الحياة نظام هندسى معلوماتى لاتكيفى

So the next time someone tells you that adaptationism must be true because it is required by the ‘scientific world view’, we recommend that you bite his or her ankle.

فى المرة القادمة التى يخبرك فيها أحدهم أن التكيفية صحيحة لأنها وجهة النظر العلمية نقترح أن تقوم بعضه.

-عالم الكيمياء الحيوية و البيولوجيا الجزيئية و فيلسوف العلوم التطورى الملحد ماسيمو بالميرينى و دكتور فلسفة العقل و الادراك جيرى فودور "الأمر الذى أخطأ فيه داروين" ص211

ان الكائنات الحية منظمة بشكل هرمى ضمن أصناف و أنماط تزداد شمولا مع الصعود الى أعلى الهرم [و أعلى الهرم هذا وفقا لتنبؤات الرؤية التكيفية التطورية من المفترض أن يظهر فى نهاية الخط الزمنى التطورى فى الأحافير و لكنه بالعكس تماما يظهر فى بدايته] و يحدد كل نمط بوجود صفة أو أكثر متشابهة homologous بين أفراده و هذه تبقى ثابتة لملايين السنين عبر مسارات تطورية متباعدة.

Michael J. Denton “The Types: A Persistent Structuralist Challenge to Darwinian Pan-Selectionism” Bio Complexity 3 (2013): 5 doi:10.5048/BIO-C.2013.3

يزعم التطوريون باستمرار أن النظر الى هذه الأنماط و التصاميم على أنها الأساس الطبيعى للكائنات لا مجرد تراكمات تكيفية فكرة غير علمية مبنية على الاعتقادات الدينية و الميتافيزيقية فاقدة المصداقية التى تزعم وجود غاية و هدف و هذا كذب علمى و تاريخى اذ أن الفكرة مؤسسة على قواعد علمية و يقول بها غير مؤمنين [ككتاب الكتب المستعان بها هنا مايكل دنتون و جيرى فودور و ماسيمو بالميرينى] و قد وصف مؤرخو العلوم هذه الكذبة التطورية بأنها محاولة لاخضاع تاريخ العلم ذاته لنظرية التطور

Mary Winsor “The Creation of the Essentialism Story: An Exercise in MetaHistory” History and Philosophy of the Life Sciences 28(2006): 149-174

Ronald Amundson“The Changing Role of the Embryo in Evolutionary thought” p.11, 18 100 – 101

[لاحظ أن هذا يظهر لك طبيعة الفكرة الفلسفية اللاغائية المؤسسة لنظرية التطور و التى يحارب التطوريون لاخضاع التاريخ و الأحافير و كل العلوم لها...يمكننا أن نفهم فى ضوء هذا لماذا هاجموا نتائج مشروع انكود التى نفت وجود حمض نووى خردة و لماذا يرفضون فكرة التوجيه حتى لو من اليات طبيعية

https://evolutionnews.org/2016/11/specter_of_inte/

ان القضية ليست العلم الذى يختبأ التطور خلفه بل هى وجهة نظر فلسفية يتم فرضها على العلم و هى نقطة أكدها عدد من الباحثين و مؤرخى العلوم...تشارلز داروين اعتمد كثيرا على حجج كلامية و فلسفية لترويج التطور

Neal C. Gillespie, "Charles Darwin and the Problem of Creation" (Chicago: The University of Chicago Press, 1979), pp. 124–125, 146.

Cornelius G. Hunter, "Darwin’s God" (Grand Rapids, MI: Brazos Press, 2001), pp. 48–49, 84, 158.

Paul A. Nelson, “The role of theology in current evolutionary reasoning,” Biology and Philosophy 11 (1996): 493 – 517.

Gregory Radick, “Deviance, Darwinina- Style,” Metascience (2005) 14:453–457. Freely accessible (2011) at

Abigail J. Lustig, “Natural Atheology,” pp. 69–83 in Abigail J. Lustig, Robert J. Richards & Michael Ruse (editors), Darwinian Heresies (Cambridge: Cambridge University Press: 2004).

Elliott Sober, "Evidence and Evolution" (Cambridge: Cambridge University Press, 2008), pp. 126–128.

Steven R. Scadding, “Vestigial organs do not provide scientific evidence for evolution,” Evolutionary Theory 6 (1982): 171–173.

و حتى فى الزمن المعاصر الكشوف العلمية لا تثبت هذه الفلسفة بل يتم تأويلها و تفسيرها وفقا لهذه الفلسفة...باختصار التطور فلسفة و ليس علما]

ان الخلط الذى يقوم به التطوريون دائما هو المقارنة بين حالة الصفة الان و هى كاملة و تعمل و بين نشأتها فهم يفترضون أنه طالما السمة مفيدة و تعطى تكيفا للكائن اذا لابد أنها نشأت بخطوات تكيفية و هذا غير صحيح و هو كمن يقول بما أن السيارة تسير اذن لابد أنها فى كل مرحلة من مراحل تصنيعها كانت تقوم بوظيفة ما و هذا نعلم يقينا أنه خطأ. الكارثة أنك عندما تنظر فى الكثير من الفرضيات التى تزعم أنها فسرت هذه الالية أو تلك لا تجد سوى كلام انشائى أجوف عن أن هذه الخاصية مفيدة فصنعها التطور أو أن ظروفا خلقت حاجة للخلية /الكائن لمواجهتها مما شكل "ضغطا انتخابيا" ساهم فى صنع الخاصية/النظام ليتحول الانتخاب الطبيعى الى اله فجوات بالمعنى الحرفى للكلمة يتم ذكره للاستعاضة عن غياب التفاصيل بل و استحالة الحدث...كيف بنيت هذه الأشياء؟ ما هى الخطوات و هل كانت مفيدة؟ ما هو حجم فضاء البحث بين الخطوات المحتملة و هل كانت هناك كائنات تكفى لاختباره؟ لا يهم فقط قل "ضغطا انتخابيأ" و كأن هذا تفسيرا و يعترف بهذا الكثير من التطوريين أنفسهم سواءا من أنصار النظرية المحايدة فى التطور أو من أنصار التنظيم الذاتى أو غيرها من المدارس و سيتم مناقشة هذه النماذج التطورية فى مقالات أخرى و لكن ما يعنينا هنا أن من قلب التطوريين أنفسهم من يقول بوضوح لا يوجد دليل على أن كل شئ ينشأ بسبب التكيفات بل لدينا أدلة على العكس!!!

Certainly, many of the above-mentioned embellishments of eukaryotic genes have adaptive functions in today's multicellular species, but observations on current deployment may have little bearing on matters of initial origins...where is the direct supportive evidence for the assumption that complexity is rooted in adaptive processes? No existing observations support such a claim...Such religious adherence to the adaptationist paradigm has been criticized as being devoid of intellectual merit

Michael Lynch "The frailty of adaptive hypotheses for the origins of organismal complexity" PNAS Volume 104 (suppl_1) 8597-8604 (May 15, 2007)

و قد تم توضيح عجز الانتخاب الطبيعى و الفكرة التكيفية بتفصيل أكثر عند الحديث عن الانتروبيا الجينية و حدود قدرة التكيف و الانتخاب. ان تصنيف الكائنات وفقا للأنماط و دون النظر الى أى علاقات تطورية مزعومة موجود بالفعل و قد صنف العلماء الاف الأنواع الى مجموعات كبرى أجناس و شعب بناءا على خصائص مشتركة لم تظهر عبر أى تدرجات فيما يسمى Bioplan الخطة البيولوجية أو التصميم البيولوجى

Rupert Riedl “A Systems -Analytical Approach to Macro Evolutionary Phenomena” Quarterly Review of Biology 52 (4)(1977): 351 – 370

أمثلة على الصفات المحددة للنمط:

[و التى لا تخدم أى غاية تكيفية فى حد ذاتها قبل تركيب باقى المستلزمات المؤدية للوظيفة أو لا يمكن الوصول اليها عبر خطوات تدريجية تكيفية]

1-رباعيات الأطراف: مخطط جسدى يجمع الفقاريات الأرضية و المائية عمره 400 مليون سنة

2-الريش: يجمع الطيور [و قد حاول التطوريون تأليف قصص لطيفة عن وجود ريش بدائى أو نشأته كتكيف لعزل الحرارة و تم تبيان خطأ هذه القصص عند الحديث عن الطيران t.ly/3bZJ ]

3-مخطط جسد الحشرة: 3 أجزاء (رأس/صدر/بطن) و الصدر مقسم الى 3 فصوص يحمل كلا منها زوجا من الأرجل و كلا من البطن و الفك و الأرجل مقسمة الى أجزاء

Penelope J. Gullan and Peter S. Cranston “The Insects: An outline of Entomology” 4th Edition 2010 Section 2.42

4-الأزهار: الصفة المميزة لمغلفات البذور angiosperms الراقية هى تصميم أساسى من 4 مغازل whorls كدوائر متداخلة متحدة المركز تأخذ طبعا رياضيا هندسيا

Louis P. Ronse De Craene “Floral Diagrams: An Aid to Understanding Flower Morphology and Evolution” (Cambridge University Press: 2010)

5-الغشاء السلوى Amniotic membrane: غشاء يحيط بالجنين و يحميه و يحدد فرع السلويات Amniotes الذى يضم الطيور و الثدييات و الزواحف و فى قلب هذا التصنيف نجد نمط فرعى و هو البيضة السلوية amniotic egg و هى البيضة "البرية" فى مقابل بيضة البرمائيات و طبعا السهم الشهير (و التعامل بعقلية "ما هو كله بيض") لا يفسر شيئا اذ تحمل هذه البيضة سمات جديدة بلا شبه أو مثيل مثل القشرة الصلبة و البياض الجيلاتينى و تكوين وعاء خاص لمخلفات الجنين و افراز أحماض معينة و تعديل الجنين نفسه ليتواءم مع البيئة الجديدة للنمو و الاطاحة بمرحلة اليرقة من حياته و اعكاؤه سن أو زائدة يكسر بها القشرة ليخرج بعد اكتمال النمو

6-الثدييات: تصنف وفق مجموعة من الصفات المحددة للتصميم البيولوجى : كرات دم حمراء منزوعة النواة/حجاب حاجز/غدد ثديية/قشرة دماغ مكونة من 6 طبقات و هى طبقات من أنسجة عصبية تعتبر مقر الوظائف العليا فى الدماغ و تنقسم الى مجموعات من الخلايا المسئولة عن تحليل البيانات المختلفة كالرؤية و الاحساس و الحركة و غيرها. من الممكن أن تتباين درجات تعقيد القشرة المخية فى أنواع الثدييات المختلفة (و هذا التباين بالمناسبة ليس مبررا لرسم أسهم بين هذه التباينات) لكن الأهم أنها تمتلك ذات التنظيم الأساسى دون أى شبيه أو "سلف" فى أدمغة الفقاريات الأخرى

korbinian Brodmann, Laurence J. Gary “Localization in the Cerebral Cortex: The principles of Comparative Localization in the Cerebral Cortex based on Cytoarchitectonics” New York Springer: 2006, Chapter 1, 33

ان ظاهرة االتصاميم و المخططات البيولوجية اللاتكيفية لا تقتصر على التصنيفات العليا و الرئيسية فقط بل تمتد الى التصنيفات الفرعية و المنخفضة أيضا

1-الحريشيات Centipedes: عدد قطع قد يتراوح بين 27 الى 191 و لكنه دائما فردى بدون أى فائدة تكيفية

Wim G. M. Damien “Arthropod Segmentation: Why Centipedes are odd” Current Biology 14(14) (July 2004): R557 - R559

Gregory D. EdgeCombe and Gonzalo Giribet “Evolutionary Biology of Centipedes” Annual Review of Entomology 52(1) (January 2007): 151-170

Arthur Wallace “Evolution: A Developmental Approach” 2011. Chapters 9.4, 13

2-النمل: قطع بطنية تشبه العقد و تتخذ نمطا محددا لشكل العقد و اتصالها ببعضها و غدة صدرية...يظهر التصميم فى نهاية العصر الطباشيرى و يبقى كما هو

Christian Rabeling, Jeremy M. Brown and Manfred Verhagh “Newly Discovered Sister Lineage sheds light on early ant evolution” PNAS 105(39)(Sept.30, 2008): 14913-17

Owain Westmacott Richard and Richard Gareth Davies “Imm’s General Textbook of Entomolgy” vol.2 10th Edition p.1234

3-الفراش Nymphalidae : بقع عينية و تصميم مميز للجناح

Sean Carrol “Endless Forms: Most Beautiful” p.201, fig 8.2

كل هذه الأمثلة و غيرها كثير يبدأ ظهوره بمخططه الجسدى أو تصميمه البيولوجى الأساسى دون تدرجات و الأهم أن المخطط العام بمفرده لا يخدم أى غاية تكيفية و لا يوجد سيناريو تكيفى لنشأته خطوة خطوة لأنه منفصل عن أى ظرف بيئى بعينه بينما يزعم علماء البيولوجيا التطورية أن أى صفة مستجدة تأتى عبر خطوات و أشكال انتقالية وظيفية تكيفية. ان الواقع يشهد أن المخططات البيولوجية العامة تظهر أولا ثم يبدأ التنويع عليها و لا تظهر كنتيجة لتكيفات شيء اخر و هى نفسها تبقى ثابتة و لا تتحول الى أى شيء اخر من المخططات الأخرى التى تظهر لاحقا.

