We have to wonder why the Intelligent Designer added to our genome junk DNA, repeated copies of useless DNA, orphan genes, gene fragments, tandem repeats, and pseudogenes, none of which are involved directly in the making of a human being. In fact, of the entire human genome, it appears that only a tiny percentage is actively involved in useful protein production. Rather than being intelligently designed, the human genome looks more and more like a mosaic of mutations, fragment copies, borrowed sequences, and discarded strings of DNA that were jerry-built over millions of years of evolution
Michael Shermer, Why Darwin Matters: The Case Against Intelligent Design (2006), pp. 74–75.
علينا أن نسأل أنفسنا لماذا يضع مصمم فى الجينوم كل هذه الخردة و التكرارات و الشظايا و الجينات الزائفة التى لا تفعل شئ. ان نسبة ضئيلة من الجينوم هى التى تنتج البروتينات المفيدة. لا يبدو الجينوم مصمما بذكاء و لكنه خليط من الطفرات و البقايا و التسلسلات المهملة التى تم ترقيعها معا عبر ملايين السنين
-مايكل شيرمر من كتاب لماذا داروين مهم؟ الحجة ضد التصميم الذكى
Despite surprisingly a small number of protein-coding gene in mammalian genomes, a large variety of different RNAs is being produced. These RNAs are amazingly different in their number, size, cell localization, and mechanism of actions...Altogether, the research in the recent few years has identified an unexpectedly rich variety of mechanisms by which noncoding RNAs act, suggesting that we have identified probably only few of the many potential functional mechanism and more investigation will be needed to comprehensively understand the complex nature and biology of mammalian RNAome.
Piero Carninci, Jun Yasuda & Yoshihide Hayashizaki, “Multifaceted mammalian transcriptome,” Current Opinion in Cell Biology 20 (2008): 274–280.
برغم قلة عدد الجينات المشفرة للبروتين فى الجينوم فهناك تنوعا ضخما فى الرنا الذى يتم انتاجه من حيث العدد و الحجم و موقع الانتاج و الية العمل...لقد وجدت الأبحاث وظائف كثيرة للرنا الغير مشفر للبروتين و نرجح اكتشاف المزيد من وظائفه و اليات عمله
-من المراجعات الأولية لنتائج مشروع انكود
To claim that the human genome was created by God independently, rather than having descended from a common ancestor, means God inserted a broken piece of DNA into our genomes. This is not remotely plausible.
Karl Giberson and Francis Collins, The Language of Science and Faith, (2011) p. 43
ان الزعم بأن الجينوم البشرى قد خلقه اله بشكل مستقل و لم ينحدر من سلف مشترك معناه الزعم بأن الاله وضع جينا تالفا فى الجينوم و هذا غير منطقى
-التطورى المؤمن فرانسيس كولنز رئيس مشروع قراءة الجينوم البشرى من كتاب لغة العلم و الدين
we are learning that there may be thousands of genes hanging out in these so-called deserts that don’t code for protein at all. They are copied into RNA, but those RNA molecules are never translated–instead, they serve some other important functions…A number of exciting new discoveries about the human genome should remind us not to become complacent in our understanding of this marvelous instruction book. For instance, it has recently become clear that there is a whole family of RNA molecules that do not code for protein. These so-called non-coding RNAs are capable of carrying out a host of important functions, including modifying the efficiency by which other RNAs are translated. In addition, our understanding of how genes are regulated is undergoing dramatic revision, as the signals embedded in the DNA molecule and the proteins that bind to them are rapidly being elucidated. The complexity of this network of regulatory information is truly mind-blowing, and has given rise to a whole new branch of biomedical research, sometimes referred to as “systems biology.”
Francis Collins, The Language of Life: DNA and the Revolution in Personalized Medicine, p. 9 , 293 (Harper, 2010).
لقد اكتشفنا أن هناك جينات بالالاف فى مناطق كنا نعتبرها صحراء جينية لأنها لا تشفر للبروتين. هذه الجينات تنسخ الى رنا لا يترجم الى بروتين و لكنه يقوم بوظائف هامة أخرى..انها اكتشافات مثيرة بشأن الجينوم تذكرنا بالا نتراخى فى محاولة فهم كتاب التعليمات الرائع هذا. ان الرنا الذى لا يشفر للبروتين يقوم بوظائف هامة تؤثر على زميله الذى يشفر و فهمنا لكيفية تنظيم الجينات يخضع لمراجعات كبيرة لأننا بدأنا نفهم الاشارات الموجودة فى جزئ الحمض النووى و البروتينات التى ترتبط به. ان تعقيد هذه الشبكة المعلوماتية التنظيمية مذهل للعقول و نتج عن دراسته حقل جديد بالكامل يسمى بيولوجيا الأنظمة[مجال يطبق مبادئ الهندسة فى البيولوجيا]
-التطورى المؤمن فرانسيس كولنز يرد على نفسه!!! من كتابه لغة الحياة
تحدثنا فى المقال السابق عن المغالطات و التناقضات فى بعض أشكال الاستدلال بالجينات الزائفة و أيضا عن الأبحاث التى اكتشفت وظائف لبعضها و مبادئ عمل عامة يمكن أن تنطبق على ما لم نكتشف وظائفه منها بعد كاكتشاف امكان ترجمة بعضها الى بروتينات و صعوبة رصد ذلك و تفعيلها عن طريق تحريك عناصر تنظيمية بعيدة trans نحوها و تشفير قطع صغيرة من المنتج الأصلى ناهيك عن الترجمة الى رنا غير مشفر للبروتين و هو ما استعرضنا الكثير من وظائفه سابقا لكن تشغيبات نظرية التطور لا تنتهى و كالعادة سنسمع كلاما على غرار: هل يخدعنا المصمم؟ هل يحاول أن يوحى لنا بالتطور؟ ألم يجد سوى نسخ تالفة من جينات سليمة ليستعملها؟ نفس حزمة الأسئلة و الاعتراضات التى سمعناها عند الحديث عن الينقولات و الفيروسات المنسوخة عكسيا و اتضح فى النهاية أن التشابهات متعلقة بطبيعة الوظائف و أن من يخدعنا هو من يحاول أن يجتزئ البيانات و يرينا فقط جزء من الصورة و يظهر لنا من البيانات فقط ما يستطيع أن يستدل به على ما يريد و يوحى لنا بأن كل شئ حوله يدل على التطور و هذا هو نفسه ما يحدث فى قصة الجينات الزائفة.
بداية ظهور بوادر تناقض الفكر السائد عن الجينات الزائفة كانت فى مرحلة ما قبل نشر نتائج مشروع انكود عندما بدأت الدراسات تشير الى خضوعها لعمليات نسخ الى رنا transcription على نطاق واسع و أن الكثير منها محفوظ بين كائنات مختلفة conserved و رجحت بناءا على ذلك أنها تفعل شيئا ما. ثم جاءت نتائج انكود الأولية لتوضح كيف أن نسبة ضخمة من الجينوم الغير مشفر للبروتين يتم نسخها الى رنا بما فى ذلك الجينات الزائفة.
Overall, we estimate that at least 19% of the pseudogenes in the ENCODE regions are transcribed, which is consistent with previous estimates
Ewan Birney et al., “Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project,” Nature 447 (2007): 799–816
طبعا كان التطوريون جاهزون باعتراضات على غرار الضوضاء البيوكيميائية و معضلة حجم الجينوم و أن الخلية تنسخ أشياء لا تفعل بها شيئا و غيرها مما فصلنا فى الرد عليه سابقا خاصة مع ظهور وظائف كثيرة للرنا الغير مشفر لبروتين. ذكرت مثلا بعض المراجعات الأولية القديمة أن معظم ما تم فحصه منها ظهرت له أدوار وظيفية سواءا فى تنظيم عمل الجينات الوظيفية المقابلة لها أو تنويع منتجاتها بدمج منتجات الجين الزائف مع مقابله الأصلى لصناعة هجين chimera/chimeric transcript و مما يؤدى الى انتاج تنوعات مختلفة من البروتينات الوظيفية مثل الهستون أو الجلوبيولين المناعى و تنويع الأجسام المضادة antibodies و المستضدات antigens و مكونات غشاء الخلايا البكتيرية للتكيف مع الظروف المختلفة و قد ذكرنا أمثلة كثيرة على ذلك فى مبحث التكيف عن طريق خوارزميات البحث و مخازن المعلومات لدرجة أن لقبتها احدى الدراسات التى شارك فيها فرانسيسكو أيالا بأنها مخازن للتنوعات الجينية (أيالا أحد أكبر مروجى التطور و منتقدى التصميم كاتب Darwin’s Greatest Discovery: Design without Designer التصميم بلا مصمم)
pseudogenes that have been suitably investigated often exhibit functional roles, such as gene expression, gene regulation, generation of genetic (antibody, antigenic, and other) diversity. Pseudogenes are involved in gene conversion or recombination with functional genes. Pseudogenes exhibit evolutionary conservation of gene sequence...and other features that are expected in genes or DNA sequences that have functional roles
Check sections REGULATION OF GENE EXPRESSION/PSEUDOGENES AS RESERVOIRS FOR GENERATING GENETIC DIVERSITY
Balakirev, Evgeniy S. and Francisco J. Ayala 2003. "Pseudogenes, are they Junk or Functional DNA?" Annual review of genetics 37:123
Check section: FUNCTIONAL RELEVANCE OF PSEUDOGENES/Pseudogenes as a source of genetic diversity
T. F. Kovalenko & L. I. Patrushev “Pseudogenes as Functionally Significant Elements of the Genome” Biochemistry 83, pages 1332–1349 (2018)
There are several ways in which pseudogenes have been found to work so far. They can fuse with adjacent genes to form “chimeras” that produce either coding or noncoding RNAs, and they can form RNA–RNA duplexes with their “parental” gene and prevent its expression or signal its degradation.
Zheng, Deyou and Mark B.Gerstein., 2007 "The Ambiguous Boundary between Genes and Pseudogenes: The dead rise up, or do they?" Trends in Genetics, 23(5):219-224
Amit N. Khachane & Paul M. Harrison, “Assessing the genomic evidence for conserved transcribed pseudogenes under selection,” BMC Genomics 10 (2009): 435.
