعا من منظور التصميم من قبل) كما أننا وفقا لهذه البيانات قادرون على افتراض أن التسلسل الأول الذى ظهرت به الكائنات هو البروتين "الأكثر تطورا" بلغتهم و لنسمه النسخة الأصلية vanilla و مع الزمن تراكمت الطفرات فى أماكن الأحماض الأمينية الغير ضرورية فى كل كائن فلو عدنا الى المثال الذى افتتحنا به المقال و قارنا ثلاث كائنات مثلا فى هذا النموذج من مراحل تعقيد/تطور مختلفة لاحتفظ الكائن الأكثر تعقيدا (تطورا) بالنسبة الأكبر من التسلسل الأصلى (مثلا 90%) بسبب استخدام أجزاء مختلفة من التسلسل فى وظائف مختلفة و متوسط التعقيد بنسبة أقل (مثلا 60%) و الأبسط بالنسبة الأدنى (مثلا 40%)

معقد: بدأ 0123456789 ثم تحول الى 012345678*

وسط : بدأ 0123456789 ثم تحول الى 012345****

بسيط: بدأ 0123456789 ثم تحول الى 0123******

و هذا النموذج يتسق مع التدرج المتوهم من منظور الأعقد 40 الى 60 الى 90 و مع ثبات المسافات من منظور الأبسط (مساحة تنوع 60% فى الأبسط هى ذاتها مسافته من كل ما بعده) بينما يتسق التطور فقط مع الأولى و لا يتسق مع الثانية (مع ملاحظة أن هذا نموذج مبسط طبعا)

(A),Genetic distance measured using human as baseline, resulting in a linear progression of genetic distance. (B), Genetic distance using fish as baseline, resulting in all members of Tetrapoda being equally distant from fish…only A can also be interpreted by the theory of natural selection. As a result of teaching A rather than B as evidence of evolution, nearly all people with an evolutionary mindset interpret A via natural selection and readily predict A correctly but B incorrectly

TaoBo HU et al., "The genetic equidistance result: misreading by the molecular clock and neutral theory and reinterpretation nearly half of a century later" Life Sciences Review, March 2013 Vol.56 No.3: 254–261

و الان بعد كل هذا فليذكرنى أحدكم ما هو لزوم حشر السلف المشترك فى كل كبيرة و صغيرة؟ (و هو ما يصر عليه أصحاب هذه الأبحاث بالمناسبة). اذا كانت مساحة التنوع تحددها ضوابط وظيفية بغض النظر عن وجود سلف مشترك من عدمه و المقدار المشترك "محفوظ انتخابيا" بسبب الضوابط الوظيفية فما الداعى للزعم بأن القدر المشترك بسبب سلف مشترك؟ ان فرضية السلف المشترك زائدة عن الحاجة تماما و بلا أى داعى سوى الحاجة الى بديل للتصميم و ليس لأن أى شئ فى البيانات يتطلبها بل بالعكس البيانات تتعارض معها. اننا نتفق بشدة مع التفسير القائل أن زيادة التعقيد تضع ضوابط أكثر و هناك أمثلة على التضفير البديل splicing و الشفرات المتداخلة overlapping codes و التى تزداد كلما ازداد الكائن تعقيدا و هى بالتأكيد تضع ضوابط وظيفية اضافية و قيود عالية على الأماكن التى يمكن تغييرها و لكن اطلاق القول بأن "التطور يزيد من التعقيد" و هو ما يضع الضوابط هو من جديد محاولة لحشر التطور فى الكلام بدون داعى ليكون له وجود كبديل للتصميم لا أكثر و لا يجيب عن سؤال كيف نشأ ثبات المسافات أصلا بالتطور؟

معنى هذا أيضا أن الكثير من هذه الطفرات التى تمثل الاختلافات بين التسلسلات فى كائنات مختلفة ليست خطوات تكيفية (نقول الكثير حتى لا يتهمنا أحد أننا نقول أنه لا يمكن أن تكون هناك طفرات تكيفية)...انها ضوضاء noise ناتجة عن أخطاء النسخ التى تحدث بشكل طبيعى فى الكائنات الحية و اختلاف كمياتها ناتج عن حجم القيود المفروضة على التسلسل قبل أن يتلف (الحد الأدنى من السلامة المطلوب للقيام بالوظائف و الذى يزيد بزيادة الوظائف). و قد وصل اخرون الى نفس النتيجة (أن هذه الطفرات ليست تكيفية و لا وظيفية) من طرق أخرى غير مشكلة ثبات المسافات فمثلا يعلق عالم البيولوجيا التطورية مايكل لنش قائلا أن البيولوجيا التطورية لا يجب أن تكون صياغة قصص ملهمة اذ لا يوجد دليل على ما يقال من قصص عن أن كل هذه الطفرات تكيفية و وظيفية

a reasonable understanding of comparative biology is often taken to be a license for evolutionary speculation….Evolutionary biology is not a story-telling exercise, and the goal of population genetics is not to be inspiring, but to be explanatory...There is no evidence at any level of biological organization that natural selection is a directional force encouraging complexity….But where is the direct supportive evidence for the assumption that complexity is rooted in adaptive processes? No existing observations support such a claim.

Michael Lynch "The frailty of adaptive hypotheses for the origins of organismal complexity" May 15, 2007 104 (suppl_1) 8597-8604

المشكلة أن لنش و من معه يتبنون نموذج التطور المحايد و كما رأينا فان تراكم الطفرات المحايدة هو الاخر متناقض مع مشكلة ثبات المسافات.

الساعة الجزيئية:

تحدثنا عن مشكلة ثبات المسافات و رأينا كيف أنها تطعن فى استدلالات التطوريين بأى تدرج تطورى أو ساعة جزيئية و هذا وحده يكفى و لكننا سنلقى نظرة أيضا على الطريقة التى يستخدم بها التطوريون الساعة الجزيئية لنرى كيف أنه حتى مع تجاهل مشكلة ثبات المسافات فان استدلالاتهم بالساعة الجزيئية غير صحيحة. كيف يعمل الاستدلال باختصار شديد؟

1-يفترض التطوريون وجود الأسلاف المشتركة بناءا على التشابه homology و شجرة العلاقات التطورية المعيارية phylogenetic tree (تذكر أن هذا الفرض مبنى بالكامل على فرض اخر شديد الفساد و هو غياب التصميم و نشأة كل شئ بصدف يختار منها الانتخاب الطبيعى كما ذكرنا فى بداية المقال)

2-يحدد التطوريون السرعة التى "تدق" بها الساعة الجزيئية بحساب معدل تغيرات مبنى على كمية الفروق بين الكائنات و الزمن المفترض لانحدارهم من سلف مشترك مفترض وفق شجرتهم المعيارية (فرضية تبنى على فرضية) و يمكن اضافة بعض عوامل الضبط calibration الاضافية مثل بعض الأحافير التى يفترضون كونها انتقالية و أحيانا يتم الاستعانة بساعة جزيئية لخط تطورى قريب من دراسة أخرى أو من كائنات معاصرة يفترض انحدارها من نفس الخط التطورى (فرضيات يتم استخدامها لضبط و زيادة دقة فرضيات أخرى)

3-يحسب التطوريون وفق المعدل الذى حددوه بناءا على الافتراضات فى رقم 2 زمن وجود الافتراضات فى رقم 1 ثم يعتبرون هذا الحساب دليلا على صحة الأشجار التطورية بينما هو فى الواقع بنى أصلا على افترض صحة هذه الأشجار ناهيك عن الانتقائية و اختيار البيانات المتوافقة مع النموذج المفترض للعلاقات التطورية و تواريخ الانفصال المفترضة عن الأسلاف المشتركة و تجاهل النتائج المتعارضة معها أو تأليف فرضيات اعتباطية اضافية لتفسيرها

4-يخرج التطوريون فى خطابهم مؤكدين وجود السلف المشترك فى مرحلة تاريخية ما بناءا على "الدليل الجينى" أو "التأريخ الجزيئى" و أنهم "اقتفوا أثر" الجين/البروتين فى الماضى بل و يتم استخدام فرضية الجين/البروتين السلف كدليل على فرضية الأحفورة السلف التى لم يجدها أحد متجاهلين تماما أن ما فعلوه هو مجرد نسج سيناريو ملائم للفرضية التى يؤمنون بها ابتداءا

5-يتم تجاهل حقيقة أن صناعة سيناريو محبوك مبنى على مجموعة فرضيات مبنية على بعضها البعض ليس معناه أن هذه الفرضيات حقيقة بل و الأدهى يتم تجاهل أن هذا الأسلوب يقود الى نتائج تتضارب مع بعضها البعض بل و مع الواقع و يتم تأليف سيناريوهات اضافية لتوفيق التضاربات و المشاكل و قبولها بلا أى دليل حقيقى سوى أنها تتفق مع الفرضية الأصلية

الفرضيات التأسيسية:

تقوم الساعة الجزيئية على فرضية شديدة الفساد و هى وجود و امكان تحديد العلاقات التطورية و رسم أشجار عائلات للكائنات المختلفة من البروتينات و الجينات المشفرة لها بقياس مستوى الاختلاف بينها و عزوه الى تراكم الطفرات عبر الزمن بمعدل افترضوا قديما أنه ثابت ثم تراجعوا و قالوا بل متغير حسب الجين و الكائن و الفترة الزمنية. بعبارة أخرى هى تبدأ بافتراض نظرية التطور و أن البروتينات موجودة فى كائنات مختلفة لأنها موروثة من أسلاف مشتركة و ليس لمقتضيات وظيفية و أن ما بينها من اختلافات يجب أن يكون بسبب تراكم الطفرات المحايدة أو الانتخاب الطبيعى و ليس لمقتضيات وظيفية من مصمم و بافتراض وجود شجرة علاقات تطورية ثم تبنى نموذجها لتصل الى النتائج التى حددتها هذه الشجرة سلفا لذا لا يمكن أن تكون دليلا عليها.

لاحظ أننا لا ننكر من حيث المبدأ أن هناك طفرات تتراكم فى البروتينات مع الزمن و لكننا لا نعزو كل الفروق اليها ناهيك عن أن نعزو أصل البروتينات اليها و قد علق بعض التطوريين أنفسهم على خطأ هذا المعيار بسبب عدم وجود علاقة بين حجم الاختلاف فى البروتينات و بين حجم الاختلاف فى الصفات الشكلية و التشريحية و مع ذلك تم التمسك بهذا النموذج الخاطئ بسبب تأثير نظرية التطور و فرضياتها و تجاهل كل البيانات المعارضة بتبريرات واهية

Jeffrey H. Schwartz and Bruno Maresca “Do Molecular Clocks Run at All? A Critique of Molecular Systematics” Biological Theory 1(4) 2006, 357–371 (October 26, 2006)

لننظر الى نموذج عملى من الأبحاث التأسيسية لهذا المجال:

يتم حساب نسب الاختلافات بين البروتينات ثم الرجوع الى السيناريو التطورى الخاص بزمن تواجد السلف المشترك للأنواع تحت الدراسة لرؤية الوقت المطلوب لتعديل البروتين فمثلا بمقارنة هيموجلوبين البشر مع الخنازير و الخيول و الغوريلات و الحيتان نجد أن متوسط الاختلاف 11 حمض أمينى لكل سلسلة فى البروتين و السيناريو التطورى يقول أن هذه الكائنات انفصلت عن سلف مشترك منذ 80 مليون سنة اذن 80/11 = 7.2مليون سنة...هذا هو معدل تغير (تطور) الهيموجلوبين أو بلغة أخرى هذه هى سرعة الساعة الجزيئية للهيموجلوبين فهى "تدق" بمعدل حمض أمينى كل 7 مليون سنة. الان باستخدام هذا المعدل (الذى بنيناه أصلا على فرضية السلف المشترك و تاريخ الانفصال الذى نفترضه) يمكننا أن ننظر الى البروتينات الشبيهة فى كائنات مختلفة أو حتى فى نفس الكائن لنرى كم مليون سنة نحتاجها لانتاج هذه الاختلافات ثم نخرج على الناس لنقول أننا اقتفينا أثر الجين فى الماضى و أن لدينا دليل جينى على السلف المشترك للهيموجلوبين حتى لو لم نعثر على الكائن المزعوم أحفوريا. مرحبا بك فى عالم الاستدلال الدائرى أقصد فى عالم الساعة الجزيئية.

The mean difference is 22 apparent changes in the two chains, or an average of 11 changes per chain. If the common ancestor of man and the four other animals lived about 80 million years ago, as is thought to be the case, the average time required to establish a successful amino acid substitution in any species is about seven million years.

Emile Zuckerkandl "The Evolution of Hemoglobin" 1965 SCIENTIFIC AMERICAN

يشبه الأمر أن "يفترض" جارك أن تسكن على بعد كيلومتر واحد و "يفترض" أنك خرجت من منزلك منذ ساعة و يضيف هذان الافتراضان الى حقيقة أنه يراك أمامه الان ليستنتج أنك تتحرك بسرعة 1 كيلومتر فى الساعة. عبثا تحاول أن تقنعه أنك تسكن بجواره مباشرة و لكنه يعتبر حساباته هذه دليلا على "حقيقة" أنك تسكن على بعد كيلومتر و أنك خرجت من منزلك منذ ساعة بينما هى حسابات بنيت على هذه الفرضية فلا يمكن أن تكون دليلا عليها. هذه الحسابات التى بناها على افتراضاته سيستخدمها لاحقا لقياس معدل حركتك كلما وجدك أو وجد أى شخص من أسرتك فى أى مكان و هو ما سيقوده الى نتائج متضاربة مع الواقع و مع ذلك هو يصر أنها حقيقة و دليل!

بعد ذلك يمكننا اعادة بناء البروتين السلف المشترك ذاته و نعتبر هذا دليلا على وجوده...كيف...بالنظر الى التشابهات طبعا فهم يفترضون أن كل ما هو متشابه موروث من سلف مشترك و ليس بسبب القيود الوظيفية ثم يحاولون تفسير الاختلافات بأقل عدد ممكن من الطفرات most parsimonous

If the amino acid residue is the same in two homologous chains at a given molecular site, there is a certain probability that the same residue was also present in the common ancestor of the two chains...in postulating a possible ancestral amino acid residue one should prefer the residue that can be reached by invoking the fewest number of mutations in the genetic message

Emile Zuckerkandl "The Evolution of Hemoglobin" 1965 SCIENTIFIC AMERICAN

لهذا ينخدع الكثير من الناس بجمل من طراز "اقتفينا أثر الجين فى الماضى" أو "أعدنا بناء البروتين السلف" و لا يعرفون أن المسألة بالكامل قائمة على نفس الفرضية التأسيسية التى لا تمتلك نظرية التطور سواها "التشابهات". تطورت الأساليب و النماذج الرياضية و الحاسوبية لتصبح أكثر تعقيدا و تحاول مراعاة عوامل اضافية لكن المشكلة التأسيسية لازالت هى هى...نحن نفترض التطور و نفترض أن هذه أسلاف ثم نقيس المسافة بينها و معدلات التغير بناءا على تواريخ الأسلاف التى نفترضها ثم نزعم أن هذه القياسات دليل على وجود السلف المشترك! بناءا على معدل التغيرات المحسوب يتم تقدير أزمنة تفرع الخطوط التطورية عن بعضها البعض و أزمان وجود الأسلاف المشتركة التى لم يعثر عليها أحد ثم يتم استخدام هذه الحسابات كدليل على وجودها لتخرج علينا أوراق علمية بعناوين مبهرة من طراز "دليل جزيئى على وجود السلف المشترك لكذا و كذا فى العصر الكذا" و "العثور على الدليل الجينى على تطور كذا و كذا من سلف مشترك فى العصر الكذا" أو "اقتفاء أثر الجين الفلانى الى العصر الفلانى"...الخ. هل رأيت؟ لا توجد أى انفجارات أحيائية أو ظهور مفاجئ...ان التطور قد فسر كل شئ…الحقيقة أن هذا "الدليل" مجرد عملية رياضية محسوبة وفق متطلبات التطور و كما تقول الأوراق العلمية الناقدة "صحة أى خوارزمية/معادلة تعتمد على صحة الفرضيات التى بنيت عليها"

no matter how sophisticated their mathematical models, molecular systematists have not questioned the basic assumptions upon which they are based. Thus, while refining computer programs to analyze molecular data phylogenetically continues apace with statements of certitude about results following suit, no algorithm is more viable than the assumptions that inform it

Jeffrey H. Schwartz and Bruno Maresca “Do Molecular Clocks Run at All? A Critique of Molecular Systematics” Biological Theory 1(4) 2006, 357–371 (October 26, 2006)

طبعا هؤلاء النقاد تطوريون و يحاولون تقديم حلول و بدائل فالورقة السابقة مثلا تذهب الى أن البروتينات التقليدية مقياس خاطئ و المقياس الصحيح هو الاليات النمائية و قد كانت لنا وفقة سابقة مع هذه الاليات لبين عدم دلالتها على التطور و لكن ما يعنينا الآن هو كم الأخطاء و الفرضيات فى ما يتم تسويقه كأدلة! السؤال الحقيقى هنا هو هل مجرد حبك سيناريو لوجود السلف المشترك دليل على وجوده؟ هل اذا بدأت أنت أصلا بافتراض وجود السلف المشترك و كل ما فعلته هو قياس زمن وجوده بناءا على فرضياتك يمكن أن تستخدم هذا القياس كدليل على وجوده؟ انك تستدل بافتراضك لوجود السلف المشترك على وجوده تماما كما يستدل جارك بحساباته المبنية على فرضية أنك لست جاره التى ذكرناها فى المثال السابق. الحقيقة أن ما يحدث هو نموذج عملى لمدى كارثية جملة "العلماء مجموعون على حدوث التطور و لكن بقى فقط معرفة كيف حدث" - هذه الجملة التى يتم ترديدها و كأنها دليل ايجابى و لكنها فى الواقع كارثة علمية...لقد تم ترسيخ العقيدة التطورية بمنتهى الدوغمائية فى المجتمع العلمى لدرجة أن مجرد نسج قصص تتفق معها أصبح يتم التسويق له كدليل ليصبح مقياس صحة القصص التى يتم الاستدلال بها على التطور هو مدى توافقها مع التطور ليصبح التطور لا يحتاج الى دليل فهو الدليل على الدليل!

و لادراك مدى فداحة الموقف دعنا ننظر الى ما يحدث عندما تعطى الساعة الجزيئية نتائج متضاربة مع الأحافير اذ يتم تعديل معدلات عمل الساعة الجزيئية لضبطها على النتائج المطلوبة أو يتم افتراض وجود أحافير غير موجودة (لم يعثر عليها بعد) ghost lineage لتتوافق مع نتائج الساعة الجزيئية كما سنشرح فى الجزء التالى من المقال. أضف الى ذلك أن الدراسات المختلفة (و أحيانا نفس الدراسة) تصل الى فترات مختلفة مطلوبة لتطور نفس الكائنات عند دراسة تسلسلات مختلفة أو استخدام أساليب مقارنة و فرضيات مختلفة بشأن الأحافير و العلاقات التطورية و قد وصفت احدى الدراسات ما اكتشفناه من تضاربات بأنه قد يكون فقط قمة جبل الجليد

However, embarrassingly large discrepancies have been found in some cases when dates were crosschecked by using different molecular analyses and by comparing clock-based dates with independent estimates, including those from the fossil record. For example, twofold differences have been reported for the divergence time between marsupials and eutherians using different methods (104 versus >218 Mya) and for humans and gorillas using different calibration dates (8 versus 18 Mya). These findings raise the question of how wrong most published dates might be...The twofold errors detected by comparing dates from the fossil record and from the molecular clocks could be the tip of the iceberg.

