الينقولات و الفيروسات الارتجاعية Transposons/Retrotransposons

Because natural selection consists only of differential reproductive success, it results in ‘selfish genes’ and genotypes, some of which have results that are inexplicable by intelligent design. We have seen that genomes are brimming with sequences such as transposable elements that increase their own numbers without benefitting the organism

Douglas J. Futuyma, Evolution (Sinauer Associates, Inc., 2005), 531.

لأن معيار عمل الانتخاب الطبيعى هو التباينات فى معدل التكاثر فانه يتسبب فى وجود جينات أنانية لا يمكن تفسيرها بالتصميم الذكى. ان الجينومات تمتلئ بالعناصر المتنقلة التى تتكاثر دون أى نفع للكائن

-من كتاب "التطور" لدوجلاس فوتويما و الذى تعتمده الكثير من الجامعات

There is a growing number of examples of TE-derived sequences that have been co-opted to regulate important biological processes in organismal development and physiology. Dysfunction of TE-derived regulatory sequences is also emerging as a potential driver of diseases including cancer and autoimmunity. Functional genomics and genome-editing technologies herald an exciting era for understanding the biological effect of TEs

Edward B. Chuong, Nels C. Elde & Cédric Feschotte "Regulatory activities of transposable elements: from conflicts to benefits" Nature Reviews Genetics volume 18, pages71–86 (2017)

هناك عدد متزايد من الأمثلة على ضم العناصر النقالة لتنظيم العميات البيولوجية الهامة و الخلل فى الاليات التنظيمية المشتقة من هذه العناصر يقود الى الأمراض. ان التطور التكنولوجى فى أساليب دراسة الجينوم يبشر بعهد جديد فى فهم تأثير هذه العناصر.

-من مراجعة لأدوار العناصر النقالة فى الكائنات الحية

Long lambasted as junk DNA or genomic parasites, transposable elements turn out to be

contributors to adaptation...If TEs land inside a gene, they can directly alter coding regions, mRNA splice sites, or expression related motifs (left). And because transposons often contain transcription factor binding sites and other regulatory sequences, they can alter a gene’s expression even if they land nearby (right)...I think we’re going to see more and more cases where TEs help explain cases of rapid adaptive changes.

“Adapting with a Little Help from Jumping Genes” The Scientist (2022)

لفترة طويلة تم تعتبار العناصر المتنقلة حمض نووى خردة أو عدوى فى الجينوم و لكن اتضح أن لها دور كبير فى التكيف...انها تدخل الجينات فتغير التشفير (المنتج) و التضفير (التركيب البديل) و التعبير (معدل العمل). أعتقد أننا سنكتشف المزيد من الحالات التى أنتجت فيها العناصر النقالة تغيرات تكيفية سريعة.

-من لقاء لمجلة العالم The Scientist مع عدد من الباحثين الدراسين للعناصر النقالة

In marked contrast to the prevailing wisdom, ENCODE chromatin and transcription studies now suggest that a large number of transposable elements encode highly cell type-selective regulatory DNA that controls not only their own cell-selective transcription, but also those of neighboring genes. Far from an evolutionary dustbin, transposable elements appear to be active and lively members of the genomic regulatory community, deserving of the same level of scrutiny applied to other genic or regulatory features.

John A. Stamatoyannopoulos "What does our genome encode?" Genome Research 2012 Sep; 22(9): 1602–1611

فى تناقض مع وجهة النظر السائدة كشفت نتائج الدراساتأن أعدادا كبيرة من العناصر النقالة تشفر عناصر تنظيمية تتحكم فى الجينات المجاورة لها. انها ليست صفيحة قمامة تطورية بل أعضاء فاعلين فى شبكة تنظيم الجينوم كغيرهم من الجينات

-من احدى المراجعات العلمية فى دورية أبحاث الجينوم

تحدثنا فى سلسلة المقالات السابقة عن الوظائف المكتشفة للكثير من أنواع تسلسلات الحمض النووى التى كان يقال عنها خردة و نتحدث الان عن نوع من هذه التسلسلات يقال أنه بقايا حمض نووى طفيلى أو عدوى فيروسية دخلت الجينوم و بما أنها مشتركة بين كائنات مختلفة اذن فهى دليل على السلف المشترك و كذلك على غياب التصميم و الا فعلى أنصار التصميم اجابة السؤال : ما الذى تفعله هذه الفيروسات فى الجينوم؟ و الاجابة بسيطة و هى نفس اجابة سؤال: ما الذى تفعله الخردة فى الجينوم؟...هذه ليست خردة...و تلك ليست فيروسات!!! لا أعتقد أن القارئ سيتعجب كثيرا فهذا هو نفس ما حدث مع التكرارات و التسلسلات الهيكلية و الرنا الغير مشفر برغم مزاعم التطوريين بشأنهما و لكن قبل أن بدأ فى استعراض الوظائف دعنا نتذكر أن هذه العناصر قد تم اكتشافها فى الخمسينات أى منذ عقود و تم تجاهل دراستها و الاصرار على كونها فيروسات باقية من السلف المشترك بسبب مزاعم "نظرية ما" تصر على أنها التفسير الأفضل لعلوم الأحياء و أنه لا شئ فى البيولوجيا يمكن فهمه الى فى ضوئها و أن من يعارضها يعطل مسيرة العلم و هى التى عطلت مسيرة الكشف عن وظائف هذه العناصر لعقود برغم أن العالمة صاحبة الاكتشاف باربرا ماكلينتوك قد رجحت أنها عناصر وظيفية و دعمها علماء أخيرين و لكن صوت مزاعم الجينات الأنانية التى لا وظيفة لها الا التكاثر النابع من أيديولوجيا التطور كان الأعلى

the discovery in 1968 that animal and plant genomes harbour large and variable numbers of repetitive sequences, interpreted as the non-functional remnants of parasitic (‘selfish’) transposons and retroviruses, despite McClintock's demonstrations and protestations that they are “controlling elements”...There is now considerable evidence that TEs are major drivers of adaptive evolution, and frequently co-opted into gene regulatory circuits, first proposed by Britten and Davidson, although they are still commonly and erroneously invoked as indices of neutral evolution.

John S. Mattick "A Kuhnian revolution in molecular biology: Most genes in complex organisms express regulatory RNAs" BioEssays (15 June 2023)

Nina Fedoroff, “How jumping genes were discovered,” Nature Structural Biology 8 (2001): 300–301.

McClintock, B. (1956). Controlling elements and the gene. Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, 21, 197–216.

Barbara McClintock, “The Origin and Behavior of Mutable Loci in Maize,” Proceedings of the National Academy of Sciences USA 36 (1950): 344–355.

4- الينقولات/العناصر النقالة/الجينات القافزة Transposable Elements/Mobile Genetic Elements/Jumping Genes

هى قطع من الحمض النووى تتحرك عبر الجينوم و طالما وصفت بأنها بقايا عدوى فيروسية أو حمض نووى طفيلى غير وظيفى ينسخ نفسه و يتكاثر فى حامله دون أن يؤدى أى وظيفة كالطفيليات و الفيروسات و الفارق الأساسى بينها و بين باقى أنواع الخردة هو القدرة على الحركة. تنقسم العناصر النقالة الى نوعان رئيسيان – الأول: ينقولات Transposons و هذه تتحرك عبر الحمض النووى بطريقة القص و اللصق cut/paste و تقوم بذلك انزيمات متخصصة مثل Transposase يشفر لها جزء من العنصر و تحمل هذه العناصر عادة على أطرافها تكرارات تسمى inverted repeats و الثانى: ينقولات راجعة/قهقرية/منسوخة عكسيا retrotransposons و هذه تتحرك عبر الحمض النووى بطريقة النسخ و اللصق copy/paste فهى تصنع من نفسها نسخة من الرنا RNA و كأنها ستتحول الى بروتين و لكن بدلا من تحويل الرنا الى بروتين يتم "ارجاعه" أو "نسخه عكسيا/قهقريا" الى حمض نووى فى مكان اخر و هنا يظهر لنا سبب وجود بعض الانزيمات "الفيروسية" فى الحمض النووى مثل reverse transcriptase و integrase و غيرهما اذ أنها الانزيمات المطلوبة لوظيفة النسخ العكسى و الادخال فى الجينوم سواءا كان العنصر الداخل فيروس أو عنصر حمض نووى وظيفى (هذه البروتينات عادة ما تكون مشفرة على هيئة بروتين واحد طويل متصل polyprotein ثم يتم قطعه فى النقاط المطلوبة لتقسيمه الى البروتينات المطلوبة فى عملية مصممة بعناية). و الينقولات العكسية بدورها تنقسم الى عدة أقسام منها ما يحمل معه تكرارات (كتلك التى كانوا يزعمون أنها خردة و ظهرت لها وظائف) Long Terminal Repeats/LTR Retrotransposons و اخر لا يحمل التكرارات الطويلة non LTR و الأول بالذات مما اتهم كثيرا بأنه مجرد فيروسات دخلت الحمض النووى Endogenous Retroviruses/ERVs أما الثانى الذى يفتقر الى التكرارات الطويلة فينقسم بدوره الى عناصر طويلة و أخرى قصيرة Long/Short Interspersed Nuclear Elements LINES/SINES و الفارق الأساسى بينهما أن العناصر القصيرة لا تحمل معها الانزيمات المتخصصة للنسخ و الادخال الى الحمض النووى و بالتالى لا تستطيع تحريك نفسها بل عادة ما يتم حملها و نقلها مع غيرها nonautonomous و من أشهرها نوع من العناصر القصيرة يسمى Alu تعتبر من أكثر عناصر "الخردة" انتشارا فى الجينوم و كثيرا ما كانت تستخدم لنفى التصميم و الزعم بأنها مجرد حمض نووى طفيلى ينسخ نفسه و يتكاثر على حساب حامله و من أنواعها الأقل شهرة SVA

ملحوظة: يتم تسمية التسلسلات النقالة بأسماء مختلفة فى التصنيفات المختلفة فهى Insertion Sequence/IS elements فى البكتيريا و Ty elements فى الخمائر و الفطريات و Bs/Cin/Mu elements فى النباتات و Capia/Gypsy/P element/Mariner/Tc فى الحشرات و ERV/LINE/SINE/Alu elements فى الثدييات...الخ لكن مبدا العمل واحد و كما سنوضح فان هذه العناصر لها أدوار وظيفية لذا فعندما يقول لك أحدهم أن الجينوم يحتوى على علامات ادخال "فيروسى" فى أماكن كثيرة فكلمة فيروسى هذه ليست حقيقة. هناك أجزاء من الجينوم تحتوى على علامات ادخال عناصر من الخارج فعلا و لكنها عناصر وظيفية قادمة من مناطق أخرى من الجينوم

Kazazian Jr.,H.H.,2004. Mobile elements: drivers of genome evolution. Science 303(5664),1626–1632.

José L. Garcia-Perez et al., “Distinct mechanisms for trans-mediated mobilization of cellular RNAs by the LINE-1 reverse transcriptase,” Genome Research 17 (2007): 602–611

و قد تساءل الكثيرين عن سبب تقسيم طرق النقل بهذه الطريقة و هى مسألة غالبا لأسباب وظيفية فما يتحرك بطريقة القص و اللصق غالبا هو ما تريد الحد من انتشاره أما ما يتحرك بطريقة النسخ فهو ما يمكن السماح بانتشاره بدرجة ما أو قد تحتاج اليه فى مواضع كثيرة كما أن طريقة القص و اللصق عادة تحافظ على بقاء العنصر كما هو بدرجة أكبر من طريقة النسخ و التى تفتح بابا كبيرا أمام ما يسمى RNA editing و هو تعديل الرنا (الذاكرة المؤقتة/النسخة) قبل اعادة ادخالها فى الحمض النووى و هو ما يعطى مرونة كبيرة جدا فى القيام بتعديلات مختلفة حسب موقع وضع النسخة و قد ثبت فعلا قيام أحد انزيمات تعديل الرنا ADAR بالعمل على الينقولات و خاصة ALUs لاحداث تأثيرات مختلفة فى مواقع مختلفة (من جديد يشبه الأمر طريقة عمل أجهزة الحاسب الالى كمن يضع ملفا و يشاركه مع الاخرين فيأخذ كل منهم نسخة خاصة و يعدلها عنده مقابل من يريد ملفا مركزيا ثابتا يستخدمه عدة أفراد) و هذا المثال و ان كان لا يتعلق تحديدا بعملية اعادة الادخال و لكنه يوضح مبدا عمل ممكن فى الجينوم

Chammiran Daniel et al., "Alu elements shape the primate transcriptome by cis-regulation of RNA editing" Genome Biology volume 15, Article number: R28 (2014)

Sara Tomaselli et al., "ADAR Enzyme and miRNA Story: A Nucleotide that Can Make the Difference" International Journal of Molecular Sciences 2013, 14(11), 22796-22816

Jaclyn Quin et al., "ADAR RNA Modifications, the Epitranscriptome and Innate Immunity" Trends in Biochemical Sciences VOLUME 46, ISSUE 9, P758-771, SEPTEMBER 2021

Dennis D. Y . Kim, et al., “Widespread RNA Editing of Embedded Alu Elements in the Human Transcriptome” Genome Research 14 (2004): 1719–1725.  

Alekos Athanasiadis et al., “Widespread A-to-I RNA Editing of Alu-Containing mRNAs in the Human Transcriptome,” PLoS Biology 2 (2004): 2144–2158.

Galina Shevchenko and Kevin V. Morris "All I's on the RADAR: role of ADAR in gene regulation" FEBS Letters Volume592, Issue17 Special Issue: Mirroring the multifaceted roles of RNA and its partners in gene expression September 2018 Pages 2860-2873

Yiannis A Savva et al., "The ADAR protein family" Genome Biology volume 13, Article number: 252 (2012)

و قد ذهب بعض الأبحاث فعلا الى وجود شفرة لتعديل الرنا فى هذه الينقولات RNA Editing Code و أن هذا الأمر يشبه تماما تخزين و معالجة المعلومات فى أجهزة الكمبيوتر و هى عملية قد يكون لها دور فى الذكاء و الذاكرة و القدرات الذهنية.