توالت الأبحاث بعد ذلك و التى بدأت تكتشف الكثير من الوظائف الفعلية لهذه الجينات فمثلا رصدت بعض المراجعات أن عملها/نسخها موزع على الأنسجة بطريقة تشبه الجينات الوظيفية tissue-specific/differential (و هذا من أسباب صعوبة اكتشافها لأنها قد تعمل فى نوع معين من الخلايا أو/و فى مرحلة نمو محددة أو استجابة لظرف معين) و تقوم بتنظيم عمل الجينات الشبيهة بها و أن الخلل فى عملها من علامات السرطان أى أنها مفصلية لتنظيم عمليات الخلية بالشكل الصحيح بطرق متعددة مثل الشرك/التمويه decoy و تداخل الرنا RNAi[interference] لتصنع شبكة تحكم (مثلا يرتبط رنا الجين الزائف المعكوس من الشريط المقابل antisense/siRNA[short interfering] برنا الجين الأصلى صانعا لولب مزدوج duplex فيغلقه و كأنه وضع عليه غطاء capping فيمنع ترجمته الى بروتين أو يرتبط رنا الاتجاه الطبيعى للجين الزائف sense بمثبطات miRNA تستهدف رنا الجين الأصلى فيحمى منها الجين الأصلى) و سنفصل فى هذه الاليات لاحقا و لكن لاحظ كيف أن هذه الوظائف لا تحتاج الى التسلسل الكامل بل يكفى جزء منه فقط لتحقيق التداخل و هو ما يفسر كيف تعمل الجينات الزائفة برغم كونها مجتزأة فى بعض الأحيان. بل و ذكرت الأبحاث أن بعض هذه الجينات الزائفة التى كان يظن أنها لا تشفر لشئ اتضح أنها تشفر لبروتينات قصيرة و كأنها نسخ مصغرة من البروتين الأصلى truncated (هذه النقطة تحديدا تنفى كون كودون التوقف المبكر علامة خلل بل قد يكون لأن البروتين المطلوب نسخة مصغرة من الأصلى) و قد خلصت المراجعات الى أنه مع تواصل تقدم أساليب الكشف فان المزيد من وظائف الجينات الزائفة ستظهر
Pseudogenes have long been labeled as “junk” DNA, failed copies of genes that arise during the evolution of genomes. However, recent results are challenging this moniker; indeed, some pseudogenes appear to harbor the potential to regulate their protein-coding cousins. Far from being silent relics, many pseudogenes are transcribed into RNA, some exhibiting a tissue-specific pattern of activation. Pseudogene transcripts can be processed into short interfering RNAs that regulate coding genes through the RNAi pathway. In another remarkable discovery, it has been shown that pseudogenes are capable of regulating tumor suppressors and oncogenes by acting as microRNA decoys...In some cases, what appears to be a nontranslated pseudogene can, in fact, code for truncated proteins. Nevertheless, the evidence that some pseudogenes can exert regulatory effects on their protein-coding cousins is mounting. Such functions appear to be mediated by noncoding RNAs produced from active pseudogenes...With the advent of affordable next- generation sequencing, the study of transcriptomics, and in particular, pseudogenes (and other transcribed noncoding elements), should experience a quantum leap forward. In the coming decade, the extent and mechanisms of pseudogene function should become clearer.
Pink, C. et al., 2011. "Pseudogenes: Pseudo-Functional or Key Regulators in health and disease?" RNA 17 (2011): 792-798
The cases reviewed above have persuaded us that almost all pseudogenes that exhibit significant biological activity are expressed in specific tissue or cell lines...that pseudogene regulation is widespread in eukaryotes...We believe that more and more functional pseudogenes will be discovered as novel biological technologies are developed in the future…definitely, the so-called pseudogenes are really functional, not to be considered any more as just ‘junk’ or ‘fossil’ DNA. Surely, many Functional pseudogenes and novel regulatory mechanisms remain to be discovered and explored in diverse organisms
Yan-Zi Wen et al., 2012 "Pseudogenes are not Pseudo any more" RNA Biology 9(1): p. 27 – 32
Deyou Zheng and Mark B. Gerstein, “The Ambiguous Boundary between Genes and Pseudogenes: The Dead Rise Up, or Do They?” Trends in Genetics 23 (2007): 219–224
The next most notable novelty in the field was the discovery that the immune system from chicken, human and rabbit diversifies its response using DNA sequence from pseudogenes through somatic gene conversion mechanisms, by which a DNA segment from the pseudogene is transferred to another immune system gene without modifying the pseudogene sequence...At the transcript level two novel roles have been identified for pseudogenes, both of them operating to regulate the parental gene: 1) encoding siRNAs and 2) decoying miRNAs that target the parental gene.
Enrique M. Muro et al., “Functional evidence of post-transcriptional regulation by pseudogenes,” Biochimie, 93 (2011): 1916-1921
مراجعة ثانية خلصت الى أن الحمض النووى للجين الزائف أو الرنا المنسوخ منه أو البروتين الصادر عنه يمكن أن يقوم بوظائف متعددة متعلقة بالجينات المشابهة و غير المشابهة لذلك فالجينات الزائفة عناصر تحكم و تنظيم هامة
Recent advances have established that the DNA of a pseudogene, the RNA transcribed from a pseudogene, or the protein translated from a pseudogene can have multiple, diverse functions and that these functions can affect not only their parental genes but also unrelated genes. Therefore, pseudogenes have emerged as a previously unappreciated class of sophisticated modulators of gene expression, with a multifaceted involvement in the pathogenesis of human cancer.
Laura Poliseno, “Pseudogenes: Newly Discovered Players in Human Cancer” Science Signaling 5 (242) (September 18, 2012)
مراجعة أخرى عددت عددا كبيرا من الطرق التى اكتشف أن الجينات "الزائفة" تعمل بها بانتاج بروتينات شبيهة بالجين الأصلى أو قطع فقط من البروتين تعمل كأجزاء مستقلة أو رنا وظيفى مشفر يتم ادخاله فى منتجات الجين الأصلى لتنويعها splicing أو رنا وظيفى غير مشفر أو نسخ الجين الزائف من الشريط المقابل لصناعة رنا تنظيمى يلتحم بالأصل ليسكته بل و عددت أيضا طرق يعمل بها الجين الزائف بمجرد وجوده دون أن ينتج أى شئ و ذلك بأن يعمل كهدف بديل decoy/sponge/sink لبعض العناصر التى تستهدف الجين الأصلى و قالت أنه حيثما ندرس الجين الزائف نجد أنه وظيفى (بعبارة أخرى غير زائف) و نبهت الى الطفرات التى كان الظن أنها تشير الى غياب الوظيفة اتضح أنها لا تفعل ذلك بالضرورة
Where pseudogenes have been studied directly they are often found to have quantifiable biological roles...Many pseudogenes contain a frequency of mutations that render them unlikely to be (or incapable of being) translated into proteins. However, such mutations do not necessarily preclude pseudogenes from performing a biological function...a myriad of RNA-based regulatory mechanisms have been described for pseudogenes, including processing into small interfering RNAs (siRNAs) that may regulate their parent genes, acting as a decoy for transcription factors and, most prominently, as molecular sponges for microRNAs...Many regions now considered to be ‘dead genes’ potentially encode cis-regulatory elements, non-coding RNAs and proteins with impacts in human biology and health.
Seth W. Cheetham et al., “Overcoming challenges and dogmas to understand the functions of pseudogenes” Nature Reviews Genetics volume 21, pages191–201 (2020)
و كمثال على ذلك رأينا كيف يمكن استخدام الجين الزائف كقالب تنويع منتجات مقابله الأصلى لذا فاختلافه عن الأصل ليس دليل تطفر تلف بل هو وظيفته الأصلية فى احداث التنوع و نفس الأمر بالنسبة لطفرات التوقف و الحذف فكما فى الوظيفة الثانية فى الشكل أعلاه يمكن تقسيم البروتين الى قطع وظيفية domains و استخدام بعض القطع فى وظائف أخرى. و قبل أن يتحفنا أحدهم بأن "التطور" يقوم بتدوير و اعادة استخدام الأجزاء لأنه سمكرى يتلاعب بالقطع tinkerer نذكره بأن مفهوم تقسيم الكل الى أجزاء قابلة لاعادة الاستخدام و التوظيف modularity مفهوم هندسى يتزايد الاعتراف باستخدامه فى مجال systems biology دراسة الأنظمة البيولوجية هندسيا
Modularity is a common feature of engineered and evolved systems...although evolution did not go to engineering school, its outcomes, evolved biological systems, have striking similarities to certain aspects of engineered systems
Uri Alon "An introduction to systems Biology, Second Edition" (2019): 273
"the concept of “modular design” is borrowed from human engineering and therefore has an essentially forward looking, goal-oriented nature. Complex engines and networks are constructed from modules while the final overall behavior of the system is kept in mind."
System Modeling in Cellular Biology: From Concepts to Nuts and Bolts (2010) P. 44
و هذا تنويع على مبادئ عمل الجينات pleiotropy/overlapping codes التى ذكرناها فى المقالة السابقة اذ يمكن أن تجد ما يبدو أنه جين تالف أو فقد جزءا بينما فى الواقع أنت أمام جزء له وظيفة مستقلة عن وظيفة التسلسل الكامل فعلى سبيل المثال فى سنة 2024 اكتشف فريق من العلماء حوالى 140 ألف تنوع بروتين جديد تماما لم يكن معروفا من قبل يتم تركيبه من أجزاء جينات و بروتينات معروفة و هذا بدراسة عينات من نسيج محدد فى فترة محددة من نمو الجنين فما بالك بكل الأنسجة و كل فترات النمو.
The team looked at tissue from the human cortex collected at midgestation, around 15 to 17 weeks postconception...the researchers identified more than 200,000 distinct isoforms in the brain tissue..."The most unexpected finding was just the sheer number of new transcripts that we found,” said Gandal. When they compared their results with established gene databases like GENCODE, they found that around 70 percent of the isoforms were novel and had not been identified previously.
"Protein Changes in the Brain Could Explain How Neurodevelopment Goes Awry. Long-read sequencing uncovered hundreds of thousands of new isoforms not previously identified during development." TheScientist (Sep 10, 2024)
every tissue in the body is characterized by a unique set of splicing events...underscoring the functional importance of tissue-specific alternative splicing...the conversion from fetal to adult heart cell function parallels a transition from fetal to adult splicing profiles...the number of uncharacterized splicing events is immense, and the pages documenting the physiological importance of alternative splicing largely remain blank.