الحقيقة أن الكثير من التطوريين يقلبون الصورة و يصورون الكائنات المتباينة داخل التصنيف الواحد [التى تظهر فى الأحافير بعد ظهور التصميم الأساسى] على أنها حلقات انتقالية منه أو اليه [يمكننا أن نحسن الظن و نقول أنه لضعف علمهم بتواريخ الأحافير و يمكننا أن نسيء الظن و يمكننا أن نتذكر السلالات الشبحية و تحريف سجل الأحافير الذى ناقشناه فى أيقونات التطور: شجرة الحياة t.ly/RSG2 و لكن تبقى الحقيقة الأحفورية واضحة...تواريخ الظهور لا تدعم كونها حلقات انتقالية] كما تبقى أيضا الحقيقة التصنيفية و هى أن السمات التكيفية لا تلعب دورا فى تصنيف الكائنات لكن أنماط أجسادها اللاتكيفية هى التى تفعل

Stephen Jay Gould “The Structure of the Evolutionary theory” (Cambridge: Belknap press, 2002): p.1065

David Williams “Foundations of Systematics and Biogeography” Springer-2008: Ch. 6

Stephen Jay Gould, “The Panda’s Thumb: More Reflections in Natural History” New York. W.W. Norton & Company 1992 p.189

Stephen Jay Gould “Evolution’s Erratic Pace” Natural History 86(5)(1977): p.14

الحقيقة المدهشة هى أن الكائنات عند تصنيفها وفقا للخطط البيولوجية و الأنماط مع تجاهل تام للعلاقات التطورية المزعومة تكون متوافقة جدا مع فكرة أشجار الحياة [دون الحاجة الى سلالات شبحية و افتراضات وهمية غير موجودة فى الأحافير و محاولة القفز على تضارب الأشجار و الجينات اليتيمة و الظهور الانفجارى و غيرها من مشاكل أشجار الحياة و الأحافير التى ذكرناها سابقا ببساطة لأننا نتعامل مع شجرة تصاميم بيولوجية...شجرة الجذور و نقاط التفرع فيها ليست كائنات مفترضة بل تصميمات و تعديلات عليها تماما كأشجار تصنيف المنتجات التى تقوم بعملها الشركات لتصنيف ما تصنعه و تبيعه من أقراص صلبة و معالجة صورة و صوت و لوحات الكترونية و حواسيب مكتبية أو محمولة...الخ]

الواقع أن البيولوجيا التطورية الحديثة تعترف بعجزها عن تفسير الصفات المستجدة أو المبتكرة كما يسمونها أحيانا novelty/invention/innovation و أنها لا تظهر بشكل متدرج بل أنها تقطعات بينها فجوات و لا يوجد لها سلف معروف

Gunter P. Wagner and Vincent J. Lynch “Evolutionary Novelties” Current Biology 20 (2010): R: 48-52

Massimo Pigluicci “What if anything is an Evolutionary Novelty?” Dec. 2008

Andreas Wagner “The Origins of Evolutionary Innovation: A Theory of Transformative Change in living systems” (Oxford University Press 2011)

Richard O. Prum “Evolution of the Morphological Innovations of Feathers” Journal of Experimental Zoology 304B(6)(2005):570-579

Gunter P. Wagner “Homology, Genes and Evolutionary Innovations” (2014) Ch. 4

و الأمثلة كثيرة و لعل أشهرها الاقرار الذى حدث فى مؤتمر New Trends in Evolutionary Biology فى الجمعية الملكية فى بريطانيا 2016 بعجز النظرية عن التفسير t.ly/celU .

أمثلة نظم لا تكيفية:

1-حول طبيعة الأطراف:

يقول المثال التطورى الشهير ان تشابه قدم الحصان و جناح الخفاش و يد الانسان و زعنفة الحوت دليل على السلف المشترك. [الى جانب الحجج الشهيرة المتعلقة بالأحافير و غياب الحلقات الانتقالية و استحالة كفاية الوقت المتاح لحدوث و تثبيت الطفرات و التى استعرضناها سابقا] يوضح لنا دكتور مايكل دنتون بنفس المثال حجة التصميم/البنيوية/النظام اللاتكيفى [فقط بخلع نظارة داروين الفلسفية التى تعارضها الأدلة سابقة الذكر]

ان كل طرف من هذه الأطراف بلا فائدة عمليا أو تكيفيا بدون التعديلات و المستلزمات التكيفية التى يتم تركيبها فيه (يد/حافر/جناح/زعنفة) ففى الواقع لا يوجد شيء اسمه "طرف" (سلف) لتتطور منه هذه النماذج و لا يخدم أى غاية تكيفية بمفرده. ان كلمة طرف هى مجرد مفهوم ذهنى مجرد abstract concept و لا يتحول الى واقع وظيفى يخدم غاية تكيفية حقيقية الا بعد تركيب المستلزمات الاضافية (يسميها دنتون الأقنعة التكيفية المختلفة) ليخدم عندها غرض محدد يساعد فى التكيف على البيئة و لكن لا معنى لوجود أو نشأة طرف سلف ليتم توريثه ثم يبدأ التكيف عليه لأنه ببساطة بلا قيمة بدون تكيف و بلا وظيفة. انه مجرد قالب template ليتم تنويع التصاميم التكيفية عليه لتخدم أغراضا متعددة فى كائنات متعددة لذا فان عظام زعنفة السمكة لا تشبه عظام أطراف رباعيات الأقدام لأن الزعنفة تحولت الى قدم بل لأن هناك قالب تصميم لعظام الأطراف يتم تركيب الزوائد البيولوجية و الأدوات الوظيفية عليه...هذا هو الاستنتاج الطبيعى الا لمن لديه ميول فلسفية لنفى فكرة التصميم ابتداءا فعندها طبعا سيصبح السلف المشترك و ليس القالب المشترك هو التفسير المنطقى بالنسبة له لأن صادر على المطلوب ابتداءا و سيصر على أن هذه زعنفة سباحة تحولت الى قدم مشى و جناح طيران و يد كتابة بينما هى "طرف" قالب تصميم و مفهوم ذهنى تم اعادة استخدامه. بل لقد وجدت بعض الدراسات (كما أشرنا عند الحديث عن التنادد) أن هذا النمط فى حد ذاته هو الأمثل لضمان حرية الحركة بالنظر الى ضوابط أخرى كطبيعة العظم و عملية النمو و بالتالى فان وجوده لأنه القالب المثالى لتركيب التكيفات و ليس لأنه موروث من سلف مشترك

و على ذكر الأطراف فقد وجدت الأبحاث النمائية أن نمو الأنماط المتكررة كالأصابع مثلا يستخدم الية تسمى Turing و سوف نفصل فى هذا أكثر عند تفنيد تدليس التطوريين فى مسائل البيولوجيا النمائية و محاولاتهم التطفل عليها كما تطفلوا على علوم الجينات من قبلها لكن يكفينا هنا الاشارة الى أن الية تيورنج هذه فى الواقع الية تعتمد عليها الأنظمة البرمجية التى لا تنشأ طبعا بالعشوائية و الصدفة و أخطاء النسخ

مثال اخر هو أطراف الحشرات المجزأة فهى مجرد قوالب بلا معنى و لا وظيفة و لا تخدم أى غاية تكيفية حتى تتطور خطوة خطوة و يبقى عليها الانتقاء الطبيعى بل هى تخدم غاية تكيفية فقط بعد تركيب المستلزمات الاضافية (القناع التكيفى) فيها كسلال للجمع أو أجزاء مفلطحة للتجديف أو مخالب للحفر أو تروس بين الأجزاء للقفز.

M. Burrows and G. Sutton “Interacting gears synchronize propulsive leg movements in a jumping insect” Science 341 (2013): 1254-1256

[طبعا منظومة التروس التى تدور بسرعة فائقة و تنسق بين الأطراف من انتاج أخطاء نسخ الحمض النووى المجيدة]

و نفس الأمر أيضا ينطبق على القوالب المجزأة فى فكوك الحشرات فهى بلا معنى تكيفى بمفردها حتى تتطور و لكن تتكتسب الوظيفة التكيفية فقط بعد تركيب مستلزمات الشفط أو اللدغ أو الحقن...الخ.

ان وجود هذه القوالب اللاتكيفية و تصنيف الكائنات وفقا لها لا تفسره النظرة التطورية التكيفية و لكن تفسره البنيوية [الى جانب كون تفسيرها يتفق تماما مع شهادة الأحافير]

Nicolaas Rupkee and Richard Owen “Biology without Darwin” Revised Edition (University of Chicago Press ; 2009) Ch.4

بل اننا حتى ان تجاوزنا فكرة القوالب باللكلية سنجد الوظيفية حاضرة بقوة فى الأطراف فمثلا علق أحد مؤسسى علم الأحافير جورج كوفير و المعاصر لداروين عن القوائم الأمامية لذوات المخالب أن سبب وجودها وظيفى و ليس بسبب وراثتها من سلف مشترك لأن كونها تصطاد بقوائمها الأمامية يضع قيودا على شكل المخالب و قوتها و حركتها و بالتبعية توزيع العضلات و الأوتار الى جانب تشكيل العظام و المفاصل بما فيها الكتف لتسهيل لف تلك القوائم على الفريسة لامساكها أو للقيام بحركة الضرب من الجانب و طبعا الى جانب التفسير الوظيفى للقالب فان كل هذه التغيرات فى العظام و المفاصل و العضلات يجب أن تتزامن و لا يمكن أن تحدث خطوة خطوة

George Cuvier "Revolutions of the surface of the globe" p. 60

و هذا دليل على أن الحضور "العلمى" لمفهوم الوظيفة و الغائية كان موجودا و ليس أنه كان مجرد حضور دينى حتى أزاحه داروين بالعلم كما يحلو للتطورييين أن يزعموا و لكن المشكلة الحقيقية أن داروين و من تبعه "أرادوا" ازالة الغائية و ليس أنهم "اكتشفوا" عدم وجودها

[تعقيب شخصى: الملفت فى الموضوع أن تغير توزيع الصفات فى الجماعة الحية Population Genetics هو النقطة الوحيدة التى يجمع التطوريون على أن النظرية فسرتها و هى النقطة التكيفية الحقيقية فى الكائنات الحية و ليست نشأة الأعضاء و التصاميم الجديدة عبر خطوات تكيفية مجهولة أحفوريا و مستحيلة رياضيا كما ناقشنا فى أيقونات التطور: ملايين السنين t.ly/uUXJ مما يجعل التكيفية جزء من الحالة البنيوية العامة للكائنات الحية كحالة الفيزياء النيوتنية اليوم مع فيزياء الكم]

2-هندسيا و عدديا:

من الصفات المتشابهة المحددة للصنف سمات هندسية و عددية لا تخدم أى غاية تكيفية فى حد ذاتها و لكنها تبدو كنموذج هندسى مجرد مثل العدد الفردى دائما لقطع متعددات الأرجل centipedes و الذى قد يتراوح بين 27 الى 191 و لكنه دائما فردى أو نمط توزيع العروق فى أجنحة الفراش أو التوزيع الهندسى للشعيرات على ظهر ذباب الفاكهة أو عدد فصوص أجساد أنواع مفصليات الأرجل المختلفة أو ما يسمى بالتناظر الهندسى فى الكثير من رأسيات الأرجل اذ تتوزع أطرافها بشكل هندسى حول المركز و تمتلئء الكتب بغيرها من النماذج العددية التى لا تخدم غاية تكيفية

Robert R. Schrock and William Henry Twenhofel “Principle of Invertebrate Paleontology” (Mc-Graw Hill, 1953)

Michael J. Denton “The Types: A Persistent Structuralist Challenge to Darwinian Pan-Selectionism” Bio Complexity 3 (2013): p.1-18

William Bateson “Materials for the Study of Variation” (Cambridge University Press, 2013)

[اذا نظرنا الى الأجساد ثنائية التناظر فقط فان دراسة جديدة أثبتت ضلوع 157 جين فى تحديد تصميم الجسد المتناظر و تحديد محوريه أمامى/خلفى و يمين يسار

Peter Heger, Wen Zheng, Anna Rottmann, Kristen A Panfilio and Thomas Wiehe "The genetic factors of bilaterian evolution" eLife, 9 (2020), E45530.