These findings bring to mind information storage models. As the number of potential editing sites in each Alu-containing transcript is high, usually several dozens, the potential for combinatorial encrypted information is enormous. Binary use of A or I in millions of sites in the neural cell transcriptome can be considered equivalent to the 0’s and 1’s used for information storage and processing by computers. It is tempting to speculate that the more abundant RNA editing found in the human brain may contribute to the more advanced human capabilities such as memory, learning, and cognition. This suggestion is consistent with the hypothesis that the advantage of complex organisms lies in the development of a digital programming system based on noncoding RNA signaling. The combinatorial posttranscriptional RNA editing of noncoding sequences may therefore contribute to higher brain functions and may play a role in the evolution of human specialization.

Nurit Paz-Yaacov et al., "Adenosine-to-inosine RNA editing shapes transcriptome diversity in primates" PNAS Vol. 107 | No. 27 June 21, 2010 12174-12179

و بالتأكيد و بالنظر الى ما سنذكره فى هذه المقالة من أدوار متنوعة لهذه العناصر المنسوخة عكسيا فى الاستجابة للكثير من متطلبات الخلية فان تعديلها قبل اعادة الادخال أمر بديهى و يكسبها مرونة كبيرة و وظائف متعددة.

و بعيدا عن تفاصيل التقسيم أرجو أن تركز فى المعلومة التالية: ما يسمى فيروسات فى الجينوم هو جزء من عائلة كبيرة من العناصر المتنقلة و التى تصنف باختلافات فى طريقة النقل أو فى شكل التسلسل...حسنا...أعتقد أنها لن تكون مفاجأة بعد كل ما ذكرناه عن تاريخ حجة الحمض الخردة و الطفيلى عندما نقول أن العلم-كالعادة-بدأ فى اكتشاف وظائف لكل هذه التسلسلات و العناصر النقالة بما فى ذلك ما قيل عنه أنه فيروسات و تكرارات طويلة فيروسية ERV/LTR و سنبدأ بمراجعات قديمة لنرى كيف أن الاكتشافات كانت قد بدأت بالفعل قبل انكود بفترة و لكن التطوريون تجاهلوا دلالتها و حاولوا الايجاء بأن هذه استثناءات فقط لأن نفى التصميم يتطلب ذلك. مثلا مراجعة ذكرت عدة وظائف مكتشفة لللعناصر النقالة بما فيها الفيروسات الراجعة من كونها عناصر تشفير بروتين exons نقالة و تحكم فى بدء نسخ الجينات أو كمية النسخ promoter/enhancer/regulation و لها دور فى تنظيم كروموسوم اكس لدى الاناث و اصلاح الحمض النووى التالف و تتحكم فى التضفير splicing و هو التركيب البديل للبروتينات و تقوم ببعض الأدوار الهيكلية insulator (فصلنا فى شرح هذه الأدوار فى المقال السابق) و تعمل كاشارات لبروتينات أخرى polyadenylation signal لتحدد موقع عملها كما نوهت على أن توزيعها فى الكثير من الحالات لا يبدو عشوائيا و انها تخضع لعمليات تنظيمية كثيرة

Some utilize double-stranded RNA, antisense RNA, specific proteins inhibiting transposition, or DNA methylation; there are many other mechanisms as well.

M. B. Evgen’ev "Mobile Elements and Genome Evolution" Molecular Biology, 2007, Vol. 41, No. 2, pp. 203–213

ليس هذا فحسب و لكن أشارت أيضا الى أن عملها قد يكون مرتبطا بالتكيفات السريعة مع تغيرات البيئة و بحدوث عمليات الانتواع الغير متدرج saltatory (و وافقتها فى هذا مراجعات أخرى) ضاربة مثال بعمل هذه التسلسلات و نسخها عكسيا فى الحمض النووى فى ثلاث أنواع من النباتات بشكل متزامن و مستقل (بلا سلف مشترك) استجابة لعمليات تغير المناخ و اختتمت بتقسيم الجينوم الى قسم اجبارى فيه الوظائف الأساسية و قسم "اختيارى" أو مرن غير ضرورى للوظائف الرئيسية يحتوى على العناصر النقالة و المنسوخة عكسيا و لكنه الموضع الذى تحدث فيه عمليات التكيف و الاستجابة السريعة للبيئة و "التطور" و الانتواع

play a crucial role in rapid saltatory changes in the genome, which may facilitate adaptation of a species or population to dramatic environmental alterations and, in some cases, lead to speciation...In plants, active retrotranspositions occurred approximately simultaneously (1–1.5 million years ago), as shown with the examples of rice, maize, and Arabidopsis. To explain the temporal coincidence, global chilling, which started 1.8 million years ago, was assumed to cause global DNA demethylation and, consequently, activate retrotranspositions...Based on the fact that the ME portion in the genome can vary among close species, strains, populations, and even individuals, Golubovskii [79] conventionally divided the genome into an obligatory part, containing structural and regulatory genes essential for normal development, and a facultative part, including MEs of various classes and other repeats. Data are accumulating that fine adaptation of a population to environmental changes (quick response) is due to quantitative and qualitative (epigenetic) changes in the facultative part of the genome. It is obvious that such changes can lead to genetic isolation and speciation in some cases.

M. B. Evgen’ev "Mobile Elements and Genome Evolution" Molecular Biology, 2007, Vol. 41, No. 2, pp. 203–213

Check sections: HOT SPOTS OF TE INSERTION AND THE PREDETERMINED ORIGIN OF SPECIES/TE-MEDIATED CHROMOSOME REARRANGEMENTS AND THE POSSIBILITY OF ABRUPT BOOSTING OF BIODIVERSITY AND SPECIES FORMATION

Lonnig, W.E. and Saedler, H., Chromosome rearrangements and transposable elements, Annu. Rev. Genet. 36:389–410, 2002

الان لحظة واحدة من فضلك لنرى المنطق العجيب. أولا هناك اعتراف ضمنى بأن عمليات الانتواع و التكيفات تحدث كثيرا بشكل قفزى و ليس تدرجى. ثانيا: وظائف+عمليات تحكم+استشعار للبيئة و اعطاء رد فعل منظم=تصميم. الا عند التطورى فينبغى تفعيل خاصية عنزة و ان طارت التى تتميز بها نظرية التطور فهى عدوى فيروسية ثم سيطر عليها الجينوم و كبح جماحها ثم أخضعها و وظفها لصالح نفسه ثم هربت منه (تبا لها) و انتشرت فيه ثم و يا للعجب هروبها و انتشارها لم يؤذيه بل طوره. هذا هو السيناريو "المادى" (المسمى كذبا علمى) العجيب المفترض تصديقه لكى لا نؤمن بخرافات كالتصميم و لا بأس من بعثرة بعض المصطلحات الانشائية مثل سباق التسلح و تغير البيئة لمداراة أن كل هذا يحدث بأخطاء نسخ لا غائية فى الحمض النووى يتصادف أن حدثت فى الظروف المناسبة و أتت بالتأثيرات المناسبة ليختارها الانتخاب الطبيعى!

مراجعة أخرى سردت عشرات الوظائف المكتشفة عشرات الوظائف المكتشفة للعناصر النقالة

Table 1 presents over 30 examples where functional activity has been assigned to a particular retroelement. The genome functions range from providing promoter and enhancer activity to modulating transcript elongation, targeting mRNA to specific tissues, stimulating mRNA translation, providing replication origin recognition sequences, contributing to pericentromeric heterochromatin, serving as telomere caps, nucleating heterochromatin in chromosome arms, supplying chromatin boundary signals, and providing S/MAR attachment sites...Retroelements and other DNA repeats provide the physical basis within the genome for functional integration. Dispersed regulatory sites of the kind provided by retrotransposons connect unlinked coding sequences into coordinately controlled subsystems.

J.A. Shapiro and R.V. Sternberg "How repeated retroelements format genome function" Cytogenet and Genome Research 110:108–116 (2005)

و لكن الأهم أنها نبهت الى أن الجينوم يعمل كنظام معلوماتى متكامل كأجهزة الكمبيوتر و أنه من الواضح أن تلك العناصر النقالة لها دور كبير فى التنسيق و التنظيم و الهيكلة و نقل الاشارات بين أجزاء الجينوم المختلفة و تنبأت بأن ما لم تكتشف وظائفه بعد سيتضح أنه جزء من برنامج ادارة الخلية

They serve as the physical basis for integrating different segments of genomic DNA into computationally accessible systems and subsystems for the execution of complex cellular routines, such as cell division and differentiation….As we increasingly apply computational metaphors to cellular function, we expect that a deeper understanding of retroelements and other repeats,...Our expectation is that, one day, we will think of what used to be called “junk DNA” as a critical component of truly “expert” cellular control regimes.

و قد كان اذ اكتشفت الأبحاث أن نسخها موزع على الأنسجة المختلفة بطريقة منظمة tissue specific و لها أدوار كثيرة فى العمليات التنظيمية أو تشغيل بعض الجينات الصامتة Cryptic Genes بارسال مفاتيح التشغيل اليها عند الحاجة اليها للتجاوب مع ظرف بيئى معين و ادارة و توجيه الكثير من عمليات الخلية و نمو و تشكل الكائن الكامل و أنسجته و أعضاؤه المختلفة من الخلايا الجذعية stem cells بل و بعضها يحمل قطعا من البروتين يمكن اضافتها الى جينات أخرى لانتاج بروتينات جديدة لدرجة أن وصفتها بعض الأبحاث بمصانع بروتينات متحركة "يقودها التطور" و وصفتها أبحاث أخرى بأنها حزم ادارة و تنظيم regulatory suites

We also showed that thousands of ERV-derived sequences were activated in a cell type-specific manner, especially in embryonic and cancer cells, and we demonstrated that this activity was associated with cell type-specific expression of neighboring genes. Taken together, these results demonstrate that TEs, and in particular ERVs, have contributed hundreds of thousands of novel regulatory elements to the primate lineage and reshaped the human transcriptional landscape.

Pierre-Étienne Jacques et al., “The Majority of Primate-Specific Regulatory Sequences Are Derived from Transposable Elements,” PLOS Genetics (May 9, 2013)

Zhongge Zhang and Milton H. Saier Jr. "Transposon-Mediated Adaptive and Directed Mutations and Their Potential Evolutionary Benefits" Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology (2011) 21 (1-2): 59–70.

Zhongge Zhang and Milton H. Saier Jr. "Transposon-Mediated Adaptive and Directed Mutations and Their Potential Evolutionary Benefits" Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology (2011) 21 (1-2): 59–70.

Schmidt AL, Anderson LM: Repetitive DNA elements as mediators of genomic change in response to environmental cues. Biol Rev Camb Philos Soc 2006; 81:531–543.

Geoffrey J. Faulkner et al., “The regulated retrotransposon transcriptome of mammalian cells,” Nature Genetics 41 (2009): 563–571.

James A. Shapiro, “Retrotransposons and regulatory suites,” BioEssays 27 (2005): 122–125.

Barry Hall "Transposable elements as activators of cryptic genes in E.coli" Genetics 107, 181-187

Marco Trizzino et al., "Transposable elements are the primary source of novelty in primate gene regulation" Genome Research 2017 Oct; 27(10): 1623–1633.

Milton H. and Zhongge Z "Control of Transposon-Mediated Directed Mutation by the Escherichia coli Phosphoenolpyruvate: Sugar Phosphotransferase System" Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology 2015;25(2-3):226-33

L. Mariño-Ramíreza et al., “Transposable elements donate lineage specific regulatory sequences to host genomes,” Cytogenetic and Genome Research, 110 (2005):333-41.

L. N. van de Lagemaat et al.,“Transposable elements in mammals promote regulatory variation and diversification of genes with specialized functions,” Trends in Genetics, 19 (October, 2003): 530-36;

Kunarso, G. et al. 2010. Transposable elements have rewired the core regulatory network of human embryonic stem cells. Nature Genetics. 42 (7): 631-635.

Lynch, V. J. et al. 2011. Transposon-mediated rewiring of gene regulatory networks contributed to the evolution of pregnancy in mammals. Nature Genetics. 43 (11): 1154–1159.

David R. Kelley and John L. Rinn, “Transposable elements reveal a stem cell specific class of long noncoding RNAs,” Genome Biology, 13:R107 (2012).

Peaston, A. V. et al., “Retrotransposons Regulate Host Genes in Mouse Oocytes and Preimplantation Embryos,” Developmental Cell, 7 (October, 2004): 597-606.

Faulkner and Carninci “Altruistic Functions for selfish DNA” Cell cycle 8:18 (2009): 2895-2900

It is now clear they are not simply junk but regulatory elements vital to their host’s ability to develop and survive.

Chiang, V. S., DeRosa, H., Park, J. H., & Hunter, R. G. (2022). The Role of Transposable Elements in Sexual Development. Frontiers in behavioral neuroscience, 16, 923732.

The structure of LINE-1 elements is such that when an element moves to another site there is a possibility that the ORF0 sequence can blend with genetic sequences in new location in DNA. The result of the new gene sequences can be a new protein. Evolutionarily speaking, this represents a way to generate entirely new molecules that could be beneficial to a species...Jumping genes with ORF0 are basically protein factories with wheels, and over the eons evolution has been driving the bus.”

Salk Institute for Biological Studies "Salk Scientists Discover Protein Factories Hidden in Human Jumping Genes"

https://www.newswise.com/articles/salk-scientists-discover-protein-factories-hidden-in-human-jumping-genes

لاحظ كيف يتم الانتقال بسلاسة بين الشئ و عكسه: بلا وظيفة اذن دليل على التطور - مصانع متحركة اذن التطور هو الذى يقودها!! و هى لا تنتقل فى الجينوم عشوائيا بالطريقة المفترضة لشئ كل همه التكاثر بل لها أماكن مجهزة لدخولها فى الكثير من الأحوال أو تنتقى مواضع ادخال بناءا على عوامل كثيرة مركبة مما يقوى فكرة أن الأصل هو وجود أهداف واضحة و ما يبدو أنه ينتشر بلا هدف واضح اما أنه متعدد الوظائف كشبكة تنظيم بروتين p53 أو أنه قد أصيب بخلل فى الية الاستهداف و يدعم ذلك أكثر ملاحظة بعض الباحثين أن مواقع الادخال و كأنها منتقاة بعناية لتقليل احتمالات حدوث ضرر للكائن

display a strong preference for insertions 5' to transcribed loci, where they are least likely to disrupt function and most likely to add novel regulatory specificity

Shapiro, J. A. 2005. Retrotransposons and regulatory suites. Bioessays 27:122–125.