"Alternative Splicing Provides a Broad Menu of Proteins for Cells" TheScientist (Jan 13, 2020)
140 ألف وظيفة جديدة لاكسونات معروفة من قبل ترد بقوة على من يقول طالما الجين مجتزأ و فقد بعض الاكسونات اذن هو زائف بلا وظيفة. طبعا لا بل على الأرجح هذا الاكسون/الجزء موجود لأنه مطلوب فى ةظيفة أخرى. ترد مثل هذه الدراسات أيضا على من يقول درسنا كذا و كذا و لم نجد له وظيفة فهل درسته فى كل الأنسجة و فى مراحل نمو و حياة الكائن؟ نفس الأمر ينطبق على الرنا RNA– انظر مثلا كيف تتداخل شفرات الرنا الوظيفية على نفس تسلسل الحمض النووى بحيث يمكن أن تبدو واحدة كقطعة من أخرى أو كجين تعرضت أجزاءه للحذف خاصة لو أردت منظم اضافى للوظيفة التى تقوم بها ضفيرة رنا بعينها دون باقى التسلسل
lncRNAs generally range in size from around 1 kb to longer than 100 kb and have a modular structure. They are often multi-exonic and highly alternatively spliced (Fig. 3a)...Targeted RNA sequencing has revealed that human chromosome 21 (chr21) is pervasively transcribed into long non-coding RNAs (lncRNAs) and that lncRNA exons are almost universally (but not randomly) alternatively spliced to form diverse and complex isoforms. The circle indicates the fraction of non-coding exons across all chr21 transcripts that are alternatively or constitutively spliced
John S. Mattick et al., "Long non-coding RNAs: definitions, functions, challenges and recommendations" Nature Reviews Molecular Cell Biology volume 24, pages430–447 (2023)
تشير الأبحاث أيضا أن هذه الجينات التى طالما لقبت بالزائفة جزء من شبكة تنظيمية متشعبة فى الجينوم و أن نسبة معتبرة منها لها أدوار مرتبطة بعمل أنسجة بعينها مما يجعل الكشف عن وظيفتها صعبا لأن العينات قيد الدراسة ربما تكون من أنسجة أخرى فتبدو فيها هذه الجينات لا تعمل (و مسألة التخصص فى نوع معين من الخلايا هذه من الأسباب التى تجعل رصد وظائف الرنا بشكل عام صعبة بل و رصد مجرد انتاجه عند أخذ متوسطات من أنواع مختلفة من الخلايا فيظهر الرنا المتخصص فى نوع محدد منها بنسبة منخفضة جدا ربما لا تكاد تذكر فيعطى انطباعا خاطئا بانعدام الوظيفية و كنا قد فصلنا فى هذا الأمر عند الرد على مزاعم لاوظيفية الرنا/ضوضاء النسخ/الضوضاء البيوكيميائية)
“pseudogenes are integral components of extensive regulatory networks of interacting genes”
“The second group of pseudogenes, in particular CYP4Z2P and derivatives of Oct-4, Connexin-43, and BRAF genes, are highly expressed in one or two tissue types, but demonstrate low expression levels in other tissues. Finally, strictly tissue-specific transcription was shown for ~150 human pseudogenes, including derivatives of the AURKA (kidneys) and RHOB (intestine) genes. The tissue-specific character of transcription suggests that these pseudogenes perform tissue specific functions”
T. F. Kovalenko & L. I. Patrushev “Pseudogenes as Functionally Significant Elements of the Genome” Biochemistry 83, pages 1332–1349 (2018)
و المراجعة أعلاه سردت قدرا كبيرا من الوظائف المكتشفة للجينات الزائفة بما فيها وظائف للرنا الطبيعى sense و المعكوس antisense المنسوخ من الجين الزائف أو التسلسل المقابل له و كذلك و اختتمت القسم الذى يتحدث عن ترجمة بعض الجينات الزائفة الى بروتينات محفوظة تطوريا و بالتالى وظيفية FUNCTIONAL RELEVANCE OF PSEUDOGENES/Functional proteins and peptides of pseudogenes بالتساؤل عن سبب تصنيف هذه الجينات على أنها زائفة؟ طبعا الكل يعلم السبب و لكن قلة هى من تقوله بصراحة: السبب هو "نظرية ما" تريد أن تستدل على نفسها بالقايا و الشظايا و التلفيات لتنفى التصميم
فرضية الجينات الزائفة و التطور:
مما سبق نستنتج أن الزعم التطورى القائل بأن هذه الجينات دليل على التطور لأن المصمم لن يضع نسخا تالفة من الجينات فى تصميماته زعم ساقط تماما لأنها ليست نسخ تالفة. يعشق التطوريون استخدام حجة "المصمم الذى يخدعنا" و يوحى لنا بالتطور للالتفاف على سقوط حجة التصميم الفاشل فيحاولون الزعم بأن هذه الجينات هى نسخ تالفة فعلا ثم وجد لها التطور وظيفة و أنه لو كان هناك مصمم لما "حاول خداعنا" بتوظيف جينات مجتزأة و ناقصة الأجزاء و تالفة. الحقيقة أن الذى يحاول خداعنا ليلا نهارا هو من يصر على تجاهل دلائل الوظيفية فى أغلب ما نراه و تأليف قصص بديلة و الايحاء بأنها حقائق. ان نظرة بسيطة على وظائف الجينات الزائفة التى استعرضناها بالأعلى تخبرك ببساطة لماذا تبدو كقطع من الجينات الأصلية.
مثلا الكثير من الجينات التى اعتبرت يوما زائفة و ناتجة وفق زعم التطوريين عن طفرة وضعت كودون التوقف فى غير مكانه أو فقدان جزء من الجين بدأ يتضح مع الدراسة أنها تستخدم فى تنويع منتجات الخلية و كنا قد ناقشنا سابقا عند الحديث عن الحمض النووى خواص مثل التضفير البديل و تعديل الرنا alternative splicing/RNA editing و هو قيام الخلية بتوصيل تسلسلات الحمض النووى المترجمة بطرق مختلفة لاعطاء منتجات مختلفة أو تعديل الرنا قبل ترجمته الى بروتينات. الان أضف تسلسلات معدلة قليلا من الجينات الزائفة التى هى فى الواقع مخزن للتسلسلات البديلة لتحصل على عدد أكبر من المنتجات تماما كقطع الغيار و لهذا تبدو بعض هذه الجينات غير مكتملة أو ذات طفرة تجعل بداية القراءة او النهاية فى موضع "غير صحيح" ببساطة لأن المطلوب هو قراءة الجزء المستخدم كقطعة غيار و ليس التسلسل كله كالجين الأصلى. من جهة أخرى فان التنوعات/الطفرات الموجودة ليست بسبب تراكم الطفرات و أخطاء النسخ (و ان كان هذا قابل للحدوث فى بعضها طبعا) بل كثير منها فى الواقع هو التنوع المطلوب ادخاله فى المنتج أو فى الجين الأصلى ذاته و يتم الحفاظ عليه بالنقل فى اتجاه واحد فقط
Significant similarity between the sequences of genes and their pseudogenes allows exchange of genetic information between them via gene conversion or homologous recombination...involves pseudogenes (ψV) of functional V genes: twenty#five ψV are located upstream of the immunoglobulin light chain (IgL) genes and >100 ψV are located upstream of the heavy chain (IgH) genes. During gene conversion that occurs on the same chromosome, ψV DNA is used as a template for the unidirectional transfer of short pseudogene DNA segments to the remodeled V(D)J regions of the immunoglobulin locus. The length of the copied ψV DNA ranges from several bp to >200 bp, while the original ψV sequences remain intact.
T. F. Kovalenko & L. I. Patrushev “Pseudogenes as Functionally Significant Elements of the Genome” Biochemistry 83, pages 1332–1349 (2018)
طبعا التطورى سيصر أنها عملية عشوائية صدفوية و لكن مراجعة بسيطة لبعض الأمثلة التفصيلية التى ذكرناها خاصة نموذج Diversity Generating Retroelement/DGR شديد الشبه بهذه العملية و الذى تساعد فيه الينقولات العكسية توضح كيف أن عملية التنويع و نقل المعلومة تجرى فى اتجاه واحد من مخزن المعلومات الاحتياطى (الجين الزائف) الى الهدف nonreciprocal/unidirectional و ليس العكس حتى لا تتلف النسخة الأصلية من التنوعات مما يدل مجددا على أن الخلية تعرف ما تفعله جيدا و مبرمجة عليه و لا دور للصدف و أخطاء النسخ فى الموضوع.
و فى حالات أخرى لا يكون النقل بدمج منتج الجين الزائف مع نظيره الحقيقى بل بتفعيل الزائف مباشرة فمثلا وجدت احدى الدراسات جينات مستقبلات الشم الزائفة فى الذباب تحتوى على كودون توقف مبكر premature termination codon/ptc ولكن هذا الكودون بعده مباشرة تسلسل يعمل كاشارة تجعل اليات النسخ تتجاهله فى خلايا معينة و تقوم باستكمال النسخ فيعمل الجين. ليس هذا فحسب و لكن الطفرات التى خضع لها الجين و التى من منظور تطورى مجرد تراكم طفرات و تدهور degradation للجين لأنه معطل اتضح أنها هى المسئولة عن حساسية هذا النوع من الذباب لروائح معينة مختلفة عن أنواع أخرى. و قد وجدت هذه الدراسة هذه الالية لعمل جينات الشم "الزائفة" شائعة فى أنواع و جينات "زائفة" أخرى
This locus, D. sechellia Ir75a, bears a premature termination codon (PTC) that appears to be fixed in the population. However, D. sechellia Ir75a encodes a functional receptor, owing to efficient translational read-through of the PTC. Read-through is detected only in neurons and is independent of the type of termination codon, but depends on the sequence downstream of the PTC...D. sechellia Ir75a has evolved distinct odour-tuning properties through amino-acid changes in its ligand-binding domain. We identify functional PTC-containing loci within different olfactory receptor repertoires and species, suggesting that such ‘pseudo-pseudogenes’ could represent a widespread phenomenon...It should also prompt the experimental examination of the hundreds of PTC-containing presumed pseudogenes, both within and beyond chemosensory gene families in insects, humans and other organisms.
Lucia L. Prieto-Godino et al., "Olfactory receptor pseudo-pseudogenes" Nature volume 539, pages93–97 (2016)
و هو ما يذكرنا بما قلناه فى المقال السابق من ذهاب بعض الأبحاث الى أن وظيفة كودون التوقف المبكر و الية القراءة التعويضية هى مفتاح تشغيل switch يستخدمه الحمض النووى لتفعيل و تعطيل عمل بعض التنوعات بحثا عن ما يساعد على التكيف.
مثال اخر: تقوم هذه الجينات الزائفة بتنظيم عمليات النسخ باسكات بعض الجينات gene silencing عن طريق نسخ رنا بشكل معكوس/من الشريط المقابل لها antisense فيكون قابل للارتباط برنا الجين الأصلى لاسكاته و ايقاف عمله و هو ما يسمى الرنا الصغير المتداخل small interfering RNA/siRNA أو RNA interference/RNAi الية تداخل الرنا و هى من جديد الية تتطلب أن يكون الهيكل مقابل للجين الأصلى ليتم الارتباط و يكمل كل شريط الاخر و لكن لا تشترط بالضرورة أن يكون الرنا كامل فجزء صغير يرتبط بالهدف سيعيق ارتباط شئ اخر به و فى أحيان أخرى قد يرتبط الرنا الصغير ببروتين مسئول عن تدمير رنا الجين الأصلى فتساعد قدرته على الالتحام بالرنا الأصلى المقابل فى تعرف البروتين على هدفه
Long dsRNA and miRNA precursors are processed to siRNA/miRNA duplexes by the RNase-III-like enzyme Dicer. The short dsRNAs are subsequently unwound and assembled into effector complexes: RISC, RITS (RNA-induced transcriptional silencing) or miRNP. RISC mediates mRNA-target degradation, miRNPs guide translational repression of target mRNAs, and the RITS complex guides the condensation of heterochromatin. In animals, siRNAs guide cleavage of complementary target RNAs, whereas miRNAs mediate translational repression of mRNA targets. rasiRNAs guide chromatin modification.
Gunter Meister & Thomas Tuschl, “Mechanisms of gene silencing by double-stranded RNA,” Nature 431 (2004): 343–349.
لاحظ كمية الخطوات المرتبة و الأجزاء المتناسقة التى تعمل معا و التى لا تتفق مع منظور كونها "شظايا و بقايا" جينية ظهرت لها فائدة بالصدفة و و هو ما يتجاهله التطوريون و يبحثون يمينا و يسارا عن أى شئ مبهم لم نفهمه بعد للايحاء بغياب التصميم. لاحظ أيضا كيف لا تحتاج الى انتاج المنتج الكامل بل فقط جزء يكفى لتعطيل العملية أو لارشاد البروتينات التنظيمية الى هدفها و لكنه جزء يجب أن يكون مقابل و مكمل لما سيرتبط به لكى يصنع شريط رنا مزدوج double stranded/dsRNA و بالتالى يتطلب أن يكون الشريط المقابل له فى الحمض النووى مشابه لجزء من الجين الأصلى و لكن لا يتطلب كونه مكتملا – من جديد نموذج واضح أن السبب فى وجود ما يبدو جزء من جين هو أن الوظيفة تتطلب ذلك لا أن المصمم يخدعنا أو أنه كان جينا كاملا ثم تلف و تراكمت فيه الطفرات فتصادف أن ما تبقى من منتجه ساعد البروتينات التنظيمية فى القيام بعملها.