157 حزمة معلوماتية ظهرت فجأة بدون أى غاية تكيفية فقط لتصميم جسد ثنائى التناظرليتم تركيب التكيفات عليه لاحقا و طبعا من نافلة القول أن نذكر أن ثنائيات التناظر bilaterian تظهر مثلها مثل كل شيء اخر فجأة و بشكل انفجارى فى الأحافير بدون تدرجات

Budd, G.E and Iensen S. “A critical Reappraisail of the Fossil Record of the bilaterian phyla” Biological Reviews of the Cambridge philosophical society 75(2): 253-95]

حتى أغلفة الكائنات أحادية الخلية التى لم ربما لم تكن معلومة زمن داروين نعلم اليوم أنها تأخذ أشكالا هندسية لاتكيفية متنوعة , كذلك أشكال أوراق الشجر و ترتيباتها المتنوعة على النباتات و بتلات الأزهار المختلفة التى تكون مرتبطة بمتتالية رياضية حسابية اسمها متتالية فيبوناتشى Fibonacci Sequence F(n)=F(n-1)+F(n-2)

Jill Briton “Fibonacci in Nature” June 20, 2011

DR. Ron Knot “Petals on Flowers” Fibonacci Numbers and Nature, University of Surrey, Department of Mathematics, October 30, 2010

3-تسويغ داروين:

ان نظرية التطور تزعم أن التفسير الأفضل لهذه الأنماط هو حدث تاريخى طارئ Historical Contingency أو حتى سلسلة من الأحداث كان من الممكن أن تحدث بأى شكل يقود الى نتائج مختلفة أو بعبارة مختصرة الصدفة و هذه هى نفسها نظرية التطور التى رفضت تفسير قوالب التصميم بزعم أنه تفسير غير علمى لأن مجرد القول المصمم أراد أن يصنعها هكذا كلام غير علمى و لكن هل سلسلة الصدف التاريخية صنعتها هكذا هو العلمى؟!!! البديل طبعا هو افتراض أنها هياكل مفيدة فأبقى عليها الانتخاب الطبيعى و هنا أيضا تعود فرضية هى مفيدة لذا وضعها المصمم لتقوم بوظيفة. كان داروين على علم بهذه المشكلة و كان تسويغه و أنصاره من بعده ببساطة "لابد أن هذا كان تكيفا ما فى سلف ما فى زمن ما لظرف ما" هكذا و بمنتهى البساطة و بافتراضات ذهنية لا دليل عليها يتم الاطاحة بكل ما يعكر صفو نظرية التطور..لابد أنها كانت ميزة انتخابية selective advantage فى وقتها... يصف الفيلسوف "الملحد" توماس ناجل هذا التسويغ بأنه أكبر انتصار للأيديولوجية على الأدلة و المنطق

Thomas Nagel “Mind and Cosmos” (Oxford, 2012): Chapter 6

لم يقدم التطوريون سيناريوهات معقولة لكل هذه السمات أو غيرها و لا لكيفية كون السمة موجودة فى سلف و تغيرت بشكل تدرجات وظيفية و حتى القليل الذى قدموه كمحاولة افتراض أن الريش ظهر لعزل الحرارة-الى جانب كونه مجرد تصور ذهنى- فقد ثبت بطلانه كما بيننا فى الرابط بالأعلى بل و الأهم أن هذا لا يفسر الصفات غير المتواجدة فى أى أسلاف

تسويغ اخر لطيف هو أن هذه الصفات قد جاءت هكذا كعرض جانبى أثناء تعديل صفات أخرى فى السلف المشترك [السلف المشترك الذى نعرف اليوم بفضل اكتشافات الأحافير أنه غير موجود أصلا]أو ربما "ركبت مجانيا" Free Rider مع صفة أخرى مفيدة كما تركب المثلثات مجانيا مع الأقواس فى تصميم الكنائس [هذا هو التشبيه الذى انتقاه التطوريون بأنفسهم archs and spandrels وهو-الى جانب كونه مجرد سيناريو افتراضى يتم تعميمه على عدد ضخم من الحالات بدون اثبات-متعارض بشدة مع المكتشفات الحديثة التى تشير الى ضلوع جينات و اليات نمائية مستقلة فى هذه التصاميم كما فى ورقة الأجساد ثنائية التناظر أعلاه]

Stephen Jay Gould “The Structure of the Evolutionary theory” (Cambridge: Belknap press, 2002): p.41 - 43

ان عدم ظهور الخطة البيولوجية الأصلية Bauplan فى كائن سلف سببه ببساطة أنها لا تمثل كائنا حقيقيا تتم وراثتها منه و لكنها تمثل "تجريد ذهنى" تصميم- قالب تصنع وفقا له الكائنات و قد كان خطأ داروين القاتل هو تجسيد هذا التجريد العقلى و تصوره ككائن سلف مشترك غير موجود فى الأحافير مما يجعل كل تفسير يقدم بناءا على هذه المسلمة الأولية الخاطئة قائم على رمال متحركة. ثم ما الذى يعزل المخطط الجسدى الأساسى عن التغير و لماذا يبقى ثابتا دائما عبر مئات ملايين السنين و بين بيئات مختلفة من بحر و بر و جو؟ سيقول لك التطورى لأنه ملائم لبيئته و لكن بالنظر الى أنه لم ينشأ أصلا كسلسلة من التكيفات و أنه مستخدم عبر بيئات مختلفة كثيرة بصبح هذا الكلام مشكوكا فيه بشدة

باختصار الشديد ان الكائنات الحية تأخذ أشكالا هندسية و عددية منظمة لا تقدم أى تكيفات مع أى ظرف بيئى معقول و لا تظهر عبر أى تدرجات و لا يوجد حتى سيناريو لمراحل تكيفية معقولة تقود اليها ناهيك عن غياب هذه المراحل تماما من الواقع.

-مايكل دنتون "التطور ما تزال نظرية فى أزمة" (2016)

التكيف عن طريق خوارزميات البحث و مخازن المعلومات:

According to classical evolutionary theory, phenotypic variation originates from random mutations that are independent of selective pressure. However, recent findings suggest that organisms have evolved mechanisms to influence the timing or genomic location of heritable variability...hese mechanisms seem to tune the variability of a given phenotype to match the variability of the acting selective pressure.

Oliver J. Rando and Kevin J. Verstrepen "Timescales of Genetic and Epigenetic Inheritance" Cell REVIEW| VOLUME 128, ISSUE 4, P655-668, FEBRUARY 23, 2007

طبقا لنظرية التطور التقليدية تنشأ التغايرات من طفرات عشوائية مستقلة عن الضغط الانتخابى [البيئة و احتياجات الكائن]. الاكتشافات الحديث تشير الى أن الكائنات طورت اليات للتأثير على توقيت و موقع التغيرات الموروثة...هذه التنوعات تضبط التغيرات لتلائم الضغط الانتخابى [البيئة/احتياج الكائن]

-من مراجعة عامة للدراسات و الأدلة نشرت فى دورية Cell الخلية

Various forms of stress-induced mutagenesis are tightly regulated and comprise a universal adaptive response to environmental stress in cellular life forms. Stress-induced mutagenesis can be construed as a quasi-Lamarckian phenomenon because the induced genomic changes, although random, are triggered by environmental factors and are beneficial to the organism.

Eugene V Koonin & Yuri I Wolf "Is evolution Darwinian or/and Lamarckian?" Biology Direct volume 4, Article number: 42 (2009)

هناك حالات متنوعة من التطفير المكثف الذى يحدث بشكل منظم كاستجابة للضغوط البيئية للتكيف معها. ان التغيرات الجينية تحدث استجابة للبيئة و تكون مفيدة

Many routes of genomic alteration, even point mutations, are actually or potentially under some form of metabolic control.(1-3,41,58) There thus appears to be a spectrum of “mutational control” in the cell, ranging from the strictly targeted (site-specific) to the “random,” operating at a stage before screening by natural selection or genetic drift.

Richard Sternberg, “On the Roles of Repetitive DNA Elements in the Context of a Unified Genomic- Epigenetic System,” Annals of the New York Academy of Sciences, 981 (2002): 154-88.

الكثير من عمليات التعديل الجينى بما فى ذلك الطفرات تحت سيطرة الخلية. هناك نطاق من التحكم يتراوح بين توجيه الطفرات الى مواقع بعينها و بين وجود طفرات عشوائية يعمل عليها الانتخاب الطبيعى

suspicious of some efforts to promote the idea of an "extended evolutionary synthesis". He thinks some people are trying to sneak religious ideas back into evolutionary. "They are trying to allow organisms to have agency not controlled by genes," he says

"Blind cave fish lost eyes by unexpected evolutionary process" New Scientist (Oct 12, 2017)

بعد اكتشاف أن أسماك الكهوف العمياء تقوم باطفاء جينات العين على عكس ما كان متصور من أنها فقدتها بسبب طفرات عشوائية و أن الكائنات تتفاعل مع بيئتها بتعديل جيناتها و ليس أنها تحت رحمة أخطاء النسخ و الانتخاب الطبيعى أعرب أحد علماء البيولوجيا التطورية فى لقاء مع مجلة New Scientist عن قلقه من...دخول أفكار دينية الى التطور!!!

The challenge to neo-Darwinism comes, not from the existence of epigenetic inheritance, but from the possibility that epimutations are directed rather than random

DAVID HAIG "Weismann Rules! OK? Epigenetics and the Lamarckian temptation" Biology and Philosophy (2007) 22:415–428

ان التحدى للداروينية ليس فى وجود هذه الاليات و لكن فى احتمال كونها موجهة

The really heretical thing to say is that the environment could be pushing the epigenetic information in a direction that is beneficial.

"Does Environment Influence Genes? Researcher Gives Hard Thoughts On Soft Inheritance" ScienceDaily (August 8, 2008)

انه لمن الهرطقة (الكفر) أن نقول أن البيئة يمكن أن تدفع المعلومات فوق الوراثية فى اتجاه مفيد

هل فهمت الان ما الذى يحرك هؤلاء الناس؟ انه شئ أبعد ما يكون عن العلم و البيانات!

ان التغيرات التكيفية التى يستدل بها الدراونة كثيرا أصبحت الأبحاث تكشف يوما بعد يوم أنها ليست بالصورة التى يحاولون الايحاء بها فما بين تغيرات هى فى الواقع تدمير لجينات موجودة بالفعل كما ناقشنا هنا t.ly/JAVQ أو انتخاب طبيعى محض لصفات موجودة مسبقا دون نشأة جديد كما ناقشنا هنا t.ly/RIOY ...الا أن ما يهمنا الان هو أن حتى ما ينتج عن الطفرات بدأت الأبحاث تثبت أنه غير متعلق بمعدلات التطفر الطبيعية للجينوم بل بعمليات غائية تعتمد على رصد البيئة ثم استخدام اليات تحكم و تكيف موجودة فى قلب الكائن لتعديل بنيته فى اطار محدد مسبقا و هو ما يمسيه بعض العلماء الهندسة الوراثية الطبيعية NGE Natural Genetic Engineering نسبة الى أن الخلايا ترصد البيئة ثم تقوم بعملية هندسة وراثية و تعديلات فى الاليات التنظيمية بهدف و غاية التكيف معها لا أن التغيرات تنتج عشوائيا ليحكم عليها الانتخاب الطبيعى لاحقا بالبقاء أو الاندثار

James A. Shapiro "Nothing in Evolution Makes Sense Except in the Light of Genomics: Read–Write Genome Evolution as an Active Biological Process" Biology 2016, 5(2), 27

James A. Shapiro "Biological action in Read–Write genome evolution" The Royal Society Publishing, Interface Focus (2017)

و تشير بعض الأوراق العلمية الى أن بعضا من أشهر الأيقونات التطورية حدثت بهذه الطريقة لا بالسيناريو الداروينى العشوائى اللاغائى و كنا قد استعرضنا مثال جهاز المناعة من قبل t.ly/DJlG اذ تقوم الكائنات بتوليد الكثير من الصفات المطلوبة للتأقلم على تغير البيئة بسرعة شديدة قد تصل الى جيل واحد فقط فى بعض الحالات بل و بضعة أيام لدى بعض أفراد سمكة البلطى (احدى أيقونات المرونة التكيفية) اعتمادا على نطاق من التنوعات لديها القدرة على انتاجه بالفعل و بمجرد تعريضها الى البيئة الجديدة تبدأ عملية البحث فى الصيغ التكيفية التى يستطيع الكائن انتاجها للوصول الى الصيغة المناسبة تماما كعملية البحث التى تستهدف جين معين فى حالة جهاز المناعة المذكورة أعلاه و تتم بالية تنظيمية منضبطة لا علاقة لها بمعدل التطفر الطبيعى فى الكائن.

نوع اخر من الاليات يسمى الوراثة فوق الجينية epigenetic و فيه يقوم الكائن بالتحكم فى تفعيل أو تعطيل أجزاء من الجينوم عن طريق وضع علامات عليها methylation/phosphorylation مثال على ذلك نموذج أسماك الكهوف العمياء الشهير اذ ثبت أن الأسماك قادرة على "اطفاء" جينات الابصار استجابة للبيئة و ليس أنها تتلف عشوائيا بفعل الطفرات

the genes have been switched off by the addition of chemical tags called methyl groups...epigenetic rather than genetic

"Blind cave fish lost eyes by unexpected evolutionary process" New Scientist (Oct 12, 2017)

Nicolas Rohner et al., "Cryptic Variation in Morphological Evolution: HSP90 as a Capacitor for Loss of Eyes in Cavefish" December 2013 Science 342(6164):1372-1375

Andreas Härer et al., "Reverting ontogeny: rapid phenotypic plasticity of colour vision in cichlid fish" Royal Society Open Science (31 July 2019)

Helena Bilandžija et al., "Phenotypic plasticity as a mechanism of cave colonization and adaptation" Life Sciences (Apr 21, 2020)

نموذج تباين مناقير عصافير داروين الشهير اتضح أنه هو الاخر يعمل بهذه الطريقة

McNew, S. M. et al. “Epigenetic variation between urban and rural populations of Darwin’s finches.” BMC Evolutionary Biology 17 (2017): 183.