HEPHAESTUS Preferentially Inserts at a Specific Target Site...Target site preference does not appear to vary between different Hφ-family Starships despite the evolutionary distance between their Captain proteins. These results indicate that the preferred target site is likely conserved within Starship families. They also indicate that Starship target sites might be more complex than could be identified from a small number of insertions and should thus be interpreted in the context of multiple insertion site alignments where possible.

Andrew S. Urquhart et al., "Starships are active eukaryotic transposable elements mobilized by a new family of tyrosine recombinases" PNAS Vol. 120 | No. 15 April 6, 2023: e2214521120

P element insertions preferentially target the promoters of a subset of genes, but why these sites are hotspots remains unknown.

Allan C. Spradling et al., "Drosophila P elements preferentially transpose to replication origins" PNAS Vol. 108 | No. 38 September 6, 2011: 15948-15953

Asaf Levy et al., "Large-scale discovery of insertion hotspots and preferential integration sites of human transposed elements" Nucleic Acids Research, Volume 38, Issue 5, 1 March 2010, Pages 1515–1530

Hongmei Wang et al., "The Conjugative Transposon Tn5397 Has a Strong Preference for Integration into Its Clostridium difficile Target Site" Journal of Bacteriology 2006 Jul; 188(13): 4871–4878.

Tania Sultana et al., 2017, ‘Integration site selection by retroviruses and transposable elements in eukaryotes’, Nature Reviews Genetics, vol. 18, no. 5, pp. 292–308.

و سنفصل فى مسألة مواقع الادخال هذه أكثر عن الحديث عن الينقولات/الفيروسات الراجعة و العلاقات التطورية و لكن لاحظ كيف أن المراجعة السابقة و ان كانت تركز على مواقع الادخال تحدثت عن أن عمليات التحرك تكون مرتبطة بالتكيف مع الضغوط البيئية

Under certain circumstances such as environmental or genotoxic stress, cell differentiation or proliferation, TE activation might provide a selective advantage by generating genetic diversity and allowing rapid adaptation.

Check section: Re-targeting upon stress

و قد وجدت الدراسات أن بعض العناصر القهقرية/الراجعة يعمل كمخزن للتنوعات لدرجة أن تم تسميتها Diversity Generating Retroelements/DGR العناصر القهقرية المولدة للتنوعات فهى تحمل تنوعات لأجزاء من بعض الجينات و تستهدف هذه الجينات تحديدا فى أماكن مخصصة و تقوم بعملية النسخ العكسى (الذى يقال أنه دائما أثر فيروسى) لاحداث التنوع فيها بشكل منظم و قد وصفت الدراسة هذه الالية بانها بسيطة و أنيقة لأنها تحافظ على النسخة الأصلية من التنوعات master copy و تنقل المعلومات فى اتجاه واحد الى هدف محدد هو النسخة المتغيرة كما وجدت أن العنصر المتنوع و العنصر المستهدف و كأنهما "مصممان" للعمل معا و مهيئان لبعضهما و هذا الكلام فيه رد على من يزعم أن الجينوم يحتوى على بروتينات "فيروسية" فكما هو واضح النسخ العكسى عملية وظيفية تستخدم فى نقل و تنويع البيانات. طبعا على طريقة عنزة و ان طارت بالنسبة لنظرية التطور فلابد أنه فيروس او حمض نووى طفيلى ثم تصادف أنه هو و الجينوم قد "تطورا معا"

Diversity-generating retroelements (DGRs) are a newly discovered family of genetic elements that function to diversify DNA sequences and the proteins they encode...Tropism switching is a template-dependent, reverse transcriptase mediated process that introduces nucleotide substitutions at defined locations within a target gene...For both DGRs and lymphocyte antigen receptors, diversity generators have co-evolved with protein scaffolds that are uniquely designed to accommodate the amino acid variability required to confer distinct binding specificities...revealed a region of variability designated the variable repeat (VR...Nucleotide substitutions are always present in tropic variants, and they occur at 23 discrete positions within VR...Located downstream from mtd is a second copy of the 134 bp repeat, designated the template repeat (TR). In striking contrast to VR, TR is never observed to vary. Adjacent to TR is the brt locus which encodes an enzymatically active reverse transcriptase (RT)...These and other results demonstrated that diversity is generated through an RT-dependent mechanism in which information is adenine-mutagenized and unidirectionally transferred from TR to VR. Mutagenesis of additional phage genes indicated that the cassette shown in Figure 2 encodes all of the loci that are required for generating diversity and it represents the prototypical DGR. Diversity-generation is characterized by mutagenesis and directional transfer to a specific targeted region of DNA...These observations demonstrate that the sequence designated IMH (initiation of mutagenic homing) determines the directional transfer of sequence information. IMH* designates the corresponding sequence located downstream from TR...Thus, there appears to be a simple yet elegant “genetic logic” that underlies DGR function. TR, which contains the master copy of the information required for mutagenic homing is never corrupted, and the capacity to diversify is forever preserved...Using the Bordetella phage DGR as a signature, homologous retroelements have been identified in nearly 30 genomes representing diverse bacterial species.

Bob Medhekar and Jeff F Mille "Diversity-Generating Retroelements" Current Opinion in Microbiology Volume 10, Issue 4, August 2007, Pages 388-395

مراجعات أخرى تحدثت عن أن الظن بأن العناصر النقالة خردة سببه بعض الافتراضات المسبقة (طبعا هذه من املاءات نظرية التطور) و أن الاكتشافات تشير الى أنها متشابهة بين كائنات متباعدة تطوريا أو بلغة نظرية التطور محفوظة من قبل الانتخاب الطبيعى بنسبة كبيرة (مما يرجح أنها وظيفية حتى فى حالة العناصر التى لم نكتشف وظائفها بعد) و هذه النقطة ملفتة جدا لأن تواجد هذه العناصر بشكل متشابه بين كائنات متباعدة (مثلا الانسان و الفأر) من الحجج التى يستخدمها التطوريون للتدليل على السلف المشترك من جهة و غياب التصميم من جهة أخرى بينما هى فى الواقع حجة على أن هذه العناصر بالتأكيد وظيفية. اكتشفت مراجعات أخرى لهذه العناصر وظائف كثيرة خاصة Alu و Line فى تشكيل بنية الكروماتين/الحمض النووى و دعم و تنظيم عمليات نسخه الى رنا و التضفير البديل alternative splicing و حماية الخلية من الصدمات الحرارية كما اكتشفت نحو 23000 عنصر تنظيمى مشتق من هذه الينقولات بل و حتى التكرارات repeats التى قد تدخلها هذه العناصر الى الحمض النووى أثناء تنقلها تنظم معدلات نسخ الجينات القريبة منها بل و رصدت المراجعات أيضا عدد من الأبحاث التى وجدت هذه الينقولات تعمل كجزء من الات وظيفية أكبر (المزيد من التنسيق مع أجزاء الجينوم و اليات الخلية المختلفة مما يتعارض مع كونها مجرد عدوى فيروسية أو حمض نووى طفيلى انتشر فى سلف مشترك)

the transcription of inverted repeats that serve as boundary elements can influence gene expression. Moreover, a recent study has shown that 6–30% of cap-selected mouse and human RNA transcripts initiate within repetitive elements,...transposon-derived sequences located immediately upstream of protein-coding loci frequently function as alternative promoters and/or express non-coding RNAs, identifying some 23 000 candidate regulatory regions derived from retrotransposons...In addition, repetitive sequences may be included as parts of larger transcripts, including many ncRNAs whose functions have been demonstrated, such as Xist, Air, Kcnq1ot1, BORG, DISC2, NTT and Xlisrts, suggesting that these elements may be functional modules common among ncRNAs as well as mRNAs.

Check section: MUCH OF THE MAMMALIAN GENOME IS REPETITIVE—EVEN IF IT IS TRANSCRIBED, WHAT EVIDENCE IS THERE TO SUGGEST THAT REPETITIVE SEQUENCE CAN BE FUNCTIONAL?

M. Dinger et al., (2009) "Pervasive Transcription of the eukaryotic genome: functional indices and conceptual implications" Briefings in Functional Genomics, 8(6): 407 – 423

Craig B. Lowe et al., “Thousands of human mobile element fragments undergo strong purifying selection near developmental genes,” Proceedings of the National Academy of Sciences USA 104 (2007): 8005–8010.

و عند استعراض كيف تعمل الينقولات باضافة أجزاء اضافية الى البروتينات اما عن طريق ادخال الرنا المنسوخ منها فى رنا البروتين و اما عن طريق نسخها هى ذاتها فى قلب الجين اعترف كاتب دراسة أخرى بأن النظرة الى الينقولات كمجرد عناصر مكررة لا وظيفية تنسخ نفسها لتتكاثر هو ما تسبب فى تأخر اكتشاف هذا "الكنز" من المعلومات حسب وصفه و أنه لولا أن بعض الباحثين تجاهلوا مصطلح الخردة لما عرفنا كل هذا

Although catchy, the term ‘junk DNA’ for many years repelled mainstream researchers from studying noncoding DNA. Who, except a small number of genomic clochards, would like to dig through genomic garbage? However, in science as in normal life, there are some clochards who, at the risk of being ridiculed, explore unpopular territories. Because of them, the view of junk DNA, especially repetitive elements, began to change in the early 1990s. Now, more and more biologists regard repetitive elements as a genomic treasure...These two papers demonstrate that repetitive elements are not useless junk DNA but rather are important, integral components of eukaryotic genomes.

Wojciech Makalowski, “Not junk after all,” Science, 300 (May 23, 2003): 1246-47.

و برغم أن نظرية التطور هى السبب أصلا فى هذه النظرة فقد تأكد الباحث من اطلاق صيحة "أعل هبل" التطورية فى ختام مقاله مؤكدا أن التطور "حكيم" و لن يهدر هذه المعلومات الهامة أثناء قيام "الطبيعة" باجراء التجارب التطورية!

Risking personification of biological processes, we can say that evolution is too wise to waste this valuable information. Therefore, repetitive DNA should be called not junk DNA but a genomic scrapyard, because it is a reservoir of ready-to use segments for nature’s evolutionary experiments

عجبا! برغم أن "عدم الحكمة" و "الخردة" و "الأشياء التى لا يفعلها مصمم" كانت هى دليل التطور الان و بعد أن أظهرت البيانات عكس ذلك أصبح العكس هو دليل التطور!!!

لاحظ الشكل أعلاه جيدا (من المصدر السابق): الادخال العكسى عملية وظيفية تستخدمها الخلية لتنويع منتجات الجينات لذا عندما يقول لك التطورى وجدنا انزيمات النسخ العكسى "الفيروسية" مثل reverse transcriptase/integrase الخ أو وجدنا التكرارات التى يتم استخدامها لاعادة وصل الحمض النووى بعد القطع و الادخال "الفيروسى" فكلمة فيروسى هذه من كيس نظرية التطور التى ستصر على أنه فيروس وظفه التطور للحفاظ على سرديتها المتعلقة بالسلف المشترك بينما التشابه هنا متعلق بالوظائف المطلوبة (القطع و الادخال فى الحمض النووى لتعديله). يشبه الأمر أن يستدل أحدهم بوجود فيروس يستخدم ملفات نظام التشغيل operating system على أن نظام التشغيل نفسه فيروس لأنه يستخدم هذه الملفات!

مراجعة ثالثة تحدثت عن الأدوار الكثيرة للعناصر النقالة فى تعديل منتجات الجينات أو تغيير معدلات عملها و اضافة محفزات و عناصر تنظيمية أو حتى قطع اضافية exons لها لدرجة اعتبار هذه الينقولات سبببا كبيرا فى "التطور"

However, genome-wide analyses of gene regulation by TEs were recently conducted due to the developed high-throughput technologies. The findings showed that TEs have many regulatory sequences, such as promoters, enhancers, polyadenylation signals, and cryptic splicing donor (5') and acceptor (3') sites, by which the transcript architecture of nearby genes can be altered. When TEs insert into the intronic region of genes, they could create a new exon by offering splicing sites, and this process is called "exonization...The TEs residing upstream of any gene could act as an alternative promoter, leading to new alternative transcripts with a new transcriptional start site. Some TEs carry bidirectional promoters with transcription factor binding sites. For example, LTR and L1 have sense promoters initiating their transcription and antisense promoters having the potential to initiate the transcription of other genes in the opposite direction...TEs not only initiate transcription but also terminate it by offering a polyadenylation signal. A full-length L1 contains 19 polyadenylation signals that could cause premature mRNA truncation. The genes that contain TEs in their genic region have a tendency to produce various transcript forms, causing transcriptome diversity...As a whole, this review calls into question whether TEs should be considered "junk" DNA at all. Rather, TEs represent a potent evolutionary force associated with genomic fluidity in their host genomes.

Y. kim et al., "Transposable Elements: No More 'Junk DNA'" Genomics & Informatics , 10(4): 226-233 (2012)

و ذكرت دورا كبيرا لعناصر Alu القهقرية/المنسوخة عكسيا فى نمو المخ و الجهاز العصبى كما ذكرت أيضا خضوع هذه العناصر النقالة الى عمليات تنظيمية تنظم عملها فهى ليست مجرد طفيليات تحاول نشر نفسها فى الجينوم و لكن كالعادة ستجد النفس التطورى يطغى على كل الأبحاث لأنها تبدأ بافتراض عدم وجود تصميم و بكون هذه الاليات كلها نتائج طفرات عشوائية أو عدوى فيروسية سابقة ثم تطورت لتفيد الكائن فتجد دائما القول بأنها تسبب الأمراض برغم أن الأمراض يمكن أن تكون بسبب خلل أصابها أو أصاب الية تنظيم عملها لا بسببها هى نفسها تماما كحالة التكرارات سابقة الذكر فالتصميم هو الأصل و الخلل طارئ عليه و هو ما بدأت بعض الأبحاث فى الاعتراف به مؤخرا

It was observed that TEs regain their activity to mobilize and regulate the expression of host genes when the silencing effect becomes slackened with increasing genomic instability.

Y. kim et al., "Transposable Elements: No More 'Junk DNA'" Genomics & Informatics , 10(4): 226-233

“Down-regulation or epigenetic silencing of HML-2 env resulted in dissociation of the stem cell colonies and enhanced differentiation along neuronal pathways. Thus HML-2 regulation is critical for human embryonic and neurodevelopment, while it’s dysregulation may play a role in tumorigenesis and neurodegeneration”

Tongguang Wang at al., "Regulation of stem cell function and neuronal differentiation by HERV-K via mTOR pathway" PNAS July 28, 2020 117 (30) 17842-17853

ERV expression has been noted in various cancers and autoimmunity, but whether this expression is a cause or a consequence of disease is unclear.