Gregory J. Hannon, “RNA interference,” Nature 418 (2002): 244–251.
O. H. Tam et al., “Pseudogene-derived small interfering RNAs regulate gene expression in mouse oocytes,” Nature, 453 (May 22, 2008): 534-38;
Gou, X., Zhaolei Z., M.B. Gerstein, D. Zheng. 2009. "Small RNAs originated from Pseudogenes: cis- or trans- Acting?" PLoS Computational Biology 5:1-15
Armin P. Piehler et al., "The human ABC transporter pseudogene family: Evidence for transcription and gene-pseudogene interference,” BMC Genomics 9 (2008): 165.
Wen-Ling Chan et al., "Transcribed pseudogene ψPPM1K generates endogenous siRNA to suppress oncogenic cell growth in hepatocellular carcinoma" Nucleic Acids Research, Volume 41, Issue 6, 1 April 2013, Pages 3734–3747
Yan-Zi Wen et al., "Pseudogene-derived small interference RNAs regulate gene expression in African Trypanosoma brucei" PNAS Vol. 108 | No. 20: 8345-8350 (April 29, 2011)
وظائف أخرى تشرح لك سبب التشابه دون الحاجة الى منتج كامل هى استخدامه لدعم استمرار الرنا المنسوخ من الجين المشابه له فيما يسمى استراتيجية الشرك/المحاكاة decoy/target mimicry/sponge/sink بأن يرتبط مع المثبطات (أو ترتبط منتجاته مع مضادات الرنا) المسئولة عن ايقاف عمل الجين الأصلى أو منتجاته فيشغلها تاركا الأصل يعمل عند الحاجة بدون اسكات و قد وصفت احدى الدراسات هذه الوظيفة للجينات الزائفة بأنه أسلوب شرك مثالى perfect decoy
Laura Poliseno et al., "A coding-independent function of gene and pseudogene mRNAs regulates tumour biology,” Nature465 (2010): 1033–1038.
Jeannie T. Lee, “Molecular biology: Complicity of gene and pseudogene,” Nature 423 (2003): 26–28.
Hirotsune et al., "An Expressed Pseudogene regulates the messenger RNA stability of its homologous coding gene" Nature, 423 (May 1, 2003): 91-96
Yoshihisa Yano et al., "A new role for expressed pseudogenes as ncRNA: regulation of mRNA stability of its homologous coding gene,” Journal of Molecular Medicine 82 (2004): 414–422.
Nicole A Rapicavoli et al., “A mammalian pseudogene lncRNA at the interface of inflammation and anti-inflammatory therapeutics,” eLife, 2013, 2:e00762
Wang J. et al., 2010. CREB up-regulates long non-coding RNA, HULC expression through interaction with microRNA-372 in liver cancer Nucleic Acids Res. 38: 5366–5383
José Manuel Franco-Zorrilla et al., "Target mimicry provides a new mechanism for regulation of microRNA activity,” Nature Genetics 39 (2007): 1033–1037.
فاذا كان من المطلوب منه أو من منتجاته الالتحام مع عناصر تستهدف الجين الأصلى أو منتجاته فمن البديهى أنه يجب أن يشبهه حتى يتم الالتحام و من البديهى أيضا أنك قد تحتاج فقط الى الجزء الذى سيقوم بالارتباط بالهدف و ليس المنتج كله لأنه لن ينفذ أى وظيفة أخرى. تسمى بعض هذه الاليات التنظيمية تنافس الرنا competing endogenous RNA ceRNA أو competitive inhibition و هى تشير الى ضلوع الرنا غير المشفر للبروتين و الجينات الزائفة فى شبكة تنظيمية كبيرة من التفاعلات الى جانب الرنا العادى الذى يحمل شفرة البروتين فهناك رنا مختص بايقافه و تدميره عند الرغبة فى تقليص الانتاج و رنا اخر مضاد للرنا التدميرى يشبه الرنا المشفر (يأتى من الجينات الزائفة المشابهة) "ليفدى" الرنا ناقل الشفرة و يرتبط بالرنا التدميرى مكانه و جين زائف يعمل كبديل للجين الأصلى فى اجتذاب الرنا المنظم...الخ و هذه الشبكة بالكامل تعتمد على تشابه الجينات الزائفة مع الأصلية
We have more recently demonstrated experimentally that pseudogenes, due to their high sequence homology, can act as legitimate bona fide microRNA competitors thereby actively competing with their ancestral protein-coding genes for the same pool of microRNAs through sets of conserved MREs [microRNA response elements]
Leonardo Salmena et al., "A ceRNA Hypothesis: The Rosetta Stone of a Hidden RNA Language?" Cell VOLUME 146, ISSUE 3, P353-358, AUGUST 05, 2011
Ana C Marques et al., "Wrangling for microRNAs provokes much crosstalk" Genome Biology volume 12, Article number: 132 (2011)
Ana C. Marques et al., “Evidence for Conserved Post-Transcriptional Roles of Unitary Pseudogenes for Frequent Bifunctionality of mRNAs,” Genome Biology 13, no. 11 (2012): R102, doi:10.1186/gb-2012-13-11-r102.
Hervé Seitz "Redefining MicroRNA Targets" Current Biology VOLUME 19, ISSUE 10, P870-873, MAY 26, 2009
Cesana M. et al., 2011. A long noncoding RNA controls muscle differentiation by functioning as a competing endogenous RNA. Cell 147: 358–369
و فى بعض الأحيان لا يتم استهداف رنا تدميرى مثبط بل يتم استهداف بروتينات تقوم بتثبيت هيكل الرنا الأصلى و اطالة مدى بقاءه فلما يرتبط بها الرنا الزائف يخسر الرنا الأصلى تأثيرها فيقصر بقاءه و يقل معدل تواجده
Pseudogene transcripts can also regulate their parental gene by decoying non-miRNA based stability factors as discussed in [44]. In particular, it was demonstrated that the transcripts from both the HMGA1 gene and of its pseudogene HMGA1-p compete for the alpha-CP1 protein in mouse and human cells [45]. That protein is involved in mRNA stabilization; therefore, increase in the expression of the pseudogene may result in degradation of the HMGA1 mRNA.
Enrique M. Muro et al., “Functional evidence of post-transcriptional regulation by pseudogenes,” Biochimie, 93 (2011): 1916-1921
ملحوظة: عادة ما يتم تحديد هل الأصل فى الرنا التدمير أو التثبيت حسب المنتج فالمنتج المطلوب وجوده فى الخلية كثيرا يكون الأصل فيه التثبيت و دعم الاستقرار و المنتج المطلوب وجوده فى الخلية بشكل استثنائى يكون الأصل فيه التدمير و التثبيط ثم يأتى الرنا الزائف التنظيمى ليعاكس الوظيفة الأصلية. لاحظ أيضا أن الوظائف السابقة تندرج تحت بند وظائف الجينات الزائفة و أيضا وظائف الرنا غير المشفر فكما ذكرنا سابقا تقسيمات الحمض النووى الخردة المزعوم و وظائفه ليست حصرية فمن الممكن أن تندرج وظيفة ما تحت أكثر من بند.
و هنا قد يتساءل البعض عن سبب وجود مثل هذه الشبكة المعقدة للتحكم بدلا من اليات بسيطة و مباشرة للتفعيل و التعطيل و طبعا يقفز التطوريون على هذا التساؤل بخيالهم الواسع ليقوموا بالشئ الوحيد الذى تستطيع نظرية التطور القيام به: تجاهل كل اثار التصميم و التركيز على شئ غامض أو مبهم و الزعم أنه دليل على غياب التصميم. هنا ينتقل التطورى فى الاستدلال بسلاسة شديدة من كون الجينات الزائفة لا تعمل اذن فهى غير مصممة الى كونها تعمل لكن بطريقة لا تعجب فخامته اذن هى غير مصممة و يبدأ فى حشر كلام انشائى عن “بصمة التطور” و “أسلوبه المميز” و “الحلول الخرقاء” و “الاليات التى تبدو كترقيعات سمكرى لا كتصميمات مهندس” الى اخر المصطلحات الأدبية الرنانة التى تشتهر بها النظرية. يزعم التطوريون هنا أن كثرة الاليات المتداخلة تعقيد لا داعى له و يسمونه الة روب جولدبرج Rube Goldberg Machine أى الة تقوم بخطوات كثيرة غير ضرورية لانجاز هدف بسيط و يزعمون أن هذه من بصمات العملية التطورية التى تراكم الخطوات بشكل عشوائى لمجرد كونها ذات فائدة ما وقت تراكمها دون نظر الى المستقبل فينتج فى النهاية هيكل مشوه و سئ التصميم و معقد بلا داعى و لكنه يقوم بعمل ما.
طبعا هذا كلام خطابى فارغ مبنى فقط على الجهل بسبب تعقيد الشبكة التنظيمية و يمكن ادراك خطأه بمجرد النظر الى الخطوات/البروتينات المتعددة التى يجب تنسيقها للقيام بهذه العملية و لم يثبت أبدا لتطورهم المزعوم القدرة على انتاج مثل هذه الاليات حتى لو سلمنا لهم جدلا أنها سيئة التصميم و لا هم أثبتوا فعلا أن كل خطوة فى أى مسار بيوكيميائى أو الية مركبة من التى يتهمونها هذا الاتهام هى فعلا اضافة وظيفية نافعة بمفردها. ان الأمر بالنسبة لهم لا يعدو كونه نموذجا اخر على الاستدلال بالجهل بوظائف الأجزاء الكثيرة على عدم وظيفتها و قبل أن نرد دعنا نذكر القارئ كم مرة من قبل نفش التطوريون ريشهم (و الذى لم يتطور من حراشف الزواحف بالمناسبة) و أشاروا الى شئ ما و قالوا "تصميم سئ كان يجب أن يكون كذا و كذا" ثم يتضح أن كلامهم خاطئ و أن ما حسبوه تصميم سئ يعمل بشكل جيد و أن البديل الذى اقترحوه غير سليم سواءا فى حالة العين البشرية أو الهيكل العظمى أو الجهازين التنفسى و التناسلى أو تشفير الحمض النووى أو حتى فى حالة الخردة و الجينات الزائفة التى نناقشها الان.
يقول المعترض لماذا كل هذا التعقيد و هذه الشبكة المركبة كان يكفى مفتاح تشغيل و مفتاح اغلاق و انتهى الأمر. الحقيقة أن مفاتيح التشغيل و الاغلاق و زيادة الانتاج أو تخفيضه موجودة بالفعل فى الجينات الأصلية promoter/enhancer/silencer بشكل مستقل عن الجينات الزائفة و الرنا الناتج عنها و لو كانت تكفى لأداء المطلوب لتخلصت الطفرات مع الانتخاب الطبيعى بمنتهى البساطة من هذا العبء الاضافى الواقع على موارد الكائن بنسخ كل هذه التسلسلات طالما أنه زائد عن الحاجة و اكتفت بمفاتيح التشغيل المستقلة عن الجينات الزائفة و لكنه أسلوب "تأليف القصص و القاء أى كلام" التطورى العتيد.