Mário J F Pulquério and Richard A Nichols "Dates from the molecular clock: how wrong can we be?" Trends in Ecology & Evolution 2007 Apr;22(4):180-4

Attempts to date those branching by using molecular clocks have disagreed widely

Valentine, James W., David Jablonski, and Douglas H. Erwin. “Fossils, Molecules and Embryos: New Perspectives on the Cambrian Explosion.” Development 126 (1999): 851–59.

The accuracy of the molecular clock is still problematical, at least for phylum divergences, for the estimates vary by some 800 million years depending upon the techniques or molecules used

Valentine, James W., David Jablonski, and Douglas H. Erwin. “Fossils, Molecules and Embryos: New Perspectives on the Cambrian Explosion.” Development 126 (1999): 851–59.

ان الساعات الجزيئية (تماما كأشجار الحياة التطورية) لا تتفق كلها على قصة واحدة أصلا و هو ما قد لا يظهر لك عند مطالعة العناوين الباهرة للأوراق و يظهر أكثر عند النظر الى عدة أوراق درست نفس الأنواع و لكن اعتمدت على تسلسلات (جينات/بروتينات/رنا) مختلفة اذ تضع الساعات الجزيئية الأسلاف المشتركة فى مراحل زمنية متباينة جدا حسب التسلسلات المستخدمة و قد يحدث هذا ليس بين دراسات مختلفة و لكن فى قلب نفس الدراسة من جديد حسب التسلسل المستخدم مما يضطر الباحثين أحيانا لأخذ متوسط للقيم التى وصلوا اليها و قد تكون فروق التسلسلات فى نفس الكائن شديدة الضخامة بعشرات أو حتى مئات ملايين السنين بين كل جين و اخر لدرجة أن احدى الدراسات وجدت الجينات محل الدراسة تعطى تواريخ تطورية تتراوح بين 400 مليون الى أكثر من مليار سنة فاضطرت لأخذ المتوسط 830 مليون سنة

Xun, Gu. “Early Metazoan Divergence Was About 830 Million Years Ago,” Journal of Molecular Evolution 47:369–71.

و لكن ما معنى أن تأخذ متوسط للكائن؟ انها نفس الخدعة الرياضية/الاحصائية التى يقومون بها أحيانا عند ظهور تضارب فى الأنساب و العلاقات التطورية و هو نموذج لتمثيل البيانات لاعطاء صورة عامة عنها و لكن لا يمكن أن يكون صحيحا فى حد ذاته. مثلا احصائيا يمكن أن نقول أن متوسط عدد الأطفال فى الأسرة هو 2.5 و نحن نعلم يقينا أنه لا يمكن أن تنجب أسرة نصف طفل بل ان هذا معناه أن هناك أسرة لها طفلين و أخرى لها ثلاثة و لكن فى حالة الجينات كيف يمكن أن ينحدر نفس الكائن من خطين تطوريين مختلفين أو أن ينشأ فى زمنين مختلفين. يشبه هذا الأمر أن أقول لك أنت ولدت فى شمال البلاد سنة 1900 و فى جنوبها سنة 2000 اذن فبأخذ المتوسط أنت ولدت فى وسط البلاد سنة 1950. كما هو واضح المتوسط الاحصائى بلا أى معنى هنا بل هو تغطية لخطأ واضح فى البيانات.

ان الساعة الجزيئية تختلف باختلاف البروتينات لذا فمن السهل الاشارة الى عائلة بعينها و تجاهل أن العائلات المختلفة الموجودة فى نفس الكائن تعطى نتائج مختلفة بعضها بطئ و الاخر سريع و بالتالى تشير الى أزمنة مختلفة للسلف المفترض و مجرد أخذ المتوسط حيلة حسابية...ان وجد فى هذا المتوسط فهذا معناه ببساطة أن كل حساباتك خاطئة و تقديرك للسرعات الكبيرة و القليلة خاطئ و بالتالى فلا يمكن أن يوجد المتوسط! يحاول التطوريون تجاوز هذه النقطة بالقول بأن البروتينات المختلفة تبدأ تطورها فى أزمنة مختلفة و يتغير معدل تطورها عبر الزمن و هذا نموذج لا يمكن توفيقه مع وجود ساعة يعتمد عليها أبدا كما أنه يحول الاستدلال الى حالة هلامية سائلة يمكن توفيقها مع أى سيناريو تريده كما سنوضح بالأدنى

أضف الى ذلك أنه فى حالة الأرقام المقبولة نسبيا يتم تفسير اختلاف المعدلات باختلاف القيود الوظيفية على البروتين...الان يتم استدعاء القيود الوظيفية لكن عند الحديث عن مصدر البروتين ذاته و سبب تشابهه بين الكائنات يتم تجاهل القيود الوظيفية و وضع السلف المشترك مكانها! و من جديد بعد كل هذه الفرضيات سنخرج على الناس مؤكدين أننا عثرنا على السلف المشترك للبروتين! و عندما تعجز الفرضيات عن تقديم حل مقنع و تجد نتائج الساعات الجزيئية تتضارب مع بعضها البعض و مع الأحافير بشدة...بسيطة احذف البيانات التى عجزت عن توفيقها مع التطور و قم بانتقاء البيانات المناسبة لما تريد اثباته

we can choose to identify and analyse only the genes that display the most desirable of evolutionary timescales

Michael S.Y. Lee and Simon Y.W. Ho "Molecular clocks"Current Biology Volume 26, Issue 10 pR399-R402 May 23, 2016

So about half of all genes in fishes have faster mutation rate than the molecular clock deduced from macroevolution of vertebrates. It is now common practice to exclude these genes in calculating divergence time for microevolution.

Shi Huang (2008) "The Genetic Equidistance Result of Molecular Evolution is Independent of Mutation Rates" Journal of Computer Science & Systems Biology Vol.1

و بناءا عليه فان كل ما يقول عن توافق الساعة الجزيئية مع الدليل الأحفورى و مع الأدلة الجينية الأخرى على السلف المشترك (التى هى أصلا مجرد التشابه مع المصادرة على المتطلبات الوظيفية) ببساطة غير صحيح بل و يرقى الى الكذب اذ أن التوافقات ان وجدت أصلا تحدث بعد تعديل (و فى رواية أخرى تلفيق) معدل التطور و هو ما يمكن تعديله ليتواءم مع عدة تواريخ و/أو افتراض وجود أسلاف لم يعثر عليها فى الأحافير أو انتقاء تسلسلات و تجاهل أخرى لأنها شديدة الاختلاف أو شديدة التشابه كالهستونات شديدة التشابه (الحفظ) التى لو تم العمل بها لأعطتنا تواريخ قريبة جدا لكل شئ. ما هى السرعة الصحيحة للساعة الجزيئية وسط كل هذا؟ السرعة التى يمكن توفيقها مع ما يريد التطور طبعا – اضبط السرعة وفقا للأحافير ثم قل جاءت موافقة للأحافير! و سنشرح ذلك الان بشكل لأكثر تفصيلا

سرعة الساعة الجزيئية:

حسنا - ما الذى سيحدث عندما نجد أن المعدلات التى نحسبها تقود الى نتائج غير ممكنة أو متضاربة مع بعضها البعض أو مع بيانات أخرى؟ لا مشكلة سنقول أن الساعة الجزيئية كانت تعمل بسرعة كبيرة أو ببطء فى فترة ما لبروتين ما فى خط تطورى ما فهى تغير سرعة عملها و سلامى لمبدأ الوتيرة الواحدة! على سبيل المثال يتم تحديد عدد الاختلافات بين الانسان و الشمبانزى ثم بناء على فرضية انحدارهما من سلف مشترك تتم قسمة هذا العدد على الفترة الزمنية التى يقدرونها لوجود هذا السلف لتحديد معدل التطور أو المعدل الذى تدق به الساعة الجزيئية و لكن عند محاولة قياس هذا المعدل على أجيال البشر فحسب بدون كل هذه الاضافات التطورية فان سرعة الساعة الجزيئية تقل بكثير! البيانات المتعلقة بالبشر و القابلة للرصد بشكل مباشر كفروق الاباء و الأبناء أو القابلة للاستنباط بشكل غير مباشر كالهجرات البشرية كلها متوافقة بشكل جيد مع معدل الساعة الجزيئية البطئ المرصود و لكن بمجرد تطبيق هذا المعدل على فرضيات السلف المشترك تأتى نتائج مختلفة قد تدفع زمن سلف الانسان و الشمبانزى الى عصر الديناصورات! بعبارة أخرى يحتاج التطور الى أكثر بكثير من الوقت المتاح منذ السلف المشترك المزعوم لانتاج الاختلافات بين الانسان و الشمبانزى مما يشير الى خطأ الفرضية برمتها و لكن لدى التطوريين الاستعداد لتصديق أى شئ الا خطأ التطور فيتم تجاهل معدلات عمل الساعة الجزيئية التى نرصدها بأعيننا فى البشر مقابل افتراض بلا معنى أنها كانت أكثر سرعة فى الماضى لسبب ما و عند القيام ببحثك عليك اختيار أى سرعة تلك التى ستفترض أن التطور يعمل بها و هو ما يؤثر طبعا على النتائج و بالتالى ففى أغلب الأحوال يتم اعتبار السرعة التى تضبط السيناريو التطورى هى الصحيحة حتى لو كانت غير السرعة المرصودة

A slower molecular clock worked well to harmonize genetic and archaeological estimates for dates of key events in human evolution, such as migrations out of Africa and around the rest of the world. But calculations using the slow clock gave nonsensical results when extended further back in time — positing, for example, that the most recent common ancestor of apes and monkeys could have encountered dinosaurs. Reluctant to abandon the older numbers completely, many researchers have started hedging their bets in papers, presenting multiple dates for evolutionary events depending on whether mutation is assumed to be fast, slow or somewhere in between.

“The fact that the clock is so uncertain is very problematic for us,” he says. “It means that the dates we get out of genetics are really quite embarrassingly bad and uncertain.”

“DNA [mutation] clock proves tough to set” Nature Vol. 519 (12 March 2015)

من المؤسف أن الكثير من الناس لا تعرف كمية الفرضيات التى تقوم عليها هذه الأبحاث لذا من السهل جدا أن يأتيك احدهم بعدة أبحاث "اكتشفت" أو "أثبتت" أن التطور يعمل بسرعة أحيانا بينما ما تم اكتشافه هو أن الجينات مختلفة جدا بالنسبة للزمن المفترض للانفصال عن السلف المشترك وفقا للأحافير – بعبارة أخرى ما تم اكتشافه هو خطأ الفرضية لأن التطور لا يملك زمنا كافيا لانتاج هذه الفروق و بدلا من الاعتراف بذلك يفترضون أن التطور قرر أن يركض قليلا فى هذه الفترة! و كالعادة يتم اللجوء الى الخدعة التى لا تمل منها نظرية التطور – استدعاء اله الفجوات الشهير بالانتخاب الطبيعى...ضغط انتخابى أكبر = تطور أسرع و لكن المشكلة أنهم أصلا لا يثبتون أنه كان هناك ضغط انتخابى فعلا بل من جديد يفترضوه لمجرد أنهم يحتاجون اليه لجعل نموذجهم يعمل. أضف الى ذلك أن النتائج كما ذكرنا فى مناقشة ثبات المسافات لا تتوافق مع الانتخاب الطبيعى فأى انتخاب طبيعى هذا الذى سيحول فطر الى انسان بنفس عدد الطفرات الذى سيحوله به الى فطر اخر أو سيكيف سمكة مع بيئتها بثلاثة أضعاف الطفرات التى حولها بها الى انسان؟ أى انتخاب طبيعى هذا الذى مرر نفس معدل الطفرات فى هيموجلوبين كائنات بقيت أحافير حية لمئات ملايين السنين و كائنات تحولت بالكامل كالأبوسوم و السمكة الرئوية؟

لقد قامت فكرة الساعة الجزيئية بالأصل على نظرية kimura فى تراكم الطفرات المحايدة فى الجينوم و أهمية الحياد هنا هو أن هذه الطفرات -فى المتوسط- تتراكم بمعدل شبه ثابت أو على الاقل يمكن حسابه وفقا لسرعة تكاثر الكائن و بالتالى يمكن استخدامه للقياس الزمنى. بمجرد استدعاء الانتخاب الطبيعى الى الصورة (سواءا أكان تفسيرا صحيحا أم مجرد حشو كلامى و صياغة للمشاهدات بلغة التطور) و تغير معدل عمل الساعة فقد انتهت قدرتها على القياس تماما كشخص يحاول معرفة الوقت و ساعته لا تدق بمعدل ثابت. النقطة الثانية هى أننا انتقلنا من خانة القياس الى خانة اختراع التفسيرات فأسهل شئ أن أجد فروق كبيرة فى فترة زمنية قصيرة فأقول اذن حدث انتخاب طبيعى ايجابى (أو أفترض فترة زمنية طويلة للتطور لا يدعمها السجل الأحفورى). ما مدى قوة تاثير الانتخاب selection coefficient الذى حدث؟ حسب حجم الفروق طبعا؟ فان كانت الفروق كبيرة فهو ضغط انتخابى قوى و ان كانت متوسطة فهو ضغط انتخابى متوسط و ان لم تجد فروق أو وجدت التطور يعمل ببطء شديد – لا مشكلة قل أن الانتخاب الطبيعى يعمل على الحفظ purifying selection بسبب وجود قيود وظيفية. و هكذا – نحن حرفيا الان نقوم باعادة صياغة المشاهدات بلغة تطورية و نتظاهر بأن هذا تفسير و النتيجة واحدة: لم تعد هناك ساعة أصلا! كيف يمكن قياس أى شئ بمثل هذه الساعة المتغيرة؟ أضف الى ذلك أن هذا الأمر يتطلب فرضية مستقلة فى كل حالة تريد فيها الزعم بأن معدل التطور يرتفع أو ينخفض و كلما زادت الفرضيات التى لا لزوم لها سوى تبرير مخالفة البيانات للنموذج الذى تتبناه كلما انتقل الأمر من خانة العلوم التجريبية الى خانة القصص و كالعادة تكون هناك معارضات علمية و تحذيرات من الساعة الجزيئية و لكن ما يوافق القصة المطلوبة تم تمريره برغم الاعتراضات و أصبح هو أساس العمل لكل الأوراق التى تلت ذلك.

They also argued that if the rate of molecular change was the same and constant in all lineages, then molecular change must occur in a clocklike fashion. They “calibrated” the resultant “molecular clock” with a paleontologically derived date for the divergence of Old World monkey and hominoid lineages and inferred times at which lineages within each diverged from one another. Inevitably, calculated times of divergence, particularly of the hominoids, came into conflict with paleontologically derived dates for these events… Since, however, molecular clock and paleontologically derived dates of hypothetical lineage splitting did not coincide, Goodman proposed a model in which molecular change could slow down or speed up, which meant that he had to explain each episodes of change. For example, he suggested that the mutation rate decreased in the hominoid clade because of these primates’ hemochorial mode of placentation, which presents an increased opportunity for antigenic reactivity to occur between mother and fetus, would make rapid molecular change disadvantageous. Sarich and Wilson rejected Goodman’s unconstant rates of molecular change.

Jeffrey H. Schwartz and Bruno Maresca “Do Molecular Clocks Run at All? A Critique of Molecular Systematics” Biological Theory 1(4) 2006, 357–371 (October 26, 2006)

studies of molecular evolutionary rates have yielded a wide range of rate estimates for various genes and taxa. Recent studies based on population-level and pedigree data have produced remarkably high estimates of mutation rate, which strongly contrast with substitution rates inferred in phylogenetic (species-level) studies...we found a measurable transition between the high, short-term (<1–2 Myr) mutation rate and the low, long-term substitution rate...Further analyses showed that purifying selection offers the most convincing explanation for the observed relationship between the estimated rate and the depth of the calibration...Our results show that it is invalid to extrapolate molecular rates of change across different evolutionary timescales, which has important consequences for studies of populations, domestication, conservation genetics, and human evolution.

Simon Y. W. Ho et al., "Time Dependency of Molecular Rate Estimates and Systematic Overestimation of Recent Divergence Times" Molecular Biology and Evolution, Volume 22, Issue 7, July 2005, Pages 1561–1568

كما أن هناك نماذج يكون مستوى الاختلاف كبير (و بالتبعية سرعة التطور المطلوبة كبيرة جدا) الى درجة أن مجرد انتشار الطفرات بسرعة بسبب انتخاب طبيعى و ضغط بيئى ما لا يكفى لتفسيرها و هذه تحتاج الى افتراض ارتفاع معدل حدوث الطفرات ذاته لأن الانتخاب الطبيعى يمكنه أن ينشر طفرة أو صفة أسرع فى الجماعة الحية (بحدود طبعا) و لكنه لن يسرع معدل حدوثها أبدا ما لم تقصف الطبيعة هذه الكائنات بالاشعاع النووى أو الأسلحة الكيميائية لتسريع معدل الطفرات (و نفس هذا النقد و أكثر سارى على الايات النمائية التى يقترحونها كبديل)

For, aside from UV induced point mutation, there is no other constant source of mutation in the physical world, and spontaneous mutation rates are low (approximately 10−8 to 10−9). Indeed, cells contain myriad stress and other proteins that eliminate potential change from becoming established in the genome and maintain DNA homeostasis, which can be derailed only by the most extreme environmental stresses...In short, the notion that molecules of germ cells—DNA, RNA, and proteins and transcription factors necessary, e.g., for DNA repair, protein folding, chaperone functions, and control of signal transduction pathways, which are necessary for the survival of cells and their bearers—are in states of perpetual change is not ,in our present understanding of cell biology, tenable.

Jeffrey H. Schwartz and Bruno Maresca “Do Molecular Clocks Run at All? A Critique of Molecular Systematics” Biological Theory 1(4) 2006, 357–371 (October 26, 2006)

و هو ما حدث فى احدى الدراسات التى حاولت توفيق أحافير الثدييات (66 مليون سنة) مع معدلات التطور و الساعة الجزيئية التى تقود الى أسلاف سابقة على الأحافير (150مليون سنة) لتخلص الى معدلات تطفر مشكوك فى امكانها للثدييات و تضطر لاعتماد دراسات استخدمت أحافير مشكوك فى أمرها عند حاجز 93 مليون سنة للوصول الى نتيجة أكثر معقولية

it has been argued that such accelerated molecular rates are implausibly fast for mammals

Robin M D Beck and Michael S Y Lee "Ancient dates or accelerated rates? Morphological clocks and the antiquity of placental mammals" Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences Volume 28 1Issue 1793 (22 October 2014)

من الأمثلة الشهيرة على ذلك أيضا تطور الحيتان الذى يتعرض لانتقادات كبيرة بسبب السرعة الشديدة التى يفترض بها التطوريون حدوثه بسببب تواريخ الأحافير...كيف نتجاوز هذه العقبة؟ بمنتهى البساطة...لابد أن التطور قرر أن يعمل بسرعة جدا فى الحالات الثلاث المستقلة التى دخلت فيها الثدييات الى الماء!!!