Alexander Hayward and Aris Katzourakis "Endogenous retroviruses" Current Biology QUICK GUIDE| VOLUME 25, ISSUE 15, PR644-R646, AUGUST 03, 2015

و هو نفسه ما أشارت اليه احدى المراجعات الشاملة للعناصر المتكررة و النقالة و دورها اذ أوضحت أن كمية اليات التحكم و التنظيم التى تخضع لها مشابهة لما تخضع له عناصر أخرى و جينات و بروتينات وظيفية "غير طفيلية أو خردة" فى الخلية و أن الخلل فى هذه كالخلل فى تلك يؤدى الى أمراض لا يقود أبدا الى استنتاج أن الجينات و البروتينات عناصر دخيلة فى الأصل

The fact that REs83,84 and other nongenic DNA sequences adopt specific chromatin configurations and are targeted to distinct nuclear compartments, indicates that they are epigenetically entrained by the cell...Cellular control of RE[Repetitive Elements] (especially TE[Transposable Elements]) activation and quiescence concerning the amplification and dispersal of units, means that the cell is as responsible for RE “selfishness” as are the units themselves...The regulatory circuits that modulate mutations (e.g., genome maintenance systems) also control TE transposition...Hybrid dysgenesis is a pathological perturbation of the genomic/epigenetic system that, it is important to note, rapidly regains stability. It is thus not so much that elements are selfishly “driven” to intragenomically mobilize and/or replicate, but that the normal epigenetic controls acting on these sequences temporarily break down when two incompatible cytotypes are brought together in the same nucleus. That is, copy number regulation and other controls are disturbed and the elements respond accordingly. Just as one would not argue that ribosomal RNA genes were selfish if they amplified in the cells of a hybrid organism, or that a protein reached deleterious concentration levels after cellular stress because the molecule was trying to increase its intracellular numbers, so too the dysgenic movements and amplifications of P and I elements have no necessary logical connection to the selfish DNA metaphor...a model where these TEs are strictly under cellular control is more defensible given the empirical evidence.

R.V. Sternberg, “On the Roles of Repetitive DNA Elements in the Context of a Unified Genomic- Epigenetic System,” Annals of the New York Academy of Sciences, 981 (2002): 154-88.

و قد سردت المراجعة السابقة عددا كبيرا من وظائف العناصر النقالة و أبحاثا كثيرة تشير الى دخولها فى أماكن محددة و تحركها تحت سيطرة الخلية و ليس انتشارها بشكل غير هادف فى الجينوم كما تزعم فرضية كونها حمض نووى طفيلى يحاول أن يتكاثر مؤكدة مرة أخرى أن الخلل أثناء أداء هذه الوظائف (و منها التحرك الى مواقع تلف الحمض النووى لاصلاحها) من البديهى أن يقود الى أمراض كالخلل فى أى وظيفة أخرى و خلصت الى أن هذه العناصر وحدات وظيفية مرنة فى منظومة ادارة الخلية

The integral function hypothesis posits that Res[Repetitive elements] are rapidly deployable, individually expendable, flexible DNA components of the genomic/epigenetic software system. Furthermore, REs are programmable, multitask units that are part of the same software system that includes regulatory RNAs, introns, and chromatin. They are adjustable genomic/epigenetic controls that modify genomic data in response to inputs...

•short, interspersed nuclear elements or SINEs as nucleation centers for methylation119,120;

•SINEs as chromatin boundary/insulator elements121,122;

•SINEs involved in cell proliferation123;

•SINEs involved in cellular stress responses39,83,84,124,125;

•SINEs involved in translation (may be connected to stress response)126;

•SINEs involved in binding cohesin to chromosomes127; and

•LINEs involved in DNA repair.128,129

...a number of (retro)transposons integrate into the genome in a site-preferential or site-specific manner. 18,112,130–132 Preferential or directed integration of SINEs133,134 and LINEs133–135 are also known. It has furthermore been observed that SINEs, LINEs, and retrotransposons can independently integrate into the same locus, or even the same nucleotide site.133–137 According to the RE integral function hypothesis, the restriction of RE insertions to defined regions of chromosomes would not only be an efficient means of repairing lost or defective sequences, or healing damaged DNA sites,128,129 but could also serve to alter DNA or chromatin-level information in a directed manner.1,2 Observations that cells can control the timing of RE transcription, transposition, amplification/deletion, and other rearrangements involving these sequences also supports this premise...Mutations due to REs, notably (retro)transposons, do occur of course, but then other DNA repair systems are not error-free either

R.V. STERNBERG "On the Roles of Repetitive DNA Elements in the Context of a Unified Genomic-Epigenetic System" Annals of the New York Academy of Sciences Volume 981, Issue 1 FROM EPIGENESIS TO EPIGENETICS: THE GENOME IN CONTEXT December 2002 Pages 154-188

و الحقيقة أن اشارة التطوريين لحالات مرضية أو مشاكل بسبب هذه العناصر فكرة غير منطقية ابتداءا. ان أى بروتين أو جين وظيفى من التى يعترفون بها و لا يعتبرونه خردة و فيروسات و حمض نووى طفيلى قابل للاصابة بطفرات تتلفه أو تفسد تنظيم انتاجه فيؤدى الى أمراض و مع ذلك لا أحد يقول هذا خردة هذا فيروس هذا جين طفيلى. انه مجرد نمط فكرى لدى التطوريين يحاولون به وضع سيناريوهات و قصص تتفق مع تصوراتهم المسبقة عن الجينوم و هذا هو أيضا ما ذهبت اليه مراجعة أخرى عددت الكثير من وظائف الينقولات فى التكيف مع البيئة و الاستجابة للضغوط و الظروف المختلفة و التفاعل و التكامل الوظيفى مع الكثير من المركبات العضوية steroids ثم تعجبت كيف تم تصنيفها على أنها خردة أو طفيليات لمجرد وجودها فى حالات مرضية فالجينات المشفرة للبروتين ذاتها من الممكن أن تتلف أو يفسد تنظيمها فتقود الى حالات مرضية و مع ذلك لا أحد يصفها بالطفيليات و لا يمكن أن تكون الكائنات "تطورت" و هى تحمل كل هذه الخردة دون أن تكون تعرضت لطفرات حذف فهذا يتعارض مع نظرية التطور ذاتها

Transposons: Controlling Elements After All?

Transposon-induced mutagenesis and overexpression are involved in disease and may eventually provide us with an explanation for a variety of complex disorders. The same could be said of the genes themselves, however, and genes are better understood for their normal function, even in those cases where they are discovered and described due to a malfunction or mutation. If parasitism is the only function of transposons, they would be perhaps the only parasites whose hosts expend more energy to replicate than they do on their own genes. Indeed, given how much of the genome is composed of transposons in multicellular organisms, relative to the small fraction present in prokaryotes or even unicellular eukaryotes, it is hard to imagine how multicellular life could have evolved with such a serious competitive disadvantage. Further, that diseases can be caused by aberrant expression of certain genes is certainly well-accepted whereas the idea that genes are parasites cannot even be ascribed to Richard Dawkins in his most extreme moments, and the idea itself would render the modern Darwinian synthesis nonsense.

Richard G. Hunter et al., "Stress and the dynamic genome: Steroids, epigenetics, and the transposome" PNAS Vol. 112 | No. 22 November 10, 2014 6828-6833

و هذا نموذج صارخ لاستراتيجية "القاء أى كلام" التى يمارسها أنصار نظرية التطور لاثبات نظريتهم ففى اطار استماتتهم لنفى التصميم تم تصنيف كميات ضخمة من العناصر الوظيفية كخردة برغم أن هذا الكلام يتعارض مع نظريتهم ذاتها و تم تكرار هذا الكلام لمدة أكثر من 50 عاما فى الأبحاث و المؤتمرات العلمية لأن هذا يساعدهم فى اثبات "فلسفة" التطور القائمة على غياب التصميم و الغائية حتى لو عارض البيانات بل و عارض نظرية الانتخاب الطبيعى ذاتها!!! أضف الى ذلك ما ذكرناه فى مبحث خوارزميات البحث و مخازن المعلومات من كون بعض العناصر النقالة يتم تفعيلها بكثافة فى حالات الطوارئ لانقاذ الخلية و بالتالى فمن المحتمل فعلا أن يؤدى اطلاقها بكثافة الى بعض الأضرار و لكنه ثمن مقبول مقابل انقاذ حياة الكائن بل اننا حتى لو سايرنا كلام التطوريين و مزاعمهم عن أن هذه ليست خطة طوارئ مصممة بل مجرد تلف فى اليات تنظيم الخلية عن تعرضها لضغوط بيئية قاسية فان هذا لا ينفى بأى حال أن هذه الاليات مصممة ابتداءا فهذا كمن يستشهد بالأعطال التى حدثت فى مصنع تعرض لحريق أو انفجار ضخم و يستخدمها كدليل على أن المصنع لم يكن مصمما من البداية!

Dysfunction of TE-derived regulatory sequences is also emerging as a potential driver of diseases including cancer and autoimmunity.

Edward B. Chuong, Nels C. Elde & Cédric Feschotte "Regulatory activities of transposable elements: from conflicts to benefits" Nature Reviews Genetics volume 18, pages71–86 (2017)

بل ان هناك فرضية كاملة فى البيولوجيا التطورية TE-Thrust hypothesis تجعل من العناصر النقالة محرك أساسى من محركات التطور و هى تقر بأن هذا الأمر يحدث فى قفزات و ليس بالتدريج و تحاول ربط الأمر بنموذج ستيفن جولد لظهور الكائنات فجأة فى الأحافير و يقرون بأو وجود هذه العناصر فى الجينوم يعطيه قدرات تكيفية عالية يمكن ألا تتحقق الا فى المستقبل برغم من أنها تشكل عبئا ضارا عليه فى الحاضر الى أن يأتى وقت فائدتها و هذا يتعارض مع امكان حفاظ الانتخاب الطبيعى عليها الى أن يأتى وقت استخدامها حتى ان كان ضرر احادها بسيطا فان اجمالى الضرر لمجموعها سيكون كبيرا فينقرض حاملها. هنا ينتهى العلم و تبدأ الفلسفة التطورية فى دس نفسها بين البيانات فتؤكد لك الورقة "العلمية" بمنتهى الثقة أن هذا لا يعنى مطلقا وجود هدف أو غاية أو رؤية مستقبلية. ما التجربة العلمية التى قام بها ليصل الى هذه النتيجة؟ لا تسأل انها الزامات نظرية التطور

Collectively, these data further suggest the possibility, or likelihood, of punctuated episodes of speciation events and evolutionary transitions, coinciding with, and heavily underpinned by, intermittent bursts of TE activity...Many eukaryote lineages are able to tolerate some sacrifices in the present, that is, a genomic “load” or population, of mostly controlled, but possibly fitness-reducing TEs. Such lineages may, thereby, fortuitously, gain a continuum of “intra-genomic potential” whose extremities are conveniently described as “adaptive potential” and “evolutionary potential.” This intragenomic potential may be realized in the present, and/or in the descendant lineage(s) of the future. Note that this does not imply any “aim” or “purpose” to evolution, or any ability of evolution to “see” into the future.

Keith R. Oliver, Wayne K. Greene "Transposable elements and viruses as factors in adaptation and evolution: an expansion and strengthening of the TE-Thrust hypothesis" Ecology and Evolution Volume 2, Issue 11 November 2012 Pages 2912-2933

و فى مراجعة أخرى يقول جيمس شابيرو أحد رواد النظرية التراكيبية الممتدة أننا نعلم اليوم أن العناصر النقالة بما فى ذلك ما كنا نحسبه فيروسات تنظم هياكل الكروموسومات و معدلات عمل الجينات و استجابة الخلية للبيئة كما أنها توفر معلومات اضافية للتضفير البديل لانتاج بروتينات جديدة و تعمل كشبكة اتصال بين أجزاء الجينوم المتباعدة

We now know that at least some of this “junk” DNA is involved in modulating the behavior and structure of chromosomes, regulating the expression of genes, as well as perhaps providing ways for organisms to respond to their environments genetically,...Mobile DNA is a major source of novel coding information. One mechanism is the process known as “exonization,” when splice signals are utilized in newly inserted DNA segments. New coding sequences also form by reverse transcription of processed RNAs and genome insertion of the cDNAs, sometimes producing chimeric fusions with existing exons. It is now clear that mobile genetic elements play a key role in establishing and rewiring genomic networks...Mobile elements participate in this long-range genomic communication and provide the sequences of many ncRNAs

James A. Shapiro, “Epigenetic Control of Mobile DNA as an Interface between Experience and Genome Change,” Frontiers in Genetics 5 (2014): 1–16.