تشير محاولات العلماء تفسير هذه الشبكة الى أن ايجاد عدد أكبر من العوامل التى تؤثر على مدى توافر منتج معين فى دورة تنظيمية (بدلا من الاكتفاء بالية واحدة بسيطة مباشرة لزيادة أو تقليل الانتاج) يتيح قدر أكبر من مرونة التحكم و سرعته بابقاء قدر كبير من الرنا المنسوخ الجاهز للترجمة فى حالة توافر (و تدمير/تثبيط) دائم لزيادة الانتاج بسرعة عند الحاجة بتأثير عاملين (أو أكثر) بدلا من عامل واحد (زيادة الانتاج و خفض التدمير/التثبيط) و بسبب وجود كمية متوافرة بالفعل فى الخلية و لكن خاضعة للتثبيط أو التدمير مما يعطى رد فعل أسرع يتم ابقاء قدر كبير من المنتجات فى حالة تشبه الحلقة المفرغة (انتاج/تدمير) تتأثر بعدة عوامل لتعديل معدلات الانتاج بسرعة فى زمن قياسى بتغيير عوامل متعددة (مثلا رفع معدلات انتاج الرنا المشفر و الرنا الفدائى دفعة واحدة و تقليل انتاج الرنا التدميرى يعطى تغيير عنيف و سريع فى مستوى الرنا المشفر المتوافر) و هى الية من الاليات الكثيرة التى قضى التطوريون دهرا فى وصمها بسوء التصميم ثم لما اكتشفوا مميزاتها انتقلوا فورا الى حالة "أوه ماى داروين...كم هى رائعة منتجات الانتخاب الطبيعى...انه يحل كل مشاكلك بعبقرية...انه رائع" و قد ذهبت بعض المراجعات فعلا الى أن بعض الجينات تقوم بتحكم دقيق جدا لدرجة وصفها بالريوستات rheostat (جهاز للتحكم فى مقاومة التيار الكهربائى)و بالتالى تحتاج الى مفاتيح ضبط متعددة من "الجينات الزائفة" لاعطاء مرونة أكبر فى مستوى الضبط و دقته و سرعته (لتقريب الصورة تخيل بعض الأجهزة الالكترونية المعقدة ذات مؤشرات الضبط المتعددة)
The POU5F1 gene encodes transcription factor OCT4 that acts during self-renewal of pluripotent stem cells and their transformation into induced pluripotent stem cells (iPSCs). It is also required for early embryogenesis in mammals. Manifestation of functions of this protein depends on the expression level of its gene, which is therefore occasionally referred to as rheostat gene. Because of such unusual properties, the activity of this gene should be finely regulated. Perhaps, this explains why POU5F1 has six expressed pseudogenes (OCT4pg1-OCT4pg6) located on different chromosomes, that are able to affect its function.
T. F. Kovalenko & L. I. Patrushev “Pseudogenes as Functionally Significant Elements of the Genome” Biochemistry 83, pages 1332–1349 (2018)
و فى حالة أخرى ذكرتها نفس المراجعة ينتج نفس الجين "الزائف" ثلاث تسلسلات من الرنا واحد فى الاتجاه الطبيعى و اثنان عكسه
Regulation of the parental tumor suppressor PTEN gene involves three PTENP1 transcripts...Therefore, the three RNAs encoded by PTENP1 provide both positive and negative control of PTEN expression, which, in turn, suggests the necessity for the regulatory mechanisms modulating expression of the pseudogene itself.
و كلها مهمة للتنظيم فالطبيعى sense يحجب المثبطات و المعكوسان antisense أحدهما يتكامل مع جزء من الطبيعى لثبيت هيكله و اطالة عمره فى الخلية و الثانى يتكامل مع المحفز لايقاف الجين و هذا ليس نموذجا لشبكة تنظيمية متكاملة فحسب و لكنه نموذج اخر لسبب وجود طفرات التوقف و الاتلاف المزعومة فى قلب الجين الزائف لأنها تقسم منتجاته الى عدة أجزاء كلها مطلوبة و وظيفية. اذن فهذه الشبكات التنظيمية تتيح وضع عدد كبير من معاملات التحكم و الضبط لكل جين وفقا لما يتأثر به و يؤثر فيه فى الخلية بحسب كل خلية و وظائفها المطلوبة فى العضو أو النسيج التى ستكون فيه وقالت احدى الدراسات أن هذه المنظومة تمكن دمج معلومات من مئات الجينات فى عملية اتخاذ القرار أى أنها عملية معلوماتية مصممة و ليست مجرد ركام من أجزاء كثيرة بلا داعى
In sum, according to this hypothesis, every phylogenetically conserved miRNA-complementary mRNA is not regulated by that miRNA; rather, most miRNA “targets” titrate miRNAs. That is, most miRNA “targets” regulate the miRNA, and not the reverse. Authentic miRNA regulatory targets need to be not only complementary and accessible to the miRNA but also sufficiently sensitive to a modest reduction in their protein production to benefit from miRNA regulation. Finally, although miRNAs have been known for some time to shape cell type identity, this hypothesis also predicts that each cell type, as a consequence of the composition of its transcriptome, modulates miRNA activity (see Figure 2). Such a system would ensure that the regulation of miRNA targets integrates expression information from hundreds of other genes...In cell type 1, in which pseudotargets are abundantly expressed, the miRNA is titrated by pseudotargets; authentic targets are poorly repressed. In cell type 2, in which pseudotargets are sparse, the miRNA is available; authentic targets are strongly repressed.
Hervé Seitz "Redefining MicroRNA Targets" Current Biology VOLUME 19, ISSUE 10, P870-873, MAY 26, 2009
و يذهب العلماء الى أن وجود هذه الشبكات التنظيمية المعقدة أيضا يتيح التحكم فى مستويات عمل عدة جينات و مدى توافر منتجاتها عن طريق تعديل عنصر واحد فقط فيرتبط عمل مجموعة من الجينات بنفس مفتاح التحكم مما يتيح التنسيق المشترك بينها
First discovered in plants (Franco-Zorrilla et al. 2007), this phenomenon has been hypothesized to be part of a genome-wide fine-tuning regulatory network composed of miRNA “pseudotargets” (Seitz 2009) and/or bona fide targets called “competing endogenous RNAs” (ceRNAs) (Salmena et al. 2011). Changes in the expression level of one member of this network, and thus the amount of miRNAs bound up by it, would affect the overall accessible pool of shared miRNAs, leading to concordant changes in the transcript levels of other members of the network. For example, the developmentally regulated linc-MD1 is reported to influence the mRNA levels of miRNA-targeted muscle differentiation genes (Cesana et al. 2011).
Johnny T. Y. Kung et al., “Long Noncoding RNAs: Past, Present, and Future” Genetics 193 (2013): 651–669.
طبعا حاول صاحب المراجعة فى النهاية الهروب من التصميم الواضح لشبكة التحكم و التنسيق بالقول أنها مجرد أثر جانبى لوجود كل هذا الرنا و تفاعله مع بعضه البعض و هذا كمن يقول لك أن وجود هذه المقالة أثر جانبى لوجود الحروف على الشاشة و التى هى بدورها طبعا أثر جانبى للكثير من عمليات ضرب الحروف العشوائية ثم لاحقا انتقاء ما صنعته من كلمات و جمل متناسقة مما صنع مقالا ذو معنى و هدف (سواءا اتفقت مع المعنى أم لا) لأننا قمنا بملايين الضربات على لوحة المفاتيح و كنا ننتقى حرفا حرفا خطوة خطوة و لكن لا تقل أن المقال مصمم و مكتوب لهدف لأن هذا "تفسير غير علمى" و يستدعى خرافات و سحر و أبراكادابرا عن وجود مصممين و كتاب و هذه مغالطة كاتب الفجوات! فعلا تصادف أن تضاعفت الجينات بالخطأ و تلفت بالخطأ فأنتجت قطع الرنا القصيرة المطلوبة للتفاعلات و ليس أى قطع رنا أخرى بالخطأ و وجدت البروتينات المساعدة للعملية التى رأيناها فى المقطع و الصور السابقة بالخطأ فاكتملت الشبكة بالخطأ ثم تصادف أن تم تنظيم انتاج أجزاء الشبكة المتداخلة بالخطأ عند المستويات المطلوبة فى التوقيتات/الظروف المناسبة لاتمام كل هذه الوظائف الحيوية فى مختلف الأنسجة (كل وظيفة لها ضبطها الخاص زمانيا و مكانيا و من حيث مستوى التفعيل/التثبيط المطلوب) فظهرت الشبكة التنظيمية الوظيفية كنتيجة حتمية و عرض جانبى لكل هذه الصدف و أخطاء النسخ فانتقاها الانتخاب الطبيعى! هذه المسخرة يتم الايحاء للناس بأنها تفسير علمى بمجرد اعطاءها مصطلحا أنيقا رنانا مثل exaptation/co-option/coevolution فيظن الناس أنها عملية مرصودة فى الطبيعة فعلا بينما ما رصدوه هو النتيجة/المنتج النهائى أما طريقة نشاته تطوريا فمجرد حواديت سخيفة من خيالاتهم و قد علق كتاب مقدمة فى الأنظمة البيولوجية التطورى على مثل هذه الشبكات التنظيمية قائلا أن فائدة التحكم و سرعة رد الفعل تفوق تكلفة انتاج أجزاء الشبكة المتعددة من موارد الخلية
“This cycle can be selected by evolution in some systems despite the costs of increased production due to the benefit of faster response”
Uri Alon "An introduction to Systems Biology" Second Edition (2019) p. 49
كما علق بعض الباحثين فى مجال الرنا فى لقاء مع أحد المجلات العلمية عن أن هذه الوظيفة الثورية للرنا الغير مشفر هى أنه لا يتحكم فقط فى تشغيل و تعطيل الجينات بل فى الضبط الدقيق fine-tuning لعملها مما يعطيها "مرونة تطورية" تعطى الكائن مساحة واسعة من الخيارات الممكنة للتكيف مع التغيرات البيئية المختلفة (طبعا يمكنك ببساطة حذف كلمة تطورية و وضع تكيفية أو وظيفية)
What makes these discoveries revolutionary is what all this noncoding RNA—abbreviated as ncRNA—does. Much of it indeed seems involved in gene regulation: not simply turning them off or on but also fine-tuning their activity...Why would miRNA gene regulation work in this complicated way? Ambros suspects it might allow for “evolutionary fluidity”: the many ways in which different miRNAs can work together, and the number of possible targets each of them can have, offer a lot of flexibility in how genes are regulated and thus in what traits might result. That gives an organism many evolutionary options, so that it is more able to adapt to changing circumstances.