We present evidence of widespread convergence at the gene level by identifying parallel shifts in evolutionary rate during three independent episodes of mammalian adaptation to the marine environment. Hundreds of genes accelerated their evolutionary rates in all three marine mammal lineages during their transition to aquatic life. These marine-accelerated genes are highly enriched for pathways that control recognized functional adaptations in marine mammals, including muscle physiology, lipid-metabolism, sensory systems, and skin and connective tissue.

Maria Chikina et al., "Hundreds of Genes Experienced Convergent Shifts in Selective Pressure in Marine Mammals" Molecular Biology and Evolution, Volume 33, Issue 9, September 2016, Pages 2182–2192

الورقة نفسها تعترف أن الكثير من هذه التغيرات لا تبدو تكيفية أصلا فليس للانتخاب الطبيعى يد فيها و ما ينسبونه منها للانتخاب طريقة تحديده (تغير الأحماض الأمينية) مطعون فيها بشدة و ستكون لنا معها وقفة مستقلة فى مقال قادم ان شاء الله

Overall, we found no evidence for adaptively driven site- and amino acid-specific convergence in marine-accelerated genes.

بعد هذا يمكن أن يلقى تطورى ورقة مثل هذه فى وجهك مؤكدا أن العلماء أثبتوا أن التطور يمكنه أن يعمل بسرعة و أن الساعة الجزيئية أثبتت التطور و أن الدليل الجينى أثبت السلف المشترك بينما هم يعملون وفقا لهذا الافتراض العجيب: أى تشابهات تساوى سلف مشترك ثم قس حجم الاختلافات و اقسمه على الوقت تحصل على سرعة التطور! وجدته سريع جدا لا بأس هذا دليل على أن التطور يمكنه أن يعمل بسرعة بينما الواقع أنه ليس دليلا بل هم افترضوا ذلك رغما عن أنف الأدلة ليحافظوا على النظرية. و حتى فى حالة الأوراق التى يزعمون فيها أنهم وجدوا أثرا للانتخاب الطبيعى ففى الواقع هذا الأثر المزعوم مبنى على فرضيات عن معدل الطفرات التى تغير الحمض الأمينى مقابل التى لا تغيره و هذه فرضيات محل جدل كبير أصلا فهى ليست دليلا فعليا على أن هذا التغير من انتاج الانتخاب الطبيعى و سنفرد لهذا الأمر مقال مستقل فى المستقبل ان شاء الله.

و قد كان هناك نموذج مشابه لبحث تم القيام به للرد على ستيفن ماير بعد اصداره كتاب شك داروين الذى يتحدث عن الانفجار الكمبرى و كانت نتائج البحث أن التطور ضاعف سرعته عدة مرات فى هذه الفترة...لماذا؟ هل اكتشفتم اليات طبيعية تساعد على زيادة معدلات الطفرات دون اهلاك الكائنات أو حتى أثبتم أن الانتخاب الطبيعى و الظروف البيئية فضلت طفرات تكيفية بعينها قادت عند اجتماعها الى هذا الانفجار من التنوعات الأحيائية و أن هذا ممكن احصائيا/احتماليا؟ لا لقد قسنا الفروق الجينية فوجدناها كبيرة جدا و نتج عن ذلك ساعة جزيئية سريعة جدا و بذلك "أثبتنا" أن التطور ضاعف سرعته فى هذه الفترة!!!(طبعا هم قاموا بالمغالطة الشهيرة وهى اطالة الفترة عن طريق حساب مدة الايديكارى و الكمبرى بالكامل و ليس فقط النبضة التى تظهر فيها النسبة الأكبر من الكائنات)

Researchers have long debated exactly how animals could have evolved so quickly during the period. Creationists have even used the Cambrian explosion to raise doubts about the theory of evolution, suggesting some divine hand must have played a role...So the team tallied anatomic and genetic differences between living creatures and then used dates from the fossil record to estimate how fast evolution proceeded, or how quickly those changes came about. The team found that the emergence of many sea creatures during the Cambrian explosion could be explained by an accelerated — but not unrealistic — evolution by way of natural selection..."In this study we've estimated that rates of both morphological and genetic evolution during the Cambrian explosion were five times faster than today – quite rapid, but perfectly consistent with Darwin's theory of evolution," Lee said.

"Lightning-Fast Evolution Clocked During Cambrian Explosion" LiveScience Sept 12, 2013

قام فريق العمل مشكورا بحساب نسبة التطفر العادية فى الكائنات و مقارناتها بحجم التغيرات فى الكمبرى ليؤكد لنا أن التطور قد ضاعف سرعته 5 مرات فى هذه الفترة و بهذا "أثبتوا" أو "اكتشفوا" أن التطور يعمل بسرعة! هم حرفيا قاموا بتوصيف البيانات و قياسها و اعتبروا التوصيف دليلا بينما ما أثبتوه فى الواقع هو أن التطور أضعف بخمس مرات من أن يفعل هذا (و خمس هذه مجاملة لأنهم قاموا باطالة الفترة المتاحة كما ذكرنا) ! بهذا المنطق العبقرى يمكننى أن أنظر الى متوسط سرعة الرجال فى العدو 13كم/ساعة ثم أقيم سباقا لمدة ساعة بين عينة عشوائية كبيرة من الناس فلما أجدهم قطعوا كلهم خمسة أضعاف المسافة الطبيعية أستنتج أن متوسط سرعة عدو الرجل تضاعفت 5مرات فى هذا السباق و أعتبر هذا اكتشافا علميا!!! و لا تسأل طبعا أين الحلقات الانتقالية طالما يزعمون أن ما حدث هو تطور داروينى بالانتخاب الطبيعى و لكن أسرع!

ناهيك طبعا عن أنهم لا يثبتون تأثير الانتخاب أبدا بل يفترضوه و يبالغون بشدة فى قدراته. الملفت فى كل هذا أن نظرية التطور يتم الترويج اليها كثيرا بأنها تمنع خرق مبدأ الاتساق uniformitarianism بالمحافظة على استمرارية قوانين الطبيعة ثم اذا بمبدأ الاتساق يتم القاءه من النافذة للحفاظ على نظرية التطور و افتراض أن معدلات التطور تتضاعف لا لسبب سوى الحفاظ على التطور ذاته من الدحض. و نحن نذكر الكمبرى كمثال و لكنهم يطبقون هذه الحيلة كثيرا فيتجاوزون تناقض البيانات مع التطور بمجرد القول الساعة سريعة هنا و هذه مجرد تسمية للبيانات و توصيف للحالة – تحصيل حاصل بعبارة أخرى و ليست دليلا

Snakes have an evolutionary clock that ticks a lot faster than many other groups of animals, allowing them to diversify and evolve at super quick speeds, researchers have discovered.

"Snakes are built to evolve at incredible speeds, and scientists aren't sure why" LiveScience February 22, 2024

و كمثال معاكس فعند دراسة بعض فيروسات الرنا و التى يفترض أنها من أسرع الكائنات تطفرا و تطورا و بالتالى ساعتها الجزيئية سريعة جدا تبين أن حجم الفروق بينها محدود لدرجة امكان نشأته فى 50 ألف سنة و فى بعض الأحوال بضعة الاف سنة فقط برغم من أنها موجودة منذ ملايين السنين أو بعبارة أخرى تبين أن ساعتها الجزيئية بطيئة جدا بعكس المفترض من طبيعتها.

At face value, it would appear that these viruses have been associated with their host species for millions of years...the maximum sequence divergence observed suggests that the deepest split among the primate lentiviruses occurred only a few thousand years ago, and clearly far more recently than their host species diverged...as with the primate lentiviruses, the best estimates of substitution rate suggest an evolutionary history of only a few thousand years and hence many orders of magnitude too recent for cospeciation

Edward C Holmes "Molecular Clocks and the Puzzle of RNA Virus Origins" Journal of Virology 2003 Apr;77(7):3893–3897

حاول الباحثون اقتراح عدة حلول أهمها بالنسبة لموضوعنا الحالى هو القول بوجود قيود وظيفية على الجينوم و طبقات متعددة من التشفير و هو عين ما قلناه فى مشكلة ثبات المسافات (طبعا يتم عزو الحفاظ عليها للانتخاب الطبيعى و تهريب فرضية نشأتها وسط الكلام)

Since viral genome sizes are limited, sequence regions will encode multiple functions and individual mutations will often have pleiotropic effects...This, in turn, may mean that there are relatively few evolutionary pathways that can be followed by RNA viruses; otherwise, at least one key function will be disrupted, so that mutations preferentially accumulate at that small proportion of sites that are free to vary...RNA and protein secondary structure can act as constraints against sequence change.

و بعيدا عن مشكلة ثبات المسافات فهذا من جديد دليل يوضح لنا أن فرضيات الساعة الجزيئية خطأ و أن ما يحكم الجينوم أكبر بكثير من تلخيصه فى تراكم الطفرات فلدينا أمثلة من كائنات حية من متعددات الخلايا و ذوات الدورة التكاثرية الطويلة نسبيا تتغير بأسرع بكثير مما تصورت الساعة الجزيئية (و سنستعرض المزيد) و أخرى من أسرع الكائنات تكاثرا و تطفرا تتغير بمعدل أبطأ بكثير من تصورات الساعة الجزيئية. حتى الساعات الجزيئية التى كان يظن البعض أنها مثبتة و ليست مفترضة مثل معدل التطفر السريع (و بالتالى سرعة الساعة الجزيئية) للميتوكوندريا يرجح بعض الدارسين كونها مجرد افتراض يتم قبوله لتوافقه من الصورة العامة للتفسير التطورى المطلوب اثباته

Mtdna “possesses control regions with high mutation rates (hypervariable sites or zones) that can be used in phylogenetic reconstruction; and it “evolves” 5 to 10 times more rapidly than nuclear DNA…Hagelberg also questioned the reality of the “hypervariable” sites, which are assumed to be regions of preferentially high mutation rates. But, she points out (p. 85), “there is no direct evidence of hypervariability,” only the belief “that anomalous patterns of DNA substitution are best explained by mutation.” Yet, it is “because the notion of hypervariability fits with the received view of mtDNA clonality [that] anomalies are seldom questioned.”

Jeffrey H. Schwartz and Bruno Maresca “Do Molecular Clocks Run at All? A Critique of Molecular Systematics” Biological Theory 1(4) 2006, 357–371 (October 26, 2006)

لقد أصبح لدينا الان ساعات جزيئية تختلف بحسب الجين و الكائن و الفترة الزمنية و هو ما يسمونه بأناقة rate heterogeneity تعدد المعدلات فبعض جينات هذا النوع تدق بهذه السرعة و البعض بتلك و هى سرعات تختلف عن سرعة نفس هذه الجينات فى ذلك النوع الاخر كما تختلف أيضا حسب الفترة الزمنية فهى تدق بسرعة كلما حدث انفجار أحيائى فى الأحافير ثم تعود للبطء! هذه لم تعد ساعة يمكن أن تستخدم فى قياس أى شئ لقد أصبح توصيفا لنفس البيانات المناقضة للتطور بصيغة تطورية! يشبه الأمر أن يكون لدى كل انسان على الكوكب عدة ساعات كل منها تدق بمعدل يختلف عن بعضها البعض و يختلف عن ساعات الاخرين و يختلف باختلاف اليوم ثم يسألك أحدهم لحظة وصولك الى العمل متأخرا السؤال البوهيمى: كم الساعة الان؟ هنا تقوم أنت – بمنتهى البراءة و حسن النية – بالبحث عن ساعة بين كل هذه التوقيتات المتضاربة تشير الى الموعد الصحيح للوصول الى العمل الذى لا يتسبب فى مجازاتك! أو ربما تقوم بضبط calibrate ساعتك على الموعد المطلوب! انه دليل رائع على دقتك و انضباطك و التزامك بالمواعيد!

حاولت احدى الدراسات أن تجد عامل منضبط ما يمكن استخدامه لتفسير اختلافات الساعة الجزيئية لاعطاءها درجة ما من الدقة و القدرة على التنبؤ بسرعتها لاستخدامها فى الحسابات فقارنت بين عدة جينات فى خطوط تطورية مختلفة عبر أزمنة مختلفة لتنتهى الى حالة عشوائية تماما لا يمكن على أساسها استخدام أى عامل لضبط اختلافات الساعة لا طبيعة البروتين/الجين و لا الكائن و لا حجم الجماعة الحية و لا عمر الجيل و سرعة التكاثر و لا معدل التطفر و لا أى شئ و طبعا لجأت فى النهاية الى اله الفجوات التطورى – الانتخاب الطبيعى و الذى يمكن ضبطه على أى شئ و كل شئ و اعترفت بأن هذا يقتل الساعة الجزيئية تماما لأنها خاضعة ل "أهواء" الانتخاب الطبيعى

We have observed that (i) the three proteins evolve erratically through time and across lineages and (ii) the erratic patterns of acceleration and deceleration differ from locus to locus, so that one locus may evolve faster in one than another lineage, whereas the opposite may be the case for another locus. The observations are inconsistent with the predictions made by various subsidiary hypotheses proposed to account for the overdispersion of the molecular clock.

It ultimately implies that there is no molecular clock of evolution.

(i) rates of evolution change erratically between and within lineages, and that (ii) the patterns of change for different genes are discordant

Rate heterogeneity occurs between lineages, but also at different times along a given lineage, both factors having significant effects...allows for all sorts of variations across lineages and across genes as a consequence of the vagaries of natural selection. It ultimately implies that there is no molecular clock of evolution...This hypothesis amounts to a denial of predictable rates of molecular evolution

our observations for all three genes are inconsistent not only with the molecular clock predicted by the neutrality theory, but also with subsidiary hypotheses, such as i[Generation Time], ii[Population Size], and iii[Mutation Rate], that predict that patterns of evolution will be consistent across genes even if variable between lineages for any given gene. We are left with hypotheses that attribute rate variation to the vagaries of natural selection...amount to a denial of there being a molecular clock

Francisco Rodríguez-Trelles et al., "Erratic overdispersion of three molecular clocks: GPDH, SOD, and XDH" PNAS September 11, 2001 98 (20) 11405-11410

النتيجة و بغض النظر عن التبريرات لا توجد أى عوامل حاكمة يمكن أن تتنبأ بها بالساعة الجزيئية لأى بروتين فى خط تطورى معين فى حقبة زمنية معينة و بالتالى يوجد عدد يكاد يكون لانهائى من الساعات الجزيئية الممكنة لكل خط تطورى و لسيادتكم مطلق الحرية فى اختيار ما يناسب السيناريو التطورى و يناسب الأحافير التى تزعمون أنها أسلاف مشتركة و تجاهل ما لا يناسبها تحت مظلة الانتخاب الطبيعى ثم اعتبار هذه الانتقائية دليل!

With respect to rate heterogeneity, once the model of molecular evolution departs from a simple one-rate molecular clock, the divergence time problem enters a realm of model selection in which the number of models is effectively infinite.

Thomas Near and Michael J.Sanderson "Assessing the quality of molecular divergence time estimates by fossil calibrations and fossil–based model selection" Philosophical transactions of the Royal Society B Biological Science 29 October 2004 Volume 359 Issue 1450

we can choose to identify and analyse only the genes that display the most desirable of evolutionary timescales

Michael S.Y. Lee and Simon Y.W. Ho "Molecular clocks"Current Biology Volume 26, Issue 10 pR399-R402 May 23, 2016

لكن اذا كنت تريد أن تلعب هذه اللعبة: الساعة الجزيئية تدق بسرعات مختلفة و ستنتقى السرعة التى تناسب الهدف المراد اثباته فى كل حالة و تتجاهل الأخريات فلا يوجد ما يجبرنا على لعبها بقواعد التطور - قد تدق بأى سرعة لأى جين يصنع لك ما تظنه أشجارا صحيحة من أشياء غير صحيحة. ما تظنه عتيق و متسق مع أشجارك قد يكون حديث و تطور بسرعة و ما تظنه حديث و متسق مع أشجارك قد يكون بطئ يتطور ببطء. ان كنت تريد التملص من مبدأ الوتيرة الواحدة فلن تتملص بمزاج التطور و بانتقاء السرعات التى تناسبه للجينات التى تناسبه فى استدلال انتقائى دائرى كالمعتاد. و من الأمثلة المضحكة هنا هو أن نتذكر اصرار التطوريين على عدم امكان انتاج التنوع الجينى الموجود فى البشر من زوجين فقط. ألا يمكننا أن نلعب لعبة تسريع الساعة الجزيئية نحن أيضا؟ أو يمكننا أن نلعب لعبة الفريق الثانى و نعطى أنفسنا زمنا طويلا جدا للتطور و ليذهب السجل الأحفورى الى الجحيم.

التضارب مع الأحافير:

هل تذكر المثال الذى ذكرناه عن وصولك الى العمل متأخرا و قيامك بتعديل الساعة؟ هذه المرة أنت لن تفعل ذلك لأنك عاقل و واقعى. هذه المرة ستقول لهم أنك كنت موجودا منذ الصباح و لكنهم لم يجدوك فى الأحافير...عفوا أقصد لم يجدوك فى المكتب.

تحدثنا عن اللعبة الأولى و المتعلقة بتعديل سرعات الساعة الجزيئية و انتقاء ما يناسب التطور. ما هى لعبة الفريق الثانى؟ سيقيسون الفروق بين الكائنات ثم يستخدمون معدل تطور معقول فيجدون زمن وجود السلف المشترك بل و زمن وجود الأنواع المدروسة ذاتها أقدم من الأحافير فيعتبرون هذا دليلا على وجود السلف و الأنواع المدروسة قبل ظهورها فى الأحافير. من حيث المبدأ لا مشكلة فى افتراض وجود أى سلالة لفترة زمنية معقولة/محدودة جيولوجيا قبل ظهورها فى الأحافير لأنها تحتاج الى وقت حتى تتكاثر و تنتشر و لكن لا يمكن تسمية هذا دليلا لأنهم افترضوا وجود السلف ابتداءا ثم قاسوا زمان وجوده المفترض بناءا على الفروق بين أبناءه المفترضين. أضف الى ذلك أن التواريخ أحيانا ما تكون أقدم من الأحافير بشكل غير معقول فلا نتحدث عن بضعة ملايين من السنين مثلا بل عشرات و أحيانا مئات ملايين السنين و هو ما يعترفون بأنه فرق غير مقبول فمثلا احدى الدراسات التى قارنت بين السجل الأحفورى لبعض الحشرات و ساعتها الجزيئية وجدت أن كل المبررات التى يمكن وضعها لتفسير وجود الحشرات قبل ظهورها فى الأحافير يمكنها أن تصل الى 10 مليون سنة من الوجود دون ظهور أحافير كحد أقصى و لكن الساعة الجزيئية تعطينا من 50 الى 100 مليون سنة!