كما تم اكتشاف وظائف لها فى عشرات العمليات منها مثلا نقل عناصر الترقيم و التنظيم التى ذكرناها فى البند الأول من الوظائف المكتشفة للخردة الى الأماكن المطلوبة فى الجينوم و تساعد على توجيه العناصر التنظيمية الى أماكن متعددة فيتم تنظيم هذه الأماكن بشكل منسق target specific regulatory mechanisms to a large number of genomic sites and thereby lead to the coordinated regulation of the genes located nearby these sites و هذا من جديد يضع علامة استفهام اضافية على الزعم التطورى القائل بأن انتشار هذه التسلسلات فى الجينوم سببه فقط عمليات نسخ التسلسل الطفيلى لنفسه بهدف التكاثر و انتشاره كالعدوى اذ من الواضح أنها منتشرة لأسباب وظيفية لوضع اشارات الترقيم والتنظيم فى الأماكن المطلوبة و للتنسيق بين الجينات و العمليات التى تحتاج الى العمل بنفس مفتاح التشغيل أو بشكل منسق كما يضع علامة استفهام أخرى على الزعم القائل بأنها خردة لأنها تحمل معها الى الجينوم تكرارات بلا معنى اذ أن هذه التكرارات وظيفية

These elements have been considered as genomic parasites...However, recent studies on RTEs [RetroTransposable Elements] have shown that they can in fact encode important functions, and much of their functional activity turns out to be related to how genomes are regulated...This study found that one particular class of RTEs - Mammalian-wide Interspersed Repeats (MIRs) - can serve as genetic landmarks that help to target specific regulatory mechanisms to a large number of genomic sites and thereby lead to the coordinated regulation of the genes located nearby these sites...another class of retrotransposon, the SINEB2 element, can provide boundary function at the mouse growth hormone locus

"Punctuating messages encoded in human genome with transposable elements" EurekAlert (3-AUG-2015)

اذن فهذه العناصر النقالة تستخدم لترقيم الجينوم بعمل فواصل بين الجينات التى ستقوم الخلية باستخدامها و تلك التى لن تقوم باستخدامها فخلايا الكبد ستفعل جينات غير خلايا الجهاز العصبى غير خلايا الرئة لتتمايز أدوار هذه الخلايا و الينقولات بتكراراتها تعزل ما سيتم تفعيله عن ما لن يتم تفعيله فتساعد فى تنظيم هوية الخلية عن طريق العمل كاشارات لطريقة تعبئة و لف الحمض النووى و أى جزء سيترك متاحا للفتح و القراءة لاحقا و أى جزء سيغلق تماما

A recent study published in PNAS (July 27, 2015) shows that critical aspects of this regulatory program are encoded by genomic sequence elements that were previously thought to be mere "junk DNA" with no important functions...thousands of individual MIR [Mammalian-wide Interspersed Repeats] elements in the human genome that appear to function as so-called "boundary elements" in T lymphocyte cells of the immune system...Boundary elements are epigenetic regulatory sequences that separate transcriptionally active regions of the human genome from transcriptionally silent regions in a cell-type specific manner. In so doing, these critical regulatory elements help to provide distinct identities to different cell types, although they all contain identical sets of information. The regulatory programs that underlie these cell- and tissue-specific functions and identities are based largely on genome packaging. Genes that should not be expressed in a given cell or tissue are located in tightly packaged regions of the genome and inaccessible to the transcription factors that would otherwise turn them on. These boundary elements help to establish the geography of genome packaging by delineating the margins between silent regions in which genes are not expressed and active regions in which they are...This testing revealed that MIR sequences can serve as punctuation marks within our genome that enable cells to correctly read and comprehend the message transmitted by the genomic sequences

"Punctuating messages encoded in human genome with transposable elements" EurekAlert (3-AUG-2015)

كما أوضحت مراجعة أخرى أدوارا كثيرة للينقولات فى نمو و عمل الخلايا العصبية و المخ مشيرة الى أن بعضها ينتج رنا غير مشفر للبروتين مهم لهذه العمليات و كنا قد استعرضنا نماذج لوظائف الرنا غير المشفر سابقا

Mustafin, R. N. and E. K. Khusnutdinova. 2020. Involvement of Transposable Elements in Neurogenesis. Vavilov Journal of Genetics and Breeding. 24 (2): 209-218.

و تحدثت ثانية عن اليات مختلفة تقوم بها العناصر النقالة بتغيير تنظيم عمل الجينات بحمل مواقع تنظيمية الى مواضع جديدة أو تنشيط مواضع تنظيمية كامنة/صامتة cryptic عند التحرك الى موقعها أو بانتاج رنا غير مشفر يساعد فى التنظيم و اليات غيرها

Arsala Ali, Kyudong Han and Ping Liang "Role of Transposable Elements in Gene Regulation in the Human Genome" Life (Basel). 2021 Feb; 11(2): 118.

و ثالثة عددت أدوارا كثيرة للينقولات سواءا و مشتقاتها سواءا الرنا أو العناصر التنظيمية أو قطع تشفير البروتين فى نمو و تشكل الثدييات و اعتبرتها من العوامل المسئولة عن "التطور" من أهمية وظائفها المكتشفة (بامكانك بسهولة حذف مصطلح التطور و وضع "تشكل الكائن" أو "قيام الخلايا بوظائفها")

Taken together, Tes[Transposable elements] affect gene expression during pre-implantation development in three major ways: first, as transcripts; second, as regulatory elements; and third, as building blocks for genic isoforms and new genes.

Anna D. Senft & Todd S. Macfarlan "Transposable elements shape the evolution of mammalian development" Nature Reviews Genetics volume 22, pages 691–711 (2021)

و قد أجرت مجلة العالم The Scientist لقاءا معدد من العلماء الذين عملوا فى دراسة العناصر النقالة و سردوا كيف اكتشفت أبحاثهم تكيفات كثيرة تحدث بسبب العناصر النقالة مثل تغير ألوان العث فى المثال التطورى الشهير و انتاج التنوعات المناعية فى كائنات مختلفة و الاستجابة لظروف و مؤثرات بيئية مختلفة خاصة و أن أبحاثهم تشير الى أن الخلايا عادة ما تطلق العنان للينقولات عند التعرض لضغوط بيئية فى محاولة لابجاد حل أو استجابة مناسبة (و هو ما ذكرنا أمثلة كثيرة عليه فى مبحث التكيف عن طريق خوارزميات البحث و مخازن المعلومات) و تنبأوا بأن هذه الاكتشافات ستتزايد مع زيادة الاهتمام بدراسة الينقولات و تطوير أساليب دراسة أفضل

Adapting with a Little Help from Jumping Genes: Long lambasted as junk DNA or genomic parasites, transposable elements turn out to be contributors to adaptation. - The Scientist (2022)

و أخيرا و ليس اخرا نذكر عمليات الترقيم والتنظيم المكانى/ثلاثى الأبعاد البديعة التى تحدثنا عنها سابقا اذ اتضح أن العناصر النقالة لها دور كبير فيها سواءا فى جمع الجينات التى تقوم بأنواع متشابهة من الأدوار و بالتبعية قد تحتاج الى عمليات تنظيمية متشابهة و تحديد النطاقات الجينية المكانية Topologically associating Domains TADs و ادارة الاتصالات بين أماكن مختلفة فى قلب النطاق الواحد أو بين نطاقات مختلفة inter-TAD/intra-TAD و فى صناعة المنصات و السقالات scaffolds/ docking sites و غيرها من وظائف التنظيم المكانى الهندسى للجينوم. لاحظ كيف أن توزيع علامات الترقيم (الشكل أدناه) يرد على واحدة من الاعتراضات التطورية الشائعة و هى أن عناصر line عدوى مؤذية بدليل أن الأصل فى الجينوم تعطيلها. الشكل أدناه يوضح كيف أنها تستخدم لجمع و ترقيم جينات متخصصة genes with specialized functions الأصل فيها أن تكون معطلة الى أن يتم الاحتياج اليها و هذا هو سبب أن الأصل فى الكثير منها التعطيل و ليس كونها عدوى

J. Yuyang Lu et al., "Genomic repeats categorize genes with distinct functions for orchestrated regulation" Cell Reports 30: 3296-3311 (2020)

Lisa L. Hall et al., "Differences in Alu vs L1-rich chromosome bands underpin architectural reorganization of the inactive-X chromosome and SAHFs" bioRxiv. Preprint. 2024 Jan 9

J. Yuyang Lu et al., "Homotypic clustering of L1 and B1/Alu repeats compartmentalizes the 3D genome" Cell Research 31: 613-630 (2021)

M.N.K. Choudhary et al., "Widespread contribution of transposable elements to the rewiring of mammalian 3D genomes" Nature Communications volume 14, Article: 634 (2023)

Hong Y. et al., 2024. SAFB restricts contact domain boundaries associated with L1 chimeric transcription. Molecular Cell 84: 1637-1650.

Transposable elements (TEs) and TE-derived sequences affect 3D genome architecture at multiple levels. a, TE-derived CCCT-C binding factor (CTCF) motifs delimit topologically associating domain (TAD) boundaries. b,c, TEs can be exapted and this can both maintain chromatin structure across evolutionary lineages (panel b) and contribute to lineage-specific loops that affect gene expression and may contribute to phenotypic diversity among species (panel c). d,e, TE-derived regulatory sequences facilitate both short-range (panel d) and long-range (panel e) interactions. f, Methylated TEs in B compartments are critical to heterochromatin stability.

Heather A. Lawson, Yonghao Liang & Ting Wang "Transposable elements in mammalian chromatin organization" Nature Reviews Genetics volume 24, pages712–723 (2023)

a, Transposable elements (TEs) contribute regulatory sequences within topologically associating domains (TADs) that participate in short-range interactions that are involved in transcriptional regulation. This includes enhancer–promoter loops that spatially connect enhancers to target promoters. Recent studies have found that TE-derived sequences can also form regulatory hubs, which are super-enhancer or super-promoter domains that coordinate gene expression. In addition to contributing to regulatory sequence, TEs also contribute to TAD boundaries, including CCCT-C binding factor (CTCF) motifs. b, TEs contribute sequence that participates in long-range interactions between TADs. These long-range interactions have been found to regulate gene expression in tissue and cell type-specific manners. TF, transcription factor.

Heather A. Lawson, Yonghao Liang & Ting Wang "Transposable elements in mammalian chromatin organization" Nature Reviews Genetics volume 24, pages712–723 (2023)

لاحظ فى الشكل الأخير كيف أسهمت العناصر النقالة فى الاتيان بعدة نطاقات جينية الى نفس عنصر التحكم فى النسخ (أسفل يسار) و كيف فى حالة أخرى قربت النطاقات الجينية الى بعضها البعض اتية بجينات و مناطق حمض نووى متباعدة الى جوار بعضها البعض (أسفل يمين) صانعة ما يمكن اعتباره ورش عمل و الى جانب التصميم و التنظيم البديع ففيها هذا رد على ادعاءات التطوريين حول الجينات الزائفة التى لا تمتلك أى عناصر تحكم قريبة منها cis اذ يمكن للتنظيم المكانى أن يقربها من عناصر تحكم فى مناطق أخرى الى جانب عمل الينقولات ذاتها كعناصر تنظيم. من جهة أخرى فان تحجج التطوريين بأن العنصر النقال مكانه ليس بالقرب من أى جينات لا يثبت كونه بلا وظيفة فمن جهة لا أحد يقول أن منظومة التنقل غير قابلة للخطأ أو التلف مما قد يقودها الى أماكن غير مفيدة و من جهة أخرى هذه العناصر لا تؤثر فقط عن قرب بل عن بعد in trans كذلك

Edward B. Chuong, Nels C. Elde & Cédric Feschotte "Regulatory activities of transposable elements: from conflicts to benefits" Nature Reviews Genetics volume 18, pages71–86 (2017)

أضف الى ذلك حالات أخرى كثيرة تم اكتشاف الوظائف فيها سواءا للعناصر المتنقلة الطويلة lines أو القصيرة sines بما فى ذلك Alus العناصر القصيرة المكررة كثيرا مما ينفى تماما منظور الخردة

“SINEs and LINEs, which have been considered ‘junk DNA,’ are among the repeat sequences that would appear liable to have teleregulatory effects on the function of a nearby promoter, through changes in their numbers and distribution.

Emile Zuckerkandl & Giacomo Cavalli, “Combinatorial epigenetics, ‘junk DNA’, and the evolution of complex organisms,” Gene 390 (2007): 232–242.

that these SINE encoded RNAs indeed have biological functions has refuted the historical notion that SINEs are merely “junk DNA.”

Ryan D. Walters et al., “InvAluable junk: the cellular impact and function of A/m and B2 RNAs,” IUBMB Life 61 (2009): 831-837.

Lehnert et al., “Evidence for co-evolution between human microRNAs and Alu repeats” PloS One (2009)

لاحظ هنا أساليب الخداع المصطلحى و التلاعب بالكلمات التى يتم استخدامها للالتفاف حول نتائج العلم...من أجل تجنب الاعتراف بأن شيئا ما موجود بهدف القيام بوظيفة تنظيمية و أنه يعمل بتناسق مع سائر أجزاء الجينوم بعيدا عن فرضيات التنافس و سباقات التسلح التطورية يقال أنه و ما ينظمه قد "تطورا" ليعملا معا co-evolved و بمثل هذا المصطلح الأنيق يتوهم المتلقى أن هناك الية فى الطبيعة فعلا اسمها التطور المتشارك بينما هذا المصطلح مجرد تسمية لقصة اخترعها التطوريون من رؤوسهم و استدلوا على صحتها بقصص أخرى أطلقوا عليها نفس الاسم.

الان ركز معى فى ما تقوم به نظرية التطور هنا لأنه من الخدع التأسيسية التى يتم اقناع الناس بالتطور عن طريقها. ما الذى تقوله البيانات؟ تقول أن هذه التسلسلات يتم نسخها و ادارتها و تنسيق عملها من قبل اليات الخلية و أنها جزء من الجينوم و ليست شيئا دخيلا عليه فتأتى نظرية التطور لتقوم بدس نفسها وسط البيانات لتوحى للقارئ أنها جزء من البيانات فتقول لك النظرية أنها حمض نووى طفيلى/فيروسى دخل منذ ملايين السنين و قام ب "خطف/تجنيد" اليات الخلية لصالحه ليستمر معها الى الان. تقول البيانات أن هذه التسلسلات لها وظائف نافعة للخلية فتعيد نظرية التطور صياغة الكلام بقول أنها كانت عدوى ثم تم دمجها/اعادة استخدامها/استنئناسها Exaptation/co-option/domestication...etc و غيرها من المصطلحات. تقول البيانات أن هذه الينقولات تخضع لتنظيم الخلية و يتم تفعيلها فى ظروف معينة لمواجهة الضغوط البيئية و التكيف معها و يتم اسكاتها فى ظروف أخرى (تماما كما تقوم أنت بتشغيل برنامج على حاسبك الالى عندما تريد القيام بأمر محدد ثم ايقاف البرنامج) فتجد الرواية التطورية فى الأبحاث العلمية تقول أن هذه كانت عدوى فيروسية أو حمض نووى طفيلى يتكاثر على حساب الخلية فنشأ بينه و بين الخلية سباق تسلح فمرة تهزمه الخلية و تطور الية تنظيمية تسيطر عليه (مثلا بروتين يرتبط بعناصر التحكم فيه فيسيطر عليه أو يضع علامات على الحمض النووى فيمنع نسخه...الخ) فيبدو منظما و مرة يهزمها و يطور الية ليتكاثر أو لينفعها فيخدعها و يهرب و يتكاثر فيقود الى تغيرات تصادف أنها مفيدة. طبعا كل مرة من هذه المرات الالية التنظيمية أو التشغيلية "المتطورة" سواءا من جهة الخلية أو الفيروس يتم الايحاء بتفسير كيفية صناعتها بأخطاء نسخ بكلام لا علاقة له بالموضوع أصلا عن أنها مفيدة!!! تقول البيانات أن الكثير من هذه الينقولات محمل بتسلسلات مفيدة للخلية تساعد على انشاء بروتينات جديدة أو عمليات تنظيمية جديدة فتقول لك نظرية التطور لابد أن الفيروس/الطفيلى/الدخيل طور هذه الفوائد ليخدع الخلية و يقنعها بنسخه مع باقى الجينات المفيدة. ..الخ. لاحظ كيف أن القصة التطورية عبارة عن عملية تأليف أدبية لا علاقة لها البيانات بل يتم تهريبها وسط البيانات للايحاء بأن البيانات تقول هذا بينما البيانات لا تقول سوى هذا وظيفى و منظم و الباقى من كيس نظرية التطور التى تصر على أن كل شئ ناتج عن الصراع و سباقات التسلح ثم يتم اعطاء القصة التطورية مصطلح أنيق مثل coevolution/cooption لقد تطورا تشاركيا أو بالتوازى أو بالدمج و الاستعارةا فيظن القارئ أن هذا المصطلح يصف عملية طبيعية حقيقية هى من اليات التطور المكتشفة بينما هو يصف قصة من قصص قبل النوم التطورية. من السهل جدا مثلا أن أقول لك أن الينقولات تم استغلالها من قبل العائل فى ادارة ردود الأفعال المناعية بسبب خصائصها شبه الفيروسية مع أن نفس الخصائص من منظور التصميم يمكن تفسيرها من منظور أنها الخصائص المطلوبة للقيام بهذا الدور بل ان نظرة على كمية الأجزاء و العمليات المطلوبة لادارة هذا الاستغلال/الدمج تشير بوضوح الى التصميم