حتى أيقونة العث peppered moth الشهيرة اتضح أنها اكتسبت لونها عن طريق عنصر نقال transposable element و هو من الاليات التى تتحرك استجابة للضغط البيئى و ليس بسبب طفرات عشوائية لاغائية - تحرك هذا العنصر الى الجين المسئول عن انتاج الميلانين و أعطاه اشارة لزيادة انتاج هذه الصبغة فأصبح لون العث داكنا

Arjen E. van’t Hof et al., "The industrial melanism mutation in British peppered moths is a transposable element" Nature volume 534, pages102–105 (2016)

بل ان واحدة من الحالات الشهيرة التى يستدل بها التطوريون على القدرات المنسوبة للصراع من أجل البقاء و سباقات التسلح المزعومة و هى ازدياد سمك صدفة بعض الكائنات البحرية كرد فعل لوجود مفترس فى بيئتها أثبت بعض الأبحاث أنها عملية استجابة متكررة و تفعيل اليات موجودة بالفعل فى الجينات لرصد اثار المفترس و الاستجابة لها و أن حدوثها أو عدم حدوثها يعتمد على تعرف الكائنات على المفترس كونه سابق الوجود فى بيئتها أو عدم تعرفها عليه فى البداية بسبب كونه وافد جديد.

mussels express inducible shell thickening when exposed to waterborne cues...Inducible defenses are the expression of alternative forms (phenotypic plasticity) by organisms in response to cues from a predator or competitor.

These mussels were then raised with nonlethal, waterborne cues from C. maenas, H. sanguineus, or no predator (control)...Mussels from southern sites thickened their shells in response to waterborne cues from H. sanguineus relative to controls, and mussels appeared to thicken their shells in response to C. maenas, although the trend was not significant. In contrast, although mussels from northern sites developed significantly thicker shells in response to cues from C. maenas, they did not respond to cues from H. sanguineus

Our results clearly indicate that mussels from populations in northern and southern New England respond differently to waterborne cues from H. sanguineus. Yet, mussels in both regions express similar induced shell thickening in response to C. maenas, a resident throughout this coast for more than 50 years. Although brief, we believe the historical contact with and predation by H. sanguineus accounts for the divergent mussel responses. The mussel's inducible response to H. sanguineus reflects natural selection favoring the recognition of this novel predator through rapid evolution of cue specificity or thresholds. In addition, this response may be brought about by a novel mechanism of shell thickening; however, it more likely relies on mechanisms for induced defenses to other crabs.

Aaren S. Freeman and James E. Byers "Divergent Induced Responses to an Invasive Predator in Marine Mussel Populations" SCIENCE 11 Aug 2006 Vol 313, Issue 5788 pp. 831-833

أى أنه حتى هذا المثال الضعيف الذى لا يصنع جديدا أصلا بل يمكن مقارنته بتفاوت أطوال البشر اتضح أنه استجابة مبرمجة فى الجينات و ليست مجرد طفرات صدفوية اختارها الانتخاب الطبيعى

و فى دراسات أخرى على خلايا الخميرة وجد أن التغيرات يكون سببها اليات استشعار لمستوى الغذاء و غيرها من التغيرات فى البيئة لدرجة أن هذه التغيرات يمكن أن تحدث بشكل متوازى بين خلايا متعددة فى الجماعة الحية و ليس على الطريقة التطورية - خلية تعثر على طفرة/حل بالصدف و تتكاثر حتى تنتشر ذريتها

The adaptation relied on individual cells that switched into an adapted state and, thus, the adaptation was due to a response of many individual cells to the change in environment and not due to selection of rare advantageous phenotypes...(3) The adaptation of the population occurred rapidly within 10–30 generations, probably due to the large fraction of cells that adapted. (4) The adaptation of the population relied on individual cells that independently developed the adaptive phenotype as a response to the challenging environment. Undoubtedly, these characteristics signify an adaptation phenomenon that does not conform to the common view of the evolutionary process and, thus, extends this framework and our understanding of how new phenotypes evolve.

Lior David et al., "Inherited adaptation of genome-rewired cells in response to a challenging environment" HFSP Journal Volume 4, 2010 - Issue 3-4: 131 - 141

Carmen V. Jack et al., "Regulation of ribosomal DNA amplification by the TOR pathway" PNAS August 4, 2015 112 (31) 9674-9679

هذا النموذج تحديدا مشابه بشكل كبير لتجربة لنسكى التى ناقشناها فى مقال التطور الصغروى و لكن محل النظر هنا ليس كون المسألة تكرار نسخ لجين موجود مسبقا أو تخريب لاليات تنظيمية بل كون المسألة يتم التحكم فيها وفق الية استشعار و ليست تغيرات عشوائية يحكم عليها الانتخاب الطبيعى...حتى تكيف النباتات مع الظروف المناخية و البيئية هو الاخر ليس وليد الطفرات العشوائية و الانتخاب الطبيعى بل اليات تحكم و تنظيم جينى دقيقة و عناصر متحركة (ينقولات) transposons تتحرك عبر الجينوم

Irina Makarevitch et al., "Transposable Elements Contribute to Activation of Maize Genes in Response to Abiotic Stress" PLOS Genetics ( January 8, 2015)

Charles R Dietrich et al., "Maize Mu transposons are targeted to the 5' untranslated region of the gl8 gene and sequences flanking Mu target-site duplications exhibit nonrandom nucleotide composition throughout the genome." Genetics. 2002 Feb; 160(2): 697–716.

Etienne Bucher et al., "Epigenetic control of transposon transcription and mobility in Arabidopsis" Current Opinion in Plant Biology 2012, 15:503–510

Alisdair R. Fernie "On the role of transposons in balancing drought tolerance and yield" Trends in Plant Science VOLUME 28, ISSUE 3, P262-263, MARCH 2023

Xiaopeng Sun et al., "The role of transposon inverted repeats in balancing drought tolerance and yield-related traits in maize" Nature Biotechnology volume 41, pages120–127 (2023)

حتى أيقونة التطور الشهيرة ذات القدرة التكيفية العالية (سمكة البلطى) أثبت الدراسات أنها تقوم بتكرار قوالب تكيفية معينة و بسرعة يمكن ملاحظتها فى التجارب للدارسين مما ينفى تماما أنها تتبع الالية التطورية التى تعتمد على اختبار عدد ضخم من التغيرات الممكنة عبر زمن طويل بشكل عشوائى لينتقى منها الانتخاب الطبيعى بل انها فى الحقيقة تقوم بالانتقاء بين مجموعة أنماط و تصاميم تكيفية سابقة التجهيز موجودة فى الجينوم لاستيعاب مدى معين من الظروف البيئية و الموارد الغذائية

"Body shape disparity among the cichlid fishes has been studied extensively, repeatedly demonstrating common axes of diversification across many lineages, including the tropheines (Wanek and Sturmbauer 2015), geophagines (Astudillo-Clavijo et al. 2015), and others (Clabaut et al. 2007; Muschick et al. 2012)."

Kara L Feilich "Correlated evolution of body and fin morphology in the cichlid fishes" (2016)

"... traits respond in a coordinated manner, especially those with overlapping function"

Dina Navon et al., "The genetic basis of coordinated plasticity across functional units in a Lake Malawi cichlid mapping population" International Journal of Organic Evolutuion (2021)

"…there is an emerging view that additive genetic variation accounts for a relatively small percentage of phenotypic variation and rather it’s the context in which traits develop that determines their final form (Hendrikse et al. 2007, Jamniczky et al. 2010, Pfennig et al. 2010, Hallgrimsson et al. 2014). "

Kevin J Parsons et al., "Foraging environment determines the genetic architecture and evolutionary potential of trophic morphology in cichlid fishes" Molecular Ecology (2016)

Moritz Muschick et al., "Adaptive phenotypic plasticity in the Midas cichlid fish pharyngeal jaw and its relevance in adaptive radiation" BMC Evolutionary Biology 2011, 11: 116

R. Craig Albertson and Thomas Kocher "Genetic and developmental basis of cichlid trophic diversity" Heredity 97(3):211-21

و لقد تم العثور على مئات تسلسلات الحمض النووى موزعة عبر عدد كبير من الكروموسومات تقوم الأسماك باستخدامها كقطع بناء لتنوعات مختلفة تلائم بيئات مختلفة و يمكن أن تستخدم فى انتاج مئات الأنواع و لا عزاء للانتواع التطورى

They found hundreds of distinct DNA regions strongly tied to different ecological niches and scattered across 22 chromosomes. “We think that’s the key to make hundreds of species and not just two or three,” Seehausen says. When the fish hybridize, they can rearrange these modular genes, “almost like Lego bricks,” he says, to build many possible combinations suited, for example, to a rocky inshore fish that feeds on insects, or one that eats the same bugs but lives in weedy lake grass.

Amy McDermott "Inner Workings: Reeling in answers to the freshwater fish paradox" PNAS September 7, 2021 118 (36)

و من الأمور الملفتة فعلا هى محاولة دراسة كيف يحدث هذا الأمر فمثلا قدرة هذه الأسماك على تعديل نظام الابصار الخاص بها للتكيف مع البيئة كانت ملفتة جدا و عند الدراسة وجدت نقطتين مهمتين - الأولى أن التعديل معظمه ناتج عن تنظيم فى مستويات عمل الجينات الموجودة بالفعل أى أنه ليس تطويرا لما هو جديد و الثانى و هو الأهم أنه ليس عشوائيا أو خاضعا لمعدل الطفرات الطبيعى فى الكائن بالمرة بل ان هناك عناصر جينية متنقلة Transposable elements/Transposons (و هى مما كان عباقرة التطور يتحفوننا بقصصهم الخيالية عن كونها عدوى و بقايا هجمات فيروسية على الجينوم) تتحرك وفقا للظروف البيئية مستهدفة مواقع محددة "مجهزة" primed للتعديل أى أننا أمام الية لاستشعار البيئة ثم تلقيم هذه المعلومات لنظام التشغيل الخاص بالجينوم الذى يقوم بتوجيه اليات التعديل لتحقيق التكيف الملائم

"Here we show that these indels are caused by the movement of transposable elements (TEs)...A similar indel has arisen independently outside of LM at one locus, suggesting that some locations are primed for TE insertion and the resulting indels. "

Karen L. Carleton et al., "Movement of transposable elements contributes to cichlid diversity" Molecular Ecology (2020)

Anna Maria Pappalardo et al., "Transposable Elements and Stress in Vertebrates: An Overview" International Journal of Molecular Sciences (2021)

Asaf Levy et al., "Large-scale discovery of insertion hotspots and preferential integration sites of human transposed elements" Nucleic Acids Research, Volume 38, Issue 5, 1 March 2010, Pages 1515–1530

أيقونة تطورية أخرى و هى تنوعات الشوكيات اذ تثبت الأبحاث أنها غير مرتبطة باليات التطور المزعوم بالمرة بل قائمة هى الأخرى على عملية رصد للبيئة يتبعه تعديل "غائى و هادف و سريع و قابل للتكرار فى مجموعات مختلفة" للتكيف مع البيئة و لا عزاء للانتخاب الطبيعى و لا لملايين السنين

"Genomic regions exhibiting signatures of both balancing and divergent selection were remarkably consistent across multiple, independently derived populations"

Paul A. Hohenlohe et al., "Population Genomics of Parallel Adaptation in Threespine Stickleback using Sequenced RAD Tags" PLOS Genetics (2010)

"Parallel differentiation of genomes between stickleback from the different lake types involved ~1.8% of the genome, overlapping 587 genes with a wide diversity of biological functions"

Sara E.Miller et al., "A Single Interacting Species Leads to Widespread Parallel Evolution of the Stickleback Genome" Current Biology Volume 29, Issue 3, 4 (2019)

مئات الجينات يتم تعديلها بشكل متناسق للوصول الى نفس النتائج فى فترة قصيرة استجابة لمؤثر بيئى فى عدة جماعات حية مستقلة و لا عزاء للطفرات العشوائية و الانتخاب الطبيعى