الشكل يمثل الفجوات بين تواريخ ظهور مجموعات مختلفة من الحشرات وفقا للساعة الجزيئية و الأحافير – الفروق كلها بلا استثناء تفوق حاجز العشرة مليون سنة الذى حددته الورقة و بعضها وصل الى المائة مليون

The earliest fossils of winged insects (Pterygota) are mid-Carboniferous (latest Mississippian, 328–324 Mya), but estimates of their age based on fossil-calibrated molecular phylogenetic studies place their origin at 440–370 Mya during the Silurian or Devonian...We do not find support for the mechanisms previously suggested to account for such an extended gap in the pterygote fossil record, including sampling bias, preservation bias, and body size...The simulation results suggest that, when all these conditions hold, there is a gap of less than 10 Myr between the origin of crown-group Pterygota and their appearance in the fossil record.

Sandra R Schachat et al., "Illusion of flight? Absence, evidence and the age of winged insects." Biological Journal of the Linnean Society 138(2), 143–168. (2023)

و قد وجدت عدة دراسات جزيئية أن السلف المفترض لمخلوقات الكمبرى يجب أن يكون عمره بين مليار أو مليار و نصف سنة أى أن هذه المخلوقات قضت من 500 مليون الى مليار سنة تتطور دون أن تترك أى أثر فى الأحافير و بسبب الاستدلال الدائرى الذى تنبنى عليه النظرية فهم يعتبرون هذا دليل على وجود السلف قديما و لكننا لم نرصده (أسطورة عدم صلاحية طبقات الأرض ما قبل الكمبرية لحفظ الأحافير و الأنسجة أوضحنا خطأها من قبل هى و المزاعم المختلفة لوجود حلقات انتقالية و أحافير أسلاف قبل الكمبرى) بينما الحقيقة أن هذا دليل دامغ ضد التطور يوضح أن فروق الكائنات لا يمكن أن تكون ناتجة عن التطور بل هذه الكائنات وجدت بفروقها هكذا كما هى و مجرد اتهام نتائج هذه الدراسات بأنها خاطئة لكونها غير منطقية لا ينفى أن هذا الخطأ مصدره نفس الأساليب التى تنتج ما يعتبرونه أرقاما صحيحة لأنها أقرب الى السيناريوهات التطورية

In general, however, the nodes dated by molecular clock techniques are significantly older than nodes judged from the fossil record, commonly as much as one-third older, and some, surely erroneous, have been literally 1 billion years older.

Douglas Erwin and James Valentine “The Cambrian Explosion: The Construction of animal biodiversity” 2013 p. 74

Molecular clock analyses often place the divergence of Ecdysozoa relatively deep into the Ediacaran thus highlighting major discrepancy with the known fossil record of the group.

Wang D et al., "Early evolution of the ecdysozoan body plan". ELife 1–22. (2024)

Wray, Levinton, and Shapiro, “Molecular Evidence for Deep Precambrian Divergences Among Metazoan Phyla” Science 274 (1996): 568–73.

Wang, Kumar, and Hedges, “Divergence Time Estimates for the Early History of Animal Phyla and the Origin of Plants, Animals and Fungi,” Proceedings of the Royal Society of London B 266 (1999): 163–71.

Fortey, Richard A., Derek E. G. Briggs, and Matthew A. Wills. “The Cambrian Evolutionary ‘Explosion’ Recalibrated.” BioEssays 19 (1997): 429–34.

و دراسات أخرى على تسلسلات مختلفة وصلت الى ما يتراوح بين 700و و 800 و 940 مليون سنة

We estimate that the last common ancestor of all living animals arose nearly 800 Ma

Erwin et al., “The Cambrian Conundrum: Early Divergence and Later Ecological Success in the Early History of Animals,” Science (Nov. 2011) Vol 334, Issue 6059 1091–97.

Nikoh, Naruo, et al. “An Estimate of Divergence Time of Parazoa and Eumetazoa and That of Cephalochordata and Vertebrata by Aldolase and Triose Phosphate Isomerase Clocks.” Journal of Molecular Evolution 45 (1997): 97–106.

Xun, Gu. “Early Metazoan Divergence Was About 830 Million Years Ago,” Journal of Molecular Evolution 47:369–71 (1998)

و هذه الورقة الأخيرة بالمناسبة وصلت الى رقم 830 بأخذ متوسط للنتائج المتضاربة من جينات مختلفة و أمثال هذه الدراسات كثيرة جدا و هى التى تزعم أنها أثبتت ما يسمى بالفتيل الطويل/البطئ long/slow fuse للانفجار الكمبرى و غيره من عمليات الظهور الانفجارى فى الأحافير و ذلك باثبات أن الفروق الجينية للكائنات تحتاج الى مئات الملايين من السنين من التراكم قبل ظهورها و بالتالى فقد كانت هناك أسلاف تتطور حتى لو لم يحفظها السجل الأحفورى و لكن ما يثبته هذا فى الواقع هو عجز التطور عن التفسير. يشبه الأمر أن تقوم بتنزيل ملف يحتوى مقالا على جهازك من على الشبكة الان و لكن شخصا ما يصر أنك كتبته بيدك فيذهب و يحسب عدد الحروف فى المقال و يقارنه بمعدل الكتابة على لوحة المفاتيح ليستنتج مثلا أنك تحتاج أسبوع لكتابة المقال و بالتالى فهذا الملف موجود على جهازك منذ أسبوع و محتواه يزداد رويدا رويدا بينما أنت تكتبه و أى كلام عن عدم وجوده سينسبه الى عدم البحث جيدا أو لخلل فى الجهاز. عبثا تحاول اقناعه أن أنك لا تكتب المقال حرفا حرفا منذ أسبوع و أنك أنزلته جاهزا من على الشبكة منذ بضع دقائق و لكن بلا جدوى و الأدهى أصبح يستخدم حساباته هذه كدليل على وجود الملف على جهازك منذ أسبوع!

molecular evidence indicates that prolonged periods of evolutionary innovation and cladogenesis lit the fuse long before the `explosions' apparent in the fossil record.

Alan Cooper and Richard Fortey "Evolutionary explosions and the phylogenetic fuse" Trends in Ecology & Evolution Volume 13, Issue 4, 1 April 1998, Pages 151-156

و الأمثلة أكثر من العينة التى أوردناها بالأعلى. هنا سيقول لك التطورى لماذا تأتون بهذه الأمثلة؟ ألا تعرفون أننا قد قمنا بتطوير أساليب الحساب لتفادى تلك "الأخطاء" و أننا نقوم بضبط calibration للساعة الجزيئية بشكل أفضل. من المصادر التى أوردناها ما هو جديدو يتراوح بين 2011 و 2024 أى بعد تطوير الأساليب أما الهدف من ايراد المصادر القديمة فهو توضيح أن الوضع لم يتغير بالدرجة التى يصورها التطوريون للناس و لأننا عندما نفصل فى ماهية التطوير و الضبط الذى قام به التطوريون سيتضح أن هذه النتائج ليست خطأ أساليب قياس محض بل خطأ فى الفرضيات التى ينبنى عليها كل شئ و هذه الفرضيات هى ذاتها التى تنبنى عليها الأساليب الحديثة.

ان ما يسميه التطورى أخطاءا هنا هو تضارب البيانات مع التطور و هو السبب الوحيد الذى يقرر على أساسه ما الخطأ و ما الصواب و اذا كان الأسلوب فى المجمل يقود الى نتائج خاطئة فان انتقاء ما يوافق هواك لا يجعله صحيحا أما ما يسميه ضبط فهو "التلاعب" بالبيانات لضبطها على مقياس التطور فمثلا قد تثبت البيانات معدل تغيرات ضخم يقود اما الى ساعة جزيئية سريعة جدا و معدلات تطفر غير واقعية أو الى أزمنة قديمة جدا فى الأحافير فيأتى فخامته بما يزعم هو أنه حلقة انتقالية فى الأحافير أو سليل تطورى للتصنيف المدروس و يبدأ فى "ضبط و تعديل البيانات" وفقا لتاريخ الأحفورة أو لمعدل التطفر فى الكائن الحى المعاصر ليصل الى نتائج أكثر واقعية. هذا ليس اسمه تطوير أساليب أو ضبط هذا اسمه تلاعب لتغيير البيانات وفق الفرضية المطلوبة و هى أن هذا تطور من ذاك ثم الاستدلال بهذه البيانات "المضبوطة" وفق الفرضية على ذات الفرضية!

على سبيل المثال هل تذكرون دراسة التطور الذى ضاعف سرعته خمس مرات التى تحدثنا عنها بالأعلى؟ ليصلوا الى هذه النتيجة وضعوا حدا أقصى bound/constraint من تواريخ الأحافير التى يفترضون أنها أسلاف كائنات الكمبرى "لضبط" التطور و جعله يعمل بسرعة ليتوافق مع السجل الأحفورى و لكن ما الذى سيحدث بدون هذا الضبط؟ سنعود الى تواريخ التسعينات مرة اخرى 940 مليون سنة!

The present study reveals that in order to equalize morphological and molecular evolutionary rates before and after the Cambrian explosion, the root of panarthropods needs to be ∼940 Myr old...The present study reveals that constraining root age to any figure even loosely consistent with the fossil record (e.g., <650 Ma) implies elevated rates of morphological and molecular evolution in the late Precambrian.

Michael S.Y. Lee, Julien Soubrier and Gregory D. Edgecombe "Rates of Phenotypic and Genomic Evolution during the Cambrian Explosion" Current Biology Volume 23, Issue 19 p1889-1895 (October 07, 2013)

لاحظ أن رقم 650 مليون سنة هذا نفسه غير صحيح لأنه مبنى على افتراض خاطئ بأن أحافير الايديكارى أسلاف لأحافير الكمبرى (و هو ما رددنا عليه من قبل) لاعطاء التطور 100 مليون عام اضافية ليعمل فيها و برغم ذلك فسيؤدى الى معدل أسرع فما بالك بالأرقام الحقيقية لظهور كائنات الكمبرى السريع؟ هذا المثال حتى لا تنخدع بعبارات مثل "لقد طورنا الأساليب و أصبحنا أدق" نعم بالتأكيد هناك أساليب أحدث لكن معظم النتائج المحسنة بسبب "ضبط" (التلاعب) بالبيانات لتوفيقها مع التطورو ليس لأنهم أثبتوا فعلا تطورا سريعا أو وجدوا أسلافا ليست فى الأحافير.

سنناقش مشاكل ذلك "الضبط" فى المبحث التالى لكن ننوه الآن الى أنه برغم كل هذا التلاعب فان الفروق لا تزال كبيرة لدرجة أن حتى المراجعات التى تتغزل فى قوة الساعة الجزيئية و تقاربها مع الأحافير بعد تحسين اليات "الضبط" تقر بفروق تتراوح بين 100 الى 300 مليون سنة قبل الظهور الأحفورى (ذكروا المائة فقط فى المقدمة لتبدو الافتتاحية قوية برغم أن 100 مليون سنة من التطور بلا أحافير مشكلة)

this body fossil record is at odds with molecular clock analyses, which consistently indicate that Metazoa originated somewhere between 850 and 650 Ma in the Tonian or Cryogenian intervals, before diversifying through the Cryogenian and the Ediacaran... However, there remains a genuine mismatch with molecular clock estimates of the divergence times of these clades, even in analyses using the most conservative calibration strategies

John A. Cunningham wt al., "The origin of animals: Can molecular clocks and the fossil record be reconciled?" BioEssays Volume 39, Issue 1 January 2017 Pages 1-12

و لأنهم اعترفوا بأن المسألة ليست نقصا فى البيانات الجينية فقد ألقوا باللوم على كالعادة على ضعف السجل الأحفورى و هو ما ناقشناه سابقا و نفيناه و عزاءهم الوحيد هو بما أن الساعة الجزيئية متوافقة مع متطلبات التطور من وجود أسلاف سابقة للكائنات اذن فهى صحيحة!

Check section: The precision of molecular clocks and fossil calibrations are closely correlated

لاحظ الخطوط الطولية الزرقاء فى الشكل و التى تمثل مقدار عدم دقة و تأرجح الساعة الجزيئية و لاحظ الأهم و هى أن نقاط التفرع "الصحيحة" التى يقيمون الساعة الجزيئية و دقتها وفقا لها هى أصلا توقعات التطوريين أنفسهم من أشجار العلاقات التطورية التى يرسمونها بناءا على فرضيات التطور و تفسيراتهم هم للأحافير! انه عالم الاستدلال الدائرى الذى لا ينتهى!

و ان كان مثال الكمبرى هو الأشهر فان هذا النوع من الدراسات ليس قاصرا على الكمبرى فقط بل يشمل عصور مختلفة و أنواع كائنات مختلفة من ثدييات و طيور و نباتات و حشرات...الخ و يقر الباحثين بأن الفروق ضخمة و أنها ليست بسبب نقص فى البيانات. الساعة الجزيئية دائما تشير الى أسلاف قدماء غير موجودين فى الأحافير برغم من كل التلاعب الذى يسمونه "ضبطا" و هم اما يعتبرون هذا دليلا على وجود هذه الأسلاف الوهمية أو يبررون الأمر بأن التطور لابد أنه يعمل بسرعة burst/explosive و يحدث بشكل انفجارى و لكننا لم نلحظ هذا فى الساعة الجزيئية!

a persistent pattern is that the molecular dates of evolutionary events are often still substantially older than suggested by the fossil record. Recent molecular clock studies suggest that modern birds and placental mammals both radiated deep within the Cretaceous period (alongside dinosaurs), yet the oldest well-accepted fossils of both groups occur very close to the end of the Cretaceous. Similarly, molecular estimates have placed the origin of flowering plants (angiosperms) more than 60 million years before the first fossils from this group appear (Figure 3). These repeated discrepancies between molecular and fossil dates still need to be explained. As vertebrates and plants are generally well represented in Cretaceous fossils, the lack of modern bird, mammal or angiosperm fossils is unlikely to be due to lack of fossil preservation or discovery. One intriguing but largely untested suggestion is that molecular evolution might occur much more rapidly during evolutionary radiations, leading to big genetic divergences in short time intervals

Michael S.Y. Lee and Simon Y.W. Ho "Molecular clocks" Current Biology Volume 26, Issue 10 pR399-R402 May 23, 2016

the discrepancy between fossil- and molecular-based age estimates for the diversification of modern birds has persisted despite increasingly large datasets on both sides

Brown JW, Payne RB & Mindell DP 2007. Nuclear DNA does not reconcile “rocks” and “clocks” in Neoaves: a comment on Ericson et al. Biology Letters 3(3), 257–259.

However, in other cases, the estimates are much older than those from fossils, for example, 72% older for the origin of the deuterostomes, and >200% for Afrosoricida… in the different group of bats, the times indicated by the fossils are in general 73% more recent than the times estimated using molecular data

Mário J F Pulquério and Richard A Nichols "Dates from the molecular clock: how wrong can we be?" Trends in Ecology & Evolution 2007 Apr;22(4):180-4

Apparently, the molecular clock hypothesis tends to push rodent divergences at various levels of the group deeper into history than what the fossil record indicates. The discrepancy is enormous.

Meng, Jin et al., “The osteology of Rhombomylus (Mammalia, Glires) : implications for phylogeny and evolution of Glires” Bulletin of the American Museum of Natural History; no. 275

The two sources of information available, paleontological data and inference from extant molecular genetic sequences (colloquially, 'rocks' and 'clocks'), have appeared irreconcilable; the fossil record supports a Cenozoic origin for most modern lineages, whereas molecular genetic estimates suggest that these same lineages originated deep within the Cretaceous and survived the K-Pg (Cretaceous-Paleogene; formerly Cretaceous-Tertiary or K-T) mass-extinction event. These two sources of data therefore appear to support fundamentally different models of avian evolution.

Brown JW, Rest JS, García-Moreno J, Sorenson MD & Mindell DP 2008. Strong mitochondrial DNA support for a Cretaceous origin of modern avian lineages. BMC Biology 6(1): 6, 1–18.

The fossil record, however, provides evidence that modern birds represent an explosive Tertiary radiation, following the Cretaceous–Tertiary cataclysm, and their origins are almost 50 million years younger than that predicted by molecular studies. Here, I argue that this explosive, punctuated model conforms to the typical pattern of vertebrate evolution characterized by rapid diversification following a major extinction event.

Alan Feduccia "‘Big bang’ for tertiary birds?" Trends in Ecology & Evolution VOLUME 18, ISSUE 4, P172-176, APRIL 01, 2003

The earliest fossils of winged insects (Pterygota) are mid-Carboniferous (latest Mississippian, 328–324 Mya), but estimates of their age based on fossil-calibrated molecular phylogenetic studies place their origin at 440–370 Mya during the Silurian or Devonian

Sandra R Schachat et al., "Illusion of flight? Absence, evidence and the age of winged insects." Biological Journal of the Linnean Society 138(2), 143–168. (2023)

molecular clock dating has suggested a Cambrian-Ordovician terrestrialization event for arachnids, some 60 Ma before their first fossils in the Silurian

Lamsdell JC et al., 2020. “Air Breathing in an Exceptionally Preserved 340-Million-Year-Old Sea Scorpion” Current Biology 30(21), 4316-432

“The second area where molecules and morphology are in serious disagreement concerns the origins of the metazoan phyla. Although the difference between the molecular and morphological estimates for bird and mammal origins may be as much as 50 million years, the discord between the two for the animal phyla may be as much as 500 million years, almost the entire length of the Phanerozoic”

Andrew B. Smith and Kevin J. Peterson "Dating the Time of Origin of Major Clades: Molecular Clocks and the Fossil Record" Annual Review of Earth and Planetary Sciences, Vol. 30:65-88

Based on the fossil record, the first flowering plants evolved at about the same time as the earliest mammals during the early Cretaceous period, about 125 MyBP...if we do not have the fossil record for flowering plants and relied solely on molecular analysis as shown in Table 2, we would have reached the absurd conclusion that apple tree and A. thaliana have diverged 450 MyBP.