Hale Tunbak et al., "The HUSH complex is a gatekeeper of type I interferon through epigenetic regulation of LINE-1s" Nature Communications volume 11, Article: 5387 (2020)

و لترى كيف أن الأدب القصصى التطورى عملية مطاطة جدا و يسهل تطويعها مع الشئ و عكسه فعندما تم اكتشاف ينقولات تحتوى على عناصر تنظيمية و وقائية للحمض النووى المحيط بها و بالتالى فهى لا تخضع للتنظيم من قبل الخلية بل تنظم نفسها بنفسها و هذا عكس فرضية سباق التسلح التطورية التى كانت تقول أن الخلية تحارب لتسيطر على هذه العدوى (كذلك الينقولات P element تشفر بنفسها للمعطل repressor الذى يوقف عملها)

Conte, C. et al, 2002. Coupling of enhancer and insulator properties identified in two retrotransposons modulate their mutagenic impact on nearby genes. Mol. Cell Biol. 22: 1767–1777.

تم اختراع قصة جديدة من خيال التطوريين مفادها أنه فى اطار سباق التسلح و الصراع بين الحمض النووى الطفيلى و الخلية قام الحمض النووى الطفيلى بالتمويه على اليات الخلية بوضع هذه العوامل الوقائية و التنظيمية فى نفسه حتى يحمى الخلية من نفسه فلا تهاجمه الياتها الدفاعية طبعا لا تسأل كيف صنع هذه اليات ابتداءا فلن تجد سوى كلام انشائى عن الطفرات و كونها مفيدة و كأن كون الشئ مفيدا مببر كافى ليظهر حتى يختاره الانتخاب الطبيعى. و عندما تم اكتشاف أن ينقولا من عائلة الفيروسات القهقرية يشفر لجين gag مجتزأ truncated يستخدمه لتعطيل نفسه بنفسه عن طريق اتلاف gag السليم فمن جديد تم اخترع قصة جديدة مفادها أن الخلية خسرت الية محاربة الفيروس فطور الفيروس مشكورا الية يحارب بها نفسه بنفسه حتى يضمن طول العمر و البقاء للخلية و يخدم بذلك أغراضه الدنيئة!!! لاحظ أن الجينات المجتزأة و الغير مكتملة من الأشياء التى طالما استدل بها التطوريون على أن التسلسلات "الفيروسية" فى الجينوم بقايا غير وظيفية و الان نكتشف وظيفيتها و أن الينقول ذاته يشفرها بل و يعالجها بانزيم protease الخاص به أيضا ليضمن أن تتسبب فى تلف vlp الحويصلة التى يستخدمها فى التنقل فينظم بذلك عدد النسخ الموجودة من نفسه فى الية شبهتها الورقة بالريوستات rheostat الذى يستخدم فى ضبط الكهرباء

Here, further characterization of the minimal Ty1 sequence that confers CNC[Copy Number Control] has led to the discovery of p22, an N-terminally truncated form of Gag that is likely encoded by an internally initiated Ty1 mRNA. Importantly, p22 is both necessary and sufficient for CNC. Coexpression of p22 and Ty1 interferes with assembly of functional VLPs [Virus Like Particles], which is conceptually similar to the inhibition displayed by Gag-like restriction factors derived from endogenous retroviruses in mammals...Taken together, not only do our results suggest that Ty1i RNA encodes p22, but the striking relationship between expression of full-length Ty1 mRNA, and hence Ty1 PR[protease from POL ORF], and detection of p22 versus p18 suggests that p22 is cleaved by Ty1 PR to form p18. Furthermore, processing of p22 to p18 raises the possibility that p22 associates with VLPs to gain access to PR...Here, we characterize a restriction factor derived from Ty1 GAG that confers CNC by perturbing VLP assembly and function. This unique form of transposon CNC may have evolved after an ancestral S. cerevisiae/paradoxus lineage lost the evolutionarily conserved RNAi pathway used to silence Ty1 expression

Agniva Saha et al., "A trans-Dominant Form of Gag Restricts Ty1 Retrotransposition and Mediates Copy Number Control" ASM Journals Journal of Virology Vol. 89, No. 7 (10 March 2015)

طيب ألا يمكننا بدلا من هذه الفرضيات الملتوية أن نقول ببساطة أنها اليات تنظيم مصممة كالريوستات الذى يشبهونها به؟ هنا يصل صوت الصراخ الى المريخ و يتم اتهامك بخلط العلم بخيالاتك الشخصية عن التصميم لكن طبعا القصص الملتوية عن الفيروس الذى يطور استراتيجية خداع و تمويه بتنظيم نفسه بنفسه عندما تتلف اليات تنظيم الخلية التى بدورها نشأت عن طريق أخطاء نسخ حمض نووى تصادف كونها مفيدة...هذه ليست خيالات شخصية بل هو علم!!!

مثال اخر: عند دخول الينقولات الى الحمض النووى فهى تدخل فى أحد الشريطين المتقابلين ثم تأتى اليات الخلية لتقوم بصناعة و اكمال الشريط المقابل فى الجزء المواجه للينقولة...عملية طبيعية تنم عن التنسيق بين اليات الخلية المختلفة و تكاملها. هنا من جديد تأتى نظرية التطور لتتلاعب بالمصطلحات لتوحى بصدق قصتها البديلة عن العدوى الفيروسية فتسمى ما يحدث عملية "خطف" لاليات الخلية من قبل العنصر النقال الطفيلى. لاحظ كيف يتم اختراع قصص أصول تفسر النشأة لكل شئ و عكسه و كل هذا منعزل عن البيانات و لكن يتم تمريرها فى وسط البيانات لتكتسب مصداقية علمية. كيف يمكنك أن تثبت لشخص أنه مخطئ ان كان يؤلف قصصا تتوافق مع الشئ و عكسه و يعتبرها أدلة و جزء من البيانات؟ ببساطة لا يمكنك و هذا هو الهدف أن يظل التطور شيئا مطاطا هلاميا غير قابل للدحض يمكن توفيقه مع كل شئ و أى شئ و مع كل المتناقضات حتى يتمكن التطورى من المراوغة بالجملة الشهيرة "التطور حقيقة و نحن نحاول أن نفهم كيف حدث. لا تخلط بين حقيقة التطور و النظرية التى تفسر هذه الحقيقة". الحقيقة الوحيدة هنا هى أن حقيقة التطور هذه موجودة فى أذهان التطوريين فقط فلا توجد حقيقة علمية تتفق مع كل شئ و عكسه بسرد القصص بهذه الطريقة. لاحظ أيضا وسط الحشو الكلامى و العبارات الانشائية عن سباقات التسلح و الانتخاب و ملايين السنين كيف يتم تجاهل كل التفاصيل المعقدة لنشأة عمليات تنظيمية متناسقة سواءا لدى الجينوم أو الحمض النووى الطفيلى المزعوم و تنسيقهما مع بعضهما بأخطاء نسخ.

ملحق: الينقولات و معضلة حجم الجينوم C-Value paradox

تحدثنا فى المقالة الأولى فى السلسلة عن اعتراض حجم الجينوم و ذكرنا عددا من تفسيراته الوظيفية الموجودة فى الأدبيات العلمية و لكن أحد تفسيراته التى لم نفصل فيها متعلق بالينقولات و هو يفسر المعضلة من جهة و يمثل دليل اضافى على وظيفية هذه الينقولات من جهة أخرى. مثلا أوضحت احدى المراجعات أن حجم الجينوم يرتبط الى درجة كبيرة بوجود و انتشار العناصر المتنقلة التى يؤدى انتشارها الى تضخم الجينوم و لكن فى المقابل هذه العناصر ليست خردة فمن الواضح وجود علاقة بين وجودها و انتشارها و قدرة الكائن على التكيف مع البيئة فهى قليلة فى وحيدات الخلية التى تستطيع تبادل الجينات و بالتالى التكيف بسهولة بينما فى متعددات الخلايا التى لا تستطيع القيام بهذه العملية بكثافة تزداد العناصر النقالة و فى قلب متعددات الخلايا نفسها نجد الكائنات المتحركة القادرة على مواجهة تغيرات البيئة و لو جزئيا بتعديل سلوكها تضم قدرا من الينقولات أقل من النباتات مثلا الثابتة فى مكانها و ذات القدرة المحدودة على تغيير السلوك و خلصت الدراسة الى أن كلما قلت قدرة الكائن على مواجهة الضعوط البيئية بطرق أخرى كتبادل الجينات و تعديل السلوك كلما ازدادت حاجته الى "مكتبة" أضخم من العناصر النقالة لاحداث التنوعات فى حمضه النووى ليواجه بها الظروف البيئية و كلما زادت حركة و نسخ هذه الينقولات لمسئوليتها عن مواجهة الضغوط البيئية مما يؤدى الى تضخم جينومه

As a consequence, multicellular eukaryotes would need to take their genetic diversity along with them if they wished to maintain the flexible genomic response to environmental stress available to prokaryotes via horizontal transfer. If this view of transposons as a portable library of diversity holds true, the transposome can be regarded as a sort of endosymbiont. One prediction of this idea is that eukaryotes with a more prokaryotic lifestyle, with more access to horizontal gene transfer, would have smaller genomes with lower transposon content. This prediction is supported by the observation that unicellular eukaryotic genomes have low (less than 5%) or no detectable transposable elements. The obverse should also be true: large multicellular eukaryotes should have higher transposon content in their genomes, especially plants, because they cannot rely on behavioral strategies to defeat environmental insults. This prediction too seems to hold, because the human genome is roughly 50% transposon whereas the maize genome, where transposons were originally identified, is 80% transposon.

Richard G. Hunter et al., "Stress and the dynamic genome: Steroids, epigenetics, and the transposome" PNAS Vol. 112 | No. 22 November 10, 2014 6828-6833

و قد نبهت نفس المراجعة السابقة الى كيف أنه من العجيب مسارعة فرانسيس كريك (مكتشف الحمض النووى) الى تصنيف هذه العناصر كخردة و حمض نووى طفيلى و انتشار هذا التصنيف بين العلماء فلا يوجد أى مبرر لكائن ليحمل معه هذا العبء السلبى الضخم الذى يستنفذ موارده فى نسخه دون أن يتخلص منه عن طريق طفرات الحذف و الانتخاب الطبيعى

If parasitism is the only function of transposons, they would be perhaps the only parasites whose hosts expend more energy to replicate than they do on their own genes. Indeed, given how much of the genome is composed of transposons in multicellular organisms, relative to the small fraction present in prokaryotes or even unicellular eukaryotes, it is hard to imagine how multicellular life could have evolved with such a serious competitive disadvantage.

و لكن ما لم تقله الدراسة أن هذا شائع جدا فى نظرية التطور فالنظرية تحارب بكل الطرق بل و تناقض نفسها فقط لاثبات وجهة نظر فلسفية و ليست علمية تقول أن الحياة غير مصممة و كريك ذاته هو صاحب الجملة الشهيرة "على البيولوجيين أن يذكروا أنفسهم دائما أن ما أمامهم ليس مصمما" و عندما تتبنى هذا المبدأ فمن الطبيعى أن تسارع الى تصنيف ما أمامك على أنه بلا فائدة. هكذا اذن يظهر التأثير السلبى لفلسفة التطور التى تتظاهر بأنها علم على اراء الباحثين و تصنيفاتهم للأشياء و رغبتهم الملحة فى اثبات عدم وجود تصميم رغما عن أنف البيانات و الحقائق برغم أنه و كما وضحنا فى بداية المقال بربرا ماكلينتوك صاحبة الاكتشاف أشارت الى الوظيفية.

مراجعات أخرى ذكرت كيف تتحرك هذه العناصر الوظيفية عبر الجينوم استجابة للكثير من التغيرات البيئية فتساهم فى انتاج تنوعات و تكيفات للكائن تمكنه من تجاوز الظروف البيئية الصعبة و بالتالى فجينومات الكائنات الكبيرة بلا مبرر قد تكون بقايا عمليات تكيف و انقاذ للسلالة فى الماضى عند تعرضها لظروف بيئية قاسية لدرجة أن وصفت احدى الأوراق العلمية استمرار بقايا هذه التكيفات الماضية فى جينوم الكائنات الى الان بأنه ثمن بسيط أمام المرونة التكيفية التى منحتها للكائن (أرجو من القارئ هنا أن يتذكر أننا نعيش عصر الوراثة فوق الجينية epigenetics و صحوة اللاماركية الحديثة neolamarckism و القائلتين يقدرة الكائنات الحية على توريث بعض التكيفات المكتسبة/التى تم تفعيلها فى الجينوم

This process unfolds over two crucial levels: i) a flow of RNA-based information - predominantly small regulatory RNAs released from somatic cells exposed to environmental stimuli – taken up by spermatozoa and delivered to oocytes at fertilization and ii) the highly permissive and variation-prone environments offered by zygotes and totipotent early embryos. Totipotent embryos provide a variety of biological tools favouring the emergence of evolutionarily significant phenotypic novelties driven by RNA information. Under this light, neither random genomic mutations, nor the sieving role of natural selection are required, as the sperm-delivered RNA cargo conveys specific information and acts as “phenotypic-inducer” of defined environmentally acquired traits....In other words, changes will not occur randomly but will be driven according to the information-containing sperm RNA through the formation of specifically canalized genomic circuits.

