الفيروسات (الينقولات) القهقرية/العكسية و العلاقات التطورية

When one aligns sections of the human and mouse genomes, anchored by the appearance of gene counterparts that occur in the same order, one can usually also identify AREs[Ancient Repetitive Elements] in approximately the same location in these two genomes...consistent with their having arrived in the genome of a common mammalian ancestor, and having been carried along ever since.

Collins, F. S. 2006. The Language of God. p.136

عندما نقارن جينوم الانسان و الفأر نستطيع أن نجد بقايا عمليات الادخال الفيروسى القديمة فى نفس المواقع تقريبا و هو ما يتفق مع حدوث الادخال الفيروسى فى سلف مشترك انحدرت منه الثدييات و ورثت منه هذه البقايا

-التطورى رئيس مشروع قراءة الجينوم البشرى فرانسيس كولنز – كتاب لغة الاله

In an astonishing example of convergent evolution, mouse MuERV-L and human HERV-L elements are bound and induced by the transcription factor DUX/DUX4 during zygotic genome activation (ZGA)...In mice, this cell fusion depends on syncytin-A and syncytin-B that were independently co-opted from viral env-encoded proteins. Many other therian species convergently acquired syncytin-like proteins from distinct ERV families that function to fuse trophoblast-derived cells,...Distinct LTR-containing retrotransposons and L1 elements independently colonized the prolactin gene locus in different mammals: MER77 in mice, MER39 in primates and L1-2_LA in elephants...these examples of convergent evolution of TE co-option will teach us common principles about how TEs shape the evolution of development.

Anna D. Senft & Todd S. Macfarlan "Transposable elements shape the evolution of mammalian development" Nature Reviews Genetics volume 22, pages691–711 (2021)

فى حالة مذهلة من التطور المتقارب تطورت نفس البروتينات لتنظم عملية الادخال الفيروسى بشكل مستقل بين البشر و الفئران...لقد حصلت الفئران على بروتينات سينسايتن أ و ب من عمليات ادخال فيروسى مستقلة[عن البشر] و كذلك حصلت عليها أنواع كثيرة من الثدييات من عمليات ادخال فيروسى مستقلة[بلا سلف مشترك]. دخلت أيضا العناصر الفيروسية و تكراراتها الطويلة المميزة الى مناطق التحكم فى جين برولاكتين بشكل مستقل فى الفئران و الرئيسيات و الفيلة. ان هذه الأمثلة من التطور المتقارب تعلمنا كيف شكلت العناصر النقالة تطور نمو الثدييات[ملحوظة على الهامش: التطور المتقارب هو الاسم الأنيق لظهور الأشياء بدون سلف مشترك]

-من مراجعة لدور العناصر النقالة/الفيروسات المزعومة فى نمو الثدييات

Since the most recent common ancestor of humans and elephants is also the most recent common ancestor of all placental mammals, the most parsimonious interpretation of our data was that Prl[Prolactin] expression at the MFI[maternal–fetal interface] is a shared derived (synapomorphic) character of all placental mammals...Our data show that Prl expression at the MFI evolved at least three times, twice in Euarchontoglires and once in Afrotheria...co-option of MER39 in the higher primates, L1-2_LA in elephants, and MER77 in mice was involved in the evolution of its expression in these groups

Günter P. Wagner et al., "Convergent Evolution of Endometrial Prolactin Expression in Primates, Mice, and Elephants Through the Independent Recruitment of Transposable Elements" Molecular Biology and Evolution, Volume 29, Issue 1, Jan. 2012, Pages 239–247

يشترك البشر مع الفيلة و سائر الثدييات فى سلف مشترك و لذلك فان التفسير الملائم لاشتراكهم فى [التكرار الفيروسى المسئول عن] تنظيم هرمونات الرضاعة هو وراثته من سلف مشترك. تشير البيانات الى حدوث العملية ثلاث مرات بشكل مستقل [بدون سلف مشترك]. لقد تم الادخال الفيروسى الذى قاد الى تطور هذه الالية فى الرئيسيات و الفيلة و الفئران

-من دراسة لحالة من حالات التطور المتقارب فى عمليات الادخال الفيروسى

Because the many thousands of copies of primate Alus and rodent B1s, B2s, ID and BC200s are structurally distinct, their distributions in the human and mouse genomes originated in each species from literally thousands of distinct retrotransposition events at some point after the divergence of the rodent and primate ancestors. Despite independent amplifications, the coarse-grained distributions of SINE elements are similar within syntenic regions, supporting the proposition that locations of these synonyms have related functions in both genomes. Within the human genome, functional roles have been invoked to account for the nonrandom localisation of Alu in genetic loci involved in metabolism, signaling, and transport and for observed nonrandom higher-order patterns.

James A. Shapiro and R.V. Sternberg "Why repetitive DNA is essential to genome function" Biological Reviews Volume 80, Issue 2 May 2005 Pages 227-250

لدينا الاف النسخ من الينقولات المختلفة التى تم ادخالها فى نفس الأماكن فى جينوم الانسان و الفأر و لكنها نتيجة الاف عمليات النسخ العكسى المستقلة بعد الانفصال عن السلف المشترك. برغم أنها عمليات ادخال حدثت بشكل مستقل عن بعضها البعض و لكن حدوثها فى نفس الأماكن و بنفس التوزيع يرجح أنها تقوم بدور ما. فى حالة جينوم البشر بدأنا فعلا فى اكتشاف بعض الأدوار التى تقوم بها هذه العناصر المنسوخة عكسيا فى انتاج الطاقة و ارسال الاشارات و عمليات النقل

-من واحدة من المراجعات لوظائف الينقولات

هل حقا نحتاج الى أن نقول أى شئ بعد هذه الاقتباسات؟ يخبرنا التطوريون بمنتهى الثقة (كما فعل فرانسيس كولنز فى الاقتباس اأول) أن أحد أدلة التطور هو وجود اثار كثيرة لحمض نووى فيروسى فى جينات الكائنات الحية. هذه الاثار عبارة عن بقايا من عمليات عدوى حدثت منذ زمن بعيد و هى موزعة بين الكائنات بشكل يدعم تماما فرضية السلف المشترك اذ نجدها فى كائنات مختلفة كالانسان و أقاربه التطوريين من القردة العليا و الرئيسيات بل و القوارض و سائر الثدييات فى نفس الأماكن من الجينوم فان كنتم يا معشر المؤمنين بالتصميم تقولون أن الجينات المتماثلة الموجودة فى كائنات مختلفة فى نفس الأماكن homolgy/synteny سبببها التصميم و الوظائف المشتركة فكيف تبررون هذا؟ هل وضع المصمم بقايا فيروسية فى تصميماته و فى نفس الأماكن ليخدعنا؟ أى مصمم هذا الذى يقوم بوضع تسلسلات غير وظيفية و بقايا عدوى فيروسية غير وظيفية بل قد تكون ضارة فى تصميماته بل و فى نفس الأماكن؟ ان هذا دليل على التطور من سلف مشترك. و لكن نفس التطورى عندما تنظر فى بياناته و أبحاثه كما أوردنا فى الاقتباسات أعلاه تجده يعترف بأن هذه الادخالات الفيروسية تحدث بشكل مستقل بلا سلف مشترك و أحيانا الاف المرات كما فى المصدر الأخير اذن فالاستدلال بها على السلف المشترك و المصمم المخادع كلام انشائى أجوف بلا معنى يتعارض مع نتائج الأبحاث. ليس هذا فحسب و لكن كما وضحنا فى المقال السابق الخاص بالينقولات و كما هو واضح من الاقتباسات أعلاه فهى عناصر وظيفية و ليست بقايا عدوى و سنتحدث فى هذا المقال و المقال القادم ان شاء الله عن نوع معين من هذه الينقولات و هو الفيروسات الراجعة/القهقرية يحتفى به التطوريون كثيرا برغم أن ما ينطبق على سائر الينقولات ينطبق عليه

دعنا نحلل دعواهم. انها مبنية على الأركان الاتية:

1-هذه التسلسلات فعلا قادمة من عدوى فيروسية (المقال القادم ان شاء الله)

2-من غير المحتمل أن يضرب الفيروس كائنات مختلفة و يضع نفسه فى نفس الأماكن لذا فالأوقع أنه موروث من سلف مشترك

3-طريقة توزيع هذه "الفيروسات" متسقة مع شجرة التطور

4-هذه التسلسلات غير وظيفية أو ضارة

اذن هذا دليل على التطور من سلف مشترك و على غياب التصميم

و الحقيقة أن كل ركن من هذه الأركان ملئ بالمشاكل و هناك أدلة على عكسه فتماما كما اكتشف العلم وظائف للأعضاء التى قيل عنها أثرية و الحمض النووى الذى قيل عنه خردة و الجينات التى قيل عنها زائفة اكتشف أيضا الكثير فيما يتعلق بهذه الفيروسات أو للدقة الجينات الشبيهة بالفيروسات و التى سميت ERV Endogenous Retroviruses الفيروسات القهقرية/المنسوخة عكسيا/المدجنة

حجة "اللاحتمالية":

دعنا فى البداية نساير التطوريين و نفترض جدلا أن كل هذه الاثار اثار عمليات عدوى فيروسية (و هذا غير صحيح كما سنوضح لاحقا) فعلا فهل من غير المحتمل أن يدخل الفيروس كل مرة فى نفس المكان؟ هل مر عليك من قبل من يقول لك أن الريتروفيروس دليل على التطور لأنه يجعل احتمال عدم تطورنا 1 من رقم عملاق جدا؟ المدهش فى هذا الاحتجاج أنه قادم من أناس دائما يرقعون لحدوث جميع أنواع المستحيلات بعبارة "ملايين السنين"

Time is the hero of the plot … Given so much time, the impossible becomes possible, the possible becomes probable, the probable becomes virtually certain. One only has to wait; time itself performs miracles.

George Wald "The Origin of Life" SCIENTIFIC AMERICAN, Vol. 191, No. 2, August 1954 p. 44-53

ان الزمن هو البطل الحقيقى للقصة...أعط الأمر وقتا كافيا يصبح المستحيل ممكنا و الممكن محتملا و المحتمل مؤكدا. فقط انتظر و الوقت سيصنع المعجزات. هذه الجملة التى قالها عالم الأعصاب التطورى الحاصل على نوبل جورج والد و كررها التطوريون كثيرا بصيغ مختلفة فى معظم أدبياتهم المروجة للنظرية و كل من قرأ شيئا من أدبيات التطوريين يعلم جيدا تعويلهم على الوقت الطويل "ملايين السنين" لتجنب لااحتمالية الأحداث التى يتطلبها حدوث التطور الان و فجأة أصبح الزمن لا يهزم المستحيلات فقط لأنهم يريدون الاستدلال بهذه المستحيلات! يوضح لك هذا طريقة الاستدلال الانتقائى الرهيبة التى يمارسها هؤلاء فالزمن و المستحيلات كمصباح سحرى يتم استدعاءهم أو صرفهم حسب الحاجة: ان أراد التطور الاستدلال بعدم وجود مستحيلات اذن فالزمن يقهر المستحيلات و ان أراد الاستدلال بوجود مستحيلات اذن فالزمن لم يعد يقهر المستحيلات الان!!! ليس هذا فحسب و لكن التطوريين أيضا هم نفس الناس الذين يؤكدون لك ان السلف المشترك حقيقة بسبب لااحتمالية تطور نفس الجينات أو السمات التشريحية أكثر من مرة تماما كحجة الرتروفيروس ثم هم انفسهم من يجدون كائنات كثيرة يحدث فيها ذلك فيقولون "أوه ماى داروين! لابد أنه التطور المتقارب!” و يتم القاء حجة اللااحتمالية فى أقرب صفيحة قمامة لمجرد أن النظرية تتطلب ذلك ثم يتم استدعاءها لاحقا عندما تحتاجها النظرية و ها هم ذا كما فى الأبحاث التى افتتحنا بها قد ألقوا حجة اللاحتمالية بأنفسهم فى صفيحة القمامة و قالوا أن الادخالات الفيروسية المتشابهة تحدث بشكل مستقل بل و تتطور بعد ذلك بشكل متشابه لتصل الى نفس النتائج و تؤدى نفس الوظائف.

و لكن بعيدا عن استدلال التطوريين بالشئ و عكسه فهذا ليس غريبا عليهم دعنا نلقى نظرة على البيانات: هل فعلا من غير المحتمل أن يدخل الفيروس فى نفس المكان فى الحمض النووى أكثر من مرة بحيث يصبح هذا دليلا على السلف المشترك؟ تخبرنا الكثير من الأبحاث أن هذه الفيروسات أو البقايا الفيروسية المزعومة فى الحمض النووى لا تدخل الجينوم بشكل عشوائى و لكن لها مواقع ادخال مفضلة insertion hotspot/target يتكرر دخولها فيها فى حالات مستقلة و بالتالى لا معنى أبدا للاستدلال بها على سلف مشترك لأنها تكرر العدوى فى نفس المواقع بدونه بل ان فى ذلك طعن أصلا فى كونها عدوى ابتداءا لأن تلك الموجودة فى الجينوم منظمة جدا

A more extensive case for NGE-chromatin interactions comes from analysis of retroviral and retrotransposon insertion specificities. Each type of retrovirus displays a characteristic insertion specificity for its provirus. A number of targeting mechanisms involve epigenetic formatting molecules.

PROCEEDS TO MENTION A LOT OF EXAMPLES OF INSERTION SPECIFICITY OF VIRUSES AMD RETROTRANSPOSOSNS

James A. Shapiro, “Epigenetic Control of Mobile DNA as an Interface between Experience and Genome Change,” Frontiers in Genetics 5 (2014): 1–16.

The presence of specific copies has been deemed to be an essentially homoplasy-free phylogenetic character because the probability of multiple independent insertions into any one site has been believed to be nil...We have identified two hot spots for SINE insertion within mys-9 and at each hot spot have found that two independent SINE insertions have occurred at identical sites. These results have major repercussions for phylogenetic analyses based on SINE insertions, indicating the need for caution when one concludes that the existence of a SINE at a specific locus in multiple individuals is indicative of common ancestry.

M A Cantrell et al., "An ancient retrovirus-like element contains hot spots for SINE insertion" Genetics. 2001 Jun; 158(2): 769–777.

There were identified ‘hot spots’ containing integration sites used up to 280 times more frequently than predicted mathematically

Eugene D Sverdlov "Perpetually mobile footprints of ancient infections in human genome" FEBS Letters Volume 428, Issues 1–2, 22 May 1998, Pages 1-6

Mitchell, R. S., et al., 2004. Retroviral DNA integration: ASLV, HIV, and MLV show distinct target site preferences. PLoS Biology 2:E234.

Frederic D Bushman "Targeting survival: integration site selection by retroviruses and LTR-retrotransposons" Cell VOLUME 115, ISSUE 2, P135-138, OCTOBER 17, 2003

Mary K Lewinski and Frederic D Bushman "Retroviral DNA integration--mechanism and consequences" Advances in Genetics Volume 55, 2005, Pages 147-181

Alessandro Ambrosi et al., "Retroviral Integration Process in the Human Genome: Is It Really Non-Random? A New Statistical Approach" PLOS Computational Biology August 8, 2008

Retrovirus Integration into the Human Genome. (2004) PLoS Biol 2(8): e281.

لاحظ كيف تشير الأبحاث الى أن المسألة ليست بالضرورة ادخال قرب جينات أو تسلسلات معينة بل أحيانا قرب صفات هيكيلية أو كيميائية معينة فى بنية اللولب المزدوج (الكروماتين) و أقراص الهيستون التى يتم لفه حولها مما يعنى أن اشارة التطوريين أحيانا لعدم وجود تسلسلات متشابهة قرب مواقع الادخال فى بعض الحالات ليست دليلا على عشوائية الادخال بل هناك سمات أخرى محددة

the diversity of insertion patterns of retroelements suggests numerous ways in which genomic DNA is identified for preferential targeting. These range from specific to general and include sequence content, removal of chromatin proteins, nuclear localization, distinctive topology, and association with particular trans-acting factors...The insertion patterns of a number of retroposons suggest that retroelements can insert with a high degree of sequence specificity.

S B Sandmeyer et al., "Integration specificity of retrotransposons and retroviruses" Annual Review of Genetics Vol. 24:491-518

Most Tes[Transposable Elements] appear to have integration ‘‘hotspots’’ that are dictated by nucleotide sequence, patterns of hydrogen bonds, DNA-bending proteins and/or DNA conformation[proceeds to mention examples]

Jo Anne Crouch et al., "The evolution of transposon repeat-induced point mutation in the genome of Colletotrichum cereale: Reconciling sex, recombination and homoplasy in an ‘‘asexual’’ pathogen" Fungal Genetics and Biology 45 (2008) 190–206

Given the low copy number, such high incidence of occurrence in telomeric regions appears non-random. Any insertion site specificity at the level of nucleotide sequence, however, may be ruled out, since the TSDs and the immediate 0.6–0.7 kb flanking regions of the remaining Juno copies exhibit no sequence similarity, although the possibility of regional insertion specificity, broadly targeted towards specific chromatin domains, remains open.

Gladyshev, E.A et al., A deep- branching clade of retrovirus-like retrotransposons in bdelloid rotifers, Gene 390:136–145, 2007.

A modified mechanism for site-specific integration of primate repetitive DNA sequences is provided which requires insertion into dA-rich sequences in the genome. This model is consistent with the observed relationship between galago Type II subfamilies suggesting that they have arisen not by mere mutation but by independent integration events.

Gary R. Daniels, Prescott L. Deininger "Integration site preferences of the Alu family and similar repetitive DNA sequences" Nucleic Acids Research, Volume 13, Issue 24, 20 December 1985, Pages 8939–8954,

Xie W et al., Targeting of the yeast Ty5 retrotransposon to silent chromatin is mediated by interactions between integrase and Sir4p. Mol Cell Biol. 2001;21:6606–6614

Rinckel, L. A., and D. J. Garfinkel. 1996. Influences of histone stoichiometry on the target site preference of retrotransposons Ty1 and Ty2 in Saccharomyces cerevisiae. Genetics 142:761–776.