Shi Huang (2008) "The Genetic Equidistance Result of Molecular Evolution is Independent of Mutation Rates" Journal of Computer Science & Systems Biology Vol.1

Mario Coiro et al., "How deep is the conflict between molecular and fossil evidence on the age of angiosperms?" New Phytologist Volume223, Issue1 July 2019 Pages 83-99

ان كل حالة من الحالات التى يقال فيها أن الساعة الجزيئية عملت بسرعة و الكائنات ظهرت بشكل انفجارى أو أن السلف المشترك الجينى/الجزيئى تم تحديده فى عصر سابق للسلف الأحفورى بفترة طويلة هى ببساطة اعتراف بأن مقدار الوقت المتاح للتطور لا يكفى لانتاج الفروق المرصودة بين الكائنات و لكن تمت اعادة صياغة هذه النتيجة بلغة ملتوية للحفاظ على النظرية و كل دراسة من هذه الدراسات التى تقفز بالسلف المشترك الى تاريخ قديم جدا بالمناسبة هى دليل علمى ضد من يحاول أن يقول أن التطور يمكنه أن يعمل بسرعة أو يقفز لأنه دليل على أن حجم الفروق الجينية (الطفرات التى يجب أن تتراكم) لا يمكن أن ينتج فى توقيت قصير و فى المقابل فان كل دراسة من التى تختار التفسير الاخر (التطور عمل بسرعة) هى اقرار ضمنى بلامنطقية افتراض فقر السجل الأحفورى الى هذه الدرجة

ضبط الساعة الجزيئية:

الان و بعد كل هذه المشاكل و التضاربات تخرج عليك الأوراق العلمية تحدثك عن تواريخ الأسلاف بثقة و قد علق دان جراور المدافع الشهير عن التطور على هذا الأمر مشيرا الى أوراق علمية قامت بحسابات أدت الى تواريخ خاطئة كثيرة زعمت أنها دقيقة بسبب تقنيات الساعة الجزيئية و اعتمدت نتائج تأريخ و كأنها ثقة لضبط تأريخ اخر لينتهى الأمر الى كومة فرضيات يستدل بكل واحدة منها على الأخرى – ساعة جزيئية تستخدم فى ضبط الثانية و الثانية فى ضبط الثالثة...الخ و تم الاستدلال بهذه النتائج الخاطئة فى مئات الأوراق العلمية لدرجة أن جراور نفسه وصف العملية بأنها leap of faith قفزة ايمانية

All these dating exercises have been summarized as reviews with attractive figures depicting the age of all vertebrates and model organisms. The appearance of accuracy and the high-quality artwork have resulted in hundreds of citations in which such dates were accepted as factual.

Dan Graur and William Martin "Reading the entrails of chickens: molecular timescales of evolution and the illusion of precision" TRENDS in Genetics Vol.20 No.2 February 2004

هنا قد يعترض التطورى قائلا أن السبب هو المزاعم المبالغ فيها بدقة التأريخ أو وجود بيانات واضحة الخطأ من البداية و أن اضافة المزيد من البيانات الجينية ونقاط الضبط الأحفورية سيحل المشكلة و هذا غير صحيح ببساطة لأنه ان كانت البيانات واضحة الخطأ أو مزاعم الدقة المبالغ فيها يمكن أن تمر بهذه السهولة فما هو الدليل على أن البيانات الأخرى صحيحة؟ الدليل الوحيد لدى التطورى هى أنها قريبة من السيناريو الذى يريد هو أن يثبته و بالتالى فعمليات "الضبط" التى يقومون بها كلها مبنية على افتراضاتهم بأن هذا تطور من ذاك و أن تلك أحفورة انتقالية أو سلف مشترك و أن شجرة العلاقات التطورية التى بنوها صحيحة و من ثم يضبطون الساعة الجزيئية للاقتراب منها. يشبه الأمر أن يزعم أحدهم أن لديه الية لحساب عمرك و يبدأ فى قذف أرقام واضحة الخطأ أو دقيقة بشكل مثير للشك بالدقيقة و الثانية ثم عندما يقذف لك رقما قريبا من الصحة يقول لك هل رأيت البرنامج يعمل!

المشكلة الثانية أنهم هم أنفسهم يعترفون أن اضافة قدر أكبر من عوامل الضبط التى تحاول تقريب البيانات من السيناريو الذى يريدونه أصلا لا يحل المشكلة و هذا يوضح لك حجم المشكلة و مدى تعارض البيانات مع التطور لدرجة أن محاولات تعديلها وفق التطور لازالت لا تفلح و كمثال بسيط على ذلك الورقة سابقة الذكر التى تغنت بزيادة دقة الساعة الجزيئية و ضبطها للاقتراب من الأحافير لمسافة تتراوح بين 100الى 300 مليون سنة و غيرها من الأوراق المذكورة بالأعلى!بل ان جراور فى الشكل أعلاه كان ينتقد مثل هذه الدراسات بسبب وصولها فى تقدير عمر السلف العالمى المشترك الى رقم يفوق عمر كوكب الارض و هى نتيجة واضحة الخطأ و لكن دراسة أخرى حديثة قدرت عمر السلف العالمى المشترك بنحو 4.2 مليار سنة و هو رقم لا يبدو خطأه لغير المدقق و لكنه لا يقل كارثية أبدا خاصة فى ظل نتيجة تشابهه مع البكتيريا المعاصرة و احتواءه على 2600 بروتين و جهاز مناعى بل و كونه جزء من منظومة بيئية من خلايا مختلفة أخرى اذ لا يوجد أى وقت كافى لتصنع كيمياء الحساء البدائى ناسخ ذاتى (ان كانت قادرة على صنعه ابتداءا) ثم يتطور هذا لصناعة كل ذلك ناهيك عن كون هذا التاريخ أثناء القصف النيزكى العنيف الذى تعرضت له الأرض فى ذلك الوقت. طبعا الفرضيات التطورية لا تنتهى: لابد أن التطور حدث بسرعة – لابد أنه لم يكن يحتاج الى وقت طويل كما كنا نتخيل – لابد أن القصف النيزكى لم يكن عنيفا شاملا كما كنا نتوهم…الخ لكن فى النهاية هؤلاء لا يمكن اتهامهم بأنهم أهملوا الاساليب الحديثة و النتيجة لازالت كارثية بغض النظر عن محاولات التبرير

Edmund R. R. Moody et al., "The nature of the last universal common ancestor and its impact on the early Earth system" Nature Ecology & Evolution volume 8, pages1654–1666 (2024)

ان محاولة تحسين النتيجة بدمج عدد أكبر عوامل الضبط لا زالت تقود الى فروق ضخمة بشكل غير مقبول لأن كل عامل من هذه العوامل فى حذ ذاته أحفورة/شجرة علاقات تطورية/معدل تطور/العوامل المؤثرة على الطفرات/الفترة المفترضة من السلف المشترك المزعوم/النموذج الرياضى المستخدم...الخ يمثل مصدرا اضافيا للافتراضات القابلة للخطأ (سنشرح بعض هذه المصطلحات و لكن تذكر أن كل هذه الفرضيات و مصادر عدم الدقة أصلا بعد التسليم أن كائنا تطور من اخر!!!)

Estimating the divergence dates between the major eukaryote lineages using molecular analyses is even more difficult than phylogenetic estimation. Error in such analyses comes from a myriad of sources including: (i) calibration fossil dates, (ii) the assumed phylogenetic tree, (iii) the nucleotide or amino acid substitution model, (iv) substitution number (branch length) estimates, (v) the model of how rates of evolution change over the tree, (vi) error inherent in the time estimates for a given model and (vii) how multiple gene data are treated. By reanalysing datasets from recently published molecular clock studies, we show that when errors from these various sources are properly accounted for, the confidence intervals on inferred dates can be very large. Furthermore, estimated dates of divergence vary hugely depending on the methods used and their assumptions.

Andrew J Roger, Laura A Hug "The origin and diversification of eukaryotes: problems with molecular phylogenetics and molecular clock estimation" Philosophical transactions of the Royal Society B Biological Sciences 29 June 2006 Volume 361 Issue 1470

The accuracy of the technique depends upon having an accurate calibration point or points, and a reliable phylogeny with correct branching order and branch-length estimates

Andrew B. Smith and Kevin J. Peterson "Dating the Time of Origin of Major Clades: Molecular Clocks and the Fossil Record" Annual Review of Earth and Planetary Sciences, Vol. 30:65-88

Combined analyses are expected to reduce uncertainty in prior node ages as compared to traditional analysis based on simplistic fossil-based constraints. However, most such analyses conducted to date have yielded unacceptably old divergence time estimates, even older than traditional node-calibrated studies

Mario dos Reis et al., "Uncertainty in the Timing of Origin of Animals and the Limits of Precision in Molecular Timescales" Current Biology Article Volume 25, Issue 22 p2939-2950 November 16, 2015

ان التطوريون أنفسهم يختلفون فى تحديد العلاقات التطورية فمنهم من قد يضع الأحفورة فى مكان على شجرة التطور و منهم من قد يضعها فى مكان اخر و منهم من قد يعتبر أحفورة تمثل خط تطورى أقدم stem و بينما يعتبر اخر نفس الأحفورة تمثل خط تطورى أحدث crown و تغيير وضع الأحافير المستخدمة فى الضبط سيغير من عملية الضبط ذاتها (لاحظ أن أصل المشكلة هو أن العلاقات التطورية الكبرى هذه غير موجودة الا فى رؤوسهم و لكننا نناقش خلافاتهم فى قلب فرضيتهم الباطلة من باب التنزل مع المخالف و قد ذكرنا من قبل أمثلة على مشاكل و تضاربات أشجار العلاقات التطورية المزعومة) و تعترف الدراسات بوضوح بأنهم لا يملكون سبيلا حقيقيا لاثبات أن سرعة معينة للساعة الجزيئية صحيحة أو خاطئة و استخدام الأحافير لا يحل المشكلة بسبب الخلاف حول أماكنها فى شجرة التطور و فى تقييم الباحث لمدى قوة السجل الأحفورى لمجموعة معينة ناهيك طبعا عن الخلافات فى تأريخ الأحافير و التى تقود باعترافهم الى أخطاء فى الاف الأوراق العلمية التى تستخدم الساعة الجزيئية (لادراك حجم مشاكل تأريخ الأحافير يمكن مراجعة مشاكل التأريخ فى ما يعتبرونه أفضل أمثلتهم: الحيتان)

The central lesson for this article, however, is the realization that reasonable scientists working with the molecular clock can be using estimates that are so different. If neither the fast estimate nor the slow estimate were self-evidently wrong, it suggests that it is difficult to validate them using our knowledge of biogeography and the fossil record...Calibration points have often been used without considering their errors, an approach that has recently attracted strong criticism. Ignoring this uncertainty in the date attributed to a calibration point at the start of the analysis leads to date estimates with overly optimistically small confidence intervals, yet many thousands of published dates suffer from this fault.

Even identifying the correct position of a fossil in a tree can be difficult. It seems, then, that the very foundation of molecular dating (the calibration of the tree using the fossil record) is prone to substantial error.

Mário J F Pulquério and Richard A Nichols "Dates from the molecular clock: how wrong can we be?" Trends in Ecology & Evolution 2007 Apr;22(4):180-4

calibrating the molecular clock...can have a profound impact on the date estimates that are obtained...The use of calibrating information, such as palaeontological or biogeographic information, is subject to several sources of uncertainty. First, there is the measurement uncertainty that is associated with the dating of fossils or geological events…A second source of uncertainty in calibrations involves their assignment to nodes in the tree, given that the taxonomic affinities of fossils might not be known with confidence. For example, changing the position of a key fossil to the basal node of a branch(stem) instead of the top of the same branch (crown) resulted in more than doubling of the age of lineages in phylogeny of Araucariaceae and related conifer lineages…The third source of uncertainty arises from decisions about how the calibrating information relates to the age of the node

Lindell Bromham et al., “Bayesian molecular dating: opening up the black box” Biological Reviews (2018), 93, pp. 1165–1191

The choice of fossil calibrations clearly impacts divergence time estimates, in some cases perhaps more so than missing sequence data. Such impacts appear to be a function of phylogenetic position and the accuracy of a given fossil’s assignment to a stem vs. a crown group. Unfortunately, the choice of any given fossil calibration point in a node-dating analysis represents assumptions that are not themselves testable through that analysis. Even with partitioned analyses, an analysis based on fossil calibrations tests neither the wisdom of a given calibration point nor the accuracy of the fossil record writ large. As such, the fossil calibration points used to calibrate molecular phylogenetic studies warrant continuous scrutiny.

Sandra R Schachat et al., "Illusion of flight? Absence, evidence and the age of winged insects." Biological Journal of the Linnean Society 138(2), 143–168. (2023)

In theory, it should be possible to compensate for the uncertainty in individual calibration dates by using several different calibration points, but this strategy has associated problems. Remember that we are essentially using the calibration points to infer the rate of the molecular clock, yet we know that this rate varies across the tree. The use of multiple calibration points will, therefore, only be effective and reliable if we specify correctly how the rate varies across the tree, a topic that is currently unresolved. We can be relatively confident in the dating of clades that have internal calibration points, especially those with calibration points directly above the node (branch point) of interest. Unfortunately, it is rare to have such closely spaced and relevant calibration points. More often, we are attempting to extrapolate from rates estimated from one part of a phylogenetic tree to another, or from one time period to another. In this case, the information from our multiple calibration points might indicate that the rates vary, so that a properly calculated extrapolation would only produce imprecise estimates.

Mário J F Pulquério and Richard A Nichols "Dates from the molecular clock: how wrong can we be?" Trends in Ecology & Evolution 2007 Apr;22(4):180-4

لاحظ أن كل ما يقترحونه من حلول قائم على الاستدلال بالتطور على نفسه كالأحافير و تقديرات توقيت الانفصال عن السلف المشترك و معدلات التطفر فى باقى العائلة التطورية عبر الزمن و برغم ذلك فكل منها له مشاكله

It is apparent that none of these three methods provide a straightforward crosschecking of molecular dates.

و قد وجدت الدراسات فعلا أنه بتبنى وجهات نظر مختلفة بشأن الأحافير المستخدمة فى الضبط و أماكنها فى شجرة التطور يمكن الوصول الى نتائج مختلفة جدا بغض النظر عن كثافة البيانات المستخدمة

Here we use an unprecedented amount of molecular data, combined with four fossil calibration strategies (reflecting disparate and controversial interpretations of the metazoan fossil record) to obtain Bayesian estimates of metazoan divergence times...We employed four fossil calibration strategies that accommodate different interpretations of the fossil record and show that these have a dramatic impact on the estimated times...Finally, we show that competing phylogenetic hypotheses yield very different divergence time estimates...calibrations based on the same fossil information can unintentionally lead to dramatically different priors and posterior estimates of divergence times

Mario dos Reis et al., "Uncertainty in the Timing of Origin of Animals and the Limits of Precision in Molecular Timescales" Current Biology Article Volume 25, Issue 22 p2939-2950 November 16, 2015

A different reanalysis based on a revised suite of fossil calibrations supported the Soft Explosive Model (Phillips and Fruciano, 2018), further highlighting the sensitivity of timetrees to different node-based fossil calibration schemes.

Mark S. Singer et al., "Evolutionary Models for the Diversification of Placental Mammals Across the KPg Boundary" Frontiers in genetics (29 November 2019)

بعبارة أخرى الزعم القائل بأن زيادة البيانات الأحفورية المستخدمة فى ضبط الساعة الجزيئية هو الحل زعم غير صحيح ناهيك عن كون هذا الحل مضجك أصلا: تضبط ساعتك باستخدام الأحافير ثم تستدل بها و تقول هى صحيحة لأنها وافقت الأحافير! أنت أصلا ضبطها على الأحافير و رغم هذا لم توافق الأحافير أصلا بل أعطتك فروقا ضخمة. أضف الى ذلك أن هناك مشاكل أخرى بشأن ما يمكن اعتباره أحافير لتطور صفة ما ابتداءا بغض النظر عن موضعها فى الشجرة فمن يرى بتطور الطيور وفق سيناريو أسفل الى أعلى سيعتمد أحافير و شجرة علاقات تطورية غير من يرى بتطورها من أعلى الى أسفل و من يرى بتطور الثعابين البرية من الزواحف سيعتمد أحافير و أشجار غير من يرى بتطورها من الثعابين البحرية و هكذا ناهيك عن تواتر استخدام أحافير لا علاقة لها أصلا بالصفات محل الدراسة لمجرد أنهم لا يملكون بديلا عنها كاعتبار بعض الاسفنجيات أو حتى كائنات الايديكارى عجيبة الشكل أسلافا لمخلوقات الكمبرى لمجرد أنهم لا يملكون بديلا أو استخدام كائنات برية و برمائية كأسلاف للحيتان لأسباب متهافتة

حسنا هذا عن الأحافير فماذا عن ضبط الساعة الجزيئية بطرق أخرى كزيادة كمية البيانات الجينية المستخدمة أو الاعتماد على دراسات ساعات جزيئية أخرى للأقارب التطوريين؟ من جديد و هو نفس أسلوب توفيق البيانات مع السيناريو المطلوب عند ضبطها باستخدام المعدلات فى دراسات أخرى ثم الزعم بأن عدة دراسات قد توصلت الى نتائج متشابهة مما يقوى النتيجة بينما هم "ضبطوا ساعاتهم بعضهم على بعض" ان جاز التعبير بعد افتراض أن هذه الكائنات تطورت من بعضها البعض. كما أن ضبطها باستخدام ساعات جزيئية أخرى يزيد من حجم المشكلة باستخدام فرضية لضبط فرضية أخرى و يقود الى نتائج خاطئة حتى فى الحالات التى كنا نسلم نحن نقاد التطور بها مثل أن الكائنات المتقاربة ستمتلك معدلات تغير متقاربة correlated بسبب التشابه البيولوجى و تشابه ظروف الحياة ثم اتضح أنها - و يا للعجب - غير صحيحة!

These estimates depend on the underlying mathematical models of substitution and rate variation, yet a recent study has thrown doubt on the fundamental assumption that the rates are autocorrelated. Drummond et al. have developed a method that can be used to investigate the variation in rate between adjacent branches, and found no convincing evidence for autocorrelation

Mário J F Pulquério and Richard A Nichols "Dates from the molecular clock: how wrong can we be?" Trends in Ecology & Evolution 2007 Apr;22(4):180-4

We also find that, contrary to expectation, rates of substitution are not autocorrelated across the tree in an ancestor-descendent fashion.

Brown JW et al., 2008. Strong mitochondrial DNA support for a Cretaceous origin of modern avian lineages. BMC Biology 6(1): 6, 1–18.