"Revolutionary Genetics Research Shows RNA May Rule Our Genome: Scientists have recently discovered thousands of active RNA molecules that can control the human body" Scientific American (May 14, 2024)
لاحظ طبعا أنهم ينسبون الأمر بعد أن اتضحت مميزاته الى التطور لكن الشاهد هو الاقرار بأن هذه المنظومة على شكلها المعقد تؤدى الى ردود فعل أسرع و أفضل للكائن و ليست مجرد أجزاء كثيرة بلا داعى
و قد ظهرت بعض المقالات فى المجلات العلمية الكبرى مثل Nature تلمح الى أن تصنيف الجينات على أنها زائفة لا دليل علمى عليه و سببه العقيدة Dogma التطورية و تحذر من أن هذه الجينات يتم تجاهل دراستها كثيرا بسبب افتراض أنها زائفة ثم يكتشف لاحقا أنها ليست كذلك
we posit that pseudogenes have been classified on a scientifically unsubstantiated basis...with a growing number of instances of pseudogene-annotated regions later found to exhibit biological function, there is an emerging risk that these regions of the genome are prematurely dismissed as pseudogenic and therefore regarded as void of function...Where pseudogenes have been studied directly they are often found to have quantifiable biological roles...The dominant limitation in advancing the investigation of pseudogenes now lies in the trappings of the prevailing mindset that pseudogenic regions are intrinsically non-functional.
Seth W. Cheetham et al., "Overcoming challenges and dogmas to understand the functions of pseudogenes" Nature Reviews Genetics volume 21, pages191–201 (2020)
و هذه المراجعة وثقت وظائف الكثير من الجينات الزائفة و أشارت الى أهمية تجاوز الدوجما و القناعات المسبقة (التهمة المعلبة التى توجه الى منتقدى التطور) فى التعامل معها و لكن من الملفت أن نلاحظ ما كتبه أصحابها تحت العنوان الفرعى "أهمية المصطلحات" The Importance of terminology اذ نبه الباحثون الى مشكلة سائدة فى علوم الأحياء و هى أن كثيرا ما يفترض الدارسون أنه بمجرد اطلاق اسم على ظاهرة ما فقد تم اثباتها و التأكد منها و يبدأ التعامل معها على أنها مسلمة axiom مما يؤثر سلبا على توجهات العاملين فى المجال و افتراضاتهم أثناء اجراء الأبحاث. طبعا الورقة كانت تشير الى مصطلح "الجينات الزائفة"و لكن أى نظرة عامة على المجال ستجد تكرارا لهذه الظاهرة "الحمض النووى الخردة – الفيروسات العكسية - البقايا التطورية - التنادد - السلف المشترك – التطور المتقارب - التطور المتشارك - الدمج/الضم/الاقتراض/التجنيد" و أخيرا و ليس اخرا المصطلح الذى نشأت كل هذه المصطلحات الفرعية بسببه و بسبب تأثير التسليم به لدى الباحثين مصطلح "التطور"
مزاعم أن الوظيفة استثناء لا قاعدة:
كما أشارت نفس المراجعة أعلاه الى أن الاعتراض الشهير القائم على أن الوظيفة استثناء غير صحيح و لا تدعمه البيانات بل العكس و التحديات التقنية هى العائق أمام اكتشاف وظائف الجينات الزائفة خاصة تلك التى لا تنتج بروتين DNA-based or RNA-based و وظائفها قائمة على الرنا أو على الحمض النووى ذاته (مثل بعض أنواع الشرك sponge )
As the abundance of such acquired functions does not appear to be an especially rare or isolated phenomenon, it would seem remiss to take the default perspective that processed pseudogenes are functionless...due in part to the experimental challenge of investigating their function and expression, pseudogenes are typically excluded from genome-wide functional screens and expression analyses…DNA oligonucleotides are typically unable to differentiate a pseudogene from its parental gene (or other pseudogene copies) due to sequence similarity, precluding unambiguous identification of their transcript levels...The use of assays ill-suited to analysis of pseudogenes has arguably stymied elucidation of their biological roles.
و ننصح هنا بمراجعة التحديات التقنية الكثيرة أمام اكتشاف وظائف الخردة و الرنا الغير مشفر التى ذكرناها فى المقالة الأولى. مراجعة أخرى كانت قد اشتكت من أن دراسة الجينات الزائفة يتم تجاهلها تماما فى الكثير من الأبحاث برغم من الدور الذى يلعبه الخلل فى عملياتها التنظيمية فى الاصابة بالأمراض لدرجة أن طرق الكشف عنها عادة لا توجد فى الأدوات المتوافرة للأبحاث
For the large part, pseudogenes have been overlooked in the quest to understand the biology of health and disease, to the extent that pseudogene probes are often absent from commercially available microarrays.
Pink, C. et al., 2011. "Pseudogenes: Pseudo-Functional or Key Regulators in health and disease?" RNA 17 (2011): 792-798
لاحظ من فضلك كيف كان يتم تجاهل دراستها ابتداءا فى معظم الأحوال لدرجة ندرة أدوات الكشف عنها بسبب سيطرة العقيدة التطورية التى تقول أنها مخلفات و خردة ثم يتحدث التطوريون بعد ذلك بمنتهى الثقة عن غياب الوظيفة و كأنه أمر مثبت علميا بينما هو أمر متروك البحث فيه أصلا بسبب التطور و تخاريفه و لكن عند البحث يجدوها.
مراجعة أخرى للوظائف المكتشفة للجينات الزائفة كانت أكثر صراحة و ذكرت أن هذا التصنيف الخاطئ نابع من الفرضية التطورية اللطيفة القائمة على النسخ المكرر للجينات و تراكم الطفرات كوقود للعملية التطورية و فكرة مركزية الجين/البروتين و أن هذا هو سبب قلة دراسة هذه الجينات و الافتراض المسبق بكونها لاوظيفية الى جانب الصعوبات التقنية فى تمييز منتاجاتها عن منتجات الجين الأصلى
However, the extent of pseudogene activity remains poorly investigated, in part perhaps due the bias inherent to the term ‘pseudogene’, which presumes non-functionality Furthermore, technical shortcomings have impeded unambiguous distinction of pseudogene activity from their near identical parental counterparts...gene duplication as the major driving force of evolution... gene duplication produces redundant gene copies that accumulate mutations that act as raw material for evolutionary innovation...the most probable fate of a duplicated gene is degeneracy... These remarks provided the foundation for a framework that categorises apparently defective sequences with similarity to another gene as pseudogenes. The genomics revolution subsequently saw regions of the genome with pseudogene hallmarks labelled functionless en masse...
a gene-centric view of molecular biology may be detrimental as it acts as an oversimplification for complex biological processes and blurs potential lines of enquiry. This generalisation is mirrored in pseudogenes that are understudied and underappreciated perhaps not only due the technical challenge of distinguishing pseudogenes from parent genes, but also due to the bias implied by the term ‘pseudogene’, which immediately assumes non-functionality. As a result, the growing body of pseudogenes with demonstrated functions are cast aside from those of conventional genes and continue to be thought of as biologically inconsequential artefacts. Further investigation of coding and noncoding pseudogenes will likely greatly expand the pseudogene functional repertoire, highlight their contribution to the evolution of the human genome and alleviate bias carried by the term ‘pseudogene’.
Robin-Lee Troskie et al., "Processed pseudogenes: A substrate for evolutionary innovation" BioEssays Volume 43, Issue1 1, November 2021, 2100186
و برغم ذلك فلا يزال الجميع بما فى فيهم فريق المراجعة أنفسهم يصرون على نفس فرضية التكرار الجينى و غيرها من الفرضيات التطورية التى أخرت العلم بل و يعتبرونها حقيقة مسلم بها axiom برغم عدم وجود أى طريق من الطفرات النافعة بين أى تطوى بروتينى واخر بربط عائلات البروتينات ببعضها البعض و يواصلون محاولة تأليف السيناريوهات لنشأة كل هذه الوظائف بلا تصميم. لاحظ أيضا أنهم لا يزالون يتحدثون عن الصعوبات التقنية فاذا كانت كل الاكتشافات سابقة الذكر – و التى يصر التطوريون على أنها استثناءات - قد تمت فى ظل الصعوبات التقنية فما الذى ينتظرنا مع التطور التكنولوجى؟ بالتأكيد المزيد من الأدلة على التطور!
الخلاصة:
ان ما ذكرناه مجرد أمثلة و عينات و الوظائف التى تم اكتشافها أكثر من ذلك و من جديد سيواصل التطوريون اعتراضهم الشهير القائل بأن الوظائف المكتشفة تمثل نسبة قليلة من اجمالى تعداد هذه التسلسلات الخردة اذن فالوظيفة استثناء و ليس قاعدة و من جديد سنرد عليهم بأن هذه من جرائم نظرية التطور فى حق العلم فكما رأينا فى الاقتباسات السابقة و كما استعرضنا فى المقال الأول من السلسلة كرست نظرية التطور مفهوم الخردة الذى أبعد الباحثين عن دراستها ثم انبرت تدافع عنه بكل شراسة بعد ظهور نتائج انكود محاولين التأكيد فى كتب و مقالات و محاضرات و مناظرات على أن الخردة حقيقة و هى الأعم و الأغلب و أى كلام اخر مجرد خرافات خلقوية جاهلة و بعد مجهوداتهم الضخمة لصرف الباحثين عن دراسة هذه التسلسلات لأنها خردة يستدلون بقلة الاكتشافات!!! و برغم من ذلك فكما وضحنا أعلاه و فى المقال الأول الاكتشافات مستمرة و وتيرتها فى تصاعد و الأهم أنها تقدم لنا اثبات مبدأ عمل proof of concept فالقضية ليست كما يحاول التطورى أن يوحى للناس اكتشفنا وظيفة "هذا الجين الزائف" تحديدا أو ذاك و بقى الكثير بل اكتشفنا مبادئ عمل قابلة للتطبيق على عدد كبير من التسلسلات حتى ما لم نكتشف وظائفه بعد. فطالما أن الخلية قادرة من حيث المبدأ على الاتيان بجين بجوار اليات تنظيمية بعيدة فلا معنى للاحتجاج بأن هذا الجين أو ذاك بلا مفتاح تشغيل و طالما اتضح من حيث المبدأ أن المنتجات المجتزأة التى قد تبدو كقطع ناقصة من المنتج الأصلى أو كجينات متطفرة الى حد التلف و التدهور يمكن أن يكون لها دور فلا معنى للاحتجاج بأن هذا الجين أو ذاك محذوفة منه قطعة أو فيه اشارة توقف مبكرة أو متطفر بشدة و هكذا و هذا لا ينطبق فقط على الجينات الزائفة بل على كل شئ اخر كتسلسلات صناعة الرنا الغير مشفر و الينقولات التى كما ذكرنا تستخدم أسلوب مماثل homology dependent silencing/co-suppression و Copy Number Control CNC فى التنظيم. انها حزمة من مبادئ و أساليب العمل فى الجينوم يمكن تطبيقها على أى جين/تسلسل حتى ان لم تكن وظائفه قد تم اكتشافها بعد تماما كما يمكنك أن تقول أن الضغط على الملفات و المجلدات على الحاسب الالى هو الية اختيارها و فتحها و التعامل معها حتى و ان لم تكن ضغطت على كل أو حتى معظم الملفات و طبعا هذا ليس انكارا لاحتمال وجود جينات تالفة بالفعل فالمرض و التلف و الانتروبيا (و ليس التطور) ثوابت علمية و لكن هذه ستكون الاستثناء و ليست القاعدة. و على ذكر المرض و التلف فكالعادة تأتى محاولة الاستدلال بأدوار لهذه الجينات فى بعض الحالات المرضية برغم أن نفس الاستدلال كما نبهنا سابقا قد تم توجيهه الى أنواع من الخردة كالتسلسلات المكررة و الينقولات و ثبت أن المرض بسبب خلل فى الوظيفة الأصلية و هو ما بدأت بعض الأبحاث تذهب اليه أيضا فى حالة الجينات الزائفة
The finding that pseudogenes are often deregulated during cancer progression warrants further investigation into the true extent of pseudogene function…As evidence emerges that pseudogenes are deregulated in disease, and indeed that their deregulation can contribute to diseases such as diabetes and cancer, the prevalent attitude that they are nonfunctional relics is slowly changing.