D. Michieletto et al., "Physical principles of retroviral integration in the human genome" Nature Communications volume 10, Article number: 575 (2019)

و قد أشار الدارسون التطوريون أنفسهم أنه فى المجمل هناك حالة ترجيح عالية لدخول العنصر ابتداءا فى المناطق التى ستكون له فيها وظيفة و أن عمليات التحرك تكون رد فعل لضغوط بيئية معينة لا أنه يدخل عشوائيا ثم اذا جاءت وظيفة ينتقيها الانتخاب

Insertion of a binding sequence for the transcriptional regulator Engrailed targets a large fraction of insertions to chromosomal regions where Engrailed is known to function...In bacteria, starvation can increase the targeted transposon-mediated reorganizations by five orders of magnitude, i.e. by a factor of over 100,000

Denis Noble "Physiology is rocking the foundations of evolutionary biology" Experimental Physiology Volume 98, Issue 8 (August 2013) Pages 1235-1243

هناك طرق كثيرة لتحديد مواقع الادخال فى العناصر النقالة/المنسوخة عكسيا المختلفة أحيانا تكون تسلسل اضافى من النيوكليوتيدات يعمل كاشارة و كأنه عنوان ملصوق على العنصر يساعد فى تحديد موضع ادخالها فى الحمض النووى (تذكر أيضا كيف ذكرنا فى وظائف الرنا الغير مشفر قدرته على العمل كمنصة/رافعة/ذراع الى لادخال عنصر وظيفى الى موقع محدد جدا) أو التعرف على صفات بنيوية/هيكلية فى الحمض النووى أو على مناطق غنية بنيوكليوتيدات معينة

Joseph E. Peters & Nancy L. Craig "Tn7: smarter than we thought" Nature Reviews Molecular Cell Biology volume 2, pages806–814 (2001)

Ichiyanagi, K. et al., Novel retrotransposon analysis reveals multiple mobility pathways dictated by the host, Genome Research: 17:33–41, 2007

Guo-chun Liao et al., "Insertion site preferences of the P transposable element in Drosophila melanogaster" PNAS March 14, 2000: 97 (7) 3347-3351

check section: HOT SPOTS OF TE INSERTION AND THE PREDETERMINED ORIGIN OF SPECIES

Lonnig, W.E. and Saedler, H., Chromosome rearrangements and transposable elements, Annu. Rev. Genet. 36:389–410, 2002

و قد وجدت بعض الدراسات أن هذه العناوين (و التى سموها بالكبارى أو اليات البحث) و الانزيمات التى تستدل بها قد تكون دقيقة لدرجة تحسن بشدة من امكانيات الهندسة الوراثية التى نستخدمها و توقع الباحثون بأننا سنجد المزيد منها مع استمرار الدراسات. تخيل أن هذا موجود فى البكتيريا التى هى أقل الكائنات تعقيدا (تطورا بلغتهم) فما بالك بأساليب الاستهداف الأكثر تقدما (طبعا أمنا الطبيعة كما تزعم مجلة نيتشر قد سبقتنا الى هذا الاختراع و تفوقت على عقولنا بالصدف و العشوائية)

Guided by an RNA molecule called a ‘bridge’ RNA or ‘seekRNA’, the system has been shown to edit genes in a bacterium and in test-tube reactions...By changing the sequences at either end of this bridge, the researchers were able to program IS110 enzymes to insert a cargo of their choosing where they wanted in the genome. They used the system to precisely insert a piece of DNA that was nearly 5,000 bases long into the genome of the bacterium Escherichia coli, and to excise and invert another piece of DNA from the E. coli genome...the IS110 mechanism stands out as a novel and “elegant” way by which mobile DNA elements can hitchhike around the genome, says Nancy Craig, a senior vice-president at SalioGen Therapeutics, a biotechnology company in Lexington, Massachusetts, that aims to develop genome-editing tools using mammalian transposons. “Mother Nature has found many solutions for this,” she says. “We’ve found some, but there are many more out there waiting for us.”

"No CRISPR: oddball ‘jumping gene’ enzyme edits genomes without breaking DNA" Nature Technology Features (27 June 2024)

a structured non-coding RNA that binds specifically to their encoded recombinase. This bridge RNA contains two internal loops encoding nucleotide stretches that base-pair with the target DNA and the donor DNA, which is the IS110 element itself...Bridge RNAs encode all of this complex molecular logic in a remarkably compact (around 150–250-nt) sequence along with their single effector recombinase (around 300–460-aa) partner...Each RNA loop encodes segments that base-pair with staggered regions of the top and bottom strand of each cognate DNA binding partner, in contrast to the single-strand base-pairing mechanisms of known RNA-guided systems

Matthew G. Durrant et al., "Bridge RNAs direct programmable recombination of target and donor DNA" Nature volume 630, pages984–993 (2024)

و قد وجد فريق العلماء أن عنوان قصير من 4 أزواج من النيوكليوتيدات فقط جعل العنصر المتنقل يتحرك الى الموقع المطلوب بعينه أكثر من 50% من المرات و لا عزاء لمزاعم استحالة دخول الينقولات الى نفس المواقع بالضبط بشكل مستقل. لاحظ أن نسبة نجاح الاستهداف يمكن رفعها الى ما وصل فى الدراسة الى 94% بمجرد زيادة طول عنوان الرنا المرافق الى 7 أزواج من القواعد. أى أن المسألة يمكن أن تصل الى شبه اليقين فى درجة دقة الاستهداف

To investigate genome-wide insertion specificity, we reprogrammed bridge RNAs to target sequences found only once in the E. coli genome. We tested four distinct genomic sites with two bridge RNAs for each: one containing a short 4-bp RTG (IS621 RTG) and one with a long 7-bp RTG (Extended RTG) to directly assess the effect of RTG–RT base-pairing length on specificity. In each case, we found that the expected genomic target site was the most frequently targeted, representing between 51.6% and 94.0% of all detected insertions

Matthew G. Durrant et al., "Bridge RNAs direct programmable recombination of target and donor DNA" Nature volume 630, pages984–993 (2024)

كما يمكن أن تدخل الينقولات قرب أنواع معينة من الجينات بل و أحيانا تكون هناك جينات فى الكائن تنظم عملية الادخال "الفيروسى" المزعوم من حيث المكان و التوقيت و معدل الحدوث (ناهيك طبعا عن تنظيم متى تبدأ العمل و القيام بوظائفها التى سنناقشها لاحقا...ما شاء الله عدوى فيروسية فى منتهى الالتزام و التنظيم) لاحظ أيضا كيف يقول الباحث أن الية التنظيم لم تفهم بعد بشكل كامل. اذا كانوا اكتشفوا جينا يؤثر على تنظيم حركة العناصر النقالة و لم يفهموا بعد كيف يعمل فمن الأولى أن عدم وجود عنصر تنظيمى ظاهر للعيان ليس معناه عدم وجود الية تنظيمية

Some MEs are integrated predominantly in the vicinity of the tRNA genes, while others accumulate mostly in a few genomic loci to form nests...maize DNA transposons (class 2) usually integrate into nonmethylated, genetically active loci...P element-based constructs ...are transposed exclusively into the 5'-regulatory region of the genes coding for a heat shock protein (Hsp70)...As further studies revealed, gypsy transposition was determined by an unlinked regulatory gene, flamenco, which controls mobilization of two other ME families unrelated to gypsy as well. The mechanism of action of this regulatory gene is as yet incompletely understood; there are grounds to think that flamenco affects simultaneously several MEs via RNA interference.

M. B. Evgen’ev "Mobile Elements and Genome Evolution" Molecular Biology, 2007, Vol. 41, No. 2, pp. 203–213

R. Chalmers et al., "IHF modulation of Tn10 transposition: sensory transduction of supercoiling status via a proposed protein/DNA molecular spring" Cell 1998; 93:897–908.

E. Twiss et al., "Transposition is modulated by a diverse set of host factors in Escherichia coli and is stimulated by nutritional stress" Mol Microbiol 2005; 57:1593–1607

B. Swingle et al., "The effect of host-encoded nucleoid proteins on transposition: H-NS influences targeting of both IS903 and Tn10" Molecular Microbiology 2004; 52:1055–1067

D.T. Scholes et al., "Multiple regulators of Ty1 transposition in Saccharomyces cerevisiae have conserved roles in genome maintenance" Genetics 2001; 159:1449–1465.

M. Aye et al., "Host factors that affect Ty3 retrotransposition in Saccharomyces cerevisiae" Genetics 2004; 168:1159–1176

و أحيانا أخرى انزيمات القطع و الادخال endonuclease/integrase أو النسخ العكسى reverse transcriptase أو المسئولة عن الحركة المحلية/قصيرة المدى transposase أو غيرها من البروتينات التى تشارك فى عملية التحريك و الادخال تساهم فى تحديد مواقع بعينها أو اطار عام لحركة العنصر بل و قد تحمل الانزيمات عناوين من الرنا القصير كذلك

The specificity of transposition and, consequently, the genomic distribution of MEs depend on many factors. One is the specificity of ENs (integrases and transposases) responsible for ME integration. The second factor is the state of chromatin in the integration site.

M. B. Evgen’ev "Mobile Elements and Genome Evolution" Molecular Biology, 2007, Vol. 41, No. 2, pp. 203–213

5.4. Host Factor Interaction with the Viral Integrase

Heather A. Niederer and Charles R. M. Bangham, “Integration Site and Clonal Expansion in Human Chronic Retroviral Infection and Gene Therapy,” Viruses 6 (October 2014): 4140–64

Martin Jinek et al., "A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity" Science 2012 Aug 17;337(6096):816-21.

Qinghua Feng et al., "Retrotransposon R1Bm endonuclease cleaves the target sequence" PNAS Vol. 95 | No. 5: 2083-2088

Tammy A. Morrish et al., "DNA repair mediated by endonuclease-independent LINE-1 retrotransposition" Nature Genetics volume 31, pages159–165 (2002)

H. H. Kazazian "Mobile elements: drivers of genome evolution" Science 303:1626–1632, 2004

و هذه الانزيمات وجد أنها لا تتعرف على تسلسلات فحسب بل أيضا على شكل و طبيعة مناطق من بنية الحمض النووى الكروماتين بدرجة دقة عالية قد تصل الى 100%

Mobile group II introns are retroelements consisting of a highly structured catalytic RNA and a multifunctional, intron-encoded protein (IEP), which has reverse transcriptase (RT) activity...the IEP has a DNA endonuclease (En) activity that cleaves the opposite strand to generate the primer for TPRT(Target Primed Reverse Transcription)...By using these mechanisms, group II introns "retrohome” at frequencies approaching 100% into specific DNA target sites, typically the unoccupied site in an intronless allele, and “retrotranspose”...Bacterial class C introns, whose IEPs lack an En domain, have a highly distinct target specificity...Moreover, bacterial class C introns are often found inserted at multiple target sites that have little sequence similarity, but share the palindromic terminator motif, suggesting IEP recognition of higher-order DNA structure

Alan M. Lambowitz and Steven Zimmerly “MOBILE GROUP II INTRONS” Annual Review of Genetics 2004. 38:1-35

The recognition of specific DNA sequences per se does not direct integration, rather, it is the protein complex assembled at the silencers. As demonstrated here for Ty5, recognition of specific chromatin domains may be a general mechanism by which retrotransposons and retroviruses determine integration sites.

Sige Zou and Daniel F. Voytas "Silent chromatin determines target preference of the Saccharomyces retrotransposon Ty5" PNAS Vol. 94 | No. 14 July 8, 1997: 7412-7416

و قد عددت احدى المراجعات عددا كبيرا من العوامل التى تحكم انتقاء مواضع الادخال لهذه العناصر النقالة و المنسوخة عكسيا تراوحت ما بين التعرف على نيوكليوتيدات بعينها أو علامات على الهستون/الحمض النووى كجزيئات المثيل أو الفسفور التى يتم وضعها لتنظيم عمل الجينات أو شكل بنيوى/هيكلى للحمض النووى أو بيئة بيوكيميائية للكروماتين (حمض نووى+رنا+بروتينات و هو ما يصنع هيكل الكروموسومات) أو نطاقات مكانية معينة على الكروموسومات أو حتى تفاعل بعض أجزاء الينقولة مع البروتينات المساعدة

Tania Sultana et al., 2017, ‘Integration site selection by retroviruses and transposable elements in eukaryotes’, Nature Reviews Genetics, vol. 18, no. 5, pp. 292–308.

هنا و بمعجزة ما تتحول مشكلة التطورى من العشوائية الى مقدار الدقة و هذا نوع من الهروب و الالزام بما لا يلزم فأصل فرضية التطورى العشوائية و بمجرد انتفاءها فان مقدار الدقة الخاصة بهذا أو ذاك لا ينفعه لأنه طالما ثبت أن الأصل هو الدقة و الاستهداف و ليس العشوائية فليس للتطورى أن يلقى بفرضياته عن "استحالة" الدخول فى نفس الموقع و التى بنيت أصلا على أن العشوائية فى الادخال هى الأصل و هو ما نفيناه...حتى لو افترضنا جدلا أننا لا نملك نملك معيارا لمقدار الدقة فى الدخول فان استحالة الدخول فى نفس الموقع أصبحت مجرد ادعاء تطورى بلا دليل طالما أثبتنا وجود اليات استهداف و بقى فقط معرفة مقدار دقتها فما بالك و اليات الاستهداف هذه يستخدمها العلماء فى الهندسة الوراثية مثل كرسبر كاز و الرنا الباحث و الرنا الواصل مما يشير الى امكان وصولها الى درجات دقة عالية بل وجدت دراسات أخرى أمثلة أخرى قد تصل الى الدخول الى نفس النيوكليوتيدات بشكل مستقل أكثر من مرة بلا سلف مشترك و هو نفى اضافى لحجة اللاحتمالية!!!

و قد وجدت احدى المراجعات الاف من عمليات الادخال المستقلة المشتركة بين الانسان و الفأر لينقولات عكسية مختلفة فى أماكن متشابهة حدثت بعد انفصالهما المزعوم عن سلف مشترك (راجع الاقتباسات التى افتتحنا بها المقال) و دعمتها دراسات أخرى وصلت الى اكتشافات مشابهة. الاف عمليات الدخول لعناصر نقالة فى نفس المواضع بدون سلف مشترك فان كانت عناصر مختلفة باليات استهداف متشابهة فعلت ذلك أفلا تفعلها نسخ مختلفة من نفس العنصر تمتلك نفس الية الاستهداف؟ أيضا وجدت الدراسات حالات من الفيروسات ذات الوظائف الهامة (سنشرح الوظائف لاحقا) يتم توظيفها عبر خطوط تطورية مختلفة بدون سلف مشترك و هذا معناه أنه الى جانب حدوث الادخال الفيروسى فى الخلايا التكاثرية فان "التطور/الدمج" يجب أن يحدث -يا محاسن الصدف- نحو نفس الوظيفة فى تعارض صارخ مع حجة اللاحتمالية لدرجة أن قالت احدى الدراسات أنه حتى فى الحالات التى قد تبدو متوافقة مع القدوم من سلف مشترك لا نستطيع التأكد أنها ليست عمليات ادخال فيروسى مستقلة فى كائنات مختلفة بلا سلف مشترك و على صعيد اخر ففى الكائنات القريبة من بعضها جدا و التى يفترض أن انحدارها من سلف مشترك أمر مؤكد بامكاننا أن نجد اختلافات فى توزيع العناصر النقالة مما يؤكد من جديد أن تواجد هذه العناصر و توزيعها و ان كان يتأثر بعلاقات الأسلاف و الأبناء الا أنه ليس خاضعا لها و لا دليلا عليها بالشكل الذى يوحى به التطوريون

...a number of (retro)transposons integrate into the genome in a site-preferential or site-specific manner. 18,112,130–132 Preferential or directed integration of SINEs133,134 and LINEs133–135 are also known. It has furthermore been observed that SINEs, LINEs, and retrotransposons can independently integrate into the same locus, or even the same nucleotide site.133–137

R.V. Sternberg, “On the Roles of Repetitive DNA Elements in the Context of a Unified Genomic- Epigenetic System,” Annals of the New York Academy of Sciences, 981 (2002): 154-88.

we cannot rule out the possibility that these matches are caused by an independent endogenization of a similar, but not identical, retrovirus.

Ting Wang et al., "Species-specific endogenous retroviruses shape the transcriptional network of the human tumor suppressor protein p53" PNAS November 20, 2007 104 (47) 18613-18618

In plants, active retrotranspositions occurred approximately simultaneously (1–1.5 million years ago), as shown with the examples of rice, maize, and Arabidopsis. To explain the temporal coincidence, global chilling, which started 1.8 million years ago, was assumed to cause global DNA demethylation and, consequently, activate retrotranspositions...the ME portion in the genome can vary among close species, strains, populations, and even individuals,

M. B. Evgen’ev "Mobile Elements and Genome Evolution" Molecular Biology, 2007, Vol. 41, No. 2, pp. 203–213

Phylogenetic analyses showed that mammalian Arc is derived from an ancient retrotransposon of the Ty3/gypsy family and contains homology to the retroviral Gag polyproteins. The Drosophila Arc homologues, which are independently derived from the same family of retrotransposons, also mediate cell-to-cell signaling of RNA at the neuromuscular junction; a striking example of convergent evolution...Interestingly, tetrapod Arc genes cluster with Ty3/gypsy retrotransposons from fish, whereas the fly Arc homologs clusters with a separate lineage of Ty3/gypsy retrotransposons from insects (Figure 1C). This suggests that the tetrapod and fly Arc genes originated independently from distinct lineages yet share significant homology in their Gag-like regions. dArc1 protein is packaged within EVs and transfers RNA from the pre-synaptic neuromuscular junction synapse into post-synaptic muscle cells

Hantak, M. P. et al.,Intercellular communication in the nervous system goes viral. Trends in Neuroscience. 44, 248–259 (2021).

at least three independent domestication events have been confirmed in the eutherians, indicating that domestication from ERVs which were actively functioning during the time of mammalian radiation...at least two independent domestication events occurred in the eutherians and the marsupials in the SIRH and PNMA families, and at least four independent domestications have been confirmed in three different eutherian lineages in the case of the SYNCYTINs

Kaneko-Ishino, T.,Ishino,F.,2012.The role of genes domesticated from LTR retrotransposons and retroviruses in mammals. Front.Microbiol.3,262.

multiple syncytins have been independently acquired from various ERVs in several mammalian lineages, suggesting Env co-option as a recurrent force driving the evolution of placentation

Frank JA, Feschotte C (2017) Co-option of endogenous viral sequences for host cell function. Curr Opin Virol 25:81–89

Casola, C., Hucks, D., and Feschotte, C. (2008). Convergent domestication of pogo-like transposases into centromere-binding proteins in fission yeast and mammals. Mol. Biol. Evol. 25, 29–41.

a previously unannotated gene (CG4715, renamed Iris) was domesticated from a novel, active Kanga lineage of insect retroviruses at least 25 million years ago, and has since been maintained as a host gene that is expressed in all adult tissues. Iris and the envelope genes from Kanga retroviruses are homologous to those found in insect baculoviruses and gypsy and roo insect retroviruses. Two separate envelope domestications from the Kanga and roo retroviruses have taken place, in fruit fly and mosquito genomes, respectively...Iris has tandemly duplicated to give rise to two genes (Iris-A and Iris-B). Iris-B has significantly diverged from the Iris-A lineage, primarily because of the ‘‘invention’’ of an intron de novo in what was previously exonic sequence

Harmit S Malik ,Steven Henikoff "Positive Selection of Iris, a Retroviral Envelope–Derived Host Gene in Drosophila melanogaster" PLOS Genetics October 21, 2005

"RetroMyelin,” a gene sequence derived from ancient retroviruses, is vital for the production of myelin in vertebrates. The presence of RetroMyelin in diverse vertebrate groups suggests separate viral genome integration events, highlighting its role in convergent evolution...The gene sequence, which they dubbed “RetroMyelin,” is likely a result of ancient viral infection, and comparisons of RetroMyelin in mammals, amphibians, and fish suggest that retroviral infection and genome-invasion events occurred separately in each of these groups.