However, these comparisons suggest large differences: the mutation rate estimated from pedigrees of humans is a hundredfold higher than the substitution rate for the primate mitochondrial DNA control region...The twofold errors detected by comparing dates from the fossil record and from the molecular clocks could be the tip of the iceberg. At one extreme, there is evidence of molecular clock rates being 20-fold higher over the short period since human–Neanderthal divergence compared with the longer-term vertebrate rate

Mário J F Pulquério and Richard A Nichols "Dates from the molecular clock: how wrong can we be?" Trends in Ecology & Evolution 2007 Apr;22(4):180-4

و هذا يدعم ما نقوله دائما. هذه الفروق فى الساعة الجزيئية كبيرة ليس لأن معدل التطور قرر أن يضاعف نفسه عشرات المرات فجأة ولكن لن هذه كائنات مستقلة التصميم برغم تشابهاتها و سواءا فسروا هم هذه الظاهرة بالانتخاب الطبيعى أم لا ففى النهاية النتيجة واحدة لا يوجد معيار ثابت لتحديد مقدار التغير/التطور الذى يخضع له كل جين أو بروتين عبر الزمن لضبط الساعة الجزيئية حتى بين الأفرع المتقاربة على شجرة التطور. أضف الى ذلك أن استخدام المقارنات الجزيئية فى ضبط شجرة العلاقات التطورية يعانى من مشاكل الانحياز التأكيدى لدعم شجرة معينة يعتقد الباحث بصحتها لدرجة قد تدفعه الى حذف البيانات التى تتعارض معها و اعتبارها "غير معبرة" أو "غير مفيدة" حتى لو كانت كثيرة لمجرد أنها تعارضت مع نتيجة يريد هو ابتداءا أن يصل اليها. ناهيك عن أن مقارنات الحمض النووى ذاتها يمكن أن تقود الى علاقات تطورية مختلفة حسب الأسلوب المستخدم فى المقارنة و كل هذا يؤثر على شجرة العلاقات التطورية التى يتم بناءا عليها تحديد تموضع الأسلاف المشتركة المزعومة و الأحافير و التى بناءا عليها سيتم حساب و ضبط الساعة الجزيئية

the supposed internal consistency of the MA[Molecular Assumption] has been and is tested and seemingly falsified by those molecular phylogenies that do not corroborate a “favored” or “expected” phylogenetic scheme...Judgements about homology are thus dependent on the phylogeny accepted and do not provide independent support for the phylogeny...Other data sets were rejected as uninformative because they did not yield schema that conformed to the “accepted” view of the evolutionary relationships among New World monkeys, Old World monkeys, and hominoids...Here, the “law of large numbers” would not necessarily support a human–chimpanzee relationship. As for absolute numbers of data sets, however, Ruvolo invoked 11 as her proof of this relationship (mt DNA is discussed separately below), even though 16 did not support it. Thus of only 30 (or 27, depending on how one counts them) genes or portions of DNA in the analysis, Ruvolo rejected more than half as being “uninformative” because they either led to a theory of human–ape relationship that was not human–chimpanzee, or differed from the “expected” scheme of relationships among anthropoid primates...Marks (2003) demonstrated how one could align in three totally different ways a nucleotide sequence from an orangutan with a shorter, presumably orthologous sequence from a human.

Jeffrey H. Schwartz and Bruno Maresca “Do Molecular Clocks Run at All? A Critique of Molecular Systematics” Biological Theory 1(4) 2006, 357–371 (October 26, 2006)

أو كما قالت احدى الدراسات بشكل واضح "نحن نتعامل مع مقارنة التسلسلات على أنها بيانات. انها ليست بيانات انها فرضية حول طريقة التنادد و شكل العلاقة التطورية و يمكن أن تتم بأكثر من طريقة تؤثر على شكل العلاقات التطورية و معدلات التغير"

Sequence alignment is often given relatively little consideration in phylogenetic studies, and is typically treated as a component of data preparation rather than a part of phylogenetic inference itself. While the sequences themselves are observations about the world (barring errors in sequencing, assembly, or annotation), the alignment is a hypothesis about homology rather than an error-free observation… we can rarely assign homology across sites with certainty. Alternative alignments of the same sequences can lead to different estimates of the phylogeny, substitution rates, and branch lengths

Lindell Bromham et al., “Bayesian molecular dating: opening up the black box” Biological Reviews (2018), 93, pp. 1165–1191

و لأنهم تطوريون فهم لا يناقشون أصل المشكلة هل هناك سلف مشترك أصلا أم لا و لكنهم يناقشون مشاكل جانبية مثل هذا التسلسل موروث من سلف مشترك أم متطور تقاربيا أم نتيجة عملية تكرار جينى paralogous أم أنه جين زائف و كل احتمال/افتراض من هذه الاحتمالات طبعا سيؤثر على العلاقة التطورية المفترضة و معدل التغير/التطور المفترض

The key assumption made when constructing a phylogenetic tree from a set of sequences is that they are all derived from a single ancestral sequence, i.e., they are homologous.

Zvelebil, Marketa, and Jeremy O. Baum. Understanding Bioinformatics. New York: Garland Science, 2008., p.239.

Cladistics can run into difficulties in its application because not all character states are necessarily homologous. Certain resemblances are convergent—that is, the result of independent evolution. We cannot always detect these convergences immediately, and their presence may contradict other similarities, ‘true homologies’ yet to be recognized. Thus, we are obliged to assume at first that, for each character, similar states are homologous, despite knowing that there may be convergence among them

Lecointre, Guillaume, and Hervé Le Guyader. The Tree of Life: A Phylogenetic Classification. Cambridge, MA: Harvard Univ. Press, 2006. p.16

It is usually difficult to ascertain with confidence whether the sequence similarity between two proteins is due to orthology or paralogy.

Dan Graur and William Martin "Reading the entrails of chickens: molecular timescales of evolution and the illusion of precision" TRENDS in Genetics Vol.20 No.2 February 2004

not all loci compared were verified by the actual presence of translated proteins in a given tissue...without knowledge of whether a region of DNA actually codes for a specific protein either in the adult organism or during embryogenesis, one cannot know if one of the regions being compared represents a pseudogene or whether sequences are nonhomologous (paralogous) Clearly, this has implications beyond those of alignment for deriving patterns of similarity from sequence data.

Jeffrey H. Schwartz and Bruno Maresca “Do Molecular Clocks Run at All? A Critique of Molecular Systematics” Biological Theory 1(4) 2006, 357–371 (October 26, 2006)

و فى النهاية يعترف التطوريون بأن اضافة بيانات جينية أكثر لا يحل المشكلة لأن أصل المشكلة هو فى ضبط الساعة الجزيئية و تحديد كيف تغير معدل التطور عبر الزمن و ليس كيف تبدو البيانات الان فهناك سيناريوهات كثيرة أو حتى لا نهائية قد تقود الى نفس شكل البيانات الحالى – infinite كما ذكرنا فى اقتباس سابق و السؤال هو أيها الصحيح ان كان أى منها صحيح أصلا

Perhaps surprisingly, molecular clock analyses of genomic data sets have still failed to resolve many of the long-standing questions about evolutionary timescales. One reason for this is that adding large amounts of genetic information often only leads to small improvements in molecular clock estimates of divergence dates. Data from additional genes largely serve to refine estimates of genetic distances, which are already likely to be well estimated even using moderate amounts of data. Increasing the amount of genetic data does little to mitigate the major remaining sources of error — the model of rate variation and the calibrations — which are the other two critical components of molecular clock inferences. In such cases, seemingly minor changes to the model of rate variation or the calibrations can have a much greater impact than substantially increasing the amount of DNA sequence data

Michael S.Y. Lee and Simon Y.W. Ho "Molecular clocks"Current Biology Volume 26, Issue 10 pR399-R402 May 23, 2016

الا أن ضبط الساعة الجزيئية و محاولة تحديد السيناريو هو عين المشكلة كما وضحنا و اللطيف أنهم يعترفون ضمنيا بأن الافراط فى الضبط قد يؤثر بشدة على النتيجة و الأفضل ترك البيانات تتحدث عن نفسها

Different types and numbers of calibrations can be used simultaneously, but this can change the balance between the signals from the calibrations and from the genetic data. Incorporating as much calibrating information as possible can severely constrain the possible range of inferred timescales. On the other hand, using a smaller subset of temporal information allows the molecules more latitude to speak for themselves.

المشكلة كما رأينا أن البيانات عندما تتحدث عن نفسها تقول كلاما شديد الوقاحة! و أخيرا و ليس اخرا دعنا نذكر أن الكثير من تقديرات معدل التطور و الساعة الجزيئية كانت مبنية على قياس معدلات تراكم الطفرات فى ما يسمى الحمض النووى الخردة و الجينات الزائفة و الينقولات اذ كانوا يعتبرونها ممثلا لتراكم الطفرات المحايدة لكونها غير وظيفية و فوق هذا المعدل انتخاب ايجابى و لكن اتضح أن هذه التسلسلات ليست خردة و بالتالى لا يمكن اعتبارها محايدة بل و ما هو غير وظيفى منها تستهدفه الخلية بمعدل تطفيرى عالى فى فترة قصيرة مما يعطى ايحاءا كاذبا بأن عمره طويل و أنه قديم تتراكم فيه الطفرات منذ زمن

There is now considerable evidence that TEs are major drivers of adaptive evolution, and frequently co-opted into gene regulatory circuits, first proposed by Britten and Davidson, although they are still commonly and erroneously invoked as indices of neutral evolution.

John S. Mattick "A Kuhnian revolution in molecular biology: Most genes in complex organisms express regulatory RNAs" BioEssays (15 June 2023)

ليس هذا فحسب بل ان دراسة قارنت بين التكرارات الطرفية الطويلة لعدد من الفيروسات العكسية فى الرئيسيات وجدت عددا كبيرا من التغيرات جعلها تقول ان استخدامها كمقياس أمر مشكوك فيه جدا

The high frequency of these events casts doubt on the accuracy of integration time estimates based only on divergence between retroelement LTRs.

Jennifer F Hughes and John M Coffin "Human Endogenous Retroviral Elements as Indicators of Ectopic Recombination Events in the Primate Genome" Genetics, Volume 171, Issue 3, 1 November 2005, Pages 1183–1194,

لاحظ أننا أصلا لا نسلم لهم بالتبريرات التى يقولونها فهم كلما وجدوا اختلافا ألفوا قصة جديدة عن فيروس اندمج مع اخر أو حل محله و لكن الشاهد هنا هو اعترافهم بأنها و بعد كل تبريراتهم للاختلافات لازالت مقياس معيوب. بحث اخر عثر على الية أسموها repeat-induced point mutation(RIP) و هى حالة تقوم فيها الخلية باستهداف الينقولات بعمليات تطفير مكثفة لتعطيلها و ايقاف عملها كجزء من تنظيمها و أهمية هذا الأمر فى نقطتان. الأولى هى أن الخلية أصلا لا تنتظر تراكم الطفرات الذى يتحدث عنه التطوريون عبر ملايين السنين بل تحدث فى فترات قصيرة نسبيا طفرات كثيرة توحى بمدد تطورية طويلة و هو ما يسمى على الأشجار التطورية long branch فرع طويل. و الثانية هى أن هذه الطفرات تقود الى نشأة تسلسلات متشابهة بدرجة كبيرة (تطور متقارب) RIP-induced homoplasy بشكل مستقل فى خطوط تطورية منفصلة بلا سلف مشترك و طبعا يظن التطوريون أنها علاقة سلف مشترك و بناءا على هذه المعطيات ما يحدث بشكل مستقل فى كائنات مستقلة عبر فترة قصيرة يبدو للتطوريين أنه موروث من سلف مشترك عبر فترة طويلة و هو ما يؤثر قطعا على ضبط الساعة الجزيئية باستخدام البيانات الجينية و على بناء أشجار العلاقات التطورية

In our dataset, it appears that RIP mutation-induced homoplasy rather than recombination is the primary driver of conflict. In this study, the data clearly showed that the accelerated mutations experienced during the RIP process are not equivalent to the sequence variation experienced by their ‘‘normal’’ non-RIPped counterparts, with the rate of evolution experienced by different RIPped copies within a single C. cereale strain greatly exceeding the mutational forces experienced,...for the RIPped group, the tree topology was characterized by exceptionally long branches.

Jo Anne Crouch et al., "The evolution of transposon repeat-induced point mutation in the genome of Colletotrichum cereale: Reconciling sex, recombination and homoplasy in an ‘‘asexual’’ pathogen" Fungal Genetics and Biology 45 (2008) 190–206

النماذج الحديثة – التحليل الاحصائى/الاحتمالى:

هل تذكر مثال جارك الذى يصر أنك تعيش بعيدا الذى ضربناه بالأعلى؟ هذه المرة جارك سيطور أساليبه. سيستعين بأفضل و أدق برامج الخرائط ليحدد الأماكن التى تبعد 1 كيلومتر عن الموقع – سيستعين بأحدث برامج الذكاء الصناعى و يعرض عليها المواقع و تفاصيل الطرق و بيانات الزحام المرورى و متوسط سرعة سير السيارات فى كل طريق حتى يحدد ما هى الاحتمالية الأفضل للموقع الذى أتيت منه من على بعد 1 كيلومتر و الطريق الذى سلكته و السرعة التى سرت بها. نعم البيانات و المعادلات التى استخدمها جارك لتحديد المسافة و الطريق و حساب زمن السفر صحيحة و علمية تماما و ربما يكون استخدم أحدث و أفضل و أدق البرمجيات و لكن أفعاله كلها مبنية على قصة خيالية غير صحيحة موجودة فقط فى رأسه و ليست فى الواقع و هى أنك جئت من على بعد 1 كيلومتر بينما أنت خرجت من باب منزلك المجاور له الآن لذلك فما قام بحسابه ليس دليلا علميا. هذا باختصار هو نفس ما يفعله التطوريون فى نماذجهم و برمجياتهم الحديثة.

يقول لنا التطوريون أنهم قد طوروا نماذج رياضية/احصائية احتمالية Bayesian قادرة على أن تأخذ فى الحسبان كل المشاكل لتعطينا أفضل نتيجة ممكنة maximum likelihood و هنا نعود الى نفس الانتقاد الذى وجهه تطوريون اخرون للمسألة: لا يوجد برنامج سيعمل بأفضل من الفرضيات التى بنى عليها

no matter how sophisticated their mathematical models, molecular systematists have not questioned the basic assumptions upon which they are based. Thus, while refining computer programs to analyze molecular data phylogenetically continues apace with statements of certitude about results following suit, no algorithm is more viable than the assumptions that inform it

Jeffrey H. Schwartz and Bruno Maresca “Do Molecular Clocks Run at All? A Critique of Molecular Systematics” Biological Theory 1(4) 2006, 357–371 (October 26, 2006)

ان ما يفعله هذا النوع من التحليل باختصار هو أنه فى الواقع يأخذ ما تعطيه اياه من بيانات و مدخلات ليحسب لك ما هى احتمالية وجود هذه البيانات فى ضوء نتيجة معينة فيستخدم لترجيح نتيجة على أخرى. بعض الأمثلة المبسطة بشكل مخل: ما هى احتمالية وجود شخص بالمنزل فى ضوء بيانات مثل الضوء مطفأ أم مشتعل؟ هناك صوت حركة فى المنزل أم لا؟….الخ. ما هى احتمالية وجود علاقات تطورية معينة (مثلا الانسان أقرب سلف مشترك له مع الشمبانزى ثم الغوريلا أم العكس) فى ضوء بيانات مقارنات الحمض النووى و حجم التشابهات؟ ما هى احتمالات سرعة عمل التطور فى ضوء وجود أحافير معينة و علاقات تطورية معينة؟ مثلا فى ضوء كون لوسى و هومو هابيليس أحافير انتقالية و فى ضوء ما نعرفه عن معدلات التطفر المتغيرة ما هى السرعة (الأكثر احتمالا) التى تطورت بها القردة العفارية الى بشر؟ و هكذا. فى بعض الأحيان مثلا قد يتطلب الأمر تقديرا لاحتمال وجود البيانات حال غياب النتيجة أو الشك فيها مثلا ما احتمالية وجود هذا التشابه الأكبر بين الانسان و الشمبانزى ان كانت الغوريلا هى الأقرب له تطوريا؟ ما احتمالية سرعة تطور بطيئة ان كانت الأحافير تظهر بشكل انفجارى؟ و طبعا الكثير من هذه الاحتمالات تقديرات تتأثر ابتداءا برأى الباحث و قناعاته التطورية المسبقة سواءا كان الباحث القائم بالدراسة أو الذى شارك فى برمجة البرنامج الحاسوبى و تعامله مع الاحتمالات. و أول هذه القناعات المسبقة القاعدة الفاسدة التى وضعوها فى أوراق الستينات سالفة الذكر بل يمكننا القول التى بدأوا بها منذ زمن داروين بل منذ زمن أبيقور: من غير المحتمل أن تنشأ التشابهات بلا سلف مشترك لأنها ليست مصممة بل تنشأ بصدف ينتقى منها الانتخاب الطبيعى و بما أن هناك أسلاف مشتركة اذن يجب أن تكون هناك أحافير انتقالية ثم يتلوها طابور طويل من القناعات و الفرضيات الأخرى

المشكلة كما هو واضح أن النتيجة الموجودة هنا محددة سلفا ألا و هى حدوث التطور و وجود أحافير انتقالية و أسلاف مشتركة و شجرة علاقات تطورية و لكن السؤال هو أى السيناريوهات المرشحة لحدوث هذا هو الأقرب الى الصحة/الأكثر احتمالا؟! بعبارة أخرى أنت تحدد للبرنامج أن التطور قد حدث و تعطيه شجرة علاقات تطورية أو مجموعة أشجار و علاقات محتملة (أو مقارنات حمض نووى) و بناءا عليه يبدأ فى حساباته ليعطيك السيناريو الأكثر احتمالا للعلاقات التطورية و لكيفية و سرعة نشأتها. هذه النتيجة الأكثر احتمالا لا يمكن اعتبارها دليل على حدوث التطور لأنها محسوبة أصلا بناءا على التسليم بحدوثه. انها أكثر السيناريوهات احتمالا "ان كان التطور قد حدث أصلا". هذا التحليل لا يحاول حساب هل حدث التطور أم لا أصلا بل كيف حدث و ما هى سرعة حدوثه و كل هذا بناءا على حزمة من الافتراضات الأولية priors التى يحددها الباحثون أو يتعامل معها البرنامج عن طريق وجود احتمالات لحدوثها. اذن فما فعلوه بهذه النماذج و البرمجيات الحديثة هو مجرد نقل لنفس فرضياتهم بكل مشاكلها الى صيغة حسابية/حاسوبية. المعادلة سليمة – البرنامج سليم لكن تظل المشكلة فى الفرضيات التأسيسية تماما كما فى حالة جارك.

ليس هذا فحسب بل ان هذا التحول الى النماذج الأعقد قد أتى بمشاكله الخاصة فهم يعترفون أن بعض الافتراضات الأولية لهذه النماذج لا يتم وضعها لأنها واقعية و تمثل البيولوجى بل لأنه تسهل التعامل مع العملية احصائيا statistical tractability و مع ذلك لها تأثير كبير على النتائج و هو ما يطعن فى النتائج حتى من منظورهم هم كمؤمنين بحدوث التطور خاصة فى ظل اعترافهم بصراحة بعدم امتلاك نموذج واضح يؤكد لهم هل نتيجة التحليل بسبب البيانات أم بسبب الافتراضات الأولية there are as yet no established criteria for evaluating how different the prior and posterior should be in order to have confidence that the date estimates are influenced by the data and not simply a reflection of the priors. فما بالك بأصل المشكلة فرضية التطور ذاتها التى لا يريدون الاعتراف بأنها فرضية!