ان ما سبق من الأمثلة و غيرها مما يواصل العلم اكتشافه يمثل تحديا كبيرا لفكرة كون الكائنات مجرد تراكمات من التكيفات اللاغائية التى تصادف حدوثها فى تاريخ التطور Historical Contingency و كونها مفيدة للكائن. اننا أمام حالات يتم فيها تكرار نفس القوالب التكيفية و فى فترة قصيرة و فى حالات متكررة و فق اليات ترصد البيئة و تقوم بتفعيل القوالب التكيفية للكائن. لا يمكن للتطور هنا أن يزعم أن هذه الكائنات قد تعرضت لهذا الظرف من قبل و اختزنت التكيف بشكل ما لأن التطور نفسه يقول أن أى صفة غير مستخدمة بشكل فعال هى خارج اطار عمل الانتخاب الطبيعى و ستتراكم الطفرات فى الجينات المسئولة عنها حتى تتلفها فلا يوجد تطوريا ما يسمى تخزين جينات أو توليفات من الصفات احتياطيا للمستقبل. أضف الى هذا أن سرعة ظهور هذه الصفات عند التعرض للبيئة الجديدة تتنافى تماما مع كون المسألة خاضعة لأى بحث عشوائى يعتمد على معدلات التطفر العادية اللاغائية فى الكائن لأن فضاء البحث شديد الضخامة كما ناقشنا سابقا t.ly/rCBa و هو ما يضطر التطوريون أنفسهم الى القاء مصطلح ملايين السنين مرارا و تكرارا. و أخيرا فان تطور اليات لرصد البيئة و تعديل الجينات وفقا للمعلومات البيئية لا معنى له ان لم تكن هذه الاليات لها وظيفة ما للكائن و لا يمكن أن تكون لها وظيفة ان كانت الصيغة الداروينية للتكيفات العشوائية التى ينتقى منها الانتخاب الطبيعى حقيقية. باختصار شديد ان الكثير من التكيفات عبارة عن قوالب سابقة التجهيز فى الكائن تحدد اطار الصفات التى يستطيع أن يظهرها و مدى الظروف البيئية التى يستطيع أن يتكيف معها و تأتى معها اليات لرصد البيئة و منظومة تلقيم معلومات لارسال بيانات البيئة الى مراكز التحكم التى تقوم بدورها بتفعيل الية تغيير القالب التكيفى عند الحاجة عن طريق تعديل حالة ما يشبه مفاتيح التشغيل و اغلاق للصفات المختلفة

Bogdan Sieriebriennikov et al., "A Developmental Switch Generating Phenotypic Plasticity Is Part of a Conserved Multi-gene Locus" Cell Reports Volume 23, Issue 10, 5 June 2018, Pages 2835-2843.e4

Linh T. Bui et al., "A sulfotransferase dosage-dependently regulates mouthpart polyphenism in the nematode Pristionchus pacificus" Nature Communications volume 9, Article number: 4119 (2018)

يمكننا ببساطة أن نستنتج من هذا عدم وجود ما يسمى "تراكم التكيفات" حتى تصنع صفة جديدة و لا يزال العلم يكتشف المزيد من الأمثلة

Jonathan B. Losos et al., "Evolutionary Implications of Phenotypic Plasticity in the hindlimb of the lizard ANOLIS SAGREI" International Journal of Organic Evolution (09 May 2007)

Mallory A. Ballinger and Michael W. Nachman "The contribution of genetic and environmental effects to Bergmann’s rule and Allen’s rule in house mice" BioRxiv 2021.06.14.448454

نموذج اخر هو أجنحة الحشرات اذ تستجيب العناصر المتنقلة فى الجينوم لظروف البيئة فتنتقل الى أماكن محددة و تقوم يتعديل بعض صفات الجناح استجابة للظرف البيئى أو تطفير متغيرات بعينها من أجل الوصول الى النتيجة المطلوبة. لاحظ هنا أننا لا نتحدث عن أى نظام تطورى خاضع لمستويات التطفر العادية فى الكائن بل نتحدث عن الية ترصد البيئة و "تعلم" الموقع الذى يجب استهدافه بالتطفير و التعديل فتذهب اليه. ان هذه العناصر المتنقلة كان يشار اليها على أنها بقايا عمليات غزو خارجى للجينوم و اليوم بعد أن اتضحت أهميتها يعود التطوريون برواية جديدة...لابد أنها قد تطورت لتفيد الكائن المضيف...و طبعا تطورت لتعرف أنها ستستجيب لضغط بيئى معين و لتعرف أى جزء من الجينوم يجب استهدافه بالتعديل استجابة لكل مؤثر بيئى

"Such concerted action is enabled by non-random natural genomic editing in response to epigenetic impacts and environmental stresses. Random genetic activity can be either constrained or deployed as a ‘harnessing of stochasticity’. Therefore, genes are cellular tools. "

William B. Miller, Jr.et al., "Non-Random Genome Editing and Natural Cellular Engineering in Cognition-Based Evolution" Cells 2021, 10(5), 1125

Vincent Mérel et al., "Transposable elements in Drosophila" Mobile DNA (2020) 11:23

Kenneth Weber et al., "Many P-Element Insertions Affect Wing Shape in Drosophila melanogaster" Genetics. 2005 Mar; 169(3): 1461–1475.

بحث اخر يشير الى ضلوع اليات تنظيمية فى التحكم فى عمل 45 جين لتنسيق شكل الأجنحة و قوة العضلات و مستوى استهلاك الطاقة بين نمطين أساسيين أحدهما ملائم للطيران لمسافة بعيدة و الاخر ملائم فقط للانتقال المحلى فى بيئة غنية بالموارد...من جديد نحن لا نتحدث عن تغيرات عشوائية و انتخاب طبيعى بل عن عملية متناسقة قابلة للتكرار لانتاج النمط التكيفى الملائم لبيئة معينة

Xinlei Gao et al., "Identification of genes underlying phenotypic plasticity of wing size via insulin signaling pathway by network-based analysis in Sogatella furcifera" (2019)

ان هذه الأمثلة و غيرها تظهر بوضوح أن ما فى الكائنات من تكيفات على البيئة نتجية هندسة و تصميم فى قلب هذه الكائنات لا أن الهندسة و التصميم الظاهرين فى الكائنات هما فى الواقع نتيجة تراكم التكيفات بشكل لاغائى

من المدهش فعلا أن ترى كيف يمكن أن تطمس العقيدة التطورية العقل و البصر لدرجة أن بعض العلماء و هم يدرسون كيف يمكن للكائنات الحية أن تجمع بين التعقيد من جهة و المرونة التكيفية التى تتطلب تغيرات يمكن أن تتلف التعقيد من جهة أخرى وصلوا الى مقارنتها بالأنظمة الهندسية التى تتألف من دوائر وظيفية قابلة للتركيب مع بعضها البعض لأداء وظائف التحكم فى الأنظمة المتغيرة تماما كما فى اليات نظرية التحكم control theory فى مجال التصميم الهندسى و بعد توصيف الدوائر الهندسية لأنظمة التحكم يتم نسبها هى و كل شبكات ترتيبها الوظيفية مختلفة الأحجام و التعقيد بكل بساطة لاليات عمياء لا يمكنها أن تنتج شيئا و كأن التطور سينتج دوائر متابعة و تحكم و يرتبها فى شبكات ادارة نظم لأنها ستجعله يعمل بعد ذلك بشكل أفضل!!!

It is interesting to consider these findings in the light of established results in control theory, which have determined that asymptotic tracking problems (such as RPA) require integral control as a structural property of the system. Our work shows that there are, in fact, two distinct types of integral control involved in the solution to the general RPA problem, corresponding to each of the two classes of RPA basis module: one type of integral is computed within feedback structures, employing specialized computational nodes (opposing sets) within collections of interlinked circuits; the other type is computed by a collaboration between two different types of computational nodes (balancers and connectors) embedded into parallel pathways (routes). Beyond this, we offer the novel insight that sufficiently large networks may solve the RPA problem via the arbitrary combination of the two topological basis modules, thereby distributing integrals of the two possible types throughout their vast assemblies of interacting nodes.

Robyn P. Araujo & Lance A. Liotta "The topological requirements for robust perfect adaptation in networks of any size" Nature Communications volume 9, Article : 1757 (2018)

"the concept of “modular design” is borrowed from human engineering and therefore has an essentially forward looking, goal-oriented nature. Complex engines and networks are constructed from modules while the final overall behavior of the system is kept in mind."

System Modeling in Cellular Biology: From Concepts to Nuts and Bolts (2010) P. 44

برايان ميلر "التفسير الهندسى للتكيف"

مثال اخر هو كيف يقوم المخ باعادة توصيل نفسه وفقا للظروف فمثلا وجدت الدراسات أن المخ لدى الصم يقوم بتوظيف منطقة السمع أثناء قراءة حركات الشفاة و هى وظيفة مختلفة تماما و كذلك يقوم بتوظيف القشرة البصرية أثناء قراءة حروف رايل التى تعتمد على اللمس لا البصر

"Super Powers for the Blind and Deaf. The brain rewires itself to boost the remaining senses" Scientific American (2012)

سامى عامرى "براهين وجود الله"

نموذج اخر هو طفيل الملاريا الذى طالما استشهد به التطوريون اذ تقول هذه الورقة أنه تم رصد تطور سلالتين من الملاريا

Aliou Dia et al., "Single-genome sequencing reveals within-host evolution of human malaria parasites" cell host and Microbe (September, 2021)

و من جديد لا نجد "تراكم الطفرات فى الجينوم" الذى يدعيه التطور بل نجد الطفرات تستهدف أجزاء محددة من الجينوم فى سلالتين مختلفتين متباعدتين جغرافيا

We would expect these brand-new mutations to be scattered randomly throughout the genome,” Cheeseman says. “Instead, we find they are often targeting a gene family that controls transcription in malaria.

But that’s not the only notable thing about the results. What really excites Cheeseman is that when the team compared single cell sequencing data for P. vivax and P. falciparum, the same transcription gene family contained the majority of new mutations for both species.

و طبعا من أجل انقاذ الموقف يتم استدعاء التطور المتقارب و الذى هو مجرد محاولة لتسمية البيانات التى تتعارض مع التطور باسم يوحى بأنها نوع من التطور كما وضحنا هنا t.ly/jEBX ...هل التطور متقاربا كان أم متباعد غائى؟ هل له هدف؟ هل يدرك ما يفعله؟ لماذا يستهدف جينات بعينها؟

حتى البكتيريا حبيبة االتطوريين التى طالما استشهدوا بتنوعاتها و تغيراتها السريعة على نظريتهم تشير الكثير من الأبحاث الى ضلوع ما كان يسميه التطوريون بالجينات الزائفة Pseudogenes (و التى ناقشناها من قبل هنا t.ly/MQ6eE و وضحنا كيف أثبت العلم أنها وظيفية و ليست زائفة) فى العمل كمخازن للمعلومات التى يتم استخدامها عند الحاجة لتنويع هياكل بروتينات الخلية و غشاءها للتكيف مع الظروف المختلفة أو الهروب من الجهاز المناعى

PSEUDOGENES AS RESERVOIRS FOR GENERATING GENETIC DIVERSITY

Evgeniy S. Balakirev and Francisco J. Ayala "Pseudogenes: Are They “Junk” or Functional DNA?" Annual Review of Genetics Vol. 37:123-151

Laty A. Cahoon and H. Steven Seifert "Focusing homologous recombination: pilin antigenic variation in the pathogenic Neisseria" Molecular Microbiology 2011 Sep; 81(5): 1136–1143.

A G-quadruplex-forming (G4) sequence (5′-G3TG3TTG3TG3) located upstream of the N. gonorrhoeae pilin expression locus (pilE) is necessary for initiation of pilin antigenic variation, a recombination-based, high-frequency, diversity-generation system....Pilin antigenic variation results from nonreciprocal DNA recombination between one of many silent pilin loci termed pilS and the pilin expression locus, pilE...These data suggest that the monomeric pilE G-quadruplex could recruit RecA to the pilE locus to promote recombination between pilE and a pilS copy.

Vitaly Kuryavyi et al., "RecA-Binding pilE G4 Sequence Essential for Pilin Antigenic Variation Forms Monomeric and 5′ End-Stacked Dimeric Parallel G-Quadruplexes" CellPress Structure ARTICLE| VOLUME 20, ISSUE 12, P2090-2102, DECEMBER 05, 2012

لاحظ أن فريق البحث يؤكد أن العملية nonreciprocal أى أنها ليست تبادلية فالخلية تنقل من مخزن المعلومات الذى قد يبدو زائف أو خردة لأنه صامت و لا يتم التعبير عنه (ترجمته الى بروتينات) الى الجزء الذى يتم ترجمته و لكنها لا تفعل العكس حتى لا يتلف مخزن المعلومات مما ينفى فكرة أن المسألة صدفية أو عشوائية

و هو نفس ما ذهبت اليه أبحاث أخرى وجدت أن أن بعض العناصر القهقرية/الراجعة يعمل كمخزن للتنوعات لدرجة أن تم تسميتها Diversity Generating Retroelements/DGR العناصر القهقرية المولدة للتنوعات فهى تحمل تنوعات لأجزاء من بعض الجينات و تستهدف هذه الجينات تحديدا فى أماكن مخصصة و تقوم بعملية النسخ العكسى (الذى يقال أنه دائما أثر فيروسى) لاحداث التنوع فيها بشكل منظم و قد وصفت الدراسة هذه الالية بانها بسيطة و أنيقة لأنها تحافظ على النسخة الأصلية من التنوعات master copy و تنقل المعلومات فى اتجاه واحد الى هدف محدد هو النسخة المتغيرة كما وجدت أن العنصر المتنوع و العنصر المستهدف و كأنهما "مصممان" للعمل معا و مهيئان لبعضهما و طبعا على طريقة عنزة و ان طارت فلابد أنه فيروس او حمض نووى طفيلى ثم تصادف أنه هو و الجينوم قد "تطورا معا"

Diversity-generating retroelements (DGRs) are a newly discovered family of genetic elements that function to diversify DNA sequences and the proteins they encode...Tropism switching is a template-dependent, reverse transcriptase mediated process that introduces nucleotide substitutions at defined locations within a target gene. This cassette-based mechanism is theoretically capable of generating trillions of different amino acid sequences in a distal tail fiber protein, providing a vast repertoire of potential ligand-receptor interactions...For both DGRs and lymphocyte antigen receptors, diversity generators have co-evolved with protein scaffolds that are uniquely designed to accommodate the amino acid variability required to confer distinct binding specificities...revealed a region of variability designated the variable repeat (VR...Nucleotide substitutions are always present in tropic variants, and they occur at 23 discrete positions within VR...Located downstream from mtd is a second copy of the 134 bp repeat, designated the template repeat (TR). In striking contrast to VR, TR is never observed to vary. Adjacent to TR is the brt locus which encodes an enzymatically active reverse transcriptase (RT)...These and other results demonstrated that diversity is generated through an RT-dependent mechanism in which information is adenine-mutagenized and unidirectionally transferred from TR to VR. Mutagenesis of additional phage genes indicated that the cassette shown in Figure 2 encodes all of the loci that are required for generating diversity and it represents the prototypical DGR. Diversity-generation is characterized by mutagenesis and directional transfer to a specific targeted region of DNA...These observations demonstrate that the sequence designated IMH (initiation of mutagenic homing) determines the directional transfer of sequence information. IMH* designates the corresponding sequence located downstream from TR...Thus, there appears to be a simple yet elegant “genetic logic” that underlies DGR function. TR, which contains the master copy of the information required for mutagenic homing is never corrupted, and the capacity to diversify is forever preserved...Using the Bordetella phage DGR as a signature, homologous retroelements have been identified in nearly 30 genomes representing diverse bacterial species.