"Ancient Viruses Shaped Our Brains" NeuroScience News (February 15, 2024)

لاحظ كيف يمكن تمييع الكلام و صياغة عبارات انشائية تبرر أى شئ فالتشابهات دليل سلف مشترك و الاختلافات لأن التطور قام "باختراع" قطعة اضافية أو تعديل التسلسل. لاحظ أيضا أن مجرد اكتشاف الوظائف كاف حتى لو كانت تتماشى مع سيناريو السلف المشترك لأن المصمم ليس مطالبا أصلا بتغيير مواقع الأجزاء الوظيفية فى كل كائن من أجل سواد عيون نظرية التطور خاصة فى ضوء ما ذكرناه عن وجود مواقع ادخال مفضلة و عن دور عمليات التنظيم المكانى فى عمل الجينوم و لكن التناقض مع السيناريو التطورى يضع عبئا أكبر على المصطلح الأجوف "التطور المتقارب" الذى يطلب منه الان تفسير دخول الفيروسات الى كائنات مختلفة بلا سلف مشترك ثم تطورها لتؤدى نفس الوظائف بلا سلف مشترك للحفاظ على نظرية التطور من سلف مشترك!!! (من باب التوضيح التطور المتقارب مجرد اسم تطورى يتم اطلاقه على الكثير من الظواهر المتناقضة مع السلف المشترك للتظاهر بأنها قد تم تفسيرها و يتم الاستدلال عليه بذكر امثلة أكثر من نفس البيانات المناقضة للسلف المشترك المطلوب تفسيرها و التظاهر بأنها أمثلة تطور متقارب فى نموذج صارخ من الاستدلال الدائرى يتم تبريره بأن الصفة "مفيدة").

اذن بامكاننا أن نقول بدرجة كبيرة من الثقة من خلال مراجعة الأدلة:

1-عمليات الادخال ليست عشوائية بل لها اليات كثيرة و متنوعة تحدد مواضعها بعضها لا يزال مجهولا

2-ما قد يبدو لنا عمليات ادخال عشوائية قد يكون ببساطة بسبب طرق تحديد هدف جديدة لم تكتشف بعد

3-فى ضوء أن الغالب على الأمر هو التصميم و الغائية فبفرض وجود عمليات ادخال عشوائية فعلا فهى غالبا بسبب طفرات أتلفت اليات الادخال المصممة أى أن الأصل هو التصميم و الخلل ناشئ و طارئ عليه أو حتى ربما كانت عمليات الادخال التى تبدو عشوائية هى عمليات ادخال ذات نطاق عمل عريض فى الجينوم (انظر كمثال شبكة عمل بروتين p53 فى المقال القادم ان شاء الله)

4-تربط الكثير من الأبحاث بين حدوث زيادة فى عمليات تحرك الينقولات و بين تعرض الخلية لضغط stress أو خلل عام فى الجينوم genomic instability و هذا قد يرجح فكرة حدوث خلل فعلا (و هذا لا يتعارض مع أن الأصل هو التصميم) أو قد يكون الية للاستجابة للضغوط البيئية العنيفة باطلاق الينقولات بكثافة و محاولة احداث تنوعات فى منتجات الخلية لايجاد حل للتكيف مع الضغط و هو دور تقوم به الينقولات فعلا و عليه عشرات الأدلة

(ملحوظة: نبه بعض العالمين بالمغالطات المنطقية و التناقضات فى الاستدلال الى أننا ان سلمنا للتطورى بفرضيته الخاطئة حول الدخول العشوائى للفيروسات فى الجينوم فان هذا لا يخدم فكرة السلف المشترك بشئ. حجة التطورى أصلا هى وجود الفيروسات فى نفس الأماكن بين أنواع مختلفة و لكن ماذا عن نفس النوع؟ اذا كانت الفيروسات تدخل بشكل عشوائى فان الجماعة الحية السلف التى حدث منها التطور لن تحتوى على فيروسات فى نفس الأماكن بل ستحتوى عليها فى أماكن مختلفة و بالتبعية عندما يحدث التطور فان الجماعة المتطورة (النوع الجديد) سترث من أفراد السلف المختلفين فيروسات فى أماكن مختلفة بسبب دخولها العشوائى و لن توجد فيهم الفيروسات كلها فى أماكن متشابهة! طبعا ما لم نضيف افتراضا جديدا مفاده أن التطور يحدث و يا محاسن الصدف لمجموعة من الأفراد مصابين فى نفس الموقع كل مرة!!! الحل الوحيد (و الذى يلجأ اليه البعض) هو اعتبار هذه الادخالات الفيروسية هى المسؤولة عن التطور لذا يحدث التطور فى المجموعة التى تضم نفس الادخال فى نفس المكان كل مرة و لكن هذا اعتراف ضمنى بوظيفتها و بسقوط دلالتها على غياب التصميم!)

الفيروسات الارتجاعية و العلاقات التطورية:

يؤكد لنا التطوريون وجود دليل اخر و هو أنهم عندما يصنفون العلاقات التطورية بين هذه الفيروسات الموجودة فى الجينوم يجدونها متطابقة مع العلاقات التطورية للكائنات الحاملة للفيروسات فمثلا اذا قلنا أن فيروس أ فى الكائن أ تطور من فيروس ب الموجود فى الكائن ب فاننا سنجد و يا للعجب الكائن أ هو الاخر متطور من الكائن ب و هذا التطابق دليل على السلف المشترك.

ما لا يقوله التطوريون مع الأسف هو أن أشجار التصنيف اللطيفة التى يتباهون بها مؤكدين لنا أن توزيع الفيروسات عليها متوافق تماما مع الانحدار من سلف مشترك تعانى من نفس فكرة الاستدلال الانتقائى للبيانات فما أسهل الاتيان بالتسلسلات التى تدعم الشجرة التطورية و تجاهل تلك التى لا تدعمها و اختراع تفسيرات عجيبة لها و هو سلوك يقوم به علماء التصنيف بشكل متكرر مع كل الجينات و السمات التشريحية التى تتعارض مع التسلسل التطورى كما وضحنا سابقا

مثلا هناك فيروسات متشابهة/مشتركة فى كائنات ليست على نفس خط السلف المشترك كدببة الكوالا و قرد الجيبون أو قردة البابون و القطط أو الثعالب و الخراف و هى كائنات سلكت طرقا تطورية مختلفة وفقا للنظرية مما اضطر التطوريون لافتراض اما أنها صدفة أدت الى عدوى من فيروسات متشابهة لكائنات متباعدة تطوريا أو لافتراض قصص مثل أن قط أكل مشيمة قرد بابون

Since cats would be quite likely to scavenge and feed on baboon placentae, a possible exposure to the virus can be envisioned... two closely related retroviruses infect an ape (gibbon) and a marsupial (koala), and two closely related ERV genomes are found in a carnivore (fox) and a ruminant (sheep).

Robin A Weiss "The discovery of endogenous retroviruses" Retrovirology volume 3, Article number: 67 (2006). see Figure 3, 4

الخطوط المائلة تمثل الفيروسات المتضاربة مع العلاقات التطورية و التى يتم وضع فرضيات (و فى رواية أخرى قصص) اضافية لتفسيرها أما الأفقية فهى التى لا تتعارض مع العلاقات التطورية و لكن فى ضوء ما ذكرناه من استهداف الفيروسات لأماكن بعينها و ما سنذكره بالأسفل عن اكتشاف حالات تنتج توزيعا شبيها بتوزيع العلاقات التطورية بمجرد انتقال العدوى بين الأنواع فان هذه الحالات لا تعتبر دليلا على السلف المشترك لامكان حدوثها بطرق أخرى. الملفت فى هذه الأمثلة و تفسيراتها التطورية أنها تحتوى اقرار ضمنيا بامكان انتقال هذه الفيروسات بين الكائنات بدون أسلاف مشتركة فاذا كان القط أكل البابون فحصل على الفيروس و الثعلب أكل الخروف فحصل على الفيروس فلماذا لا يكون الانسان قد أكل قردا فحصل على الفيروس بدون سلف مشترك؟ نعم كان البشر يأكلون القردة قديما و يمكن مراجعة مقالة شهادة الأحافير: القردة العليا فهى تحتوى على أدلة أحفورية على ذلك

و كما وجدنا كائنات متباعدة تضم فيروسات متقاربة فعلى الجانب الاخر نجد كائنات متقاربة لا تضم نفس الفيروسات أو تضم فيروسات متقاربة و لكن معدل الاختلافات بينها لا يتفق مع الشجرة التطورية مما يضطر التطوريين من جديد لاضافة المزيد من الفرضيات الغير مبرهن عليها لتبرير تضارب البيانات مع توقعات التطور

The evolutionary relationships within the HERV-I LTR family among hominoids and Old World monkeys showed a random cluster, indicating that HERV-I LTR elements have evolved independently in primate evolution.

Kim and Lee "Endogenous retrovirus HERV-I LTR family in primates: sequences, phylogeny, and evolution" Archives of Virology volume 151, pages1651–1658 (2006)

the HERV-W LTR family evolved independently during the hominoid evolution...This analysis indicates that the HERV-W family evolved in a parallel evolution pattern...A phylogenetic tree that was obtained by the neighbor-joining method revealed a wide overlap of the LTR elements across species, which suggests that the HERV-W LTR family has evolved independently during hominoid evolution. Such an evolutionary pattern was also shown in SINE-R retroposon that was derived from the HERV-K LTR family...clearly divided into two groups by the phylogenetic analysis.

Huh, J. W.et al., 2003. Molecular phylogeny and evolution of the human endogenous retrovirus HERV-W LTR family in hominoid primates. Molecular Cells 15: 122–126.

فبعد أن كان الدليل الدامغ هو أن شجرة أنساب/تشابهات الفيروسات متوافقة مع شجرة التطور أصبح الدليل هو أنها غير متوافقة و لكننا بررنا عدم توافقها بالتطور المتوازى و المتقارب و المستقل...الخ أى أن نفس عدم الاحتمالية التى كانوا يستدلون بها على السلف المشترك عادوا و نفوها و اخترعوا تبريرات لحدوثها برغم أن دليلهم الأصلى كان لااحتمالية حدوثها ثم استمروا فى الاستدلال بها!!!

بل ان أحد الفيروسات pterv1 وجد فى أسلافنا القردة و لم يوجد فينا و فى بعض أعضاء العائلة الكريمة كالأورانجتان و توزيعه يتعارض مع الشجرة التطورية المزعومة مما ينفى مجددا محاولة استخدام الأمر كدليل سلف مشترك فما كان من التطوريين الا افتراض حكاية جديدة و هى أنه كان فى السلف المشترك ثم تم محوه فى بعض الخطوط التطورية أكثر من مرة بشكل مستقل أو افترضوا أن كل نوع من القردة قد أصيب بالفيروس بشكل مستقل عن الاخرين و حدوث تطور متقارب

the distribution is inconsistent with the generally accepted phylogeny of catarrhine primates [5]. This is particularly relevant for the human/great ape lineage. For example, only one interval is shared by gorilla and chimpanzee; however, two intervals are shared by gorilla and baboon; while three intervals are apparently shared by macaque and chimpanzee. Our Southern analysis shows that human and orangutan completely lack PTERV1 sequence (see Figure 2A). If these sites were truly orthologous and, thus, ancestral in the human/ape ancestor, it would require that at least six of these sites were deleted in the human lineage. Moreover, the same exact six sites would also have had to have been deleted in the orangutan lineage if the generally accepted phylogeny is correct. Such a series of independent deletion events at the same precise locations in the genome is unlikely...although in either scenario convergent evolution would have had to have occurred with respect to the viral infections

Chris T Yohn et al., "Lineage-Specific Expansions of Retroviral Insertions within the Genomes of African Great Apes but Not Humans and Orangutans" PLOS Biology , 2005

In a new study, Evan Eichler and colleagues scanned finished chimpanzee genome sequence for endogenous retroviral elements, and found one (called PTERV1) that does not occur in humans. Searching the genomes of a subset of apes and monkeys revealed that the retrovirus had integrated into the germline of African great apes and Old World monkeys—but did not infect humans and Asian apes (orangutan, siamang, and gibbon). This undermines the notion that an ancient infection invaded an ancestral primate lineage, since great apes (including humans) share a common ancestor with Old World monkeys.

"The Chimp Genome Reveals a Retroviral Invasion in Primate Evolution" PLOS Biology March 1, 2005

"Chimp genome reveals a retroviral invasion in primate evolution" Science Daily, 2005

و القصص و التبريرات المطروحة فى قسم المناقشة فى الدراسة لا تنتهى فمن الممكن أن البشر و القردة الأسيوية لديهم مناعة أو ربما القردة الأفريقية أكثر قابلية لعدوى. ربما هاجر أسلاف البشر خارج أفريقيا الى أوروبا و اسيا أثناء فترة انتشار العدوى ثم عادوا ليكملوا مسيرة تطورهم هناك و نجد أحافيرهم فى الأماكن الصحيحة. ربما تغيرت أحجام الجماعات السكانية مما أثر على انتشار العدوى و ثباتها فى الأنواع. ربما تضخمت أعداد البشر و الأورانجاتان أو انهات أعداد الغوريلا و الشمبانزى. ربما ربما ربما! المهم أن ما توافق مع الشجرة التطورية دليل و ما تعارض معها فله ألف ربما! ألا يمكننا أن نفسر ما توافق بطريقة ربما أيضا و ننسج سيناريوهات عن العدوى المستقلة بدون سلف مشترك؟ لا "ربما" فقط لما يعارض التطور. ما قيمة أن تزعم أن شيئا كموافقة الشجرة التطورية دليل لك ان كان عكسه لن يعتبر دليلا ضدك؟ و لماذا يتم تصوير الأمر باستمرار و كأن البيانات متسقة مع الشجرة التطورية المفترضو برغم من الاحتياج كثيرا الى فرضيات اضافية لتوفيقها مع التطور؟

لاحظ كيف يستمرون فى معارضة حجة اللااحتمالية التى كانوا يتمسكون بها بافتراض المزيد من الأحداث اللااحتمالية للتخلص من البيانات التى لا تلائم السيناريو التطورى. و الأمثلة على "الفيروسات" التى تتضارب مع العلاقات التطورية موجودة و لكن الاستدلال الانتقائى شائع جدا فى كتابات التطوريين : دعنا نضرب مثالا لطيفا...لدينا فيروس مشترك بين بعض أنواع الليمور و لكنه غائب فى أخرى اذن التفسير بالسلف المشترك يقول ربما ضرب السلف المشترك لهذه الأنواع فقط. لا يمكن لأنه موزع بين الأنواع بطريقة لا تدعم السلف المشترك فهو موجود بين أنواع متباعدة و مفقود بين أنواع متقاربة (مثلا موجود فى نوع غائب فى أخيه لكن موجود فى ابن عمه). هنا حاول التطوريون الالتفاف بالزعم بأنه ربما كان موجودا فى السلف المشترك ثم فقد من أحد الخطوط التطورية. لا يمكن لأن عمره (عدد الطفرات التى تعرض لها) قصير فلا يمكن افتراض أنه قديم. اذن التفسير هو دخول العدوى الى نوعين من الليمور فى نفس الفترة الزمنية بشكل مستقل و التبريرات ليست صعبة ربما كان هذا الفيروس بارع فى اختراق الليمور

Check section: How Many pSIV Germline Infiltrations?

Clément Gilbert et al., "Parallel Germline Infiltration of a Lentivirus in Two Malagasy Lemurs" PLoS Genetics 2009 Mar; 5(3): e1000425.