Corrado Spadafora "The epigenetic basis of evolution" Progress in Biophysics and Molecular Biology Volume 178, March 2023, Pages 57-69

The available evidence not only suggests an intimate interplay between genetic and epigenetic inheritance, but also that this interplay may involve communication between the soma and the germline. This idea contravenes the so-called Weismann barrier, sometimes referred to as Biology's Second Law, which is based on flimsy evidence and a desire to distance Darwinian evolution from Lamarckian inheritance at the time of the Modern Evolutionary Synthesis. However, the belief that the soma and germline do not communicate is patently incorrect.

Mattick JS (2012). Rocking the foundations of molecular genetics. Proc Natl Acad Sci U S A 109, 16400–16401.

But the evidence for the inheritance of acquired characteristics has now moved right into the zoological domain. All the remaining examples I shall quote here are on multicellular organisms, including mammals, and they refer to pioneering work done in the last 7 years...Epigenetic effects can even be transmitted independently of the germ line.

Denis Noble "Physiology is rocking the foundations of evolutionary biology" Experimental Physiology Volume 98, Issue 8 (August 2013) Pages 1235-1243

راجع أيضا ما كتبناه بالأعلى عن TE-Thrust hypothesis فرضية القفزات التكيفية عن طريق العناصر النقالة)

The variable load of transposable elements (TEs), along with variable ploidy, explains the variations in genome size. There is now considerable evidence that TEs are major drivers of adaptive evolution, and frequently co-opted into gene regulatory circuits,

John S. Mattick "A Kuhnian revolution in molecular biology: Most genes in complex organisms express regulatory RNAs" BioEssays (15 June 2023)

In plants, genome size correlates with an increase in repetitive DNA abundance, particularly LTR retrotransposons (Meyers et al., 2001; Zhang and Wessler, 2004).

J.A. Shapiro and R.V. Sternberg "How repeated retroelements format genome function" Cytogenet and Genome Research 110:108–116 (2005)

...the shaping of the genome by mobile elements has played an important role in events leading to speciation. Whether these repeated sequences are now “junk DNA” is a complex issue. Some may have had an important function long ago, but have lost that role today. Others may never have had a function, yet the cluttering of our genomes with nonfunctional DNA was a small price to pay for the genome malleability they provided.

Kazazian Jr.,H.H.,2004. Mobile elements: drivers of genome evolution. Science 303(5664),1626–1632.

This seeming dilemma changes when Res[Repetitve elements] are viewed as rapidly deployable, individually expendable, flexible DNA components of the genomic/epigenetic software system. As rapidly deployable and individually expendable DNA units, RE sequences can be gained or lost quickly from genomic regions in response to ablation, distortion, or expansion of monomer.

R.V. Sternberg "On the Roles of Repetitive DNA Elements in the Context of a Unified Genomic-Epigenetic System" Annals of the New York Academy of Sciences Volume 981, Issue 1 FROM EPIGENESIS TO EPIGENETICS: THE GENOME IN CONTEXT December 2002 Pages 154-188

M. B. Evgen’ev "Mobile Elements and Genome Evolution" Molecular Biology, 2007, Vol. 41, No. 2, pp. 203–213

و يدعم هذه الفرضية أكثر و أكثر ما وجده بعض الباحثين من فروق كبيرة تصل الى ثلاثة أضعاف فى عدد نسخ الينقولات (و بالتبعية فروق فى حجم الجينوم) بين أفراد لنفس نوع النبات موجودين فى مناطق مناخية مختلفة مما يشير الى أن نفس النوع قام بتفعيل أو عدم تفعيل ينقولاته استجابة للظرف البيئى

a family of LTR retrotransposon, BARE-1,...displays almost a threefold intraspecific copy number variation among the natural population of wild barley Hordeum spontaneum. This dramatic variation in the genome size within the barley population is the result of both active amplification and losses of the BARE-1 family retrotransposons. More interestingly, a correlation was shown between the BARE-1 copy number and genome size in wild barley and the sharply differing microclimates in Evolution Canyon near Mount Carmel, Israel. This is the first report in which a testable molecular mechanism linking habitat with retrotransposon activation in a natural population has been addressed

Amar Kumar & Jeffrey L. Bennetzen, “Retrotransposons: central players in the structure, evolution and function of plant genomes,” Trends in Plant Science 5 (2000): 509–510.

لدرجة أن قالت احدى المراجعات بوضوح أن هذه الينقولات توفر للجينات عناصر متنوعة للتنظيم و التحكم و التكيف مع البيئة و تتحرك استجابة للضغوط المختلفة مما يجعلها محرك لتطور النباتات

Various stimuli, including polyploidization and biotic and abiotic elicitors, result in the transcription and movement of these retrotransposons, and can facilitate adaptation. The presence of cis-regulatory motifs in the LTRs are central to their stress-mediated responses and are shared with host stress-responsive genes, showing a complex evolutionary history in which TEs provide new regulatory units to genes... insertions of LTR retrotransposons in and around genes provide potential for alternative splicing, epigenetic control, transduction, duplication and recombination

Galindo-González, L. et al., LTR-retrotransposons in plants: Engines of evolution. Gene 626, 14–25 (2017).

و هذه الفرضية تتفق الى حد كبير مع ما ذهب اليه عالم البيووجيا التطورية جيمس شابيرو أحد أقطاب النظرية التراكيبية الممتدة (النسخة الثالثة من نظرية التطور) Extended Synthesis و أحد أكبر دارسى عمليات الهندسة الوراثية الطبيعية Natural Genetic Engineering و هى عمليات التعديل التى تقوم بها الخلية على جيناتها استجابة للبيئة و الذى ذهب الى أن أحد أسباب زيادة أحجام الجينوم هى حركة العناصر النقالة و التى عدد من وظائفها الكثير فى مراجعته للأمر

James A. Shapiro, “Epigenetic Control of Mobile DNA as an Interface between Experience and Genome Change,” Frontiers in Genetics 5 (2014): 1–16.

الشاهد اذن أن الأبحاث تقول أن الجينومات التى تبدو أضخم مما ينبغى قد تكون بسبب عمليات تكيف مع ظروف بيئية فى الماضى و لتبسيط الصورة تخيل أن يشير أحدهم الى كسور فى هيكل سيارتك و مصداتها الأمامية مستدلا بذلك على أنها خردة و غير مصممة – الى جانب أنه تجاهل باقى السيارة فقد تجاهل أيضا أن هذه الكسور هى اثار المرات التى أنقذك فيها هيكل السيارة من الموت المحقق فى حوادث سابقة. بل ان هذه الأبحاث تلفت النظر الى نقطة غاية فى الأهمية: من الممكن أن تجد أمامك تسلسل يبدو بلا وظيفة و خردة ببساطة لأنه أدى وظيفته فى الماضى منقذا السلالة من ظرف بيئى قاسى و هذه بقايا العملية و فى ضوء ما ذكرناه من قبل بأمثلة كثيرة من كثافة اعتماد الكائنات على مثل هذه الاليات المبرمجة للتكيف مع التغيرات البيئية من جهة و امكانية حدوث عمليات ادخال متشابهة فى نفس المواقع بلا سلف مشترك من جهة أخرى تسقط تماما فكرة أن هذه التسلسلات خردة و ما يتم الزعم بأنه بقايا متشابهة فى كائنات مختلفة و متباعدة هو ببساطة اثار عمل هذه الينقولات و هى تقوم بوظائفها فى التكيف مع البيئة بشكل مستقل فى كائنات مختلفة. و أخيرا فان المراجعات العلمية تعترف بأن هناك صعوبات تقنية فى دراسة هذه العناصر النقالة بسبب تكرارها فى مناطق كثيرة و هو ما يصعب التمييز بينها الى جانب وجود تحيز واضح فى عدم دراستها و ذلك بسبب الافتراضات المسبقة بكونها غير وظيفية و محايدة و اختتمت احدى المراجعات بالتعجب من أن أكثر برنامج يستخدم لالتقاط وجود هذه العناصر المكررة هو البرنامج الذى يستخدم للتخلص من اشارة وجودها فى النتائج repeatmasker بسبب افتراض عدم وظيفيتها

there are important computational challenges when dealing with repetitive elements. For a given TE in maize, for instance, a given short sequencing read can match hundreds of loci, making both genome sequencing and quantitative assessment of expression levels difficult but not impossible. Along with an assumption that TEs are selectively neutral, these problems may have led to a systematic bias against identification of TEs that have had important effects on phenotype (indeed, it is no coincidence that the most popular tool for identification of TEs is called 'RepeatMasker'

Damon Lisch "How important are transposons for plant evolution?" Nature Reviews Genetics volume 14, pages49–61 (2013)

و فى هذا رد مهم على من يتحججون بالجهل و عدم اكتشاف وظائف الكثير من هذه العناصر. لقد أمضى العلم عقودا و هو يتخلص من اشارة وجودها بدلا من أن يدرسها بسبب فرضيات نظرية التطور!

الخلاصة:

اذن بامكاننا أن نلخص ما وصلنا اليه الى الان فى مسألة الخردة المزعومة بهذا الاقتباس من واحدة من المراجعات التى وصفت ما حدث فى البيولوجيا منذ انكود بأنه ثورة: ان الرنا [الغير مشفر لبروتين] يعمل على عدة مستويات للتحكم فى النسخ و صناعة نطاقات مكانية وظيفية و تنظيم عمليات مختلفة فى النمو و العمل و التكيف و يدعم ذلك عمليات تعديل الرنا و حركة الينقولات المنسوخة عكسيا [الفيروسات المزعومة]. انها شبكة تنظيمية متكاملة مصممة مكانيا و هيكليا فى الكائنات متعددة الخلايا.

These RNAs function at many different levels of gene expression and cell biology, including translational control, subcellular domain formation, and guidance of the epigenetic processes that underpin development, brain function and physiological adaptation, augmented by the superimposition of plasticity by RNA editing, RNA modification and retrotransposon mobilization. The evidence is now overwhelming that there is a massive network of RNA-directed regulatory transactions in architecturally organised and spatially specialised multicellular organisms, which extends to transgenerational inheritance

John S. Mattick "A Kuhnian revolution in molecular biology: Most genes in complex organisms express regulatory RNAs" BioEssays (15 June 2023)

من السهل جدا أن اتى بتسلسلات لم نكتشف وظائفها بعد أو تبدو تالفة أو متطفرة و لكن الأهم هو الصورة الكبرى و التى لا يريد البعض للناس أن تراها و الصورة الكبرى اليوم هى أن الجينوم أصبحت يتم الحديث عنه كالة رنا rna machine و أن الينقولات أصبح يشار اليها كقوى كبرى فى التطور و محركات دافعة له. طبعا نحن لازلنا نخالفهم فى مسألة هل فعلا تراكم تكيفات و تعديلات صغروية كالتى تقوم بها الينقولات سيؤدى الى مخططات جسدية و أعضاء جديدة و هل التفسير الأفضل لمصدرها هو جينات أنانية و حمض نووى طفيلى و عدوى فيروسية و لكن الشاهد هو اقرار متنامى فى الأدبيات العلمية بأن أدوار و وظائف هذه الينقولات ليست مجرد استثناءات كما زعم البعض قديما. يعترض التطوريون كالعادة بأن نسبة ما تم اكتشاف وظائفه من الاجمالى قليلة و الحقيقة أن النسبة فى تزايد متسارع كما وضحنا فى المقال الأول لكن الأهم أنهم هم أنفسهم سبب هذه القلة. راجع المقال الأول لترى كمية الهجوم الجنونى الذى تعرضت له نتائج انكود و الكتب و المقالات و المناظرات التى كرس فيها تطوريون كثر جهودهم و لا يزالون لاثبات فكرة الخردة و أن ما دون ذلك استثناء و هو ما ينعكس بالضرورة على انصراف الباحثين عن دراستها - أى أنهم يصرفون العلماء عن دراسة التسلسلات ثم يستدلون بقلة الاكتشافات و هو ما يلخصه بعبقرية اقتباس Damon Lisch السابق: ان أهم أداة لدينا لالتقاط اثار الينقولات هى الأداة التى نستخدمها فى التخلص من الاثار! لكن الأهم من ذلك كله هو أن ما نقدمه هنا هو اثبات مبدأ proof of concept بأنواع الأدوار التى يمكن أن تؤديها الينقولات و لسنا مطالبين بعدها بتعقبها واحدة واحدة لاثبات وظائفها فهذه مسألة قد تأخذ من العلم عقودا. يشبه الأمر أن تثبت لشخص ما أن التروس تقوم بأوار هامة فى ماكينة فيطالبك بتعقب كل التروس فى كل ماكينات العالم لتثبت ما تقول!!! أضف الى ذلك أن أدوار العناصر المتنقلة المرتبطة بالتكيف مع الظروف البيئية المختلفة قد يصعب رصدها فى المعمل اذ لا يمكن محاكاة كل سيناريو متخيل فى الطبيعة فى بيئة معملية.

الى هنا و من المفترض أن تكون مشكلة العناصر النقالة و الحمض النووى الطفيلى و العدوى الفيروسية قد انتهت و ظهر أنها تسلسلات وظيفية متحركة فى الجينوم لاكسابه مرونة فى الاستجابة المتطلبات و الضغوط البيئية المختلفة و تنويع منتجاته و عملياته التنظيمية أن خصائصها الحركية المطلوبة لأداء وظائفها هى الدافع وراء وجود انزيمات القطع و الادخال العكسى و ما يتخلف عن العملية من اثار و تكرارات تستخدم فى وصل الحمض النووى بعد الفصل و الادخال. لكن تشغيبات نظرية التطور لا تنتهى فقد ركز أنصارها على أحد أنواع الينقولات تحديدا و أسموه الفيروسات الارتجاعية ERVs و صنعوا منه قصة طويلة عريضة لا تختلف كثيرا عن القصص التى صنعوها من باقى الينقولات و لكنهم ركزوا على هذا النوع أكثر كونه يحتوى على جينات تشبه بشدة جينات الفيروسات و سنوضح حقيقة هذه المزاعم فى مقال قادم ان شاء الله و حتى ذلك الحين نذكر بخلاصة ما وصلنا اليه الى الان

1- تضع نظرية التطور افتراضاتها كحقائق ثم تفسر البيانات وفق هذه الافتراضات و كأنها جزء من البيانات: لم يكن الحمض النووى الخردة أو الطفيلى يوما ما علما أصلا بل كان منذ اللحظة الأولى سردية قصصية متوافقة مع نظرية التطورية و فلسفتها العشوائية الرافضة للتصميم و مع ذلك تم الصاق المسميات التطورية على كل شئ فهذا فيروس و ذاك حمض طفيلى أما تلك فخردة لخلق حالة ذهنية عامة توحى بأن هذه حقائق.