Bob Medhekar and Jeff F Mille "Diversity-Generating Retroelements" Current Opinion in Microbiology Volume 10, Issue 4, August 2007, Pages 388-395

و بعضها يحمل قطعا من البروتين يمكن اضافتها الى جينات أخرى لانتاج بروتينات جديدة لدرجة أن وصفتها بعض الأبحاث بمصانع بروتينات متحركة "يقودها التطور"

The structure of LINE-1 elements is such that when an element moves to another site there is a possibility that the ORF0 sequence can blend with genetic sequences in new location in DNA. The result of the new gene sequences can be a new protein. Evolutionarily speaking, this represents a way to generate entirely new molecules that could be beneficial to a species...Jumping genes with ORF0 are basically protein factories with wheels, and over the eons evolution has been driving the bus.”

Salk Institute for Biological Studies "Salk Scientists Discover Protein Factories Hidden in Human Jumping Genes"

https://www.newswise.com/articles/salk-scientists-discover-protein-factories-hidden-in-human-jumping-genes

لاحظ كيف يتم الانتقال بسلاسة بين الشئ و عكسه: بلا وظيفة اذن دليل على التطور - مصانع متحركة اذن التطور هو الذى يقودها!!

نموذج اخر هو كيفية تأقلم الرنا مع الحرارة و منع تلفه فى بعض البكتيريا و الجراثيم...لا لم "تتطفر" العتائق بل اتضح أنها تحتوى على منظومة تعديل للرنا بعد انتاجه حسب الحاجة بجينات اضافة و محو للتعديل لتشغيله و اطفاؤه حسب الظروف

Biochemical, structural and genetic studies showed that Up47 is a reversible RNA modification and confers thermal stability to tRNA, thereby contributing to cellular thermotolerance...it is expected that tRNA function and stability are dynamically regulated by a writer and eraser... Taken together, our findings show that Up47 is a reversible RNA modification mediated by ArkI and KptA that fine-tunes the structural rigidity of tRNAs under extreme environmental conditions.

Takayuki Ohira et al., "Reversible RNA phosphorylation stabilizes tRNA for cellular thermotolerance" Nature volume 605, pages372–379 (2022)

من المضحك هنا أن نتذكر أن بعض سيناريوهات نشأة الحياة تجاول اعتماد الحرارة كمصدر لللطاقة لدفع التفاعلات المطلوبة...معنى هذا أن الخلايا المطلوب نشأتها يجب أن تحمل معها اليات اضافية لمنع تحلل الرنا بالحرارة

و على ذكر غشاء الخلية و بروتيناتها فقد اكتشفت احدى الباحثات أن هناك 36 انزيم مشاركون فى صناعة بروتينات جدار الخلية برغم من أن العملية تحتاج 9 انزيمات فقط و بدراسة هذه الانزيمات اتضح أن العدد الكبير بسبب وجود نسخ اضافية للقيام بعمليات بديلة فى درجات الحموضة المختلفة

the extracytoplasmic enzymes involved in its synthesis are frequently dispensable under standard culture conditions...our findings reveal previously thought to be redundant enzymes are instead specialized for distinct environmental niches.

Elizabeth A Mueller et a;., "Plasticity of Escherichia coli cell wall metabolism promotes fitness and antibiotic resistance across environmental conditions" elife (2019)

لاحظ كيف أنه قبل الاكتشاف كان الظن أن هذه الانزيمات المكررة بلا وظيفة و لابد أنها دليل دامغ على التطور و عدم التصميم فأى مصمم هذا الذى سيضع انزيمات كثيرة زائدة عن الحاجة بلا فائدة و بعد الاكتشاف تحول التفسير الى أن الانتخاب الطبيعى بالتأكيد طور هذه الانزيمات للحالات الخاصة الا أننا نعلم يقينا أنه بلا بصيرة مستقبلية فلن يجهز كائن باليات و يحفظها من التطفر و الخلل لمجرد أنها قد تستخدم فى المستقبل و حتى ان سفسط التطوريون كالعادة قائلين أن الكائن لابد أنه قد تعرض يوما ما لهذه الظروف فتطور ليتلاءم معها فان الانتخاب لن يحتفظ بها دون أن تتطفر أو تتلف من باب وجود احتمال لأن يتعرض الكائن لظروف استثنائية مستقبلا...و فى الدقيقة السادسة من هذا المقطع يحدثنا عالم البيولوجيا النمائية مايكل ليفن عند بعض التجارب مع الديدان التى توضع فى محلول من كواد كيميائية يؤذيها فتقوم بالتكيف معه عن طريق اطفاء و تشغيل بعض الجينات. المشكلة أن هذه المواد غير موجودة فى بيئة الديدان أصلا و لا يوجد أى تاريخ لتعرض الديدان لها منذ نشأتها و بالتالى فالديدان تتعرض لظرف بيئى لم تتعرض له من قبل فى "تاريخها التطورى" و برغم ذلك فهى مجهزة بالجينات المطلوبة و تعرف ما الذى ستشغله و ما الذى ستطفئه دون أى "تجارب تطورية"

https://www.youtube.com/watch?v=0a3xg4M9Oa8&t=360s

طبعا الرجل كتطورى مخلص قام فورا بتأليف قصة عن أن التطور منح الخلايا اليات لحل المشاكل و لا تسأل كيف فعلت أخطاء النسخ هذا و لا لماذا احتفظ الانتخاب الطبيعى بأدوات لم يستخدمها الكائن لملايين السنين و لكن الشاهد هنا من جديد الكائنات تأتى مجهزة بأدواتها التكيفية و لا تنشأ هذه الأشياء بالطفرات و الانتخاب

و هذا الأمر يحدث فى النباتات أيضا اذ تحتفظ بحزم من الانزيمات الخاصة بالتمثيل الضوئى كل حزمة تعمل بكفاءة فى ظروف حرارة معينة فالنبات هنا لا يتكيف بالطفرات و الانتخاب بل بتفعيل اليات مخزنة فيه (طبعا التطورى كالعادة سيزعم أنها جاءت بالطفرات و الانتخاب و لكن تبقى روايته التاريخية بلا دليل و الشاهد الأكبر هو ما يحدث أمامنا)

When faced with these occasional extremes, plants sometimes maintain optimum photosynthesis by keeping multiple sets of enzymes for photosynthesis and metabolism (called isoenzymes, or simply isozymes), each set to operate at different temperatures. If temperatures in the desert get very cold, for example, the plant could shut down its complement of "hot environment" isoenzymes (that is, those that result in a high T) and activate its "cold environment" isoenzymes (the ones that result in a lower T).

J. Scott Turner "The extended organism" (2002): p. 150

و على فرع مختلف تماما من شجرة التطور يستجيب الأخطبوط لتغيرات درجات الحرارة بتعديل الرنا المنسوخ من الجينات فى الاف المواقع ليتواءم مع الظرف البيئى الجديد...ملايين السنين؟ لا بل فى خلال ساعات معدودة

Octopus bimaculoides increase A-to-I RNA editing at >20,000 sites in the cold. Editing shifts occur within hours and are observed in wild populations

Matthew A. Birk et al., "Temperature-dependent RNA editing in octopus extensively recodes the neural proteome" Cell VOLUME 186, ISSUE 12, P2544-2555.E13, JUNE 08, 2023

And among those changes were ones that encoded for specific classes of proteins involved in cell membranes, functions of synapses (which transmit neuronal signals), autophagy (programmed cell death) and the binding of calcium (which plays various roles within neurons). The researchers confirmed that the isoforms created via the edited RNA had altered functions,

"Octopuses Redesign Their Own Brains When They Get Chilly" Scientific American (June 8, 2023)

من جديد تثبت الدراسات أن الكائنات تأتى سابقة التجهيز بالقدرة على العمل فى اطار من التغيرات البيئية المختلفة و أن ما يسمى "التشعب التكيفى" Adaptive Radiation و هو قيام النوع بالتكيف بسرعة مع بيئات متعددة منتجا أنواعا كثيرة ليس عملية قائمة على أخطاء النسخ الصدفوية بل لأن الكائن معد مسبقا ليتمكن من القيام بهذا. انه كابوس نظرية التطور التى تزعم أن كل الطفرات و التغيرات لا علاقة لها باحتياجات الكائن بل صدفوية عشوائية ثم يفرزها الانتخاب الطبيعى.

من جديد نحن لا نتكلم عن تكيفات تحدث عبر ملايين السنين بطفرات عشوائية بل عمليات هندسية قابلة للتكرار تشير الى وجود أنماط تهيئة مسبقة Pre-Configuration ليتم الانتقال اليها عند الحاجة أى أنها حتى و ان كانت تكيفات فهى ناتجة من تصميم هندسى توقع المشكلة و وضع الية التعامل معها فى الكائن Top Down Design لا من تغيرات طارئة لا غائية كما تزعم وجهة النظر التكيفية Bottom Up و سنستعرض المزيد من الهندسة اللاتكيفية فى فصول الخلايا t.ly/Fter و الكائنات t.ly/ivD7 و الادراك t.ly/3PXV

يعتبر الانتقال الأفقى للجينات من الاليات التى يتحمس لها كثيرا أنصار التراكيبية الممتدة Extended Synthesis و التى تعتبر الجيل الثالث من نظرية التطور بعد التراكيبية الحديثة و بغض النظر عن الاعتراضات الكبيرة على امكان شيوع هذه الالية بين الكائنات متعددة الخلايا بالشكل الذى يزعمه التطوريون الا أنه حتى فى حالات الكائنات وحيدة الخلية سواءا من البكتيريا (بدائيات النوى) أو الخمائر (حقيقيات النوى) و التى فعلا تكون سيناريوهات الانتقال الأفقى للجينات بينها معقولة الى حد ما وجدت الدراسات أن الجينات تنتقل على منصات تضم معها اليات لدمجها فى الجينوم المتلقى و توجد انزيمات متخصصة لادخالها فى الكائن الجديد فى مواقع متخصصة مجهزة لذلك أى أن العملية أبعد ما تكون عن العشوائية و الصدفة

tyrosine recombinase as essential for their mobilization into genomic sites with a specific target site consensus sequence...Integrative and Conjugative Elements (ICEs) play a well-established role in disseminating the genetic information underlying adaptive traits. ICEs are mobile DNA (~20 Kbp to >500 Kbp in size) that contain the genes required for genomic integration, excision, and transfer via conjugation.