طبعا حجة اللااحتمالية لا نسمع لها ركزا الان. أرجو ملاحظة أن منتقدى التطور أصلا لا يعترضون على انحدار الكائنات ذات المخططات الجسدية الواحدة أو التى تنتمى الى نفس العائلة من سلف مشترك فنحن لا نعرض انحدار أنواع الليمور المختلفة من سلف ليمور مشترك أنتج تنوعات و سلالات مختلفة و لكننا نوضح أنه حتى فى هذه الحالات التى نتفق معهم فيها فى السلف المشترك فان البيانات الفيروسية لا تدعمه بالطريقة التى يصورونها للناس

موجود فى أقارب البشر من القردة و ليس فى البشر برغم أنه فى الشمبانزى المشترك مع البشر فى سلف؟ أوه لابد أن البشر "فقدوه"

These observations provide very strong evidence that, for some fraction of the genome, chimpanzees, bonobos, and gorillas are more closely related to each other than they are to humans

Madalina Barbulescu et al., "A HERV-K provirus in chimpanzees, bonobos and gorillas, but not humans" Current Biology: Volume 11, Issue 10, p.779-783, May 15, 2001

موجود فى البشر و مفقود فى أقرب أقاربهم الشمبانزى مع أنه موجود فى أقاربهم الأبعد كالغوريلا و الأورنجتان و مفقود فى أجدادهم القردة...بسيطة غزا الفيروس السلف المشترك ثم "فقد" أو "تم استخراجه" من بعض الخطوط التطورية

Hedges, D.J. et al., Differential Alu mobilization and polymorphism among the human and chimpanzee lineages, Genome Research 14: 1068–1075, 1999

العدوى بهذا الفيروس قد حدثت بشكل متكرر قبل و بعد انفصال الخط الذى قاد الى البشر عن السلف المشترك المزعوم. لماذا عدوى متكررة؟ يؤكد التطوريون على أن وجود هذه الفيروسات (التى اتضح أنها ليست كذلك) بشكل متماثل فى الرئيسيات دليل أنها ورثتها من سلف مشترك فاذا وجدوا بيانات تخالف ذلك؟ يتراجعون؟ لا طبعا بل يؤلفون قصصا عن تكرار العدوى بشكل مستقل قبل و بعد انفصال خطوط تطورية معينة لتبرير التوزيع الغريب للبيانات على الشجرة التطورية

The most recently acquired human ERV is HERVK(HML-2), which repeatedly infected the primate lineage both before and after the divergence of the human and chimpanzee common ancestor

Edward J. Grow et al., “Intrinsic Retroviral Reactivation in Human Preimplantation Embryos and Pluripotent Cells,” Nature 522 (June 11, 2015): 221–25

موجود فى الشمبانزى أقرب أقاربنا و فى قردة أبعد منه كذلك و لكن ليس فينا و يبدو مختلفا...بسيطة هذه عدوى انتقلت بين أنواع القردة بعد الانفصال عن السلف المشترك و لن نعجز عن حياكة سيناريو تطورى تتقابل فيه القردة لتعدى بعضها و لا نحضر نحن برغم أننا نعيش فى نفس الأحراش

Patric Jern et al., "Divergent Patterns of Recent Retroviral Integrations in the Human and Chimpanzee Genomes: Probable Transmissions between Other Primates and Chimpanzees" Journal of Virology 2006 Feb; 80(3): 1367–137

الملفت أكثر هو أن جينومات أجدادنا الأعزاء من الرئيسيات تضم فيروسات خاصة بهم Simian Foamy Virus/Simian Infectious Virus SFV/SIV غير موجودة فى أجسادنا برغم انحدارنا المزعوم منهم. طبعا لن يعجز "الأدب الروائى" المسمى نظرية التطور عن تأليف قصة جديدة عن كيف فقدناهم ناهيك طبعا عن تأليف قصص عن عمليات الادخال الفيروسى التى تخص خطوط تطورية بعينها lineage specific و تتم-يا محاسن الصدف- بالتوازى مع تطورها لدرجة أنهم يفترضون أحيانا أنها هى سبب التطور و هو اقرار ضمنى بأنها وظيفية يبدو مثيرا للسخرية فى ضوء اصرارهم الدائم على أنها بقايا عدوى بلا معنى لا يمكن أن يضعها مصمم فى الجينوم.بقايا بلا وظيفة ان تحدثنا عن المصمم لكن أدوات ساهمت فى الانتواع ان تحدثنا عن التطور!

Check Section: Repeat elements and retroviruses/Explaining the lack of endemic infectious retroviruses in humans

Ajit Varki, Daniel H. Geschwind, and Evan E. Eichler, “Explaining Human Uniqueness: Genome Interactions with Environment, Behaviour, and Culture,” Nature Review of Genetics 9 (2008): 749–763

لكن بغض النظر عن تناقضاتهم و انتقائيتهم فالشاهد أنه مع كل قصة جديدة تضاف فرضية بلا معنى و لا دليل الى نظرية تزعم أنها التفسير الأفضل و الأكثر اقتصادا فى الفرضيات و الأهم من ذلك أنه حتى اذا فرضنا جدلا عدم وجود أى مثال يتضارب مع السيناريو التطورى فقد سبق أن وضحنا عند الحديث عن أشجار التصنيف التطورية أن تلك التى يتم بناءها وفقا للجينات تتضارب مع بعضها و مع السيناريو التطورى المورفولوجى (الشكلى) مما يجعل مجرد انتظام عائلة جينات معينة على هيئة شجرة تطورية nested hierarchy متوافقة مع شجرة التطور المعيارية غير ذى معنى اذ تتضارب معها عائلات جينية و بروتينات أخرى. أضف الى ذلك أيضا أن الشجرة المتسقة التى قد تظهر أمامك قد تكون مبنية على كم كبير من الفرضيات الاعتباطية الغير مثبتة فما أسهل أن أبرر وجود الفيروس فى كائنات و غيابه/اختلافه فى أخرى قريبة لها بأن أفترض أن عملية الادخال قد حدثت بعد انفصال هذا الخط عن ذك لكن قبل انفصال ذاك عن تلك أو أنه قد تعرض لطفرات حذف أو دمج/مزج جعلت بعض أجزاءه تبدو أكثر اختلافا من المتوقع….الخ. لكن الأخطر من ذلك و الأكثر مدعاة للتساؤل أن احدى المراجعات لفتت النظر الى أنه وفقا للساعة الجزيئية و هى التقنية التى يستخدمها التطوريون لحساب أعمار الجينات فان هذه الفيروسات عمرها كحد أقصى 50 ألف سنة فقط و بعض أنواعها أصغر عمرا من ذلك و هذا أمر عجيب اذ توجد هذه الفيروسات فى سلالات عمرها ملايين السنين

Edward Holmes “Molecular Clocks and the Puzzle of RNA Virus Origins” Journal of Virology, Vol. 77, No. 7. April 2003: p. 3893 – 3897

تعتمد الساعة الجزيئية باختصار على مقارنة التسلسلات المختلفة للحمض النووى بين الكائنات و تقدير معدل الطفرات الذى حدث و بالتالى حساب العمر المفترض لانفصال هذه التسلسلات عن سلف مشترك. المعضلة كالاتى: عدد الطفرات التى خضعت لها الفيروسات قليل جدا مما لا يوحى أبدا أنها قضت ملايين السنين فى هذه الكائنات. حسنا ربما كانت العدوى حديثة؟ لا لأننا نجد هذه الفيروسات فى شجرة متطابقة مع شجرة تطور الكائنات الحاملة لها. طبعا نحن ذكرنا سابقا أن هذا يمكن أن يحدث بلا سلف مشترك و لكن مشكلتهم أنهم يريدون الاستدلال به على السلف المشترك فيعتبرونه دليل على ما سمى cospeciation/codivergence انتواع مشترك بأن كان الفيروس فى السلف المشترك لهذه الكائنات و تطور بالتوازى مع تطور حامليه...و لكنه أصغر منهم سنا بملايين السنين!!! كيف نحل هذه المعضلة؟ اقترحت المراجعة عدة تفسيرات لهذه الظاهرة سنتعرض لها بالتفصيل عند مناقشة مشاكل الساعة الجزيئية فى المستقبل ان شاء الله و لكن ما يهمنا هنا هو التفسير الثالث: لقد وجدت المراجعة أن شجرة أنساب العائلة الفيروسية يمكن أن تتطابق مع شجرة أنساب الكائنات حاملة الفيروس دون حدوث أى انتواع مشترك أو وجود الفيروس فى سلف مشترك بل فقط بانتقال العدوى بين سلالات الحاملين المتقاربة

Further, it is striking that for many other RNA viruses for which there is evidence for cospeciation, including GBV-A/GBV-C, arenaviruses, and hantaviruses, there are also clear examples of cross-species transmission. If these viruses evolve at the same rate as other RNA viruses, then a process other than cospeciation must have produced the remaining match between the virus and host trees. Two mechanisms seem most likely. First, if phylogenetically related host species tend to live sympatrically, then viruses will tend to jump between closely related host species, which appears to be the case for the hantaviruses (2). If this process occurs at sufficient frequency, then the host and virus trees may often match, giving a false impression of cospeciation. Second, the ability to jump species boundaries may be dependent on the phylogenetic distance between hosts, so that it is easier to establish a new infection in a closely related host species than in a more distantly related one (5, 8).

Edward Holmes “Molecular Clocks and the Puzzle of RNA Virus Origins” Journal of Virology, Vol. 77, No. 7. April 2003: p. 3893 – 3897

Syomin BV, Fedorova LI, Surkov SA, Ilyin YV (2001) The endogenous Drosophila melanogaster retrovirus gypsy can propagate in Drosophila hydei cells. Mol Gen Genet 264: 588–594.

أى أن هذا الدليل الدامغ على السلف المشترك اتضح أنه-كغيره-يمكن أن يحدث بدون سلف مشترك و أنه حتى الحالات التى تبدو فيها شجرة تطور الفيروس متطابقة مع شجرة تطور السلالات الحاملة له كحالات الخطوط الأفقية فى الشكل السابق قد تحدث بدون تطور و سلف مشترك بل بتكرار العدوى و انتشارها من سلالة الى أخرى!!!

ملحوظة رقم 1: حتى لو أردنا أن نفترض أن التفسير هو مشاكل الساعة الجزيئية فان هذا لا ينفى ثبوت امكان انتاج تطابق الأنساب بين شجرة عائلة الفيروس و شجرة حامله بدون وجوده فى سلف مشترك و حدوث انتواع مشترك. أضف الى ذلك أن الساعة الجزيئية من ضمن ما يعتمد عليه التطوريون فى تحديد أشجار الأنساب ذاتها و العلاقات التطورية فان ثبت وجود مشاكل فيها فلا يحق للتطورى هنا ممارسة هواية الاستدلال المزاجى حيث تصبح الساعة الجزيئية دليلا مقبولا عندما تأتى بما يوافقه و تصبح معيوبة فقط ان أتت بما يخالف نظريته

ملحوظة رقم 2: هناك تفسير مهم جدا لا يتم ذكره كثيرا. فى نظرية التطور عندما تجد تسلسلا وراثيا طفراته أقل من المعهود فهو يسمى محفوظ conserved أى أنه مهم جدا لدرجة أن "التطور/الانتخاب الطبيعى" قد حافظ عليه من التغيير لأن الطفرات فيه قد تكون ضارة فلا يتكاثر حاملها. هذه اشارة لأمر سنناقشه لاحقا و هو أن هذه الفيروسات ليست فيروسات أصلا بل جينات وظيفية هامة.

ملحوظة رقم 3: هناك فرضيات قوية فى قلب نظرية التطور ذاتها حول أصل الفيروسات تقول بأنها ناشئة عن الينقولات/الخلايا الحية و ليس العكس و أن جيناتها فى الواقع جينات وظيفية كانت أصلا لدى الخلايا سرقتها الفيروسات/الينقولات و بغض النظر عن أننا لا نتبنى هذا السيناريو كتفسير أفضل لكنه يوضح كيف أن نفس البيانات العلمية تتسق مع وجود هذه التسلسلات فى الخلايا بلا عدوى ناهيك عن أنها توضح أن الفيروسات ذاتها و أجزاء مادتها الوراثية تنشأ بشكل مستقل patchy/independent/polyphyletic عبر شبكة الحياة مما يجعل الاستدلال بوجود هذه المادة فى كائن ما على سلف مشترك بلا معنى. للاطلاع على مناقشة لاحدى المراجعات الشاملة فى هذا المجال: يرجى مراجعة ملحق "الفيروسات - نقاش الأصول" فى نهاية المقال

و أخيرا و ليس اخرا من الأدلة التى يسوقها التطوريون على السلف المشترك هو تعرض هذه الفيروسات لنفس الطفرات بين كائنات مختلفة مما يرجح أن نفس الفيروس تعرض للطفرة فى سلف مشترك ثم تم وراثته منه و الحقيقة أن هذا الزعم يتجاهل معدل تطفر الفيروسات المرتفع جدا و خاصة فيروسات الرنا و ضخامة أعدادها و هى تتكاثر فى خلايا العائل و التى تسمح لها بالتعرض لطفرات كثيرة جدا فى جينومها الصغير و بالتالى من السهل جدا أن تحدث نفس الطفرات فى فيروسات مختلفة فى كائنات مختلفة بشكل مستقل بدون سلف مشترك (تطور متقارب) و هو ما عثرت عليه الأبحاث فعلا

Hang-Yu Zhou et al., "Convergent evolution of SARS-CoV-2 in human and animals" Protein Cell. 2021 Nov; 12(11): 832–835.

Dan Xiang et al., "Convergent Evolution of Human-Isolated H7N9 Avian Influenza A Viruses" The Journal of Infectious Diseases, Volume 217, Issue 11, 1 June 2018, Pages 1699–1707,

One of the most amazing features illustrated in Figure 1 is the large amount of evolutionary convergences observed among independent lineages. Twelve of the variable sites were shared by different lineages. More surprisingly, convergences also occurred within synonymous sites and intergenic regions...It is also a relatively widespread observation among human immunodeficiency virus (HIV)-1 clones isolated from patients treated with different antiviral drugs; parallel changes are frequent, often following a common order of appearance...Also, molecular convergences have been observed between chimeric simian-human immunodeficiency viruses (strain SHIV-vpu+) isolated from pig-tailed macaques, rhesus monkeys, and humans after either chronic infections or rapid virus passage

Jose´M.Cuevas et al., "Molecular Basis of Adaptive Convergence in Experimental Populations of RNA Viruses" Genetics. 2002 Oct; 162(2): 533–542.

exhibited high rates of identical, independent substitutions...Phylogenetic reconstruction using the complete genome sequence not only failed to recover the correct evolutionary history because of these convergent changes, but the true history was rejected as being a significantly inferior fit to the data.

J. J. Bull "Exceptional Convergent Evolution in a Virus" Genetics. 1997 Dec; 147(4): 1497–1507.

فتصل الى حالات متشابهة بشكل مستقل قبل احتواءها فى الجينوم. ركز فى الاقتباس الأخير بالذات جيدا. فرضية الانحدار من سلف مشترك فشلت فى الوصول الى التاريخ الحقيقى للسلالات بل و اعتبرته خاطئا من كثرة الطفرات المتشابهة التى حدثت بشكل مستقل! ليس هذا فحسب بل وجدت أبحاث أخرى الية أسموها repeat-induced point mutation(RIP) تقوم فيها الخلية باستهداف الينقولات بعمليات تطفير مكثفة لتعطيلها و ايقاف عملها كجزء من تنظيمها و أهمية هذا الأمر فى نقطتان. الأولى هى أن الخلية أصلا لا تنتظر تراكم الطفرات الذى يتحدث عنه التطوريون عبر ملايين السنين و الذى يقدرون على أساسه الساعة الجزيئية بل تحدث فى فترات قصيرة نسبيا طفرات توحى بمدد تطورية طويلة و هو ما يسمى على الأشجار التطورية long branch فرع طويل يوحى بتسلسل طويل من الأسلاف. و الثانية هى أن هذه الطفرات تقود الى نشأة تسلسلات متشابهة بدرجة كبيرة (تطور متقارب) RIP-induced homoplasy بشكل مستقل فى خطوط تطورية منفصلة بلا سلف مشترك.

In our dataset, it appears that RIP mutation-induced homoplasy rather than recombination is the primary driver of conflict. In this study, the data clearly showed that the accelerated mutations experienced during the RIP process are not equivalent to the sequence variation experienced by their ‘‘normal’’ non-RIPped counterparts, with the rate of evolution experienced by different RIPped copies within a single C. cereale strain greatly exceeding the mutational forces experienced,...for the RIPped group, the tree topology was characterized by exceptionally long branches.

Jo Anne Crouch et al., "The evolution of transposon repeat-induced point mutation in the genome of Colletotrichum cereale: Reconciling sex, recombination and homoplasy in an ‘‘asexual’’ pathogen" Fungal Genetics and Biology 45 (2008) 190–206

اذن فسواءا أثناء العدوى قبل دخول الجينوم أو بعد الدخول لدينا أدلة علمية على تعرض الفيروسات لنفس الطفرات فى جماعات حية مستقلة بلا سلف مشترك مما ينفى تماما مزاعم التطوريين بشأن دلالة وجود طفرات متشابهة فيها على الوراثة من سلف مشترك و يطعن بشدة فى فرضيات الانتواع المشترك و تطابق الأشجار التطورية و مقاييس الساعة الجزيئية

جينات سينسايتن syncytin دراسة حالة:

من أكثر الأمثلة فجاجة على سقوط حجة اللاحتمالية من جهة و حجة توافق الفيروسات مع العلاقات التطورية من جهة أخرى هو التطور المتقارب للفيروسات الوظيفية و بالذات نموذج بروتينات سينسايتن الهامة للحمل فى الثدييات و التى تتحفنا نظرية التطور بأنها نتاج عدوى فيروسية “تطورت” لاحقا. لقد كان الظن سائدا أن هذه الفيروسات لا يمكن أن تخضع للتطور المتقارب نظرا لاستحالة أن يتصادف ان يدخل فيروسان مختلفان خطان تطوريان مستقلان و يتصادف أن يتموضعا فى نفس الموقع من الحمض النووى ثم يتصادف أن يتطورا بنفس الطريقة للقيام بنفس المهمة أيضا أو بتعبير احدى الدراسات السابقة homoplasy-free phylogenetic character because the probability of multiple independent insertions into any one site has been believed to be nil فاذا بهم يكتشفون حدوث مثل هذه الحالات و مع ذلك استمروا فى اعتبار الادخال الفيروسى المزعوم دليل دامغ على السلف المشترك

these data strongly argue for a critical role of syncytin-A and -B in murine syncytiotrophoblast formation, thus unraveling a rather unique situation where two pairs of endogenous retroviruses, independently acquired by the primate and rodent lineages, would have been positively selected for a convergent physiological role.