Pink, C. et al., 2011. "Pseudogenes: Pseudo-Functional or Key Regulators in health and disease?" RNA 17 (2011): 792-798
خاتمة السلسلة - تطور الفجوات:
بامكاننا أن نلخص الصورة العامة فى اقتباس من مقدمة كتاب أصدره بعض باحثى انكود
we conclude that the genomes of humans and other complex organisms are not full of junk but rather are highly compact information suites that are largely devoted to the specification of regulatory RNAs. These RNAs drive the trajectories of differentiation and development, underpin brain function and convey transgenerational memory of experience, much of it contrary to long-held conceptions of genetic programming and the dogmas of evolutionary theory.
JOHN MATTICK AND PAULO AMARAL, RNA: THE EPICENTER OF GENETIC INFORMATION (CRC-TAYLOR & FRANCIS, 2023), P. VII.
ان الجينوم ليس مليئا بالخردة و لكنه ملئ بالحزم المعلوماتية التى تنتج رنا تنظيمى يعمل على توجيه تمايز الخلايا و عمليات النمو و وظائف المخ و الذاكرة و هو ما يتعارض مع المفاهيم الدوغمائية لنظرية التطور
-من مقدمة كتاب أصدره بعض باحثى مشروع انكود
و فى المقابل فان فرضية التطوريين بأن المصمم ما كان ليخلق هذه التسلسلات الغير وظيفية فى الكائنات المختلفة لذلك هى دليل على التاريخ التطورى قائمة على عدة مغالطات:
1-الاستدلال الانتقائى و تلفيق الدليل حسب فرضيات نظرية التطور فان وجدت تسلسلات غير وظيفية محفوظة conserved بين كائنات تفترض نظرية التطور انحدارهم من سلف مشترك قريب فهى دليل على أنها بلا وظيفة و تفسيرها الوحيد السلف المشترك و ان وجدت محفوظة بين كائنات متباعدة لا تفترض نظرية التطور انحدارها من سلف قريب يصبح الانحفاظ دليل على الوظيفة أو على التطور المتقارب. بعبارة أخرى نفس الظاهرة يتم استخدامها كدليل على أمرين متعارضين (وجود الوظيفة و غيابها/وجود السلف المشترك و غيابه) حسب "مزاج" التطوريين و فرضياتهم.
2-افتراض أن هذه التسلسلات غير وظيفية فعلا لمجرد عدم معرفتنا حاليا بوظيفتها برغم أن الكشوفات العلمية تواصل التزايد فى هذا المجال و برغم أن الكثير من الباحثين يقرون بأن الدوجما التطورية هى سبب محدودية البحث فى هذا المجال و برغم أنهم هم أنفسهم يحرضون بشكل غير مباشر ليلا نهارا على ترك البحث فى هذه التسلسلات باصرارهم على أنها خردة ثم يستدلون بنتائج تحريضهم. بل و يزيد الأمر فى بعض الأحيان الى الزعم بأن هذه التسلسلات تسببب الأمراض برغم أن بعض الأبحاث فى كل حالة (ينقولات/تكرارات/جينات زائفة) تذهب الى أن المرض ليس ناجما عنها بل عن خلل فى وظائفها سبب المرض أو سببه المرض
3-الاستدلال بفرضية تدهور جينات و خسارة وظيفتها على التطور الذى هو عكس هذه الفرضية فالأشياء المصممة قد يطرأ عليها التلف و هذا لا ينفى أنها مصممة فى أصلها و التعامل و كأن اثبات وجود سلف مشترك (بفرض أنهم أثبتوه) معناه تلقائيا عدم وجود تصميم و كأن قيامك بعمل upgrade لحاسبك الالى أو هاتفك المحمول من نسخة نظام تشغيل حالية الى نسخة أحدث بامكانيات أكثر معناه عدم وجود مبرمج
4-تجاهل أن الكثير من الاكتشافات ليست متعلقة بوظيفة هذا التسلسل أو ذاك بقدر ما هى متعلقة بطريقة عمل الجينوم ككل من حيث التنظيم و التنسيق و تأثير بعض التسلسلات على تسلسلات أخرى بعيدة و قيام نفس التسلسل أو أجزاء منه بأدوار متعددة و تنوع أدوات التكيف و مواجهة الضغوط البيئية و هى أمور قابلة للتطبيق من حيث المبدأ على الكثير من التسلسلات التى لم تكتشف وظائفها بعد و لكن التطورى هنا يتجاهل القواعد العامة و يصر على تعقب احاد التسلسلات و هى عملية قد تأخذ من العلم عقودا و هو فى هذا تماما كمن تثبت له وظيفة دائرة الكترونية كان يظنها قطعة خردة معدنية فيصر على تعقب كل الدوائر الالكترونية فى العالم واحدة واحدة و اثبات وظيفتها و الا فهى خردة و عندما يحدث هذا فى المستقبل ان شاء الله سيفعل بالضبط ما فعله مع الأعضاء الأثرية: سيقول أن التطور صنع لها وظيفة!!!
5-الاصرار بعد كل هذه الاكتشافات على قصص خيالية لتجنب التصميم ككونها جينات تالفة بالفعل و لكن تصادف أن أوجد لها التطور وظيفة أو أتى لها بالية تنظيمية و وضع هذه الفرضيات فى قلب تعريف الجين للايحاء بأنها حقائق مرصودة بينما هى مجرد قصص تطورية. ربما يصدم القارئ اذا رأى كمية القصص الخيالية التى يقوم التطوريون بتأليفها لكل حالة من حالات وجود جينات زائفة مقابلة لجين وظيفى فتارة هو كان فى طريقه الى التلف و لكن تصادف أن "جند" التطور بقاياه recruited لللقيام بعمل ما و تارة هو كان قد تلف بالفعل فدمجه التطور exapted/co-opted فى منظومة ما و تارة كان قد تلف و مات ثم بعثه التطور resurrected كزومبى lazarus/zombie (لا أمزح يستخدمون هذا المصطلح فعلا فى بعض الأحيان) و وجد له وظيفة ما و طبعا لا بأس من ادخال قصص عن الينقولات الوظيفية (الفيروسات المزعومة) التى تمنحنا غزواتها المباركة بروتينات جديدة و وظائف مفصلية للانتواع و التطور و تدخل فى الأماكن المطلوبة لتنسيق شبكات تنظيمية من مئات المواقع و لا مانع من مزج قصص الفيروسات مع الجينات الزائفة على سبيل ال franchise crossover عندما يتم الاتيان ببطل من سلسلة أفلام و بطل من سلسلة أفلام أخرى فى عمل مشترك مثل marvel/dc universe فيبدأ الحديث عن قيام الفيروسات باعطاء هذه الجينات الميتة تسلسلات تنظيم أو نقلها من مكان الى اخر أو حتى صناعتها بالصدفة و هى تنسخ نفسها و تتكاثر ثم يخرجون على الناس بابتسامات عريضة مؤكدين أن التطور لديه التفسير العلمى الأكثر اقتصادا فى الفرضيات most parsimonious وفقا لنصل أوكام لأنه أزال فرضية المصمم التى لا لزوم لها و التى يضيفها البعض بلا داعى و أنهم عثروا على الالية mechanism التى تحدث بها هذه الظواهر بعيدا عن السحر و الأبراكادابرا التى يقول بها أنصار التصميم دون أن يخبروا الناس عن عدد "الأفلام" الخيالية التى تم تأليفها لاستبدال حقيقة التصميم الواضحة فى اليات عمل الجينوم.
كثيرا ما يتهم التطوريون أنصار التصميم بأنهم يتبعون فكرة اله الفجوات-أى أنهم يبحثون عن أشياء لم يفسرها العلم لينسبوها لاله بينما تفسير العلم يسد هذه الفجوات التى من الممكن أن ينفذ منها الاله لكن الواقع أن ما يحدث هو العكس تماما فهم من يختبئون خلف كل ما لم يدركه العلم بزعم أنه بقايا تطورية و العلم يواصل سد الفجوات التى يحاول أن ينفذ منها التطور و مع ذلك يعاندون و يعكسون أقوالهم و تنبؤاتهم و استدلالتهم لانقاذ التطور من الدحض.ان عدم معرفة العلماء لوظيفة عنصر ما لا يثبت أنه بلا وظيفة بل يظهر أننا لم نكتشف وظيفته بعد و قائمة تسلسلات الحمض النووى التى يزعم التطوريون أنها بلا تأثير تتقلص باستمرار مع استمرار الكشوفات العلمية المتعلقة بطريقة عمل الجينوم كما قلص العلم من قبل قائمة الأعضاء التى زعم التطوريون أنها بلا وظيفة و بقايا تطورية عبر العقود و باستقراء الاكتشافات التى يحرزها التقدم العلمى المستمر يمكننا أن نقول بثقة لا يوجد حمض نووى خردة لكن يوجد تسلسل لم نكتشف وظيفته بعد و ما دون ذلك هو الاستثناء الناجم عن المرض و التلف بسبب تراكم الطفرات التى تسبب التدهور لا التطور. ان كنت تريد أن تتذكر شيئا واحدا من هذا المقال أو حتى من سلسلة المقالات كلها فلتكن هذه الصور
عندما يأتيك التطورى قائلا هذا التسلسل بلا وظيفة و ذاك زائف و تلك تكرارات بلا معنى أما ذاك فبقايا عدوى فيروسية تذكر هذه الصور. هذا هو معدل اكتشاف وظائف جديدة لما كنا نعتبره حمض نووى خردة. هذه الصور اسمها "التقدم العلمى" و لا عزاء لتطور الفجوات و لأى استدلال قائم على الاختباء من العلم فى البقع المظلمة التى لم يضيئها بعد لاثبات السلف المشترك و نفى التصميم. بل انه فى أغسطس 2023 قام فريق من العلماء ببناء قاعدة بيانات للجينات المشفرة للبروتينات التى لم تدرس وظائفها!!!
Rocha JJ, et al. Functional unknomics: Systematic screening of conserved genes of unknown function. PLOS Biol. 2023;21(8):e3002222.