Andrew S. Urquhart et al., "Starships are active eukaryotic transposable elements mobilized by a new family of tyrosine recombinases" PNAS Vol. 120 | No. 15 (April 6, 2023)

و حتى ما لا يندرج تحت بند "التهيئة المسبقة" من التكيفات لا يتم الوصول اليه بالطرق الداروينية التطورية اللاغائية بل عن طريق "خوارزميات بحث" اذ تحتوى حتى الخلايا البكتيرية البسيطة على خوارزميات للبحث search algorithms أوما يسمى بنظام الانقاذ البكتيرى Bacterial SOS Process ان أول الأدوار التى تم اكتشافها لنظام الانقاذ البكتيرى كانت اصلاح الحمض النووى قبل اكتشاف دوره فى التطفير للتعامل مع المتغيرات البيئية و نظرة بسيطة على كمية الاليات المطلوبة للتحكم فى العملية و تنسيقها لتعمل فقط عند حدوث ظروف خاصة و لا تقوم بتطفير الحمض النووى عشوائيا و كيف يتم تفعيل الاصلاحات على مراحل وقتية على حسب هل نجحت المرحلة السابقة أم لا الى أن يتم الوصول للتطفير كملاذ أخير و كيف يتم ايقاف الانقسام الخلوى لحين الانتهاء من الاصلاحات كل هذا يشى بعملية مهندسة و مصممة و غائية لا علاقة لها بأخطاء النسخ المزعومة

During normal growth, the LexA repressor binds to a specific sequence—the SOS box, present in the promoter region of SOS genes—and prevents their expression....When the cell senses the presence of an increased level of DNA damage, the LexA repressor undergoes a self-cleavage reaction and the SOS genes are de-repressed (Figure 1). A nucleoprotein complex—the RecA filament—induces the LexA cleavage reaction...The SOS genes, however, are not all induced at the same time and to the same level. The first genes to be induced are uvrA, uvrB, and uvrD. These proteins, together with the endonuclease UvrC, catalyze nucleotide excision repair (NER), a reaction that excises the damaged nucleotides from double-stranded DNA. As a second defense against DNA lesions, expression of recA and other homologous recombination functions increase more slowly, about 10-fold. Homologous recombination allows the repair of lesions that occur on ssDNA regions at replication forks by rendering them double-stranded (and hence a substrate for NER). The division inhibitor SfiA is also induced to give the bacterium time to complete the repairs. Finally, about 40 minutes after DNA damage (and if the damage was not fully repaired by NER and homologous recombination), the mutagenic DNA repair polymerase Pol V (encoded from umuC and umuD genes) is induced [7]. This last-ditch response also allows bacteria to render DNA lesions double-stranded—hence reparable, but at the expense of introducing errors into the genome...The constant production of LexA during the SOS process ensures that as soon as DNA repair occurs, the disappearance of the inducing signal will allow LexA to re-accumulate and repress the SOS genes. Moreover, two SOS-induced proteins, DinI and RecX, affect the stability of the RecA filament and thus may participate in the control of the SOS response

Bénédicte Michel "After 30 Years of Study, the Bacterial SOS Response Still Surprises Us" PLoS Biol. 2005 Jul; 3(7): e255.

كيف يتم استخدام هذا فى التكيف؟ تمتلك البكتيريا عدة أنواع من انزيم DNA Polymerase المسئول عن نسخ الحمض النووى أحدها دقيق النسخ DNA Ploymerase 3 و الاخرين غير دقيقى النسخ DNA Polymerase 2/4/5 و بمجرد التعرض لظروف بيئية قاسية تقوم البكتيريا بالانتقال من الانزيم دقيق النسخ الى الانزيمات غير دقيقة النسخ لتطفير الجينات المنسوخة و تبدأ فى استهداف جينات بعينها و ليس كل الجينات فمثلا فى حال وجود ضغط بيئى متعلق بالغذاء تبدأ عملية استهداف مركزة للجينات المسئولة عن مسارات الأيض و الغذاء.

Gregory Mckenzie et al., "The SOS response regulates adaptive mutation" PNAS 97 (12): 6646-6651

Joshua D. Tompkins et al., "Error-Prone Polymerase, DNA Polymerase IV, Is Responsible for Transient Hypermutation during Adaptive Mutation in Escherichia coli" Journal of Bacteriology

Gregory J McKenzie et al., "SOS Mutator DNA Polymerase IV Functions in Adaptive Mutation and Not Adaptive Amplification" VOLUME 7, ISSUE 3, P571-579, MARCH 01, 2001

Susan M. Rosenberg "EVOLVING RESPONSIVELY: ADAPTIVE MUTATION" Nature Reviews, Genetics Volume 2: 504-515

و طبعا ستجد الأبحاث و الأدبيات التطورية تؤكد لك أن هذه عملية داروينية بحتة و أنها فى منتهى التطور و أنها لا تستهدف انتاج جينات نافعة أو احداث طفرات نافعة لأنهم يعلمون جيدا تبعات هذه الكشوف على التطور الداروينى. لم يقل أحد من نقاد التطور أن البكتيريا تحدث طفرة بعينها فى جين بعينه لتشغيله أو تحسينه انما الالية التى تقوم باستقدام انزيمات نسخ حمض نووى عالية الخطأ خصيصا عند التعرض لمشكلة ثم تبدأ فى تكرار نسخ المشغلات Operons المتعلقة بالضغط البيئى الحالى بالذات (كنقص الغذاء مثلا) من أجل احداث أكبر قدر ممكن من أخطاء النسخ و بالتبعية أكبر قدر من التنويع لحين العثور على حل أو على أقل تقدير توفير نسخ كثيرة من الجينات لمضاعفة القدرة على العمل ثم بعد انتهاء المشكلة تعود الى النواسخ العادية هى الية بحث هادفة و منظمة و مبرمجة بوضوح و تعمل بناء على رصد للبيئة لا علاقة لها بمعدلات حدوث الطفرات العشوائية فى الكائنات الحية التى يعتمد عليها الانتخاب الطبيعى للتصفية بعد الحدوث.

أضف الى ذلك أنه وفقا لبعض الأبحاث الأخرى فان فكرة احداث طفرات بعينها (و التى لا نحتاج اليها أصلا لاثبات التصميم) لم تعد مستبعدة الى هذا الحد فأحد الأبحاث وجد بروتين مخصوص mfd يقوم بالعمل لمساعدة البكتيريا على مقاومة المضادات الحيوية. كنا قد تعرضنا مسبقا لهذا الأمر و وضحنا كيف أن طفرات المقاومة لا تبنى بروتينا أو انزيما جديدا و بالتبعية فهى ليست نوع التغير الذى قد يبنى عضوا جديدا أو يحول مخطط جسدى الى اخر و لكن الجديد هنا هو أن البكتيريا لا تنتظر حدوث طفرات بالصدفة فى أى مكان من الجينوم تساعدها على المقاومة بل يتم توجيه هذا البروتين التطفيرى الى قطعة الحمض النووى المطلوب تطفيرها لاحداث المقاومة. هذا الكلام هو عكس الادعاء الذى تكرره نظرية التطور ليلا نهارا و كأنه حقيقة دون أن تثبته و هو أن الطفرات تحدث بشكل مستقل عن احتياجات الكائن فقط ثم ينتقى منها الانتخاب الطبيعى لاحقا. ما حدث هو مثلا عن تعريض البكتيريا الى مضاد حيوى ريفامبيسين rifampicin اتضح أن بروتين mfd تسبب فى تطفير قطعة حمض نووى محددة rpoB RNA Polymerase subunit Beta بمعدل 2 الى 5 مرات ضعف المعدل الطبيعى و هى جزء قدره حوالى 4 الاف حرف من اجمالى أكثر من 4 مليون و 200 ألف حرف هو اجمالى حجم جينوم البكتيريا و هو بالصدفة الداروينية الرائعة الجزء المشفر لوحدة بوليميريز الرنا التى يستهدفها المضاد الحيوى تحديدا و لم يرتفع معدل التطفير فى باقى الجينوم. أما عند استخدام مضاد trimethoprim و الذى يستهدف انزيم dihydrofolate reductase (DHFR) فان الارتفاع معدل التطفير قد استهدف-و يا محاسن الصدف-جين folA الذى يشفر لهذا الانزيم تحديدا (حوالى 500 حرف). و كل هذا من جديد موجه عن طريق بروتين mfd و الذى عند غيابه لا تحدث هذه العملية.

https://go.drugbank.com/drugs/DB01045

https://go.drugbank.com/drugs/DB00440

Mark N. et al. 2019. “Inhibiting the Evolution of Antibiotic Resistance.” Molecular Cell 73 (1): 157–65.e5.

الان أرجو منك أن تركز فى دلالة هذه النتائج حتى لا يتجاوزها التطورى بكلام انشائى عام من طراز "الطفرات من اليات التطور". لم تنتظر الخلية حدوث أخطاء النسخ بالمعدل المعتاد فى أى مكان من الجينوم حتى يتصادف كون أحدها نافعا بل تحركت ببروتينات متخصصة لتطفير أماكن محددة جدا من الجينوم هى (و يا للصدفة) الأماكن المطلوبة. الهدف و القصد و الغائية و المعلومة هم العدو الأكبر لفلسفة العشوائية التى تسمى نفسها نظرية التطور لذلك فالتركيز دائما على أنه قد تم اختيار شئ ما بسبب أنه الأصلح للبقاء و افتراض أن هذا الأصلح يجب أن يكون وصل الى الساحة بالصدفة البحتة وسط خضم التباينات العشوائية بلا قصد أو غاية أو معلومة حتى يصبح لانتخاب هو الصانع بينما الحقيقة المعلومات التى وجهت الى تطفير الأجزاء المطلوبة دون غيرها هى الصانع الحقيقى. هذا الكلام يحدث فى الية أصلا تنتج مستوى بسيط من التغيرات الهدف منه احداث تعديلات شكلية او بيوكيميائية طفيفة تمنع المضاد من الالتحام بهدفه فان كانت حتى هذه تحدث بالمعلومة فما بالك بما هو أعقد؟ الى الان و نحن نتحدث عن استهداف أجزاء تتراوح بين 1 من 1000 الى 1 من 10000 من حجم الجينوم بالطفرات حسب الحاجة و هو تصميم واضح يشى بالقصد و الغائية و لكن هل فعلا هناك احتمال لوجود للاستهداف بطفرات بعينها. يبدو ذلك اذ أن نفس المصدر وجد أن البكتيريا لتزيد من معدل تطفر الجينوم ككل تستهدف جين dnaQ المسئول عن وحدة التصحيح و المراجعة proof reading فى انزيم صناعة الحمض النووى DNA polymerase بطفرة محددة I33N لتصنع ما يسمى hupermutator phenotype النمط فائق التطفير ان احتاجت ذلك لمواجهة بعض المضادات الحيوية. من جديد سيحاول التطورى أن يتجاهل التصميم و الغائية اواضحين فى وجود وحدت للمراجعة و التصحيح بل و اليات الالقراءة و النسخ و التنظيم للحمض النووى ذاتها و يحشر حكايات التطور عن الطفرات العشوائية التى تضرب كل مكان فينتقى منها الانتخاب الطبيعى تلك و لكن التجربة وجدت الطفرات لم تضرب هذا الجين أصلا فى غياب mfd و وجدت هذه الطفرة تحديدا فى وجوده و ليس مجرد "تراكم طفرات"

a point mutation in the dnaQ gene (all strains had the same dnaQ(I33N) mutation), while none of the Δmfd strains contained any mutations in the dnaQ gene (Table S1). Mutations in dnaQ are known to generate hypermutator phenotypes...contained the same dnaQ mutation, while none of the four Δmfd strains contained this mutation. Overall, we can estimate that roughly 50% of WT strains developed hypermutator alleles during the evolution of trimethoprim resistance, while strains lacking Mfd are restrained in developing this phenotype (we did not find a hypermutator Δmfd isolate).

أى أنه حتى الفرضية التى كنا نحن كأنصار تصميم نعتبرها مبالغة لا داعى لها من احداث طفرات بعينها اتضح أنها ليست كذلك و قد تقوم بها الخلية أحيانا. و من جديد لنتجنب رجل القش الذى لا تستطيع نظرية التطور أن تعيش بدونه: ليس معنى هذا أننا ننكر حدوث أخطاء نسخ (طفرات) عبر الجينوم و لا احتمال كون بعضها نافعا يساعد على الاستمرار لكن من الواضح كلما فهمنا اليات عمل الحمض النووى أكثر و أكثر يتضح لنا أن دور كل ما هو غير معلوماتى و صدفوى عشوائى لا ينظمه الا انتخاب الأصلح يتضاءل أكثر و أكثر فى مقابل ازدياد أدلة التصميم و التوجيه و الغائية فأخطاء النسخ بالتأكيد لن تقول للحمض النووى عند مواجهة الريفامبيسين قم بزيادة تطفير rpob فقط دونا عن باقى الجينوم اما عند مواجهة ترايمثوبرم فعليك ب folA و ان لم تفلح فخط دفاعك الأخير dnaQ

و من اليات التأقلم مع المتغيرات البيئية أيضا ما يسمى بالينقولات transposons و التى كان يفترض كونها مجرد فيروسات ضربت الخلية فاذا بها الات تنظيمية تستهدف مواقع معينة و تقوم بتفعيل جينات معينة أو احداث طفرات استجابة لتغيرات بيئية معينة فمثلا تقوم بتفعيل جينات مسئولة عن الاستفادة من مواد غذائية معينة عند تعرض الخلية لنقص فى مورد الغذاء الأساسى أو عند توافر البدائل فى البيئة من أجل تجنب اهدار موارد الخلية على تفعيل جينات موارد غير موجودة فى محيط الخلية

Milton H. and Zhongge Z "Control of Transposon-Mediated Directed Mutation by the Escherichia coli Phosphoenolpyruvate:Sugar Phosphotransferase System" Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology 2015;25(2-3):226-33

It is particularly interesting that the bp 472 site is such a hot spot for IS30 transposition during starvation, but is not a hot-spot in growing cells. Thus, transposition of IS elements into ebgR appears to be regulated by starvation, exactly the condition where insertions into ebgR may be advantageous. Insertional activation of the bgl operon is environmentally regulated: It is not terribly surprising to anyone who has worked with bacterial transposons to see that mobile elements move in response to starvation.