Anne Dupressoir et al., "Syncytin-A and syncytin-B, two fusogenic placenta-specific murine envelope genes of retroviral origin conserved in Muridae" Proceedings of the National Academy of Sciences 2005 Jan 18;102(3):725-30

هذا المثال نموذج للعقلية التطورية فى التعامل مع الأمور. "فيروسان" اكتشفنا أنهما وظيفيان و الكارثة أنهما مشتركان بين الرئيسيات و القوارض و يقومان بنفس الدور فى صناعة بروتينات syncytin المهمة لصناعة المشيمة و اتمام عملية الحمل فى المشيميات و لكن بدون علاقات تطورية يمكن تتبعها الى السلف المشترك المفترض بين البشر و القوارض. تبا!!! هذه ضربة لعدم وظيفية هذه الفيروسات و كونها عدوى من جهة و لفكرة السلف المشترك من جهة ما هو الحل؟ بسيطة نقول أن الفيروسان ضربا القوارض و الرئيسيات كلا على حدة و احتواهما الجينوم و تطورا ليقوما بنفس الوظيفة فى النهاية فى الرئيسيات من جهة و القوارض من جهة. يا محاسن الصدف!!! أرجو أن تلاحظ أن هناك فيروسان مستقلان فى كل خط تطورى بسبب وجود نوعين من البروتين 1 و 2 فى البشر و أ و ب فى الرئيسيات لم ينتجا من مجرد النسخ المكرر لجين سابق gene duplication بل بسبب عدوى مستقلة أى اجمالى 4 عمليات عدوى يعقبها تطور بشكل مستقل. لاحظ أيضا أن الوظيفة المزعومة هنا مرتبطة بصناعة المشيمة و التى يتم على أساسها تصنيف المشيميات كلها تحت سلف مشترك كان أول من طور مشيمة ثم انحدرت منه المشيميات الأخرى. الان نكتشف أن البشر و القوارض طورا المشيمة فى خطوط مختلفة متوازية بلا سلف مشترك و ليس هذا فحسب بل جاء بحث لاحق ليكتشف حالة جديدة مستقلة فى الأرانب

Syncytins are envelope genes of retroviral origin that have been co-opted by the host to mediate a specialized function in placentation. Two of these genes have already been identified in primates, as well as two distinct, non orthologous genes in rodents...The identification of a novel syncytin gene within a third order of mammals displaying syncytiotrophoblast formation during placentation strongly supports the notion that on several occasions retroviral infections have resulted in the independent capture of genes that have been positively selected for a convergent physiological role.

Odile Heidmann et al., “Identification of an endogenous retroviral envelope gene with fusogenic activity and placenta-specific expression in the rabbit: a new ‘syncytin’ in a third order of mammals,” Retrovirology 6 (2009): 107.

النتيجة كما يلخصها البحث السابق: فيروسان دخلا الى الرئيسيات و صنعا بروتينات syncytin 1-2 بشكل مستقل و فيروسان اخران دخلا الى الفئران و صنعا بروتينات syncytin A-B بشكل مستقل و فيروس خامس دخل الى الأرانب و صنع لهم بروتينات syncytin خاصة بهم بشكل مستقل و هذا دليل على أن التطور من سلف مشترك (و الذى حدث فى هذه الحالة خمس مرات بدون سلف مشترك) “استغل" العدوى الفيروسية عدة مرات لانتاج وظائف مفيدة لينتقيها الانتخاب الطبيعى. و بعد هذا جاءت أبحاث لتكتشف الادخالان الفيروسيان المستقلان السادس و السابع فى أكلات اللحم و المجترات

Cornelis G et al., 2012 Ancestral capture of syncytin-Car1, a fusogenic endogenous retroviral envelope gene involved in placentation and conserved in Carnivora. Proc. Natl Acad. Sci. USA 109, E432–E441

Cornelis G, et al. 2013 Captured retroviral envelope syncytin gene associated with the unique placental structure of higher ruminants. Proc. Natl Acad. Sci. USA 110, E828–E837

اذن فخلاصة الأمر أن الأبحاث رجحت -بسبب اختلافات هذه الفيروسات بين الثدييات المختلفة- أنها لم تضرب سلف الثدييات ثم ورثت منه بل أن خطوط تطورية مختلفة للثدييات (قوارض-رئيسيات-مجترات/أكلات عشب-مفترسات/أكلات لحم) قد ضربتها هذه الفيروسات بشكل مستقل و استخدمتها بشكل مستقل لتصنع المشيمة المفصلية للتكاثر فى الثدييات المشيمية و اليات حماية الجنين من جهاز المناعة أكثر من مرة بلا سلف مشترك!!!

They were called syncytins based on the membrane fusogenic capacity that they have kept from their parental env gene and which contributes to the formation of the placental fused cell layer called the syncytiotrophoblast, at the materno–fetal interface. Remarkably, the capture of syncytin or syncytin-like genes, sometimes as pairs, was found to have occurred independently from different endogenous retroviruses in diverse mammalian lineages such as primates – including humans –, muroids, leporids, carnivores, caviids, and ovis, between around 10 and 85 million years ago. Knocking out one or both mouse syncytin-A and -B genes provided evidence that they indeed play a critical role in placentation. We discuss the possibility that the immunosuppressive domain embedded within retroviral envelope glycoproteins and conserved in syncytin proteins, may be involved in the tolerance of the fetus by the maternal immune system. Finally, we speculate that the capture of a founding syncytin-like gene could have been instrumental in the dramatic transition from egg-laying to placental mammals.

A. Dupressoir et al., "From ancestral infectious retroviruses to bona fide cellular genes: Role of the captured syncytins in placentation" Placenta Volume 33, Issue 9, September 2012, Pages 663-671

أى أن هذا الدليل الرهيب على السلف المشترك قد حدث فى الواقع بلا سلف مشترك و مع ذلك يستدل به على أن التطور من سلف مشترك ينتج نفس الهياكل بلا سلف مشترك و لا يجدون أى تناقض فى هذا لمجرد أنهم أطلقوا على الظاهرة اسم "التطور المتقارب" و لا تسأل كيف...انها نظرية التطور!

Altogether, these studies unambiguously demonstrate that the co-optation of retroviral env genes has occurred independently and on multiple occasions during mammalian evolution and may have thus contributed repeatedly to the emergence of a syncytial placental interface, illustrating a remarkable phenomenon of evolutionary convergence.

Unambiguously?

بلا شك؟ حقا؟ هذه هى المصيبة التى نعانى منها و التى لا يفهمها المروجين للنظرية و هم يكررون: كل العلماء يؤمنون بالتطور. نعم لقد أصبحوا يؤمنون بالتطور لدرجة قبول أى تخريف و اعتباره دليل لا لبس فيه فطالما الشئ موجود فهذا فى حد ذاته دليل على أن التطور قد فعله مهما كانت الفرضيات سخيفة أو مستحيلة. بل ان الدراسة تواصل بعد ذلك ذكر فوائد المشيمة و كيف أن محاولة تصنيفها تشريحيا بين الثدييات لا يتفق مع العلاقات التطورية بل يقود الى تضاربات

Interestingly, comparative anatomy reveals a wide diversity of placental structures between mammalian species...the diverse placental structures are not predictable simply on the basis of species taxonomy

هيكل مفيد و لا يتفق لا جينيا و لا تشريحيا مع العلاقات التطورية (و هو ليس الوحيد) اذن مصمم؟ لا...تطور و فيروسات بالعافية!

اذن فسبب تصنيف المشيميات تحت سلف مشترك يظهر سبع مرات بلا سلف مشترك و لكن هذه ليست المشكلة الوحيدة فأعمار الجينات المشيمية أصغر بكثير من السلف المشترك المفترض للمشيميات و لا عزاء لللاحتمالية و لا عزاء للعلاقات التطورية

These genes of exogenous origin and acquired ‘by chance’ raise a paradox, as they are ‘necessary’ to carry out a basic function common to placental mammals, and yet they appear to have been acquired lately. Indeed, although the capture of some of them dates back to up to 80 Myr, the presently identified syncytins can still be considered as relatively recent genes by comparison with the date of emergence of a primitive placenta in a mammalian ancestor (approx. 150 Ma).

Christian Lavialle et al., "Paleovirology of ‘syncytins’, retroviral env genes exapted for a role in placentation" Philosophical Transactions Of The Royal Society B: Biological Sciences 19 September 2013 Volume 368 Issue 1626

طبعا الاستنتاج الطبيعى المحايد من البيانات هو عدم وجود سلف مشترك و نشأة هذه الكائنات بشكل مستقل كل بمشيمته و جيناته لكن نظرية التطور وظيفتها الأساسية اختراع القصص للحفاظ على أسطورة السلف المشترك! و الحل؟ يتحفنا التطوريون بافتراض أن السلف المشترك طور مشيمته بطريقة ما (عدوى ثامنة مستقلة) ثم بدأت الخطوط التطورية اللاحقة تغيرها لتضع مكانها عدوى جديدة سبع مرات. هذه هى العلوم الصلبة و التفسيرات العلمية الرصينة و الا فلا! المفترض وفقا للتطور أن وجود حمض نووى متشابه فى الكائنات دليل على وراثته من سلف مشترك و لكن الان الجين المتشابه غير موجود أو عمره غير مناسب للسيناريو التطورى و يتم تأليف القصص عن تبديله باخر للحفاظ على أسطورة السلف المشترك!!!

The model states that a pivotal event in the emergence of placental mammals has been the capture of a founding retroviral env gene, but that this ancestral env gene has been subsequently replaced in the diverse lineages emerging in the course of the mammalian radiation upon successive and independent germline infections by new retroviruses and co-optation of their env gene, each new gene providing its host with a positive selective advantage

Christian Lavialle et al., "Paleovirology of ‘syncytins’, retroviral env genes exapted for a role in placentation" Philosophical Transactions Of The Royal Society B: Biological Sciences 19 September 2013 Volume 368 Issue 1626

و طبعا يحاولون الاستدلال بأن بقايا الفيروس الثامن ربما تكون بين الخردة و البقايا الفيروسية فى الجينوم برغم أن هذه الحجة فى تراجع مستمر مع استمرار اكتشاف وظائف هذه التسلسلات و الأكثر من ذلك هو التعامل مع العثور على بروتين (فيروس بلغة التطور) سنسايتن فى الكائنات الأقدم و كأنه تحقق لنبوءة تطورية فهل كانت هذه الكائنات تدمج الخلايا بدون بروتين الدمج حتى نسمى هذا تحققا لنبوءة تطورية لمجرد أننا لقبنا البروتين بالفيروس؟ لكن أرجو من القارئ أن يتذكر من جديد أن هذه هى النظرية التى تتبجح ليلا نهارا بأنها الأكثر اقتصادا فى الفرضيات parsimony و الأكثر التزاما بنصل أوكام لأنها أزالت فرضية المصمم. ثمانية فرضيات (الأوقع تسميتها قصص) عن ثمانية حالات عدوى و تطور مستقل لتفسير نوع واحد من البروتينات syncytins لازالة فرضية واحدة و هى التصميم! أو للدقة تسعة و ليس ثمانية لأن بعد المراجعة أعلاه بسنة واحدة تم اكتشاف عملية الادخال الفيروسى المستقلة التاسعة فى الثدييات لبروتينات-عفوا- أقصد فيروسات syncytin ليتم اضافة قصة جديدة للقصص السابقة ليخلص الباحثون الى أن عمليات الادخال الفيروسى المستقلة ظاهرة شائعة بين الخطوط التطورية المستقلة.

In conclusion, the molecular and structural data altogether strongly suggest that syncytin gene capture is a widespread process that took place in several widely separate lineages in the course of eutherian evolution

Guillaume Cornelis et al., "Retroviral envelope syncytin capture in an ancestrally diverged mammalian clade for placentation in the primitive Afrotherian tenrecs" PNAS Vol. 111 | No. 41: E4332-E4341, September 29, 2014

نعم يا عزيزى من كان يستدل على االتطور بعدم معقولية تكرار نشأة السمات بلا سلف مشترك هو ذاته الذى يقول لك الان أن التطور فعل ذلك و ان لم تصدق فاعلم أن جهلك بالعلم هو الذى منعك!!! و لا أحد يعلم كم عدوى مستقلة جديد بلا سلف مشترك سيتم اكتشافها تحت بند الدليل الرهيب على السلف المشترك. و طبعا بما أن هذه الفيروسات دخلت الجينوم و تطورت بشكل مستقل فان بروتينات مثل DUX و ZFP التى تنظم عملها و الجينات التى تتفاعل معها فى البويضة المخصبة هى الأخرى تطورت بشكل مستقل بين الكائنات المختلفة بدون سلف مشترك

Divergent DUX-like family members, early zygotic genes and ERVs in different mammals are thus an astonishing example of convergent evolution...This experiment indicated that this KRAB-ZFP suppresses a putative ETn[Early Transposon]-derived enhancer and may regulate gene expression rather than merely repress a TE. In human ESCs[embryonic stem cells], this function in gene regulation convergently evolved and may be developmentally relevant

Anna D. Senft & Todd S. Macfarlan "Transposable elements shape the evolution of mammalian development" Nature Reviews Genetics volume 22, pages691–711 (2021)

من يقول هذا الكلام هو عينه من يقول لك ليلا نهارا "و هل استخدم المصمم نفس التسلسلات بين الكائنات المختلفة ليخدعنا و يوحى لنا بالسلف المشترك؟" يبدو أن "التطور" هو الذى يواصل وضع هذه التسلسلات فى الكائنات المختلفة بشكل مستقل و تبديلها ليوحى لنا بعدم وجود السلف المشترك!!! هذه المسخرة يتم تجاوزها و اكسابها صفة علمية بطريقة خداع بارعة: أطلق عليها اسما أنيقا – انه التطور المتقارب...هنا يظن المستمع أن هناك عملية طبيعية موجودة فى الطبيعة فعلا اسمها التطور المتقارب تفعل هذا بينما التطور المتقارب حرفيا هو مجرد اسم أنيق لهذه المهزلة الاستدلالية. الأمر نفسه ينطبق على الية الدمج exaptation/cooption فستجد الورقة تستخدم صياغة ملتوية جدا لتوصيف فكرة وجود قفل و مفتاح يشغل و يعطل هذه العناصر بأن تقول أن وجود البروتين التنظيمى هو الذى مكن دمج العدوى فى عملية تنظيمية فى مرحلة نمائية محددة بينما العملية لا تحتاج الى كل هذا اللف و الدوران التطورى فى التوصيف فهى عملية تنظيمية محددة لتفعيل الية فى وقتها المناسب ثم غلقها - ببساطة مفتاح تشغيل وظيفى. و بعد اللف و الدوران سيعيدك التطورى الى اليته الوحيدة التى لا يملك غيرها (أخطاء نسخ صدفوية + بقاء الجيد و زوال الضار)و لكنه يسميها بأسماء مختلفة ليوحى بكثرة الاليات و ان لم تقتنع فأنت لا تصدق العلم لكن أين انتهى العلم و بدأت القصص السخيفة فهذا سؤال ممنوع أن نسأله حتى يستمر تهريب القصص السخيفة فى قلب البيانات العلمية. هنا طبعا سيؤكد لك التطورى أن لديه أدلة كثيرة على التطور المتقارب – المشكلة أن كل هذه الأدلة عبارة عن قصص أخرى قام بتأليفها لترقيع تناقض البيانات مع فرضية السلف المشترك كالقصة أعلاه ثم اعتبرها أدلة فمثلا نفس الفيروس أو الحمض النووى الطفيلى ضرب الانسان فى البر و الأخطبوط فى البحر ليصنع لهما الذكاء و الادراك

“Octopus brain and human brain share the same ‘Jumping Genes’” Phys.org (June 24, 2022)

Giuseppe Petrosino et al., "Identification of LINE retrotransposons and long non-coding RNAs expressed in the octopus brain" BMC Biology volume 20, Article number: 116 (2022)

بل و فى احدى الحالات العجيبة تم اكتشاف شبكة كاملة من مئات الادخالات "الفيروسية" وظيفتها التحكم فى أحد ردود الأفعال المناعية نشأت خمس مرات بشكل مستقل. لقد أتمت البارسيمونى وظيفتها فى حذف المصمم من المعادلة لتقليل الفرضيات الان اقتلوها فورا باضافة فرضيات لدخول الفيروس فى مئات الأماكن الصحيحة لصناعة شبكة تحكم و فعله هذا خمس مرات مستقلة!

lineage-specific ERVs have dispersed numerous IFN-inducible enhancers independently in diverse mammalian genomes...Our analysis revealed the primate-specific MER41 family of ERVs as a source of IFNG-inducible binding sites (Fig S4B), with nearly 1,000 copies in humans (N=962) bound by STAT1[signal transducer and activator of transcription] and/or IRF1[interferon regulatory factor] in at least one cell type...we found that the tandem STAT1 binding motifs present in anthropoid MER41 are conserved in MER41-like relatives found in lemuriformes, vesper bats, carnivores, and artiodactyls (Figs 4A, S10), suggesting that they might also have dispersed IFN-inducible enhancers in the genomes of these species...These results suggest that ERVs may have independently expanded the IFN regulatory network in multiple mammalian lineages.

Edward B Chuong et al., "Regulatory evolution of innate immunity through co-option of endogenous retroviruses" Science 4 Mar 2016 Vol 351, Issue 6277 pp. 1083-1087

و طبعا هذا "دليل" على أن التطور صنعها أكثر من مرة! المشكلة الأكبر أن كل هذه "الأدلة" هى فى الواقع أدلة ضد السلف المشترك و الأوقع بعد كل هذا أن هذه جينات وظيفية مصممة لكل كائن حسب احتياجاته.

“الجينات" الراجعة/القهقرية/المنسوخة عكسيا:

فقط حاول أن تتذكر هذه الفرضيات العجيبة و الاستنتاجات الأعجب عندما يؤكد لك أحدهم أن كل الأوراق العلمية تخرج بنتائج تطورية. لكن لحظة واحدة! الدراسات السابقة تقول أن هذه التسلسلات لها وظيفة! أنا ظننت أنها بقايا عمليات عدوى فيروسية بلا فائدة و أنها تسلسلات غير وظيفية كالحمض النووى الخردة و الجينات الزائفة. نسيت أن أقول لك: كما اكتشف العلم وظائف كل هذه الأشياء مثبتا خطأ الفرضيات التطورية اكتشف أيضا وظيفة "جينات" النسخ العكسى أو الجينات القهقرية فهى تسلسلات وظيفية و ليست فيروسات ضارة أو ارث تطورى عديم النفع.