الجينات المشفرة للبروتين التى هى قلب و روح التطور لازال منها الالاف غير مدروس بل و يقدرون أنهم قد يستغرقون نصف قرن لاتمام دراستها! بل و بعض هذه الجينات غير المدوسة حيوى و هام للبقاء و التكاثر و ليس مجرد الية اضافية يمكن أن يحتاجها الكائن أحيانا لكن ليس دائما
The team used gene editing to dial down the use of around 300 low-scoring genes found in both humans and fruit flies. “We found that one-quarter of these unknown genes were lethal—when knocked out, they caused the flies to die, and yet nobody had ever known anything about them,” says Freeman. “Another 25 percent of them caused changes in the flies—phenotypes—that we could detect in many ways.” These genes were linked with fertility, development, locomotion, protein quality control, and resilience to stress. “That so many fundamental genes are not understood was eye-opening,” Freeman says...The paper shows that over the past decade “we have moved from 40 percent to 20 percent of the human proteome having a certain level of unknownness,” says Bateman. However, at current progress rates, working out the function of all human protein-coding genes could take more than half a century, Freeman estimates...The study focused on genes that are responsible for proteins. Over the past two decades, uncharted areas of the genome have also been found to harbor the code for small RNAs—scraps of genetic material that can affect other genes, and which are critical regulators of normal development and bodily functions. There may be more “unknown unknowns” lurking in the human genome.
"The Mystery Genes That Are Keeping You Alive" Wired (AUG 8, 2023)
scientists opt for well studied genes, neglecting thousands of known and conserved genes with unknown function in the process...The systematic silencing of these genes in fruit flies revealed that many are essential for survival and other important biological functions, demonstrating that there is still much to be explored in the vast unknowns in the genome...Beyond its potential value in guiding scientists towards neglected proteins, the Unknome database also highlights just how much of biology remains to be explored.
"Stepping Into the Unknome - A database of neglected genes may help unlock the mysteries hiding in the overlooked regions of the proteome" The Scientist (Mar 8, 2024)
نصف قرن اضافى حتى نفهم وظائف الجينات المشفرة للبروتين! اذا كان هذا هو حال الجينات التى تركز عليها الأبحاث دائما بسبب مزاعم نظرية التطور فكيف الحال بتسلسلات أخرى صرفت نظرية التطور العلماء عن دراستها لعقود و لازالت تحارب لابقاءها فى خانة الظلام و الجهل؟ و كيف يمكن أن يحتج تطورى بعد هذا أنها بلا وظيفة أو خردة أو فيروسات أو زائفة بسبب عدم اكتشاف وظائف الكثير منها؟
اننا أمام منظومة معقدة غير مشفرة للبروتين و لكن لها أدوار كثيرة هامة و عندما تضع هذا الى جانب وجود الشفرة المعلوماتية للبروتينات فى الحمض النووى و منظومة النسخ و الترجمة المعقدة حيث تباعد بعض البروتينات المتخصصة بين شريطى الجينوم و تقوم بحل العقد التى تنتج فى هيكل اللولب المزدوج بسبب ذلك و يتم وضع الات النسخ فى المكان المناسب و تبدأ قراءة الشفرة و نسخها و ارسال النسخة خارج نواة الخلية ثم تصنيع البروتين المشفر و طيه بالشكل الصحيح ناهيك عن التنظيم المكانى للحمض النووى و عشرات الوظائف المكتشفة للتسلسلات غير المشفرة لبروتين و العناصر النقالة فاننا أمام منظومة عمل لا مجال لنشوءها بالصدفة و خط انتاج معقد و مصمم بدقة و ذكاء و نظام تشغيل مرن و ديناميكى يستخدم أدواته بطرق مختلفة حسب السياق لتحقيق أهدافه تماما كأنظمة الذكاء الصناعى و ليس مجرد مخزن معلومات سلبى (و ان كان مخزن المعلومات فى حد ذاته يفسره التصميم لا التطور).لقد أثبتت الأبحاث خطأ تباهى كثير من التطوريين بأن فائدة الجينات الزائفة و الحمض النووى الخردة هى احراج معتقدى التصميم و اختبار قدرتهم على اختراع القصص لتبرير البيانات فهم فقط يحتاجون الى قراءة الأبحاث العلمية بينما من يحتاج الى الخيال هو من يواصل تأليف القصص عن كيف نشأ كل هذا بلا مصمم.
دعنا نعد الى اقتباسات التطورى الشهير فرانسيس كولنز التى افتتحنا بها المقال: اقتباس يحدثك عن شبكة الرنا التنظيمى المعقد التى تنشأ عن الجينات الزائفة و اقتباس اخر يحدثك عن الجينات الزائفة التى لا يمكن أن يضعها مصمم فى الجينوم!!! ما هذا التناقض؟ انها نظرية التطور مع الأسف و التى تبرمج عقول العلماء على تخاريف مثل أن سقوطها سقوط للعلم كله و انتصار للخرافة فيتمسكون بما تبقى لم نكتشف وظيفته بعد انقاذا للأدلة التطورية. المدهش أن كولنز أشار الى بيولوجيا الأنظمة و هى دراسة الجينوم من منظور هندسى و ذكرنا اقتباسات من كتب هذا المجال تعلق على فوائد الشبكات التنظيمية و الأجزاء القابلة لاعادة الاستخدام و المجال ككل يتعامل مع البيولوجيا كمنتج هندسى متقن لا كالات روبجولدبرج و حلول ترقيعية بل و يتحدث عن modularity كمبدأ هندسى و هو تصميم الأجزاء بطرق تسمح باعادة استخدامها تماما كما فى حالة الجينات الزائفة بل و كل الحالات التى تستدل بها نظرية التطور على التنادد homology و تعتبرها دليلا قويا. نعم لقد اتضح أن تصميم أجزاء تسمح باعادة الاستخدام مبدأ هندسى و ليس مصمما يحاول أن يخدعنا و تصميم شبكات عمل معقدة متعددة الأجزاء يحسن سرعة و دقة التحكم و تعادل كثرة أجزاءها الاضطرابات الممكنة فى معدلات انتاج بعض الأجزاء مما يؤدى الى متانة شبكة التحكم robustness و هذا مبدا هندسى اخر و ليس حلا ترقيعيا معقدا بلا داعى أو الة روب جولدبرج و هنا كالعادة تعكس نظرية التطور كلامها السابق لتحمى نفسها من الدحض و فجأة تسمع جمل على غرار "التطور لم يذهب الى كلية الهندسة و لكنه أنتج منتجات مهندسين" و أن “السمكرى أصبح مهندسا”!!! بعد أن كان الزعم أنه تصميم فاشل و بلا مميزات و معقد بلا داعى هو الاخر من أدلة التطور!!!
These features of biological systems -reuse of a small set of network motifs, robustness to component fluctuations and constrained optimal design- are also found in systems designed by human engineers...Francois Jacob argued that biological systems must be contingent and imperfect because evolution works like a tinkerer, cobbling together existing parts and modifying them (Jacob, 1977). A response (Alon, 2003) notes that one should avoid confusing product with process: while the process of evolution resembles tinkering with available parts, the products of evolution can show design principles similar to engineering, including reuse of a small set of circuit motifs, robustness, optimality and modularity….although evolution did not go to engineering school, its outcomes, evolved biological systems, have striking similarities to certain aspects of engineered systems...the tinkerer as an engineer
Uri Alon "An introduction to systems Biology" xvi, 239,273
But ideal design is a lousy argument for evolution, for it mimics the postulated action of an omnipotent creator. Odd arrangements and funny solut ons are the proof of evolution—paths that a sensible God would never tread but that a natural process, constrained by history, follows perforce.
Gould, S. 1980. The Panda’s Thumb. p.20-21
لكن بعيدا عن الأسئلة الوجودية التى تطرحها نظرية التطور فى مجال هندسة الأنظمة البيولوجية على غرار: هل ذهب التطور الى كلية الهندسة أم لم يذهب؟ و هل أحب زميلته فى الجامعة أم لم يحبها؟ الى اخر هذا الكلام العلمى الرصين فالشاهد هو الاعتراف الواضح و الصريح بأن الأنظمة البيولوجية مصممة بشكل هندسى جيد و بالتبعية سقطت كل حجج الخردة و سوء التصميم و الحلول الترقيعية الخرقاء فاذا كان شخصا كفيلسوف العلوم فيليب كيتشر مثلا يحق له أن يقول فى كتاباته أن الحمض النووى الخردة رسالة تقول أن "المصمم" غير موجود و ان كان موجودا يجب أن يعود الى المدرسة فما الذى تبقى ليمنعنا من القول بأن ما تم كشفه دليل على وجود مصمم مبدع؟ لم يتبقى سوى التزام فلسفى مسبق مفاده: صانع الساعات الأعمى علم لكن صانع الساعات المبصر ليس علم و أن عدم وجود تصميم علم لكن وجود تصميم ليس علم!!! بعبارة أخرى يتلاعب التطوريون بتعريف العلم لحماية التطور فيجعلون القاعدة: اما أن يربح التطور...أو أن يخسر منافسه و أى اعتراض يتم استحضار التهمة المعلبة “معاداة العلم لأسباب أيديولوجية بينما التطوريون هم أكثر من يعادى الأدلة لأسباب أيديولوجية!!!
يخبرنا الكثير من أنصار التطور و رافضى التصميم مؤمنهم (مثل فرانسيس كولنز و كينيث ميلر) قبل ملحدهم أن فكرة التصميم مجرد ايمان دينى مسبق و لا تقدم أى تنبؤات و سيتم توفيقها مع كل البيانات
The hypothesis of design is compatible with any conceivable data, makes no testable predictions, and suggests no new avenues for research. As such, it’s a literal dead end
Kenneth R. Miller, Only a Theory: Evolution and the Battle for America’s Soul (2008), 87.
العجيب أن هؤلاء هم أنفسهم من استخدموا الخردة لنفى التصميم فكيف يتفق زعمهم أن التصميم يتفق مع أى بيانات مع استخدامهم للخردة كدليل ضد التصميم لأن وجودها لا يمكن توفيقه معه! و ما رأيهم فى نظرية ما ثبت تعطيلها للتقدم العلمى كما رأينا فى المقال الأول باصرارها على عدم دراسة باقى الحمض النووى الغير مشفر لبروتين لأنه مخلفات تطورية كما تتنبأ تلك النظرية! بل و الأهم ما هو رأيهم فى "نظرية ما" يتم توفيقها مع كل البيانات و مع أى شئ و عكسه فالخردة كانت ضرورية للتطور كما رأينا فى المقالة الأولى ثم فجأة أصبحت غير ضرورية بل أصبح غيابها من تنبؤات التطور كما قال دوكنز و الفيروسات كانت لا تدخل فى نفس الأماكن لذا هو السلف المشترك ثم أصبحت تدخل فى نفس الأماكن لذا هو السلف المشترك و الجينات الزائفة الملقاة كأحافير بلا فائدة كانت من تنبؤات التطور ثم لما تم اكتشاف وظائفها ظلت من نتائج التطور و الانتخاب الطبيعى يعمل كسمكرى يرقع الحلول مما يدل على التطور و يعمل كمهندس يتقن الحلول و كلاهما دليل على التطور ناهيك طبعا عن أن التشابهات تأتى من سلف مشترك و لكنها أيضا لا تأتى من سلف مشترك و التطور ينتج أشجارا و لكنه أيضا لا ينتج أشجارا...الخ. فعلا كما يقول أنصار التطور و منتقدى التصميم ان أى نظرية يتم توفيقها مع كل البيانات حتى الشئ و عكسه لا تصلح لتكون نظرية علمية لذا فلنكرر معا جميعا عشر مرات: التطور علم و التصميم ليس علم و نحن نصدق العلم!
Commentaires