These methods require us to make assumptions about the relationship between genetic change and evolutionary time...But in order to do this, Bayesian dating methods rely on a range of assumptions about the evolutionary process, which vary in their degree of biological realism and empirical support. These assumptions can have substantial impacts on the estimates produced by molecular dating analyses...While there is a tendency to place faith in the latest or most complex methods, these are not always more reliable than simpler ones. The more complex the method, the more assumptions we have to make about the evolutionary process. Some of these assumptions may provide a more realistic description of the complexities of evolutionary patterns and processes. But some of the assumptions in phylogenetics are made for statistical tractability rather than being necessarily based on understanding of the underlying evolutionary processes.

specific to Bayesian analyses, we have a set of ‘priors’ that encapsulate our beliefs about the evolutionary history and processes: during the analysis, we update our beliefs after considering evidence from the data. Collectively, all of these assumptions can have complex impacts on Bayesian estimates of evolutionary rates and timescales, though their influence might not always be clearly discernible...Bayesian molecular dating is a complex process that involves a range of assumptions and the specification of prior beliefs about model parameters. In many cases changing the models and priors will influence the outcome of the analysis, but the impacts of these choices are often not directly investigated

It is important to bear in mind the limitations of using Bayes factors to select models for molecular dating analysis. This approach compares two models, including the specification of the priors, so a poor choice of priors can also influence the Bayes factor.

Lindell Bromham et al., “Bayesian molecular dating: opening up the black box” Biological Reviews (2018), 93, pp. 1165–1191

تشمل هذه الفرضيات الأولية الكثير من الأشياء مثل نموذج الطفرات substitution model (هل سيتم اعتبار كل الطفرات متساوية الاحتمال؟ هل ستعتبر بعض الطفرات تؤثر سلبا أو ايجابا على احتمال حدوث طفرات أخرى أم لا؟ هل سيتم اعتبار كل المواقع فى التسلسل تخضع لنفس القواعد أم لا؟ و غيرها من الاعتبارات) و الكثير من النماذج التى تمثل هذه المتغيرات يتم وضعها لا من باب الواقعية و أنها تمثل الحقائق البيولوجية بل من باب السهولة و العملية!

There are many priors and hyperpriors on the substitution model in Bayesian dating analyses, including those on the substitution rates, frequencies of the four nucleotides, and rates across sites… We might have ideas about these relative rates – for example that transitions are more common than transversions – but we generally do not have independent information about what values those rates should take for any given data set.

So the popularity of the gamma distribution is due to its practical benefits rather than any empirical evidence that it is biologically realistic. The choice of substitution model, or the form of the priors on the parameters of the model, can affect date estimates…the impact of the choice of substitution model is not always easy to predict

Also Check section: COMPONENTS OF THE LIKELIHOOD MODEL

Lindell Bromham et al., “Bayesian molecular dating: opening up the black box” Biological Reviews (2018), 93, pp. 1165–1191

تشمل الافتراضات الأولية أيضا نموذج شجرة العلاقات التطورية (ما هى العلاقات التطورية و من تفرع بعد من) و معدل نشأة و انقراض الأنواع الجديدة birth-death prior و هذا كارثة بمفرده اذ وجه اليه بعض الدارسين انتقادات لاذعة مفادها أنه يتم ضبطه فى الدراسات حسب القيم المطلوبة لتحقيق النتيجة النهائية المرجوة دون أى دليل و أن هناك عدد ضخم جدا من القيم التى يمكن أن تتوافق مع أى نتيجة تريد الوصول اليها

Louca, S., Pennell, M.W. Extant timetrees are consistent with a myriad of diversification histories. Nature (2020)

Mark Pagel, Evolutionary trees can’t reveal speciation and extinction rates. Nature (2020).

و طبعا كارثة الكوارث هو نموذج شجرة العلاقات التطورية المليئة أصلا بالفرضيات و التضاربات و نادرا ما توجد بيانات واقعية ترجح نموذج على اخر سواءا اختار الباحث نموذجا بعينه أو قام بعمل "متوسط احصائى" لعدة نماذج أشجار(و هذا المتوسط الاحصائى بحد ذاته خدعة رياضية لأنه لا يمثل احاد التسلسلات أو الصفات التشريحية) و طبعا هناك عدة طرق و نماذج رياضية للتعامل مع مثل هذه الأشجار (مثلا على حسب حجم عينة التسلسلات/الجينات/البروتينات و المقدار الذى نتوقع به أن تمثل التنوع فى الجماعة الحية تمثيلا جيدا و الحجم المفترض لهذه الجماعة الحية عبر الزمن) و كل نموذج بحزمة فرضيات سيؤثر على النتيجة بطريقة مختلفة عن الاخر و كثيرا ما لا توجد طريقة لتحديد أى نموذج هو الأنسب/الأصح

Since the tree prior contributes to the posterior distribution of all node times, using an inappropriate tree prior or applying unreasonable constraints on the parameters potentially influences the accuracy of the date estimates for every node in the tree… The influence of the coalescent tree prior on date estimates can be illustrated by studies where changing the prior changes the date estimates. For example, date estimates for the origin of an outbreak of hepatitis C virus obtained using a Bayesian skyline plot were approximately half those obtained using other coalescent tree priors...In this case, the researchers rejected the young dates produced using the Bayesian skyline plot on the basis of epidemiological evidence, but such independent information is not always available.

An assumption shared by most tree priors, but which is particularly problematic for coalescent tree priors, is that all sites in the alignment have evolved along a single bifurcating phylogeny. This assumption is violated under several well-known circumstances

Also Check Fig. 4

Lindell Bromham et al., “Bayesian molecular dating: opening up the black box” Biological Reviews (2018), 93, pp. 1165–1191

و قبل كل هذا مدى عشوائية عينة أنواع الكائنات الحية التى ستبنى عليها التحليل اذ يجب أن تكون العينة تضم تمثيلا جيدا للأنواع و هذه النقطة تفشل فيها دراسات كثيرة (مثال مبسط لا تقل أنا سأقوم بدراسة الثدييات ثم تأخذ معظم العينة من المشيميات و قليل من الجرابيات)

Taxon sampling is an important consideration in all molecular dating analyses, because of the potential impact on the accuracy and precision of estimates of both topology and branch lengths. In most Bayesian analyses, taxon sampling is assumed to be random with respect to phylogenetic relationships. This assumption is violated for many data sets,… Although such sampling biases might seem trivial, they can sometimes lead to inaccurate date estimates...Most birth–death models that incorporate sampling fraction assume that the included taxa represent a random sample of the contemporary taxa, an assumption that is frequently violated

Lindell Bromham et al., “Bayesian molecular dating: opening up the black box” Biological Reviews (2018), 93, pp. 1165–1191

عوامل الضبط الاضافية calibration سواءا كانت أحافير او دراسات تطورية أخرى و تقديرات لتواريخ الانفصال عن أسلاف مشتركة و التى تتم اضافتها لضبط النموذج هى ذاتها تتكون من فرضيات تعانى من انعدام الدقة كما وضحنا بالأعلى لدرجة أن قالت الدراسات أنها قد تصل الى حد كونها مجرد تمثيل لقناعات الباحث المسبقة و ليست بيانات

calibrating the molecular clock...can have a profound impact on the date estimates that are obtained...In cases such as these, the Bayesian date estimates are predominantly reflecting the prior beliefs about divergence times, rather than information from the sequence data…Given the uncertainty in the association between calibrating information and the age of a node in the phylogeny, calibrations must be regarded as hypotheses about evolutionary history, rather than as error-free observations

Lindell Bromham et al., “Bayesian molecular dating: opening up the black box” Biological Reviews (2018), 93, pp. 1165–1191

مسألة أخرى هى سرعة دق الساعة الجزيئية (معدل التغير/التطور) و الذى شرحناه بالأعلى و الذى كلما حاول التطوريون تقديره وجدوه يختلف بين التصنيفات المختلفة و بين التسلسلات المختلفة فى نفس التصنيف بل و بين نفس التسلسل عبر الزمن و طبقا لفرضية الباحث حول هذا المعدل يتأثر معدل عمل الساعة الجزيئية و تأريخها بشدة على حسب هل افترض أنه ثابت أم متغير و ان كان متغير هل هو correlated متشابه بين الأفرع التطورية القريبة من بعضها أم relaxed مستقل عن العلاقات التطورية و ما هو معدله و هل/كيف تغير عبر الزمن؟ و لا توجد أى طريقة للتأكد من صحة الافتراضات الموضوعة. النماذج الحديثة جعلت الأمر أسوأ لأن تقدير و ضبط سرعة الساعة الجزيئية فيها عبر الزمن و بين التصنيفات يعتمد بدرجة كبيرة على نماذج رياضية/احتمالية يتم اختيارها بناء على سهولة التعامل معها حسابيا و احصائيا و ليس بسبب واقعيتها مع قلة شديدة فى البيانات التجريبية خاصة و أن معظم ما نحاول تمثيله هو علاقات بين كائنات مندثرة و منقرضة أو عاشت فى أزمان قديمة لا نضمن هل معدلات التغير فيها كانت مطابقة للحديثة أم لا و هو من جديد ما يؤثر سلبا على دقة كل القياسات و التواريخ

There are surprisingly few empirical studies of observed patterns of rate variation across branches in a phylogeny, independent of Bayesian estimation procedures. As a consequence, the form of the distribution of rate values is usually chosen for statistical convenience, rather than being based on any biological understanding of evolutionary rates…A second potential limitation of stochastic models of rate variation is that all of the common models assume random changes in rate, but there are many cases in which we might expect rates to undergo directional change…Such concerted changes would be hard to detect using Bayesian molecular dating methods, and could result in biased date estimates

The choice of branch-rates prior can have a substantial impact on estimates of divergence times and evolutionary rates. Many studies compare the results of applying several branch-rates models to their data, and it is not unusual for these different models to give very different date estimates

Lindell Bromham et al., “Bayesian molecular dating: opening up the black box” Biological Reviews (2018), 93, pp. 1165–1191

لاحظ أنه حتى فى الحالات التى يحاولون فيها ضبط المعدل وفقا لبيانات فعلية فان الافتراضات التطورية تتدخل من جديد مثلا فى حالة الجين prestin المشفر لأحد البروتينات المسئولة عن التقاط الشعيرات للذبذبات فى الجهاز السمعى هناك فروق بين الكائنات التى لا تعتمد على السونار و تلك التى تعتمد عليه كالخفافيش و الحيتانيات. هنا أسهل شئ على التطورى أن يعتبر هذا دليل تجريبى على ساعة جزيئية سريعة فى هذه الخطوط التطورية للثدييات (تقارب فى سرعة التطور) ويتجاهل تماما كون هذه الفروق مصممة فى الكائن بسبب جهاز السونار الذى يحمله.

و نفس الشئ فى الأمثلة سالفة الذكر عن الخطوط التطورية المستقلة للثدييات المائية و الميتوكوندريا و غيرها الحالات التى يقولون فيها أن التطور تم بسرعة كالكمبرى و المشكلة الأكبر أننا حتى اذا تجاهلنا أن كل هذا مبنى على الفرضية التطورية محل النقاش و اعتبرناه (على مضض) بيانات فانه لا يحل المشكلة بل لازالت النماذج الاحصائية المختلفة تقود الى نتائج خاطئة و متضاربة حتى عندما يكون لدينا ما نعتقد أنه معدل تطور معروف و ذلك -من جديد- بسبب وجود الكثير من الافتراضات فى النموذج و هذه الافتراضات قد لا تمثل الحقيقة التاريخية التى حدثت بل تمثل قناعات الباحث و المدرسة التطورية التى ينتمى اليها

Even in the relatively rare cases where there is independent knowledge of patterns of rate variation, Bayesian dating methods using different branch-rates models can produce widely different results…So even when we have reliable empirical knowledge about rate variation, we can still find ourselves without a sound basis for choosing which branch-rates model to use

If different clock models yield different date estimates when applied to the same data, then we know that the disparities reflect the assumptions that we are making. Therefore, the predictive power of the analysis depends on the degree to which the chosen model provides an appropriate description of the data. If the assumptions of the method are violated by the underlying data, then there is as much potential for rate-variable Bayesian date estimates to be wrong as there is for strict-clock estimates to be wrong when the assumption of rate uniformity is violated. It is therefore critical that the sensitivity of the date estimates to the models and priors is carefully evaluated

Lindell Bromham et al., “Bayesian molecular dating: opening up the black box” Biological Reviews (2018), 93, pp. 1165–1191

المشكلة الكبرى هنا هى أنهم لا يريدون مواجهة أن مجرد حدوث التطور فى حد ذاته هو من الفرضيات و ليس من البيانات و لذلك فان انتقاء النموذج و الأرقام الأقرب لتلك الفرضية ليس دليلا على شئ لأنها فرضية و ليست بيانات أو حقائق و هذا من جديد يوضح لك خطورة جملة "كل العلماء يؤمنون بالتطور" التى يعتبرها البعض دليلا فهى تشجع على عدم رؤية أدلة النفى و الانتقائية فى التعامل مع البيانات و فرض القناعات المسبقة للباحث عليها. و برغم ذلك فان التحليل الاحصائى الاحتمالى قد يفشل فى اختيار نموذج ملائم و يضطر الباحث الى أخذ متوسط نتائج عدة نماذج. و من جديد نكرر هذه أداة احصائية و لكن لا يوجد معنى لأخذ متوسطات لكائنات أو لخطوط تطورية لأن شيئا واحدا محددا يفترض كونه حدث و متوسط عدة سيناريوهات لا يقودنا الى هذا الشئ ناهيك عن أن يكون دليلا عليه و حتى فى حال عدم الاحتياج لأخذ المتوسط و الوصول الى نموذج قريب من ملائمة البيانات فهم أنفسهم يعترفون بأن أفضل النماذج ملاءمة قد لا يكون ممثلا لما حدث فى الواقع (الى جانب احتواءه على فروق ضخمة كما وضحنا بالأعلى)

Choosing models based on either model fit or model averaging can indicate the best solution given the available models, but it does not guarantee that the selected model provides an adequate description of the evolutionary process that generated the data. We need to face the sad fact that even the best-fitting available model might not be good enough to make sound evolutionary inferences

Lindell Bromham et al., “Bayesian molecular dating: opening up the black box” Biological Reviews (2018), 93, pp. 1165–1191

و أخيرا فان طريقة التحليل الاحصائى المستخدمة ذاتها Markov chain Monte Carlo (MCMC) تواجه تحدياتها الخاصة عند تطبيقها على هذا النوع من البيانات و هى تحديات تقنية يمكن للقارئ المهتم الرجوع الى الورقة لقراءتها فى القسم GETTING AN ANSWER مثل ضرورة حذف القسم الأول من النتائج التى يولدها البرنامج لأنه غير معبر و صعوبة تحديد حجم ذلك القسم بالضبط و كيفية ضمان أن الانتقاء العشوائى الذى يقوم به البرنامج نجح فى تغطية مساحة بيانات كافية للوصول الى نتيجة دقيقة و أن عدد العينات التى أخذها الرنامج من نطاق توزيع البيانات الأقرب الى الدقة كان كافيا لفحص هذا النطاق بشكل جيد و طبعا طريقة التعامل مع النتائج المختلفة/المتضاربة

و الان النتيجة النهائية: لديك عملية هى عبارة عن مجموعة افتراضات أولية priors تبنى عليها مجموعة من الخطوات كل خطوة عبارة عن كم ضخم من الاحتمالات التى يتم فحص عينات منها و الانتقاء من بينها (أو تقدير احتمال حدوثها). الفحص و الانتقاء يتم عبر نموذج يتم انتقاءه من بين عدة نماذج مصممة لضمان السهولة و العملية قبل الواقعية. هذه النماذج تعمل بطرق مختلفة لفحص و تقييم الاحتمالات الكثيرة فى كل خطوة حسب الافتراضات الأولية الموضوعة للوصول الى أقرب سيناريو يحقق لك النتيجة المطلوبة و التى هى أصلا شجرة تطورية ربما تكون هى الصحيحة و ربما لا و لا توجد أى طريقة للتأكد من صحة ما تقوم به و مطابقته للواقع و أنه ليس مجرد انعكاس لافتراضاتك الأولية و قناعاتك المسبقة!

كل خطوة افتراضات و احتمالات

The priors play a critical role in Bayesian dating analyses and, given that they can have a large impact on the date estimates obtained, it is important to examine them carefully. The examples we have referred to show that the choice of tree prior, branch-rates prior, and other priors can have important effects on the estimates of the substitution rate and divergence times. Furthermore, the choice of priors can influence Bayesian model selection using marginal likelihoods, because these are weighted by the priors. So for any Bayesian molecular dating analysis we should investigate the impact of the priors on the outcomes of the analysis...there are as yet no established criteria for evaluating how different the prior and posterior should be in order to have confidence that the date estimates are influenced by the data and not simply a reflection of the priors.

(1)...A wide range of models have been developed for Bayesian molecular dating, creating a challenging task for users of these methods, because there are many decisions to be made in designing an analysis. (2) Bayesian molecular dating will always carry a hefty burden of uncertainty and subjectivity. Models and priors are principled oversimplifications at best, and the results need to be carefully considered in the light of model assumptions, the influence of priors, and the conflicting claims of other evidence

Models for molecular dating have increased markedly in their sophistication, but models are often chosen for their statistical tractability rather than biological realism.