تحدثنا عند تفنيد خرافة الحمض النووى الخردة عن اكتشاف وظائف الكثير من التسلسلات بعد سنوات طويلة من الاصرار على أنها غير وظيفية و هو عين ما حدث مع هذه الفيروسات المزعومة. انها ليست خردة أو جينات ميتة أو بقايا أو أحافير جينية أو أيا من المصطلحات التطورية الأخرى بل هى تسلسلات وظيفية و للتأكيد على ذلك دعنا نطالع بعض ما كتبته المراجعات و الدراسات عنها.

احدى المراجعات مثلا ذكرت أدوارا كثيرة لهذه "الفيروسات" فى الكثير من عمليات الخلية و فى انتاج الرنا الغير مشفر للبروتين ncRNA و الذى ذكرنا أمثلة كثيرة على وظائفه المكتشفة سابقا

We increasingly recognize that viruses contribute to cell genomes. They provide sequences for non-coding ncRNAs, sites for transcriptional control, and elements important in epigenetic regulation. Similar transcriptional and epigenetic regulatory contributions are made by mobile genetic elements

James A. Shapiro, “Epigenetic Control of Mobile DNA as an Interface between Experience and Genome Change,” Frontiers in Genetics 5 (2014): 1–16.

مراجعة أخرى رصدت اكتشاف وظائف كثير من هذه الجينات المنسوبة للعدوى الفيروسية فى صناعة المشيمة (عضو مهم للحمل و الولادة) و تنظيم الحمض النووى فى الكروموسومات و هيكلتها (صناعة التيلومير-قفل نهاية الكروموسوم و السنترومير-مركز ربط الكروموسوم و وصل قسميه معا عند منتصفه) و فى عمل الجهاز المناعى و تشكيل خلاياه الدفاعية و فى تشكل الجنين و نمو الجهاز العصبى لدرجة أن وصفتها المراجعة بأنها لاعب أساسى major player فى التطور بسبب أهمية وظائفها

Kaneko-Ishino, T.,Ishino,F.,2012.The role of genes domesticated from LTR retrotransposons and retroviruses in mammals. Front.Microbiol.3,262.

طبعا يجب أن تلاحظ اللغة الملتوية التى يتم استخدامها لانقاذ ماء وجه التطور بالاصرار على أن هذه فيروسات ضربت الجينوم و لكن تمت اعادة استخدامها/توظيفها exaptation/co-option من جانب التطورأو الاستئناس domestication كما يسمونه. لاحظ أن "التطور" الذى يتحدثون عنه كأنه كيان عاقل يقوم بأفعال ارادية كالاستئناس و التجنيد و الاستغلال و اعادة التدوير هو عمليا أخطاء فى نسخ الحمض النووى ينزلون عليها صفات و أفعال العقلاء لكن الشاهد الأهم هو أنها وظيفية و ليست خامدة ميتة كما زعمت النظرية لسنين و بالتالى يسقط تمام اعتراض "لماذا يضع المصمم فيروسات فى تصميماته" ببساطة لأنها ليست فيروسات بل جينات وظيفية بغض النظر عن "القصة" التى تصر عليها نظرية التطور. لاحظ أيضا أن التوسع فى اكتشاف وظائف لدرجة وصفها بلاعب رئيسى ينفى الصورة التى يحاول البعض ترويجها بأن وجود الوظيفة صدفة سعيدة استثنائية حفظها الانتخاب الطبيعى

دراسة أخرى قامت بمراجعة عدد كبير من الأوراق العلمية و الأبحاث المتعلقة بهذه الفيروسات المزعومة فذكرت الوظائف السابقة من تنظيم جينات و نمو جنينى و تمايز خلايا و صناعة مشيمة (لتغذى الجنين و تحميه من العدوى و من جهاز مناعة الأم كذلك) و ادارة جهاز مناعة مناعة و لكنها أضافت أمرين: الأول وظائف فى المخ و ربط الخلايا العصبية و اطلاق الاشارات لجينات GAG التى كان يقال أنها غير وظيفية خارج اطار الفيروسات و الثانى اكتشاف أساليب جديدة لعمل هذه الجينات فى الجهاز المناعى بانتاج سلاسل بروتينية تعمل كمستضدات antigens لتهيئة و تدريب الخلايا المناعية على حالات الغزو الفيروسى

Frank JA, Feschotte C (2017) Co-option of endogenous viral sequences for host cell function. Curr Opin Virol 25:81–89

و قد ذكرت المراجعة عددا كبيرا جدا من المصادر (نحو 100) نذكر منها على سبيل المثال لا الحصر

Ebert PJR et al.,. An endogenous positively selecting peptide enhances mature T cell responses and becomes an autoantigen in the absence of microRNA miR-181a. Nat. Immunol. 2009;10:1162–1169.

Tai AK, Lin M, Chang F, Chen G, Hsiao F, Sutkowski N, Huber BT. Murine Vβ3+ and Vβ7+ T Cell Subsets Are Specific Targets for the HERV-K18 Env Superantigen. J. Immunol. 2006;177:3178–3184

Mortelmans K, Wang-Johanning F, Johanning GL. The role of human endogenous retroviruses in brain development and function. APMIS. 2016;124:105–115

Irie M, Yoshikawa M, Ono R, Iwafune H, Furuse T, Yamada I, Wakana S, Yamashita Y, Abe T, Ishino F, et al. Cognitive Function Related to the Sirh11/Zcchc16 Gene Acquired from an LTR Retrotransposon in Eutherians PLoS Genet. 2015;11

Irie M, Koga A, Kaneko-Ishino T, Ishino F. An LTR Retrotransposon-Derived Gene Displays Lineage-Specific Structural and Putative Species-Specific Functional Variations in Eutherians Front. Chem. 2016;4

و المراجعات العلمية تواصل الاقرار بهذه الوظائف فعلا و لكنها تحاول أن تلف و تدور حتى لا تخسر هذا الدليل القيم على التطور فنقرأ فى مراجعة أخرى أمر مهم جدا: التكرارات الطرفية الطويلة long terminal repeats LTR و هى تسلسلات مكررة كثيرا من الحمض النووى لطالما أصر التطوريون على أنها بلا وظيفة و اثار غزو فيروسى نظرا لامتلاك الفيروسات لهذه التكرارات. الان بدأت الأبحاث تكتشف أن هذه التكرارات لها وظائف تنظيمية فهى تعمل كمحفزات لعمل الجينات promoters و تنسق معدلات النسخ و التعديل لمنتجات الجين و تتتفاعل مع باقى مكونات و بروتينات الشبكة التنظيمية فى الخلية transcription factors (ستكون لنا ان شاء الله مقالة مفصلة فى وظائف هذه التسلسلات و لماذا تشبه الفيروسات)

it’s not just protein-coding genes that have been co-opted. It is becoming increasingly evident that ERVs have also played a role in the evolution of host genomic regulatory complexity. At each end of the ERV genome are long terminal repeats (LTRs), which contain regulatory sequences that can alter the expression, splicing, and polyadenylation of those host genes located near the ERV insertion site. LTRs regulate the cell type that the virus replicates in by controlling its expression, and so can be co-opted by their hosts as alternative promoters, resulting in tissue-specific expression of host genes. Often, solitary LTRs have been generated by homologous recombination between the two LTRs present in a single ERV, resulting in loss of the internal sequence. Consequently, host genomes are peppered with solo LTRs of potential regulatory significance. Intriguingly, the LTRs of an ERV in primates (HERV-H) can bind pluripotency transcription factors that lead to the expression of the retrovirus, which in turn regulates stem cell identity. Taken together, the evidence suggests that sequences sequestered from ERVs have had a considerable influence on the evolution of their vertebrate hosts. So, not only is evolution a tinkerer, but it is also a conscientious recycler.

Alexander Hayward and Aris Katzourakis "Endogenous retroviruses" Current Biology QUICK GUIDE| VOLUME 25, ISSUE 15, PR644-R646, AUGUST 03, 2015

طبعا ستلاحظ أن التطوريين يحاولون اختلاق القصص يمينا و يسارا لترقيع البيانات مع فرضياتهم فلابد أن الفيروس كان يستغلها لتنظيم نسخ نفسه ثم سرقتها منه الخلية أو وظفتها أو جندتها أو اقترضتها borrowed/recruited المهم هو الاصرار على كونها عدوى. لاحظ أيضا كيف أن المصدر السابق يحاول تفسير وجود هذه التكرارات كثيرا بدون وجود الجينات الفيروسية بأن الجين الفيروسى كان موجودا ثم أطاحت به الطفرات بينما الأوقع أنها لم تكن عدوى فيروسية أصلا بل هذه التكرارات موجودة لأسباب تنظيمية وظيفية يعترفون بوجودها بدون أى داعى للقصص التطورية و طبعا يتم تبرير هذا التفسير الغير واقعى بانزال صفات عقلانية على الطبيعة و التطور بوصفه بأنه سمكرى tinkerer يأخذ قطعة من هنا و أخرى من هناك ليعمل و بارع فى اعادة التدوير recycler كما يقوم البشر باعادة تدوير مخلفاتهم. هذا من المفترض أنه تفسير علمى وان اعترضت فأنت لا تصدق العلم!

ان افتراض عدوى فيروسية كلما وجدت هذه التسلسلات المكررة و الزعم أنها من بقاياه أمر لا مبرر له سوى فرضيات التطور فهى موجودة كما هو واضح لأن لها وظيفة تنظيمية و لا داعى للف و الدوران التطورى عن أنها كانت بقايا عدوى ثم أوجد لها التطور وظيفة. هذا الأمر أيضا له وقع كبير على دلالة وجودها فى نفس المكان فالتسلسل التنظيمى موجود فى نفس المكان لقيامه بتنظيم نفس الجينات و ليس لأنه كان فيروس دخل الى هنا فى سلف مشترك. و المصدر السابق شرح كيف تخدم الكثير من البروتينات الشبيهة بالفيروسات الكائن (سواء المشابهة للغلاف أو القشرة البروتينية أو العناصر التنظيمية) فأشار مثلا الى كيف أن المشيمة تحتاج الى دمج بعض الخلايا مع بعضها لتصنع طبقة تصلح كوسيط لتبادل الغذاء و الأكسجين بين الأم و الجنين تماما كما تحتاج الفيروسات أحيانا لدمج غلافها الخارجى مع الخلية أو دمج الخلايا مع بعضها لتخترقها و تحتاج الى تعطيل الاستجابة المناعية لحماية الجنين الذى قد يظن الجهاز المناعى أنه جسم دخيل تماما كما تحتاج الفيروسات لتعطيل الاستجابة المناعية لحماية نفسها

Proteins produced by syncytin genes facilitate cellular fusion, producing the syncytiotrophoblast layer of the placenta, which is essential for nutrient transfer from maternal blood to the fetus, waste removal from the fetus, and gas exchange between the two. The ability of retroviruses to fuse cells facilitates their cell–cell transfer, and the host has borrowed this property to create a layer of fused cells — one cell-layer thick — that covers the placenta. Syncytins are also implicated in maternal tolerance of paternal antigens, preventing initiation of an immune response and rejection of the fetus. Amazingly, it could be that ancestral co-option of these viral genes paved the way for the transition from egg-laying to placental development in mammals.

من الواضح جدا تشابه التسلسلات لأنها تقوم بوظائف متشابهة و لكن التطورى طبعا يجب أن يصر انه فيروس وظفه التطور و أخذت المراجعة تلف و تدور مؤكدة أن التطور قد قام بدمج عدوى فيروسية فى الجينوم و التلاعب بها و تعديلها و اعادة تدويرها الى اخر هذا الكلام الانشائى عديم الدليل فقط للمحافظة على السيناريو التطورى و لكنها نبهت الى نقطة هامة

ERV expression has been noted in various cancers and autoimmunity, but whether this expression is a cause or a consequence of disease is unclear.

كثيرا ما يستدل التطوريون بحالات تتسبب فيها هذه التسلسلات فى مشاكل و أمراض مستشهدين بأن هذا دليل على أصولها الفيروسية و لكن المراجعة هنا نوهت الى أننا لازلنا غير واثقين هل عمل هذا الجين (الفيروس كما يسمونه) بهذه الطريقة التى سببت خللا هو الذى قاد الى المرض أم أن المرض هو الذى سبب خللا فى عمل الجين/الفيروس و الحقيقة أننا حتى اذا سلمنا للطرح التطورى الذى يزعم أن هذا الجين أو ذاك فعلا يسبب الأمراض و ليس مفيدا فان هذا لا يمثل مشكلة للتصميم فقط بل للتطور كذلك فوفقا لنظرية التطور مثل هذا الجين يجب أن يستأصله الانتخاب الطبيعى أو تتراكم فيه الطفرات حتى يتوقف عن العمل لا أن يظل الانتخاب محافظا عليه و على نشاطه الضار. أضف الى ذلك أن منظور التصميم لا يفترض أن التصميمات لا يمكن أن تتلف مع الوقت بل يقر تماما بأن تعرض هذه الاليات الى طفرات قد يؤدى الى خلل فى تنظيمها و توقيت و مقدار عملها أو حتى فى وظائفها فتتسبب فى أمراض و لكن الأصل فيها كما هو واضح من اجمالى الأدلة هو التصميم و الوظيفية.

أضف الى ذلك أن نفس هذا الاستدلال كان سائدا فى حالة التسلسلات المكررة tandem repeats و الينقولات (الفصيلة التى تنتمى اليها الفيروسات الراجعة) ثم بدأت الأبحاث الحديثة تشير الى أنها ليست مصدرا للأمراض و لكنها وظيفية و تحدث الأمراض بسببب اصابة وظائفها بالخلل تماما كأى تسلسل حمض نووى وظيفى كما هو موضح فى الروابط السابقة

the field of REDs [Repetitive Element Diseases] has largely focused on emergent toxic mechanisms as drivers of disease only in the setting of large STR [Short Tandem Repeats] expansions rather than considering their pathology as alterations in the native functions played by these repeats in their normal genomic contexts. Here, we propose re-framing the discussion around repetitive elements in general — and STRs in particular — within human genomes. For each STR, we suggest first considering whether the STRs associated with a human disease have any native functions at their ‘normal’ size. If a native function exists, then expansion of these STRs can be viewed primarily as an aberrancy of that native function

Shannon E Wright and Peter K Todd "Native functions of short tandem repeats" eLife Review Article Genetics and Genomics (Mar 20, 2023)

Paraskasis, E. et al., Microsatellite DNA instability and loss of heterozygosity in bronchial asthma, Eur. Resp. J. 22:951–955, 2003

Bessis, D. et al., Differential expression of a human endogenous retrovirus E transmembrane envelope glycoprotein in normal, psoriatic and atopic dermatitis human skin, Br. J. Dermatol. 151:737–745, 2004

بل ان جين p53 الملقب بحارس الجينوم و الذى يعتبره بعض الباحثين أهم جين فى الخلية كان يعتبر قديما جينا مسببا للسرطان قبل فهم وظيفته الحيوية فى الحماية من السرطان و أن تعرضه للطفرات هو الذى يسبب المرض

“Ten years later, it changed from an oncogene to a tumor suppressor gene,” Levine said. “That just changed the field completely.”

One Protein to Rule Them All - p53 is possibly the most important protein for maintaining cellular function. Losing it is synonymous with cancer. The Scientist (Feb 28, 2024)

بعد كل هذا لا معنى أبدا لأن يأتيك أحد ببحث رصد وجود منتجات أحد هذه الجينات - عفوا أقصد الفيروسات - فى حالة مرضية ليؤكد لك أنها تسبب الأمراض اذن هى بقايا عدوى فأى خلل فى أى مكون وظيفى فى الجينوم من البديهى أن يسبب مشكلة مرضية و بالتالى فان الأوقع هو أن ارتباط الأمراض بهذه التسلسلات الشبيهة بالفيروسات مرتبط بخلل فى وظائفها و ليس بمجرد وجودها و يدعم هذا الاكتشافات الكثيرة التى تتوالى لوجود وظائف لهذه التسلسلات و هو نفس ما خلصت اليه مراجعة أخرى وجدت أن ما يمكن أن تسببه تلك العناصر من أضرار (بفرض أنها السبب فعلا و ليس خلل فى عملها) تعتبر أحداث نادرة مقابل الفوائد الهائلة التى تقوم بها و لكنها طبعا نسبت الأمر للانتخاب الطبيعى و على المرء أن يتساءل أين كان فخامة الانتخاب فى الوقت الذى كانت فيه كل أشكال السباب تطلق على هذه العناصر

Tes[Transposable elements] were initially dismissed as purely parasitic units and coined selfish or junk DNA. However, TEs are increasingly recognized as essential contributors to evolution through processes such as gene mutation, gene shuffling, transcriptional modulation, dispersion of regulatory sequences, genomic recombination, and other types of chromosomal rearrangements. TEs and their hosts coevolve by achieving a fine balance between potentially deleterious consequences of specific mutations for the individual and adaptive benefits of genetic diversity for the species...Although intriguing, these relatively rare occurrences are vastly outnumbered by examples of the positive impact of mobile elements on the biology of higher species,

Marc Friedli, Didier Trono "The Developmental Control of Transposable Elements and the Evolution of Higher Species" Annual Review of Cell and Developmental Biology Vol. 31:429-451 (Volume publication date November 2015)

و المراجعة السابقة أسهبت فى ذكر دور أدوار هذه العناصر فى جهاز المناعة و المخ و الأعصاب و تحفيز و تحسين نسخ الحمض النووى و توفير قطع اضافية للبروتينات و انتاج أنواع متعددة من الرنا الغير مشفر متعدد الوظائف و تنظيم عمليات الخلية و التمثيل الغذائى و توجيه عملية نمو الجنين و تمايز خلاياه و تخصصها كما استعرضت اليات التنظيم المختلفة التى تخضع لها لدرجة أن وصفت هذه الفيروسات التى دائما ما يقال لنا أنها بقايا بلا دور بأنها عنصر أساسى فى التطور TEs are likely the most powerful genetic force engaged in the evolution of higher species / key to the emergence of modern humans و خلصت الى أن المسألة أكبر من مجرد سباق تسلح بين فيروس و عائل بل أشبه بعمليات واسعة النطاق من "استئناس الفيروسات"

The emerging picture is not that of a simple arms race but rather of a massive and sophisticated enterprise of TE domestication for the evolutionary benefit of the host...EREs[Endogenous Retroelements] and their control mechanisms contribute broadly to transcriptional networks that regulate not only the development but also multiple aspects of the physiology of complex organisms...The predominant role of EREs and their controlling mechanisms in shaping the genomic architecture of their hosts and in regulating many aspects of their biology, from early development to metabolism and from immune responses to behavior, has another important implication, as it indicates a very significant degree of species specificity in the conduct of these processes

و بغض النظر طبعا عن التفسيرات التطورية عديمة المعنى كالاستئناس و الدمج الا أن الشاهد هو وجود وظائف على نطاق واسع و ليس كاستثناءات لهذه العناصر لدرجة اعتبارها مهمة فى "نشأة" و وظائف الكائنات

Our results reveal...the importance that transposable elements have had in facilitating this functional turnover.