2- عندما تظهر البيانات عكس النظرية و يتم اكتشاف الوظائف و التنظيم تراوغ النظرية باختراع قصص جديدة عكس القصص الأولى و تتظاهر بأنه لا توجد مشكلة: غياب الوظيفة دليل على التطور و وجودها دليل على التطور و التنظيم من الخلية دليل على سباقات التسلح و التنظيم من الينقولات أيضا دليل على سباقات التسلح و يستمر استخدام مصطلحات ملغومة محملة بمعانى و دلالات سلبية مثل "فيروس" و "حمض طفيلى" لأسباب أيديولوجية متعلقة بنفى التصميم مع اضافة ديباجات انشائية عن أن التطور صنع لها وظائف برغم أن الحجة أصلا كانت كونها بلا وظائف

3- تقوم النظرية كثيرا بالتشغيب و القاء قنابل الدخان و الاعتراضات دون تقديم أدلة حقيقية: كيف تفسرون معضلة حجم الجينوم أو تورط بعض العناصر فى حالات مرضية أو أن الأصل فى الكثير من هذه العناصر التعطيل لا التفعيل أو أن العناصر التى اكتشفت وظائفها قليلة...الخ؟ برغم أن عدم معرفة تفسير ظاهرة ما لا يلغى اكتشافات وظائف أخرى كما أن الكثير من الأبحاث بدأت تجيب عن هذه الأسئلة و تثبت خطأ الفرضيات السابقة بشأن أسباب التعطيل (مثلا Yuyang et al بالأعلى) و معدلاته بل و تتوالى الاعترافات بأن سبب قلة العناصر التى تم اكتشاف وظائفها هو حذف هذه العناصر من الدراسات ابتداءا بسبب الفرضيات التطورية.

Elements that have lost function for both ORF1 and ORF2 may still contribute promoter and polyadenylation sites that can interfere with the transcriptional regulation of a genomic region... growing evidence questions the assumption that all L1s are suppressed: L1s may in fact be both transcribed and mobile, not just in the germline, but also in the early embryo, and in certain other tissues. It is unclear how many of the thousands of L1 promoters in the genome are active, as sequences derived from repetitive DNA are typically excluded from most genome-wide transcriptome analyses

Sanjida H Rangwala et al., "Many LINE1 elements contribute to the transcriptome of human somatic cells" Genome Biology volume 10, Article number: R100 (2009)

In her analysis, Phan opted not to discard the activity of transposons—a standard step in many studies. “That was incredibly fortuitous,” Morrison says, because she found a “massive activation” of a subset of jumping genes known as retrotransposons in the spleen’s bloodmaking cells and to a lesser extent in bone marrow where blood is typically made...Morrison and Tasdogan suspect these elements play helpful roles in far more than just blood, and could be major contributors to tissue generation across the body—an idea already being explored by other research groups. Morrison urges scientists not to ignore jumping genes in their analyses. “I think what they’ll find is that retrotransposons also come ‘on’ in other kinds of stem cells.”

"Pregnancy wakes up viruslike ‘jumping genes’ to help make extra blood" Science Oct 2024

يلقى التطوريون ورقتهم الأخيرة قائلين بأن الكثير من هذه الينقولات تراكمت فيها الطفرات حتى تلفت و بعضها فقد انزيمات التنقل و الدخول الى الحمض النووى و أصبح ككائن مقطوع الرأس لا يمكن أن يكون حيا و وظيفيا و من جديد بالنظر الى كل ما سبق فان هذه الحجة لا تنفى مبادئ العمل الكثيرة المكتشفة و التى منها انتاج الرنا الغير مشفر و القيام بأدور بنيوية و هيكلية و هى أدوار لا يلزمها الحفاظ على التسلسل بدقة كما وضحنا فى المقالتين الأولى و الثانية و كما سنوضح ان شاء الله فى مقالات الجينات الزائفة بل ان وظيفة تنويع منتجات الجينات الأخرى فى حد ذاتها يلزمها تنويع التسلسل. أيضا سبق و ذكرنا وجود أبحاث تقول أن الكثير من الينقولات التى تبدو تالفة اليوم هى فى الواقع بقايا تكيفات وظيفية حدثت فى الماضى و أدت وظيفتها و انتهت فلم تعد بحاجة الى مزيد من الحركة و التنقل كما أن من بين التسلسلات التى يزعم التطوريون أنها ينقولات فقدت أدوات التنقل عناصر وظيفية و تسلسلات تنظيمية محضة يفترضون هم أنها كانت ينقولات يوما ما ثم فقدت بعض أجزاءها بلا دليل سوى التشابه مع تسلسلات أخرى تحملها ينقولات و سنفصل فى هذا الأمر أكثر عند الحديث عن التكرارات الطرفية الطويلة فى مقالة فيروسات النسخ العكسى.

4- تتهم النظرية خصومها باعاقة العلم و هم أول من يعيق العلم لحماية نظريتهم: الحرب على انكود و استمرار الاستدلال بعدم اكتشاف وظائف ينقولات كثيرة برغم أن التوجه العام (راجع الرسوم البيانية فى نهاية المقال الأول) هو اكتشافات جديدة سنويا فى شتى المجالات سواءا فى ترقيم و تنظيم عمليات الخلية أو التحكم فى مراحل النمو و تمايز الخلايا و تفعيل جينات و غلق أخرى أو اصلاح الحمض النووى و تعديل خصائص بنيته (الكروماتين) مما يضم معنا الأدوار الهيكلية و الوصل البديل/التضفير لمنتجاته و انتاج رنا غير مشفر (و هو ما يضم معنا الكثير من وظائف الرنا غير المشفر) و الاستجابة للضغوط البيئية stress و التكيف معها لدرجة قيام بعض الباحثين بتسمية الينقولات جينات مواجهة الضغوط stress genes و غير ذلك و على سبيل المثال لا الحصر

Richard H. Kimura et al., “Stress induction of Bm1 RNA in silkworm larvae: SINEs, an unusual class of stress genes,” Cell Stress & Chaperones 6 (2001): 263–272.

"‘Jumping genes’ help stabilize DNA folding patterns" Washington University School of Medicine in St. Louis (January 23, 2020)

Hematopoietic stem cells (HSCs) and erythropoiesis are activated during pregnancy and after bleeding by the derepression of retrotransposons, including endogenous retroviruses and LINE elements.

Julia Phan et al., "Retrotransposons are co-opted to activate hematopoietic stem cells and erythropoiesis" Science 24 Oct 2024

IS[Insertion Sequence]-mediated events accounted for at least half of the rearrangements in the 40,000-generation clones from every population, including all of them in Ara+1

C. Raeside et al., “Large Chromosomal Rearrangements During a Long-Term Evolution Experiment with Escherichia coli,” MBio 5 [2014]: e01377–14.

Xiufeng Li et al., "LINE-1 transcription activates long-range gene expression" Nature Genetics volume 56, pages1494–1502 (2024)

M. Percharde et al., (2018) "A LINE1-Nucleolin Partnership Regulates Early Development and ESC Identity" Cell 174(2): 391 – 405.e19

Arianna Mangiavacchi et al., "LINE-1 RNA triggers matrix formation in bone cells via a PKR-mediated inflammatory response" The EMBO Journal Vol. 43 No. 17 (1 July 2024)

Jennifer C. Chow et al., "LINE-1 activity in facultative heterochromatin formation during X chromosome inactivation,” Cell 141 (2010): 956–969.

Anderly C. Chueh et al., "LINE Retrotransposon RNA Is an Essential Structural and Functional Epigenetic Component of a Core Neocentromeric Chromatin,” PLoS Genetics 5:1 (2009): e1000354

Zhang Y. et al., 2023. MATR3-antisense LINE1 RNA meshwork scaffolds higher-order chromatin organization. EMBO Reports 24: e57550.

Mangoni Det al., 2023. LINE-1 regulates cortical development by acting as long non-coding RNAs. Nature Communications 14: 4974.

Toda T. et al., 2024. Long interspersed nuclear elements safeguard neural progenitors from precocious differentiation. Cell Reports 43: 113774.

Garza R. et al., 2023. LINE-1 retrotransposons drive human neuronal transcriptome complexity and functional diversification. Science Advances 9: eadh9543.

Jönsson ME et al., 2019. Activation of neuronal genes via LINE-1 elements upon global DNA demethylation in human neural progenitors. Nature Communications 10: 3182.

Kaer K et al., 2011. Intronic L1 retrotransposons and nested genes cause transcriptional interference by inducing intron retention, exonization and cryptic polyadenylation. PLoS One6: e26099.

Meng S. et al., 2023. Young LINE-1 transposon 5′UTRs marked by elongation factor ELL3 function as enhancers to regulate naïve pluripotency in embryonic stem cells. Nature Cell Biology 25: 1319-1331.

Sakamoto M, Ishiuchi T. 2024. YY1-dependent transcriptional regulation manifests at the morula stage. microPublication Biology 2024

Jachowicz JW et al., 2017. LINE‐1 activation after fertilization regulates global chromatin accessibility in the early mouse embryo. Nature Genetics 49: 1502-1510.

Roller M. et al., 2021. LINE retrotransposons characterize mammalian tissue-specific and evolutionarily dynamic regulatory regions. Genome Biology 22: 62.

Marasca F. et al., 2022. LINE1 are spliced in non-canonical transcript variants to regulate T cell quiescence and exhaustion. Nature Genetics 54: 180-193.

Victoria V. Lunyak et al., “Developmentally regulated activation of a SINE B2 repeat as a domain boundary in organogenesis,” Science 317 (2007): 248–251.

Zachary Lippman et al., “Role of transposable elements in heterochromatin and epigenetic control,” Nature 430 (2004): 471–476.

Kravchenko E. et al., Pairing between gypsy insulators facilitates the enhancer action in trans throughout the Drosophila genome. Mol. Cell. Biol. 2005; 25: 9283-9291

Elizabeth A. Shepard et al., “Alternative promoters and repetitive DNA elements define the species-dependent tissue- specific expression of the FMO1 genes of human and mouse,” Biochemical Journal 406 (2007): 491–499.

Corrado Spadafora “A reverse transcriptase-dependent mechanism plays central roles in fundamental biological processes,” Systems Biology in Reproductive Medicine 54 (2008): 11–21.

Hidenori Nishihara et al., "Functional noncoding sequences derived from SINEs in the mammalian genome,” Genome Research 16 (2006): 864–874

Tammy A. Morrishet al., “DNA repair mediated by endonuclease-independent LINE-1 retrotransposition,” Nature Genetics, 31 (June, 2002): 159-65.

Belenkaya, T. et al., P element sequences can compensate for a deletion of the yellow regulatory region in Drosophila melanogaster. Mol. Gen. Genet. 259: 79–87.

Wu, Y.H. et al., A KP element inserted between the two promoters of the alcohol dehydrogenase gene of Drosphila melanogaster differentially affects expression in larvae and adults. Biochem. Genetics 36: 363–379.

Tong J. Gu et al., "Alu-directed transcriptional regulation of some novel miRNAs,” BMC Genomics 10 (2009): 563

Peter D. Mariner et al., “Human Alu RNA is a modular transacting repressor of mRNA transcription during heat shock,” Molecular Cell 29 (2008): 499–509.

Julien Häsler & Katharina Strub, “Alu RNP and Alu RNA regulate translation initiation in vitro,” Nucleic Acids Research 34 (2006): 2374–2385.

Julien Häsler & Katharina Strub, “Alu elements as regulators of gene expression,” Nucleic Acids Research 34 (2006): 5491–5497.

Julien Häsler et al., “Useful ‘junk’: Alu RNAs in the human transcriptome,” Cellular and Molecular Life Sciences 64 (2007): 1793–1800.

Michal Barak et al., "Evidence for large diversity in the human transcriptome created by Alu RNA editing,” Nucleic Acids Research 37 (2009): 6905–6915

Oei et al., “Clusters of regulatory signals for RNA polymerase 2 transcription associated with Alu family repeats and CpG islands in human promoters” Genomics 83: 5 (2007): 873-882

Lei and Vorchovsky “Identification of splicing silencers and enhancers in sense Alus” Molecular cell Biology 25:16 (2005): 6912-6920

Richard H. Kimura et al., “Silk worm Bm1 SINE RNA increases following cellular insults,” Nucleic Acids Research 27 (1999): 3380–3387.

Ling-Ling Chen et al., “Alu element mediated gene silencing,” The EMBO Journal 27 (2008): 1694-1705;

Jerzy Jurka, “Evolutionary impact of human Alu repetitive elements,” Current Opinion in Genetics & Development, 14 (2004): 603-8;

Galit Lev-Maor et al., "Intronic Alus Influence Alternative Splicing" PLoS Genetics 4: 9 (2008)

Schwartz et al., “Alu exonization events reveal features required for precise recognition of exons by the splicing machinery” PloS Computational Biology 5:3 (2009)

Galit Lev-Maor et al., “The birth of an alternatively spliced exon: 3’ splice-site selection in Alu exons,” Science, 300 (May 23, 2003): 1288-91;

A. Hemandez et al., (2020) "B2 and ALU retrotransposons are self-cleaving ribozymes whose activity is enhanced by EZH2" 117(1): 415-425

Bejerano, G. et al., A distal enhancer and an ultraconserved exon are derived from a novel retroposon, Nature 441:87–90, 2006

Raskina, O., Belyayev, A. and Nevo, E., Activity of the En/Spm-like transposons in meiosis as a base for chromosome repatterning in a small, isolated, peripheral population of Aegilops speltoides Tausch, Chromosome Res. 12:153–161, 2004.

Conley, A. B., Miller, W. J. & Jordan, I. K. Human cis natural antisense transcripts initiated by transposable elements. Trends Genet 24, 53–56 (2008).