Lindell Bromham et al., “Bayesian molecular dating: opening up the black box” Biological Reviews (2018), 93, pp. 1165–1191

و طبعا أهم prior هو التطور ذاته و لكن لا أحد يعترف بهذا و يحاولون حصر الافتراضات فى أى شجرة هى الصحيحة و أى أحفورة هى السلف و أى معدل تطور هو الصحيح...الخ و معظم هذه الافتراضات الأولية غير قابلة للاختبار و التأكد و بعضها يمكن ضبطه بعدد لا نهائى من الطرق للوصول الى نفس النتيجة

this test of the influence of the prior cannot necessarily be applied to all parameters. Parameters of this kind include the branch rates and node ages, which are semi-identifiable because there is an effectively infinite number of combinations of these that can give the same product

Lindell Bromham et al., “Bayesian molecular dating: opening up the black box” Biological Reviews (2018), 93, pp. 1165–1191

حسنا على الأقل اضافة بيانات أكثر من تسلسلات الحمض النووى يمكن أن تزيد من الدقة. مع الأسف لا لن تفعل خاصة أن هذه كما ذكرنا خاضعة لافتراضات هى الأخرى بل فى الواقع أصبح هناك تحدى بسبب تضاربات أشجار العلاقات التطورية الناجمة عن زيادة البيانات فلا يتبقى سوى الأحافير و هذه من جديد مبنية أصلا على افترض كون هذه حلقات انتقالية الى جانب المشاكل سالفة الذكر كخلافات التأريخ و خلافات وضعها فى الشجرة التطورية

in the case of rate estimates and divergence times, the uncertainties in the posterior and the impact of the prior will not disappear even with an infinite amount of sequence data. Irrespective of the amount of data, uncertainty in the posterior distribution of node ages is influenced by uncertainty in fossil calibrations...The amount of sequence data is no longer a limiting factor for many molecular dating analyses…The efficiency of Bayesian dating methods needs to keep up with the explosive growth of genomic data, particularly for dealing with variation between gene trees in multi-locus data sets

Lindell Bromham et al., “Bayesian molecular dating: opening up the black box” Biological Reviews (2018), 93, pp. 1165–1191

و هو ما يتفق مع بعض الأمثلة السابقة و التى استخدمت بيانات كثيرة أحفورية و جزيئية و مع ذلك لم تحل المشكلة و قد قامت دراسة أخرى بتطبيق هذا الأمر عمليا و ذلك باستخدام كم كبير من البيانات سواءا الجزيئية أو الأحفورية و دراستها باستخدام عملية التحليل الاحصائى مطبقة أكثر نماذج الساعة الجزيئية تسامحا relaxed (النموذج الذى يسمح لك بتغيير معدل دق الساعة لكل فرع من الشجرة و لا يلزمك بمعدلات متقاربة للفروع المتقاربة حتى تتمكن من "ضبط" البيانات على مزاج التطور) لترى مدى كفاءة عملية التحليل الاحصائى فى التعامل مع الاحتمالات المختلفة لكل خطوة (الضبط بالأحافير و شجرة العلاقات التطورية و معدلات التطور و طريقة تقسيم البيانات partitioning...الخ) لتخلص الى أن عملية التحليل الاحتمالى الاحصائى من خلال تعاملها مع مستوى من عدم اليقين فى كل خطوة تنتهى الى نتيجة غير دقيقة بالمرة و لا يمكن الاعتماد عليها لتحديد أى علاقات تطورية أو أى عملية سببية فى ظهور الكائنات الحية insufficient to discriminate among causal hypotheses و حتى الضبط بالأحافير الذى تعول عليه دراسات كثيرة قاد الى نتائج شديدة التضارب

Most recent divergence time analyses have been undertaken within a framework of Bayesian inference because it is capable of integrating much of the uncertainty associated with divergence time estimation, viz. the relationships between fossil evidence and clade age, rate variation among lineages (the relaxed clock), branch length estimation, tree topology, and parameters such as data partitioning. Yet, few studies have considered the cumulative impact of these uncertainties on the precision of evolutionary timescales. Here we show that the precision of molecular clock estimates of times has been grossly over-estimated...We employed four fossil calibration strategies that accommodate different interpretations of the fossil record and show that these have a dramatic impact on the estimated times. We also explored the use of different relaxed clock models and show that at this level of divergence the molecular clock is significantly violated. We tested for the effects of different data partitioning strategies and show that this, too, has a significant impact on divergence time estimates. Finally, we show that competing phylogenetic hypotheses yield very different divergence time estimates. An evolutionary timescale for metazoan diversification that accommodates these uncertainties has precision that is insufficient to discriminate among causal hypotheses. Though some of this uncertainty can be reduced through increased precision of calibrations afforded by statistical modeling of fossil occurrence, more sequence data, reduced topological uncertainty, etc., the limitations of the fossil record and the confounding effect of times and rates will remain, making it difficult to achieve the precision required to test competing hypotheses on the causes and consequences of metazoan diversification...truncation can have dramatic and perhaps surprising effects. These effects may be hard to predict, highlighting the challenges in constructing fossil calibrations, as calibrations based on the same fossil information can unintentionally lead to dramatically different priors and posterior estimates of divergence times.

Mario dos Reis et al., "Uncertainty in the Timing of Origin of Animals and the Limits of Precision in Molecular Timescales" Current Biology Article Volume 25, Issue 22 p2939-2950 November 16, 2015

طبعا هم يقولون أن هذا الاحصاء عاجز عن نفى الكثير من الفرضيات أو ترجيح واحدة على أخرى...الا التصميم فهذا منفى من قبل أن نبدأ...منفى فى الافتراضات الأولية priors طبعا و هذا العجز الذى يثبتوه للتحليل الاحصائى يأتى مع اقرارهم بأن هناك مصادر لعدم اليقين لم يضيفوها للدراسة أى أن القوة التفسيرية للنموذج أسوأ حتى من نتيجتهم السيئة و حتى ما يقترحوه من اضافة المزيد من خصائص الكائنات الى التحليل لتقليل نسبة عدم اليقين فى العلاقات التطورية و تقديرات الساعة الجزيئية يعطيهم نتائج أسوأ و تواريخ أقدم مما هو معقول

The uncertainties from competing interpretations of the fossil record, through the choice of rate models and sequence partition strategies, to competing phylogenetic hypotheses all contribute to an evolutionary timescale that lacks sufficient precision to rule out many hypotheses. The situation is compounded by at least two additional sources of uncertainty that we did not study here: uncertainty introduced by the birth-death time prior, and its failure to accommodate diversified sampling of species in phylogenies, and uncertainty due to the substitution model, which may have an important effect when estimating branch lengths in ancient phylogenies

Progress may be possible through analysis of combined morphological and molecular data, which allow fossil species to be integrated into divergence time analyses on par with their living relatives. Combined analyses are expected to reduce uncertainty in prior node ages as compared to traditional analysis based on simplistic fossil-based constraints. However, most such analyses conducted to date have yielded unacceptably old divergence time estimates, even older than traditional node-calibrated studies

لاحظ هنا أن مفهومهم عن السيناريو السببى لظهور الكائنات الحية تطورى بحت و هذا طبعا أهم و أول prior موجود رغما عن أنف الأدلة لذلك فهم يتعجبون من عدم وجود أسلاف فى الحقبة الايديكارية قبل الكمبرى برغم من صلاحية السجل الأحفورى لحفظهم the conditions required for exceptional fossil preservation, so key to evidencing the existence of animal phyla in the early Cambrian, obtained also in the Ediacaran

و هو ما ذهبت اليه دراسة ثالثة حاولت تفسير التضارب العجيب بين البيانات الأحفورية و الساعة الجزيئية لبعض أنواع الحشرات و الذى يتراوح بين 50 مليون الى 100 مليون سنة و أقر فريق العمل (و هم مختصون فى الجيولوجيا و الحشرات) بأن الحجج المتعلقة بضعف السجل الأحفورى (بسبب عدم صلاحية طبقات الأرض للحفظ أو بسبب صغر حجم الحشرات...الخ) غير صحيحة و انتهوا الى أن الحل الوحيد هو اتهام الساعة الجزيئية ذاتها و الفرضيات التى تبنى عليها التحليلات و الطبيعة "الانفجارية"bursts للتطور و اختلاف معدلات الانتواع birth–death modelling و التباينات فى سرعة التطور rate heterogeneity

We suggest that inference of an early origin of Pterygota long prior to their first appearance in the fossil record is probably an analytical artefact of taxon sampling and choice of fossil calibration points, possibly compounded by heterogeneity in rates of sequence evolution or speciation, including radiations or ‘bursts’ during their early history.

Estimating and assigning divergence times to nodes on a phylogenetic tree is deceptively straightforward, and general interactions between prior probability settings and underlying taxon sampling, intrinsic rate heterogeneity, and missing data are difficult to evaluate based on individual cases...Beyond analytical input parameters, rate heterogeneity is perhaps the most intractable phenomenon potentially giving rise to over-estimates of ages...clade-specific rate heterogeneity can cause the age of a group to be overestimated by tens of millions of years.

In the absence of molecular or palaeontological tests for epoch effects, the increased rates of molecular evolution that may accompany heightened rates of net diversification may predispose current methods for using fossil-calibrated phylogenetic data to overestimating ages of groups that experienced an early burst of evolution. Consequently, despite the increasing evidence of the ubiquity of initial bursts of diversification (McPeek, 2008; Phillimore & Price, 2008; Morlon et al., 2010; Moen & Morlon, 2014), these cannot be inferred, much less pinpointed, unless the fossil record of a particular group is complete enough for a tree prior to be generated with an epoch-specific birth–death branching process.

Sandra R Schachat et al., "Illusion of flight? Absence, evidence and the age of winged insects." Biological Journal of the Linnean Society 138(2), 143–168. (2023)

الا أن ما يسمونه الطبيعة الانفجارية/السريعة للتطور و الانتواع مجرد محاولة لاعادة تسمية التصميم باسم تطورى فالقدرة التفسيرية للنظرية و قدرتها المزعومة على تجاوز العقبات الاحتمالية (صعود جبل اللااحتمالية على حد تعبير رتشارد دوكنز) مبنية أصلا على التدرج و تفكيك الصفات الى أجزاء يتم انشاءها تدريجيا (بفرض امكان ذلك) و التلاعب بالساعة الجزيئية و تسريعها لتوافق هذه الطبيعة الانفجارية ليس دليلا على التطور و لكن على الأقل يحسب لهم عدم الاختباء خلف حجة ضعف السجل الأحفورى و اعترافهم بمشاكل الساعة الجزيئية و هو ايضا نفس ما وصلت اليه دراسة رابعة قامت بزيادة البيانات الى حد لم تصل اليه أى من الدراسات السابقة باستخدام عينات تغطى 60% من تصنيفات النباتات المزهرة (8000 تصنيف) و مقارنة 350 جين بين هذه العينات و استخدام 200 أحفورة لضبط الشجرة لتصل الى نفس النتيجة: تضارب العلاقات التطورية و التنوع الانفجارى و البديل لدى من لا يريد تسريع الساعة الجزيئية هو افتراض فتيل fuse طويل و ساعة جزيئية عادية أو بطيئة و اتهام السجل الأحفورى. و حتى بعد كل هذا الضبط فان شجرة من الأشجار قذفت الانفجار الأول من أوائل العصر الطباشيرى الى العصر الترياسى قبل ظهور الأحافير بعشرات ملايين السنين بسبب عنصر واحد فقط من عناصر الضبط المفترضة maximum constraints at the angiosperm crown node

Our lineage-through-time (LTT) heatmap and diversification rate estimates through time both indicate an explosive early phase of diversification of extant lineages during the Late Jurassic and Early Cretaceous Periods. An early burst of angiosperm diversification, popularized as ‘Darwin’s abominable mystery’, is expected given the sudden emergence of diverse angiosperm fossils during the Early Cretaceous...More than 80% of extant angiosperm orders originated during the early burst of diversification...In the young tree, the early burst occurs during the Cretaceous, consistent with the hypothesis that a Cretaceous terrestrial revolution was triggered by the establishment of main angiosperm lineages. More controversially, the old tree places the early burst in the Triassic Period, which is dramatically at variance with the palaeobotanical record, highlighting that current molecular dating methods are unable to resolve the age of angiosperms

Alexandre R. Zuntini et al., "Phylogenomics and the rise of the angiosperms" Nature 629, 843–850 (2024)

و كمثال أخير دراسة على الثدييات المشيمية قارنت 421 صفة عبر 102 تصنيف

من الثدييات باستخدام نموذجين مختلفين للساعة الجزيئية المتراخية relaxed لزيادة امكان تعديل سرعة التطور بين أفرع الشجرة التطورية مرة بمعدلات متقاربة بين الأفرع المتقاربة autocorrelated و مرة بمعدلات غير متقاربة uncorrelated لتصل برغم ذلك الى تواريخ أقدم من الأحافير بكثير more than twice as old فتتدخل "لتضبط" البيانات بالأحافير بسبب ظهورها الانفجارى explosive لتستنتج تسارع معدل التطور برغم وجود شكوك فى امكان تطور الكائنات بهذه السرعة أصلا it has been argued that such accelerated molecular rates are implausibly fast for mammals لدرجة أن الدراسة اضطرت الى اعتماد دراسات أخرى استخدمت أحافير مشكوك فى أمرها و محل خلاف لتقرب الحساب بالساعة الجزيئية من 150 مليون سنة الى 93 مليون سنة بينما الأحافير الموثوقة تظهر عند 66 مليون سنة و اضطرت فى النهاية الى ابقاء الباب مفتوحا أمام الدراسات التى تضع افتراضات الأحافير الشبحية الغير موجودة ghost lineage كبديل عن تسريع الساعة الجزيئية برغم الاعتراف بلامعقوليتها Such ancient dates are implausible given the known mammalian fossil record و اعترفت بالصعوبة الشديدة فى الضبط بالأحافير يسبب الخلافات فى أى الأحافير مناسبة و ما طريقة استخدامها الصحيحة (تحديد تاريخ تقريبى أم فقط حد أدنى و حد أقصى و هل الحد صارم أم مرن؟) بل و اعترفت ايضا أن حتى استخدام معدلات الساعة الجزيئية المتغيرة قد لا يحل المشكلة

identifying fossils suitable for calibration purposes is often difficult, particularly as their affinities have often not been tested using quantitative phylogenetic analysis. Different researchers may elect to use different calibrations, and each calibration can be modelled in various ways (e.g. as a point estimate or as a range with hard or soft bounds); both choices can result in very different estimates of divergence dates. There is also increasing evidence that molecular rates of evolution within mammals may exhibit extreme patterns of rate heterogeneity that cannot be fully accommodated by current relaxed clock models

it only takes a 10- to 20-fold increase in maximal rates of morphological evolution and a fivefold increase in rates of molecular evolution to reconcile the phenotypic disparity of Early Palaeogene placentals, and the genetic disparity of extant placentals, with a post-K–Pg origin...a 10-fold elevation in morphological rates, sustained for approximately 6 Ma across the Early Palaeogene, would generate approximately 60 Ma ‘worth’ of morphological change that could seriously mislead relaxed clock analyses (e.g. resulting in an estimated age of 120 Ma rather than 66 Ma for Placentalia). Thus, relatively minor temporal changes in evolutionary dynamics could seriously compromise relaxed clock model estimates of divergence dates, whether these use morphology, molecules or both

Robin M D Beck and Michael S Y Lee "Ancient dates or accelerated rates? Morphological clocks and the antiquity of placental mammals" Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences Volume 28 1Issue 1793 (22 October 2014)

و هكذا ندور دورة كاملة و نعود الى حيث بدأنا فما كان يفترض أنه سيثبت الأسلاف المشتركة و التطور التدريجى لن يثبتهما الا بعد أن يفترض الأسلاف المشتركة و التطور التدريجى و ما كان يفترض أن يغنى عن وجود الأحافير أصبح ينتظر ظهور الأحافير أو الأسوأ: يعترف بالقفزات ثم يضبط النموذج و الافتراضات الأولية وفق ما يريد الوصول اليه و يعتبر ضبطه هذا "دليلا" اما على أحافير غير موجودة أو على سرعة تطور متوهمة فان لم يضبط النموذج و ترك البيانات تتحدث عن نفسها فالنتائج تكون غير منطقية من منظور تطورى و بدلا من الاعتراف بأن التطور خطأ يتم اعتبار النتائج خطأ لنعود الى مربع "الضبط" من جديد! و لكن ان كانت افتراضات التطوريين الأولية هى التى تصيغ الساعة الجزيئية بهذا الشكل و تؤثر عليها بشدة فكيف تصبح دليلا حتى فى الحالات التى وافقت فيها السيناريو التطورى؟ و ان كانت أدلة التطور المزعومة و على رأسها الساعة الجزيئية و أشجار العلاقات التطورية بهذا المستوى من عدم اليقين و الاعتماد الكامل على الفرضيات المسبقة و اذا كانت النتائج كلها اما تشير الى توقيتات قديمة جدا بلا أحافير أو معدلات تغير سريعة بلا دليل كسيناريوهات سببية مقترحة لنشأة الكائنات الحية و الحقيقة الوحيدة هى الظهور الانفجارى السريع فان الزعم بأن التطور يعطينا الالية السببية الكافية لظهور الكائنات الحية و يغنينا عن التصميم زعم بلا دليل بل و مناقض للأدلة

الخلاصة:

1-فكرة وجود "تدرج تطورى" فى الجينات أو البروتينات فكرة غير صحيحة بالمرة و ناتجة عن مقارنات من منظور معين فقط (من منظور الأعقد) لكن بمجرد عقد نفس المقارنة من منظور الأبسط تظهر الخدعة و هى أن ما يبدو تدرج تطورى هو فى الواقع ناتج عن نقص المساحة المتاحة للتنوع/التطفر كلما زادت القيود الوظيفية من الأبسط الى الأعقد

2-حاول التطوريون حل هذه المشكلة بتقديم زعم مفاده أن الجينات و البروتينات تتغير بمعدل ثابت (ساعة جزيئية ثابتة) بين الكائنات المختلفة ثم استغلوا الفكرة و زعموا أننا بهذه الساعة يمكننا قياس أزمان الانفصال عن الأسلاف المشتركة

3-فشلت فكرة وجود ساعة جزيئية ثابتة و فشلت محاولات عزو عدم الثبات الى سمات معينة قابلة للحساب مثل اختلاف معدلات التكاثر بين الكائنات

4-بفشل هذه الفكرة تتبقى لنا حقيقة غياب التطور التدريجى بين الكائنات مما يتناقض تماما مع مزاعم الأدلة التطورية و برغم ذلك تجاهل التطوريون هذا الأمر و استمروا فى الترويج الى امكان استخدام الساعة الجزيئية كدليل على التطور

5-قادت الكثير من محاولات استخدام الساعة الجزيئية الى تقديرات قديمة جدا للأسلاف المشتركة بدون أثر فى الأحافير و بدلا من أن يعترف التطوريون بأن هذا دليل اضافى على أن حجم التباينات بين هذه الكائنات ضخم جدا و لا يمكن أن ينتج فى الفترات القصيرة التى تظهر فيها الكائنات زعموا أن هذه أدلة أسلاف قديمة لم تترك أثرا فى الأحافير

6-بسبب الاقرار الضمنى للكثير منهم بأن السجل الأحفورى ليس ضعيفا الى هذه الدرجة بدأوا فى الاعتراف بذلك بطريقة غير مباشرة و هى تعديل معدلات سرعة عمل التطور لتتوافق مع الظهور السريع للكائنات فى الأحافير بلا أى دليل حقيقى على امكان عمل التطور بهذه السرعة أو أنه فعلا عمل بهذه السرعة اذا افترضنا امكانها

7-زعم التطوريون أن تطوير أساليب القياس و الضبط و البحث قاد الى تقارب بين توقيتات الساعة الجزيئية و تأريخ الأحافير بينما هذا "التطوير" كان فى الواقع دمج الفرضيات التطورية الغير مثبتة فى النماذج الحديثة (كتسريع التطور أو اعتبار أحافير معينة انتقالية....الخ)

النتيجة النهائية: يبقى التدرج التطورى فى الجينات و البروتينات مجرد عرض جانبى لأسلوب مقارنة محدد يتلاشى عند النظر الى البيانات من كل الجوانب. فشلت الساعة الجزيئية فى حل هذه الظاهرة تطوريا كما فشلت فى تقديم أى دليل موضوعى على التطور و وجود الأسلاف المشتركة من خارج الفرضيات و السيناريوهات التطورية و لم يتبقى منها الا كومة من الفرضيات التطورية كل منها بعدد مهول من الاحتمالات يتم الانتقاء من بينها وفقا لما يتوافق مع احتمال حدوث سيناريو تطورى مرغوب فى اثباته ثم اعتبار هذا دليلا على حدوث هذا السيناريو!