Galih Kunarso et al., "Transposable elements have rewired the core regulatory network of human embryonic stem cells" Nature Genetics volume 42, pages631–634 (2010)

و نختتم بمراجعة قديمة نسبيا لكنها هامة و تبدأ بشرح كيف تتم عمليات الادخال للفيروسات و الينقولات المختلفة من خارج الحمض النووى و كيف تتسبب فى حدوث تسلسلات مكررة على جانبى عملية الادخال Target Site Duplications (TSD) بسبب استخدام هذه التكرارات فى وصل المناطق المقطوعة من الحمض النووى مع الجزء المضاف (للتشبيه تخيل أن تقوم بحياكة/رتق الفتق أو التمزق فى قطعة قماش)

H. H. Kazazian "Mobile elements: drivers of genome evolution" Science 303:1626–1632, 2004

و الى جانب التصميم الواضح فى تفاصيل العملية (قطع/ترجمة/ادخال/وصل) و الذى لا يمكن أن ينتج عن مجرد أخطاء نسخ فان هذا يلفت النظر الى نقطة أخرى هامة. عندما يقول التطوريون أن وجود هذه التسلسلات المكررة على الجانبين علامة ادخال فيروسى من خارج الحمض النووى فاننا نتفق معهم فى كل شئ الا كلمة فيروسى. هذه التسلسلات علامة ادخال من خارج الحمض النووى و أحيانا علامة اصلاح كسور و تلفيات فى الحمض النووى بسبب استخدامها فى وصل الخيوط المقطوعة و القطع المكسورة معا أما ما الذى تم ادخاله هل هو عنصر وظيفى أم فيروس فهذه قصة أخرى. و بالنظر الى ما ذكرناه سابقا عن وجود الكثير من العناصر النقالة (الينقولات) الوظيفية فى الجينوم و التى تتحرك من مكان الى مكان و تدخل فى أماكن جديدة للقيام بوظائف هامة يصبح وجود اثار قطع و ادخال من خارج الحمض النووى أمر بديهى جدا ليس بسبب حدوث عدوى فيروسية فقط و لكن بسبب حركة الينقولات الوظيفية كذلك.

تذكر المراجعة عددا من الوظائف المكتشفة لهذه العناصر كتعطيل النسخة الاضافية من كروموسوم اكس لدى الاناث و دورها فى قيام انزيمات RAG بتقطيع و اعادة توصيل قطع من الحمض النووى لتشكيل خلايا مناعية قادرة على استهداف عناصر دخيلة متنوعة V(D)J Recombination و دورها كعناصر تنظيمية. تنطلق بعد ذلك المراجعة لذكر أبحاث كثيرة وجدت أن هذه العناصر لا تنسخ نفسها بعشوائية و "انتهازية" لمجرد نشر نفسها كما زعم البعض بل تدخل فى مواقع متخصصة و تخضع لعمليات تنظيمية معقدة للحد من انتشارها و نسخها و ضمان تفعيلها فى خلايا دون غيرها

Many LTR retrotransposons target their insertions to relatively specific genomic sites. For example,…

Thus, with notable exceptions like Drosophila, transposable-element mobility is low in small genomes, where genes constitute a large fraction. In large genomes, with more active elements, only a small fraction of the genome is susceptible to deleterious insertions. Yet, in both of these scenarios, the host places further controls on mobility. At least two control mechanisms are known: (i) cosuppression usually mediated by small interfering RNA (siRNA) and (ii) methylation. During cosuppression, both the expression of an introduced transgene and its endogenous homologs are suppressed...Tc1 transposon of C. elegans (72). Tc-1 transposition occurs only in somatic cells and is completely suppressed in germ cells...other mammalian retrotransposons are hypomethylated in germ cells and in very early development when they are able to retrotranspose, and hypermethylated in somatic cells where their expression is not detectable and they cannot be mobilized.

و تختتم هذه المراجعة بالتنبيه على نقطة مهمة جدا: الكثير من التسلسلات التى قد تبدو لنا اليوم خردة و غير وظيفية ربما تكون قد ساهمت فى أدوار مهمة فى الماضى و أن ازدحام الجينوم اليوم بهذه البقايا الخردة ثمن ضئيل جدا أمام الفوائد التى قدمتها لنا أثناء "التطور"

...the shaping of the genome by mobile elements has played an important role in events leading to speciation. Whether these repeated sequences are now “junk DNA” is a complex issue. Some may have had an important function long ago, but have lost that role today. Others may never have had a function, yet the cluttering of our genomes with nonfunctional DNA was a small price to pay for the genome malleability they provided.

H. H. Kazazian "Mobile elements: drivers of genome evolution" Science 303:1626–1632, 2004

حاول فقط أن تتخيل لو أن شخصا مؤمنا بالتصميم قال جملة كهذه وسط كل التصريحات العنترية التطورية عن لاوظيفية هذه التسلسلات و أن دورها الوحيد هو اعطاء دليل على غياب التصميم...الخ. طبعا المراجعة عندما تتحدث عن الأدوار فى الماضى فهى غالبا تقصد سلسلة التطور من البكتيريا الى الانسان و التى توجد أدلة كثيرة تعارض امكان حدوثها و لكن هذه التسلسلات النقالة لها أدوار أخرى كثيرة فى قلب نفس النوع بدون تطور من نوع الى نوع. مثلا ذكرنا سابقا فى مبحث: خوارزميات البحث و مخازن المعلومات عمليات تكيف كثيرة فى قلب النوع يكون وقودها عناصر نقالة تتحرك عبر الجينوم لتدخل نفسها فى مواضع بهينها استجابة لضغوط بيئية حتى تساعد الكائن على التأقلم معها و الاستمرار فى الحياة لدرجة أن البعض أصبح يسميها diversity generating retroelements العناصر الراجعة/القهقرية المولدة للتنوعات كما ذكرنا أمثلة وظيفية أخرى عند الحديث عن الينقولات بشكل عام

The DGRs[diversity generating retroelements] are unusual retroelements that are present in some bacteriophage and bacterial genomes and have been shown to employ the RT[reverse transcriptase] to modify specific target genes and accordingly their protein products in a specific fashion...

Eugene V. Koonin et al., "Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity" Virology Volumes 479–480, May 2015, Pages 2-25

الى جانب كون عمليات ادخال هذه العناصر فى الحمض النووى قد تعمل كعلامة لاليات الخلية لتنفيذ عمليات التأشيب بين مواقع مختلفة من الحمض النووى homologous recombination و هى الية لتوليد التنوعات الجينية فى الخلايا التكاثرية من أجل تنويع الذرية و هو من جديد ما يفسر سبب شيوعها فى الحمض النووى بعيدا عن فرضية الغزو الفيروسى لللخلايا التكاثرية

In addition to rearrangements induced as a byproduct of transposition, TEs can promote genomic structural variation long after they have lost the capacity to mobilize [60]. In particular, recombination events can occur between the highly homologous regions dispersed by related TEs at distant genomic positions and result in large-scale deletions, duplications, and inversions [59, 61,62,63] (Fig. 2). TEs also provide regions of microhomology that predispose to template switching during repair of replication errors leading to another source of structural variants [64]. These non-transposition-based mechanisms for TE-induced or TE-enabled structural variation have contributed substantially to genome evolution.

Guillaume Bourque et al., "Ten things you should know about transposable elements" Genome Biology volume 19, Article number: 199 (2018)

Jennifer Hughes & John Coffin "Evidence for genomic rearrangements mediated by human endogenous retroviruses during primate evolution" Nature Genetics vol. 29 p.487–489, 2001

اذن فالكثير من التسلسلات التى قد ينظر اليها اليوم كبقايا ينقولات أو كخردة منسوخة عدة مرات من عمليات ادخال قديمة فى جينوم الكائن ربما تكون بقايا عمليات تكيف سابقة فى أجيال قديمة ساعدته على النجاة و هذا يفسر لماذا لاتتأثر الكثير من الكائنات سلبا عند حذف بعض هذه التسلسلات بل و لماذا تبدو فى بعض الأحيان متطفرة بشدة عن مثيلاتها الأصلية أو تالفة – ببساطة لأنها قد أدت وظيفتها فى جيل سابق و انتهى الأمر أما عن وجودها فى نفس المواقع بين كائنات مختلفة فكما ذكرنا بوضوح هناك الكثير من الأدلة على أن تحركها ليس عشوائيا و أن لها مواقع دخول مفضلة و بالتالى تعرض كائنات مستقلة لضغوط بيئية قد يؤدى بسهولة الى عمليات ادخال متشابهة. أضف الى ذلك الوظائف الكثيرة التى يتواصل اكتشافها لهذه التسلسلات و التى ربما تزيلها من تصنيف الخردة تماما كما أزالت غيرها

الخلاصة:

1-مزاعم التطوريين بشأن هذه التسلسلات مبنية على فرضيات قديمة مبنية بدورها على الفرضية التطورية ذاتها

2-الفيروسات قادرة على دخول الجينوم فى نفس الأماكن بشكل مستقل و تفعل ذلك كثيرا

3-عدوى الفيروسات بين الأنواع المتقاربة تنتج نفس الأشجار التطورية التى يزعم التطوريون أنها دليل الانحدار من سلف مشترك

4-هذه التسلسلات وظيفية و ليست خاملة أو ميتة أو خردة ليزعم أحد أنها لا تتفق مع التصميم

5-هذه التسلسلات ليست فيروسات أصلا برغم اصرار التطوريين على ذلك و تشابهها مع الفيروسات بسبب تشابه الوظيفة

و بالنسبة للنقطة الأخيرة بالذات سنفصل فيها أكثر فى مقال قادم ان شاء الله لنوضح ما هو وجه التشابه بين الوظيفة التى قد يحتاجها فيروس و تلك التى قد يحتاجها كائن حى اخر

ملحق: الفيروسات - نقاش الأصول

Viruses and other selfish elements certainly have not evolved from a single common ancestor: indeed, not a single gene is conserved across the entire “greater virus world” or even in the majority of selfish elements...Evolutionary scenarios based on the phylogenetic analysis of viral replication proteins often deviate from those centered on the evolution of other functional modules, in particular those of viral capsid proteins...The extent of gene shuffling is such that it can completely obliterate the ancestral evolutionary signal...the morphogenetic and replication-expression modules appear to be of different evolutionary provenances

Eugene V. Koonin et al., "Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity" Virology Volumes 479–480, May 2015, Pages 2-25

و الان المفاجأة الكبرى: ان الفيروسات بشكل عام و التى يقال لنا أن وجودها فى الكائنات دليل سلف مشترك لا يمكن تعقبها الى سلف مشترك!!! ليس هذا فحسب بل ان هناك فرضيات تطورية بأنها عناصر نقالة وظيفية فى الأصل ثم هربت من الخلايا الحية أى عكس السيناريو الذى يستدلون به على التطور و ينشرونه و كأنه التفسير الوحيد. ان أحد سيناريوهات نشأة الفيروسات فى الواقع يفترض أن الفيروسات أصلها هو العناصر النقالة فى الخلية و التى فصلنا فيها و فى وظائفها من قبل نجح بعضها فى عبور الغشاء و "الهروب"الى خلايا أخرى أى عكس السيناريو المشهور تماما. ليس هذا فحسب بل فى بعض الفرضيات بروتينات هيكل الفيروس capsids أصلا كانت بروتينات وظيفية فى الخلية ثم أخذها الفيروس/العنصر النقال أثناء نسخ نفسه فكانت وقودا لخروجه من الخلية و انتقاله بين الخلايا و فى فرضيات أخرى جاء الفيروس أصلا من خلايا بدائية "تطورت" بفقد أجزاء من الجينوم genomic reduction و بالتالى أصبحت تحتاج الى التطفل على خلايا أخرى و كل هذه الفرضيات أكثر واقعية من سيناريو الفيروسات أولا (عالم الرنا) RNA world بسبب مشاكله الكثيرة التى فصلنا فيها من قبل.

Fizza Mughal et al., "The origin and evolution of viruses inferred from fold family structure" Archives of Virology (2020) 165:2177–2191

هذه الفرضيات المتعددة لنشأة الفيروسات تنفى فكرة أن وجود البروتينات الفيروسية المسئولة عن تصنيع القشرة/الهيكل/الحجيرة capsids أو الغلاف الخارجى/الظرف envelope أوغيرها من مكونات الفيروس فى الخلية يجب أن يكون دليل عدوى فيروسية فى سلف مشترك بل هو تشابه بسبب تشابه الوظيفة (و سنفصل فى هذا أكثر فى المقال القادم ان شاء الله) أو ان أردت مجاراة السيناريو التطورى فبامكانك أن تقول هى أصلا بروتينات وظيفية أخذها الفيروس لاحقا. و فى ما يلى واحدة من المراجعات الشاملة فى المجال و هى تعدد أدلة تدعم كون الفيروسات مشتقة من ينقولات الخلايا

the ancestral genome of positive-strand RNA viruses of eukaryotes might have been assembled de novo from genes derived from prokaryotic retroelements and bacteria although a primordial origin of this class of viruses cannot be ruled out... Polintons, the largest known eukaryotic transposons, predicted to also form virus particles,

Eugene V. Koonin et al., "Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity" Virology Volumes 479–480, May 2015, Pages 2-25

If the picornavirus-like superfamily indeed represents the ancestral viral reservoir from which the rest of the eukaryotic þRNA viruses evolved (with some notable exceptions discussed below), then, the problem of the origin of eukaryotic þRNA viruses boils down to the origin of the ancestral picorna-like virus...remarkably high similarity of picornavius-like RdRps to the reverse transcriptases (RTs) of the bacterial group II retroelements (selfsplicing introns),...Considering the wide spread of the group II retroelements in bacteria... it appears plausible that the prokaryotic RTs were the ancestors of picornavirus-like RdRps. Search for the closest homologs of the 3CPro confidently identified bacterial and mitochondrial proteases of the HtrA family suggesting direct descent of the viral protease from bacterial endosymbiont of emerging eukaryotic cell. The exact origins of the other picornaviral signature genes, S3H, JRC and VPg, proved much more difficult to trace. Nevertheless, S3H is encoded in some dsDNA bacteriophages and bacterial rolling-circle plasmids...the JRC-like β-barrel fold is found in various carbohydrate-binding proteins including those from bacteria

Eugene V. Koonin et al., "Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity" Virology Volumes 479–480, May 2015, Pages 2-25

There is sufficient evidence to derive the great majority of eukaryotic RNA viruses from a common, positive-strand ancestor that might have been assembled from several components with distinct roots in prokaryotes including a reverse transcriptase

Eugene V. Koonin et al., "Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity" Virology Volumes 479–480, May 2015, Pages 2-25

لاحظ أنه يحاول أن يحشر فكرة endosymbiosis فى الموضوع ليفسر أصل الخلايا حقيقية النوى و هى فكرة مشكلة جدا و مليئة بالثغرات لكن الشاهد هو امكان انحدار الفيروسات من البكتيريا و طبعا لانقاذ الموقف سيتم اللجوء لقصة خيالية أخرى مفادها أن البكتيريا ربما حصلت على الينقولات الهاربة من فيروسات سابقة. من أين جاءت الفيروسات السابقة؟ تذكر من المراجعة الأخرى أن أحد السيناريوهات المقترحة من خلايا و هو كما ذكرنا أقوى من سيناريو الرنا أولا. النتيجة؟ كل مكونات الفيروسات الوظيفية أصلها مكونات وظيفية فى الخلايا و بالتالى لا يمكن أبدا للاستدلال بها على عدوى فيروسية! لاحظ أيضا أنهم يعتمدون على التشابه/التنادد Homology الذى لا نقره لهم و لكن نوضح أمه حتى بمعاييرهم فالأمر ليس فى صالح سيناريو الاستدلال بالفيروسات على التطور

ليس هذا فحسب و لكن فى قسم من المراجعة Retroelements and retroviruses: Viruses as derived forms يوضح سيناريو كامل مقترح لنشأة معظم أجزاء البروتين المتعدد Pol Polyprotein (و الذى يتم تقسيمه الى عدة بروتينات وظيفية فى فيروسات الرنا لتقوم بعملية النسخ العكسى و الادخال فى الحمض النووى) من الينقولات الوظيفية فى الخلايا حقيقية النوى – من جديد كل ما يستدلون بوجوده فى الخلايا على عدوى فيروسية فى الأسلاف يمكن اعتباره مكونات وظيفية أخذتها الفيروسات من الخلايا – عكس سيناريو العدوى

that in retroviruses, the ancestral RH[RNAse H] apparently was secondarily replaced with the eukaryotic homolog...character indicates that the retroelements have acquired a eukaryotic RNHI at an early stage of their evolution. The INT domain of the LTR retro elements belongs to the DDE family of transposases (named after the distinct catalytic triad) that mediate transposition of numerous DNA transposons in eukaryotes and prokaryotes. Therefore, it has been proposed that the founder of the LTR retrotransposon branch emerged as a result of recombination betweena non-LTR retro-transposon and a DNA transposon. Notably, the Gypsy/Ty3 retrotransposons have acquired a chromodomain (a wide spread domain involved in chromatin remodeling in eukaryotes) that is fused to the integrase of these elements and modulates the specificity of integration. The aspartic protease of the LTR retroelements is homologous to the pan-eukaryotic protein DDI1...Thus, strikingly, the ancestral Pol polyprotein of the LTR retroelements seems to have evolved through assembly from 4 distinct components only one of which,the RT, derives from a pre-existing retroelement...To summarize, the retro elements enjoyed no less success in eukaryotes than RNA viruses

Eugene V. Koonin et al., "Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity" Virology Volumes 479–480, May 2015, Pages 2-25

طبعا هو كالعادة يلف و يدور للحفاظ على السيناريو التطورى بافتراض أن الفيروسات أصلا كانت متطورة من البكتيريا ثم قامت بتبديل أجزاءها الوظيفية مع بعض مكونات الخلايا حقيقية النوى عند ظهورها و نحن لا نذكر هذه السيناريوهات لأننا بالضرورة ندعم فكرة أن الفيروسات ينقولات هاربة من الخلايا و لكن ما يعنينا هنا نقطتان. الأولى هى الاعتراف الضمنى بأن هذه العناصر النقالة كانت و منذ قديم الأزل وظيفية فى حقيقيات النوى و بالتالى لا معنى لافتراض أن وجودها فى تصنيفات مختلفة راجع للعدوى بل هو الوظيفة أولا و أخيرا بدليل أن التطوريين أنفسهم لديهم سيناريو مقبول لنشأة الفيروسات المعاصرة من هذه العناصر و ليس العكس. أما النقطة الثانية فهى تبيان مدى الميوعة الرهيبة فى السيناريوهات التطورية و كيف يمكن أن تصبح ما تسمى "حقائق" مطاطة بشكل رهيب فنفس البينات يمكن توفيقها مع سيناريوهات نشأة الينقولات من الفيروسات أو نشأة الفيروسات من الينقولات – نفس البيانات يمكن توفيقها مع سيناريو الفيروسات أولا أو سيناريو الخلايا أولا أو سيناريو التطور المتشارك لهما معا أو حتى سيناريو المملكة الرابعة للحياة Fourth Domain و القائل بأن الفيروسات هى بقايا شكل منقرض من أشكال الحياة لا نعرف عنه شيئا و كالعادة كل فريق يطعن فى سيناريوهات الاخرين و يقدم أدلة على بطلانها و برغم هذا يتم انتقاء سيناريوهات بعينها و اعطاءها ضجة اعلامية و زخم أدبى و كأنها حقائق مثبتة لاستخدامها فى نفى التصميم. نقطة أخرى ملفتة هى الاشارة الى أن الكثير من الفيروسات الممرضة كتلك المسببة للأورام فى الواقع لم تكن ممرضة و لكن التقطت بعض العناصر التنظيمية من الخلايا و نتيجة ذلك أصبحت تنشط عملية الانقسام أثناء العدوى فتتسبب فى الأورام و لكن أصلها لم يكن كذلك

A much better known, textbook case of viral genes with a clear provenance are the oncogenes of numerous animal retroviruses (e.g. such thoroughly characterized oncogenes as v-src, v-ras or v-abl) which are mutated versions of host genes involved in cell cycle control that cause cell transformation when expressed from an integrated DNA copy of the viral genome (Maeda et al.,2008).

Eugene V. Koonin et al., "Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity" Virology Volumes 479–480, May 2015, Pages 2-25

و نحن بالتأكيد لا نؤمن مطلقا أن العلم الطبيعى هو المجال لاثارة سؤال الشر و لكن من الملفت أن من يفعلون هذا و يتساءلون "لماذا يتم تصميم فيروسات؟ - اذن لابد أنه التطور" ينتقون من بين السيناريوهات العلمية و يتجاهلون سيناريوهات كان أصل الفيروسات فيها حميدا وظيفيا و لكن "التطور" بطفراته التى من المفترض أن تكون الية بناء هو ما حولها الى مسوخ و هناك عدة حالات مشابهة كحالة بكتيريا الطاعون التى فتكت بالبشرية فى القرون الوسطى ثم اتضح أن أصلها بكتيريا غير قاتلة خسرت بعض جيناتها. و نفس المراجعة أيضا تقدم فى قسم فيروسات الدنا ذات الشريط الواحد Origins of ssDNA viruses of eukaryotes: Multiple crosses between plasmids and RNA viruses أطروجة مشابهة قائمة على تشابه بروتينات endonuclease-helicase فى سلالات من الفيروسات مع ينقولات و بلازميدات RC-Reps فى سلالات مقابلة من البكتيريا أكثر من تشابه سلالات الفيروسات مع بعضها البعض مرجحة من جديد احتمال نشاة هذه الفيروسات أكثر من مرة من العناصر النقالة البكتيرية و فيروسات الرنا (بلغة التطور كان موجودا ثم بدل مكوناته) أو حتى احتمال كونها بكتيريا خضعت لعملية genome reduction اختزال للجينات (تدهور لا تطور).

Although it is usually difficult to pinpoint the exact origin of viral RC-Reps, the above examples strongly suggest that RC-Reps of eukaryotic ssDNA viruses are polyphyletic and their roots are in different groups of bacterial plasmids...Taken together, the results of comparative genomic analysis clearly indicate that eukaryotic ssDNA viruses evolved on several independent occasions from bacterial plasmids via acquisition of CP genes from pre-existing +RNA viruses.

Thus, it appears extremely unlikely that ssDNA viruses of eukaryotes are direct descendants of their prokaryotic counterparts; the distantly related endonuclease domains involved in the mechanistically similar replication initiation processes probably were acquired independently and from different sources.

Eugene V. Koonin et al., "Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity" Virology Volumes 479–480, May 2015, Pages 2-25

لاحظ أن فيروسات الرنا هذه نفسها التى من الممكن أيضا أن تكون نشأت من العناصر النقالة هى الأخرى. و ستجد نفس السيناريو يتم تكراره لفيروسات أخرى كفيروسات الدنا ذات الشريط المزدوج Origins and primary diversification of eukaryotic dsDNAviruses اذ من جديد وجدت عناصر مرتبطة بصناعة القشرة الفيروسية المميزة لهذه الفيروسات لدى ينقولات الخلايا مع اشارات واضحة لكونها وظيفية الى جانب بروتينات أخرى كثيرة واضحة الوظائف متعلقة بنسخ الحمض النووى و تعبئته و ادخاله فى الجينوم و تقطيع المنتج البروتينى المتعدد protease/integrase/polymerase/DNA-packaging و كلها وظائف مطلوبة للعناصر النقالة

Recently, an evolutionary connection between the virophages and large eukaryotic dsDNA transposons of the Polinton/Maverick group (hereinafter Polintons) has been identified. The polintons are common in diverse unicellular protists and animals, indicative of their ancient origin, perhaps concomitant with the origin of eukaryotes. Recently, it has been shown that the majority of the Polintons encode two proteins homologous to the version of the JRC that is typical of the capsids of icosahedral dsDNA viruses that infect bacteria, eukaryotes and some archaea (double beta-barrel). All key structural elements of the capsid proteins are preserved in the polinton-encoded homologs suggesting that these proteins are indeed functional...combine central features of viruses and transposons...share blocks of homologous genes with diverse viruses, transposons and plasmids

Eugene V. Koonin et al., "Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity" Virology Volumes 479–480, May 2015, Pages 2-25

من جديد نجد البيانات واضحة فى كون هذه الأجزاء وظيفية و بالتالى لا داعى لافتراض نظرية كونها بقايا عدوى فيروسية و لكن التطورى يجب أن يعيد صياغة البيانات فيعيد تسميتها وفقا للفرضية التطورية الى فيروسات the Polintons, perhaps to be renamed Polintoviruses (the term we use hereinafter) برغم أن خصائصها متفقة مع امكان استخدامها فى نقل الحمض النووى بين الخلايا كما تفعل البكتيريا بالبلازميدات و بهذا يتم دمج الفرضيات التطورية فى قلب البيانات و الأسماء و كأنها حقائق بل و الأسوأ أنه يتم افتراض دخول الفيروسات/الينقولات البكتيرية المطلوبة لهذه المكونات مع الخلايا البكتيرية التى كونت الميتوكوندريا و سائر عضيات الخلية أى أنه يبنى السيناريو الخيالى لنشأة الينقولات من الفيروسات على أساس مهترئ و هو سيناريو خيالى اخر ملئ بالمشاكل ألا و هو سيناريو النشوء التعايشى و القائم على كون الخلايا ابتلعت بكتيريا و صنعت منها أعضاء داخلية و بعد ذلك هذا البناء المتداعى المكون من قصص مليئة بالمشاكل مبنية على قصص أكثر امتلاءا بالمشاكل يتم تقديمه على أنه حقيقة أو على الأقل أفضل تفسير و من يرفضه يرفض "العلم". خيال هؤلاء القوم الواسع و الفانتازيا التطورية أصبحت علما.

بل و حتى فى قلب هذا السيناريو الخيالى لم يملك الا أن يعترف أن بعض البروتينات المشتركة هى بالتأكيد بروتينات خلوية فى الأصل (ثم سرقها الفيروس) سواءا لكونها مهمة للخلية أو لكون الفيروس الأصلى الذى يفترضه لا يمتلكها و أن يفترض أن بعض الفيروسات ينقولات "هربت" من نواة الخلية أو ربما عضياتها الأخرى

The key event in the evolution of the Polintoviruses from the ancestral tectivirus apparently was the acquisition of the RVE family integrase and the Ulp1-like cysteine protease, conceivably via a single recombination event with a eukaryotic Ginger 1-like transposon...A key event in the evolution of the “Megavirales” was the escape from the nucleus, most likely concomitant with the acquisition of the RNA polymerase and the capping apparatus from the host. The escaped element that would replicate in the cytoplasm using the ancestral Polinton pPolB spawned two groups of mobile elements, namely cytoplasmic plasmids (surviving in fungi) and the “Megavirales” that share with these plasmids the distinct three-domain capping enzyme, two RNA polymerase subunits and the D11-like helicase

Eugene V. Koonin et al., "Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity" Virology Volumes 479–480, May 2015, Pages 2-25

ما سبق سيناريو رصين يصنف تحت بند التفسير العلمى الذى تم استنتاجه من البيانات و لكن اياك ثم اياك أن تتحدث عن مفاهيم خرافية كالتصميم و فانتازيا المصممين الذين لا يمكن رؤيتهم أو رصدهم و لا استنتاج وجودهم من وجود عناصر وظيفية نقالة فى الجينوم لأن هذا يوقف البحث العلمى. ان المهزلة المذكورة أعلاه ليست بحثا علميا بل فيلما سينمائيا...و فيلما فاشلا و سخيفا و لكننا ذكرناها فقط لنوضح كيف تتسق البيانات مع وجود العناصر النقالة الوظيفية التى يزعمون أنها فيروسات بشكل أصلى فى الخلايا من البداية لا أنها عدوى كما يزعمو ليتجنبوا القول بالتصميم. كيف يوقف القول بالتصميم مسيرة العلم؟ هل القول بالتصميم سيمنعك من دراسة كل عنصر من هذه العناصر و تحديد كيف يعمل لصناعة علاج و أمصال للفيروسات من جهة و لتوظيف العناصر النقالة بشكل ايجابى من جهة أخرى؟ طبعا لا. و لنعكس الصورة كيف تدفع المسخرة المذكورة أعلاه البحث العلمى الى الأمام؟ بالقصص الخيالية. الحقيقة أن افتراض وجود التصميم دافع أكبر لدراسة كل ما أمامك و فهمه و لا داعى لأن نذكر بأن القصص التطورية عطلت البحث العلمى فى وظائف الحمض النووى الغير مشفر للبروتين (و الذى منه الكثير من الينقولات) لعدة عقود!!!

اذن القصة باختصار: فيروسات أولية (ربما من تفاعلات كيميائية و هذا مستحيل و ربما من خلية أولية نشأت من تفاعلات كيميائية و هذا أكثر استحالة) قامت بنشر العدوى الى بكتيريا ثم سرقت بعض جينات البكتيريا لتصنع تنوعات كثيرة من نفسها ثم استأنستها البكتيريا (من باب أن الصلح خير و العفو عند المقدرة) و صنعت منها ينقولات وظيفية (تعليم المجرم حرفة يغنيه عن الجريمة-خذوا الحكم من أفعال البكتيريا) ثم خلايا ابتلعت هذه البكتيريا (و ربما ابتلعت معها بكتيريا أخرى لتخفض رد الفعل المناعى – لا أمزح يفترضون ذلك فعلا) فتحولت البكتيريا بمعجزة ما الى أعضاء داخل الخلية الجديدة فهربت منها الفيروسات (ربما لم يعجبها السكن الجديد) أو ربما تم استئناسها أولا لتتحول الى ينقولات فى الخلايا الجديدة حقيقية النوى قبل أن تهرب ثم و هى تهرب سرقت بعضا من جينات العائل الجديد حقيقى النوى فتحول بعضها الى ينقولات جديدة لحقيقيات النوى (ربما ارتأت أن تستغل ما سرقته لتبدأ حياة نظيفة مستقرة كجزء من مجتمع الخلية) و البعض الاخر فر اثما بغنيمته الى خارج الخلية مفضلا أن يواصل حياة الجريمة. و أثناء أفعاله الاجرامية ترك اثار ادخال نفسه و مخلفات من بروتيناته فى كائنات كثيرة من جديد و هذه الاثار يمكن أن تحدث بطرق متعددة منها انتقال العدوى من عائل الى اخر أو تكرار العدوى فى نفس الموضع ناهيك عن أن بعضها يتعارض أصلا مع العلاقات التطورية و لكننا سنستدل بها على السلف المشترك!!! طبعا لا ننسى أن بروتينات هذه الفيروسات التى نستدل بها على السلف المشترك تقر الدراسات أنها موزعة عبر شجرة تطور الفيروسات بطريقة متعددة الأصول patchy/polyphyletic/ indpendent أى أنها هى ذاتها بلا سلف مشترك و تنشأ أكثر من مرة و لكننا طبعا سنتجاهل هذه الحقيقة حتى نتمكن من الاستدلال بها على السلف المشترك و سنفترض أن الفيروسات التى نستدل بها "مؤدبة" و احترمت قواعد التطور حى نتمكن من الاستدلال على سلف مشترك! كل هذا و يقولون لك التطور هو الأكثر اقتصادا فى الفرضيات most parsimonious و هو المتسق مع نصل أوكام لأنه أزال فرضية وجود مصمم.

شكل توضيحى لاحدى فرضيات تطور أحد تصنيفات الفيروسات (فيروسات الرنا) و اصابة نصل أوكام بالصدأ – أنا منهار من كثرة البارسيمونى – أين نذهب بكل هذا البارسيمونى؟ مش عارفين نودى البارسيمونى فين الصراحة!!!

Eugene V. Koonin et al., "Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity" Virology Volumes 479–480, May 2015, Pages 2-25

Fizza Mughal et al., "The origin and evolution of viruses inferred from fold family structure" Archives of Virology (2020) 165:2177–2191

انظر الى كمية الفرضيات التى اضطررت الى ادخالها بمجرد أن أزلت المصمم! و هذه الفرضيات العجيبة فى حد ذاتها تحتاج الى أن تحدث أكثر من مرة لكى تتم سرقة جينات مختلفة فى كل مرة سواءا من العائل الأول البكتيريا (المبلوع) أو من العائل الثانى من حقيقيات النوى (البالع) حتى تنشأ مجموعات مختلفة من الفيروسات و الينقولات و البلازميدات فى حقيقيات و بدائيات النوى و حتى نفسر غياب سلف مشترك للفيروسات و نشأة عائلاتها بشكل مستقل.

The multiple connections between the Polintoviruses and various other groups of viruses and plasmids have prompted a unifying scenario under which Polintoviruses were the first group of eukaryotic dsDNA viruses that, on different occasions, gave rise to several groups of eukaryotic viruses, transposons and plasmids

Eugene V. Koonin et al., "Origins and evolution of viruses of eukaryotes: The ultimate modularity" Virology Volumes 479–480, May 2015, Pages 2-25

لاحظ أيضا كيف يحاول "التعمية" على غياب السلف المشترك بأن يبدا السيناريو بجماعة من الفيروسات المختلفة سواءا نشأت بشكل مستقل أو نشأت من سلف واحد و أخذت تتبادل الجينات بينها و بين الخلية حتى يقول لنا ببراءة "اسفون جدا...السلف المشترك حقيقة و لكن الأدلة ضاعت أثناء تبادل الجينات فلا تطالبونا بها"!!!

و هذا فى الفيروسات فحسب و هناك ما هو أكثر فى أشجار الحياة الأخرى! يقول بعض التطوريين من معارضى أن أصل الفيروسات من الخلايا أنه طالما هذه البروتينات كبروتينات القشرة و الغشاء مثلا أو غيرها مهمة و مفصلية جدا للفيروس virus hallmark فى دورة تكاثره و بقاءه مقابل أهمية/كثافة وجود أقل فى الكائنات الأخرى اذن هى بالتأكيد ذات أصول فيروسية ثم أخذتها الخلايا من عمليات العدوى و لكن وفق منطق التطوريين نفسه فان الكثير من الدراسات السابقة وجدت توزيع البروتينات و التطويات و الخصائص و الهياكل المختلفة عبر الفيروسات غير متوافق مع وجود سلف مشترك أصلا و افترضوا أنها تنشأ أكثر من مرة patchy/polyphyletic/indpendent فما المانع أن نضيف أصلا اضافيا فى الخلايا خاصة و أنهم يعترفون أن الفيروسات سرقت الكثير من مكوناتها من الخلايا؟ أم أن البارسيمونى قد تحمل كل ما سبق و لا يستطيع تحمل هذه لأن التطور يحتاجها بشدة لنفى التصميم و نصل أوكام لم تعد مهمته تقليل الفرضيات بل أصبحت ازالة فرضية واحدة فقط بعينها "التصميم" حتى لو كان الثمن ادخال عشرات الفرضيات مقابلها؟؟؟