Barry Hall "Transposable elements as activators of cryptic genes in E.coli" Genetica 107, 181-187

يعلق الباحث فى المصدر اعلاه كيف أن البكتيريا تحتوى على cryptic/silent operons و هى مجموعات من الجينات الصامتة التى تقوم بوظيفة متكاملة كهضم نوع معين من الغذاء و لكنها غير مفعلة (تنقصها تسلسلات البدء و التنظيم أو عليها repressors كوابح) فاذا شعرت البكتيريا بضغط بيئى بسبب نقص الغذاء حركت الينقولات نحو هذه الأماكن لتفعيلها. يعترف الباحث فى المصدر السابق بأن فكرة وجود جينات احتياطية الأصل فيها أنها صامتة و لا تعمل cryptic ضد فكرة الانتخاب الطبيعى لأن ما لا يستخدمه الكائن تتراكم فيه الطفرات حتى يتلف و مع ذلك فان أكثر من 90% من البكتيريا تضم هذه الجينات و التى تؤهل البكتيريا لاستخدام موارد غذائية مختلفة beta-glucoside sugars (cellobiose, arbutin, and salicin) غير الموارد التى تستخدمها فى المعتاد. يؤكد هذا ما نكرره دائما و هو أن محاولات نظرية التطور اختزال كل ما فى الكائن فى تحقيق المنفعة اللحظية تخريف متكامل الأركان و متعارض مع الأدلة و هدفه الوحيد الحفاظ على صنم الانتخاب الطبيعى كبديل للمصمم و قاعدة use it or lose it استخدمه أو افقده التى يزعمون أنها أساس كل شئ. بالتأكيد نحن لا ننكر ان عدم استخدام الكثير من الوظائف قد يؤدى الى تلفها و لكن هذه ليست القاعدة التى بنيت بها الكائنات الحية كما هو واضح من الأدلة. لكن ما يعنينا الان هو أن هذه الجينات الاحتياطية الصامتة تعمل عند الحاجة بتحريك تسلسلات ادخال Insertion sequences نحوها (للدقة هى ليست جينات بل مشغلات operons و المشغل مجموعة جينات مرتبطة بنفس الوظيفة مجموعة معا ليتم تنظيمها عملها معا بشكل يشبه المجلدات folders فى جهاز الكمبيوتر - أخطاء النسخ تقوم بتنظيمات معلوماتية مبهرة)

As cryptic genes are not expressed to make any positive contribution to the fitness of the organism, it is expected that they would eventually be lost due to the accumulation of inactivating mutations...Cryptic genes would thus be expected to be rare in natural populations. This, however, is not the case. Over 90% of natural isolates of E. coli carry cryptic genes for the utilization of beta-glucoside sugars. …These cryptic operons can all be activated by IS [insertion-sequence] elements, and when so activated allow E. coli to utilize beta-glucoside sugars as sole carbon and energy sources

لاحظ أيضا أن الحالة المذكورة أعلاه و التى تكون فيها المشغلات مطفأة دائما و لا تعمل الا عند وصول تسلسلات الادخال اليها فى حالات الطوارئ تختلف عن حالة مشغل السيترات الشهيرة و التى اشتهرت بسبب تجربة لنسكى اذ ان مشغل السيترات مشغل شرطى ليس مطفأ دائما و لكن مطفأ شرطيا عن طريق "كاتم" repressor يرتبط عمله بتوافر و نقصان الأكسجين أى أن لديك مشغلات تعمل بطبيعتها و مشغلات مطفأة بطبيعتها الى أن تصل تسلسلات الادخال لتشغلها أو تعطل الكاتم الخاص بها و مشغلات تعمل بشكل شرطى حسب توافر أو نقصان عناصر معينة فى البيئة: منظومة مبدعة من طبقات الاحتياطات و البدائل لا تنشأ الا من تصميم. لاحظ أيضا أن تعطيل الكاتم يشار اليه أحيانا كطفرة سلبية تعطل الية موجودة فى الخلية مما قد يوحى للبعض بأنها عملية ضارة و لكن التعطيل هنا فى الواقع مفيد لأنه يجعل المشغلات متاحة للعمل بعد ايقاف كوابحها

و وجدت دراسات أخرى أن هذه الينقولات التى يتم نسخها عكسيا من رنا الى حمض نووى قد تحتوى على أجزاء exons من شفرة البروتين مع عناصره التنظيمية لتصبح هى القطعة الناقصة من الجين التى توضع فى مكانها عند الحاجة ليبدأ العمل

Peaston A. E. et al, 2004. Retrotransposons regulate host genes in mouse oocytes and preimplantation embryos. Developmental Cell 7:597–606

Bejerano, G. et al., A distal enhancer and an ultraconserved exon are derived from a novel retroposon, Nature 441:87–90, 2006

نماذج أخرى تم رصدها فى أبحاث على البكتيريا و الفطريات اذ يتم توجيه ينقولات بعينها تسمى Insertion Sequences تسلسلات الادخال الى أماكن بعينها من الحمض النووى لتقوم بوظائف محددة عند رصد ظرف بيئى يلائم أو يحتاج تلك الوظيفة كتشغيل اليات هضم سكريات معينة حال وجودها أو تعزيز حركة السوط البكتيرى عند الوجود فى وسط يسمح بالسباحة...من جديد لا نتحدث عن أخطاء نسخ تتراكم فى الحمض النووى كما يردد التطوريون كلما شاهدوا شيئا يحدث بل عملية منظمة على عدة مستويات يحدث فيها رصد لظرف بيئى معين و من ثم الاستجابة له بتحريك عناصر معدة مسبقا نحو مناطق مجددة فى الحمض النووى لتفعيل وظائف مجهزة مسبقا أو على الأقل محاولة البحث عن حل للمشكلة بتطفير/اعادة ترتيب مناطق معينة

Since Ty1 insertions are able to cause regulatory mutations that allow adaptation to restrictive growth conditions, this activation might provide a means of evolution to the yeast genome when cells are exposed to stress...Interestingly, Ty sequences have been identified as the principal source of sequence alterations and chromosome rearrangements associated with adaptive changes during long-term cultivation experiments in glucose-limited media, supporting a role for Ty elements in genome evolution and yeast adaptation. Strikingly, Ty-associated rearrangements appear to be non-random in these experiments, as the same breakpoint was found in multiple independent strains. In addition, some chromosomal breakpoints were close to genes whose expression could confer an advantage to glucose-deprived cells...A positive role for Ty elements in evolution is also underlined by the fact that clones containing high numbers of newly transposed elements were frequently selected in competition experiments of yeast populations harboring a large variation in Ty1 copy number

Lesage, P. and A. L. Todeschini. 2005. Happy together: The life and times of Ty retrotransposons and their hosts. Cytogenetic and Genome Research 110:70–90.

"Hence, the cells appear to ‘sense’ whether motility is feasible before a sub-population undergoes a mutation to become hypermotile"

Xiaoxue Wang & Thomas K Wood "IS5 inserts upstream of the master motility operon flhDC in a quasi-Lamarckian way" The ISME Multidisciplinary Journal of Microbial Ecology volume 5, pages1517–1525 (2011)

"Transposable Insertion Sequences (IS elements) have been shown to provide various benefits to their hosts via gene activation or inactivation under stress conditions by appropriately inserting into specific chromosomal sites. Activation is usually due to derepression or introduction of a complete or partial promoter located within the element...gene activation involving transposon insertion that may be generally applicable to many organisms."

Zhongge Zhang and Milton H. Saier "A Novel Mechanism of Transposon-Mediated Gene Activation" PLOS Genetics October 16, 2009

" The late-occurring mutations that occurred during prolonged carbon starvation in the presence of arbutin were "adaptive mutations" because they were specific to the presence of arbutin, and they did not occur during prolonged starvation in the absence of arbutin"

B G Hall "Activation of the bgl operon by adaptive mutation" Molecular Biology and Evolution 1998 Jan;15(1):1-5

Barabaugh, P.J., Post-transcriptional regulation of transposition by Ty retrotransposons of Saccharomyces cerevisia, Journal of Biological Chemistry VOLUME 270, ISSUE 18, P10361-10364

Wilke, C.M. et al., The population biology and evolutionary significance of Ty elements in Saccharomyces cerevisiae, Genetica volume 86, pages155–173

بل وورقة Lesage and Todeschini تحدثت عن دور التسلسلات النقالة فى تنظيم و اصلاح هيكل الكروموسومات و عملية تقطيع و خلط/تأشيب الحمض الننوى بينها عند التكاثر recombination .

حتى تجربة لنسكى الشهيرة وجدت أن قدرا كبيرا من التكيفات التى خضعت لها البكتيريا كان بسبب عمليات تحريك الينقولات transposons/insertion sequences الى أدت الى اعادة هيكلة و تنظيم الجينوم

Papadopoulos, D. et al., Genomic evolution during a 10,000- generation experiment with bacteria, Proc. Natl Acad. Sci. USA, 96: 3807–3812, 1999.

Schneider, D. and Lenski, R.E., Dynamics of insertion sequence elements during experimental evolution of bacteria, Res. Microbiol. 155:319–327, 2004.

و فى دراسة أخرى وجد العلماء أن بعض النباتات عند التعرض لمؤثر بيئى معين تقوم بتشكيل تسلسل الادخال من أجزاء أخرى ثم ارساله الى الموقع المخصص بالتحديد فى عملية منظمة يتم تكرارها بحذافيرها كل مرة - لا صدفة أو عشوائية فى عملية الانتاج ذاتها

LIS-1 is the result of a targeted, highly specific, complex insertion event that occurs during the formation of some of the genotrophs, and occurs naturally in many flax and linseed varieties....specific polymorphisms have been repeatedly generated, in independently induced genotrophs,... at a specific site in the genome in response to the growth of Pl under inducing conditions. The identical insertion was observed in five independent induction experiments...these events cannot simply be a result of random stochastic probabilities as the same insertion occurs in a reproducible fashion. Therefore, LIS-1 must be the result of a reproducible specific set of events.

Yiming Chen et al., "A site-specific insertion sequence in flax genotrophs induced by environment" New Phytologist Volume167, Issue1 July 2005, Pages 171-180

من جديد و بغض النظر عن اللغة التى يحاول كثير من التطوريين صياغة العملية بها نحن أمام عمليات منظمة بدقة لرصد البيئة ثم البحث فى الجينوم عما يمكن استخدامه للتجاوب معها سواء كان جينات جاهزة للعمل تحتاج الى استهدافها لتشغيلها أو جينات تحتاج الى عملية تطفير خاصة بها دونا عن باقى الجينوم من أجل البحث عن حل للتجاوب مع البيئة و هو ما يشى بعملية برمجة شبيهة بأنظمة الذكاء الصناعى و ليس مجرد انتظار معدلات التطفر الطبيعية للخلية و فهم هذا الأمر مهم جدا لادراك واحدة من أهم الخدع التى تمارسها نظرية التطور اذ تحاول النظرية دائما الاستشهاد بظهور أى وظيفة و كأنها بالتأكيد ظهرت بالاليات اللاغائية التى تتبناها النظرية و كأن مجرد ظهور الوظيفة دليل على أن طريقة ظهورها بلا تصميم أو غاية

و لتوضيح الفارق بين هذه العملية البحثية و التطور تخيل استخدام محرك بحث جوجل مقارنة بالانتقاء العشوائى من كل صفحات الانترنت بهدف الوصول الى مواقع تتحدث عن موضوع معين.ان وجود خطة طوارئ مثل هذه بأدوات تنفيذها عند الشعور بالخطردليل على التصميم و اعداد الكائن بأدوات مسبقة لمواجهة الخطر و بمجرد زواله يعود النسخ الى الانزيم الأصلى الدقيق. ان أقصى ما يمكن توصيفه بالعشوائية فى هذه المنظومة هو ردود الفعل فى حالات الطوارئ التى تتعرض فيها الخلايا لضغط بيئى قد يؤذيها بشدة أو يقتلها فتبدأ فى تنفيذ خطة الطوارئ باستدعاء الانزيمات عالية التطفير بكثافة أو اطلاق الينقولات transposons/ insertion sequences فى جميع أنحاء الجينوم فى محاولة لايجاد أى حل لانقاذ الموقف و هى عملية قد تكون لها نتائج ضارة على المدى البعيد و لكنها ثمن البقاء فى ظل الظروف القاسية تماما كما تقوم بعض الكائنات بقطع جزء من جسدها أمسكها منه عدوها لتهرب فوجود اثار جانبية ضارة للعملية هو ثمن البقاء و ليس حجة للتطورييين على عشوائيتها فالهروب من بيتك المحترق قد يتطلب تكسير الأبواب و النوافذ بل و اصابتك أنت نفسك بحروق و كسور. و الحالة الأخرى هى حدوث خلل فى الالية التى تحكم خطة الطوارئ يؤدى الى تشغيلها فى غير وقتها مما يؤذى الكائن كما حدث مع السلالات شديدة التطفر mutators فى تجربة لنسكى أو حتى خلل فى بعض الينقولات بسبب الطفرات مما يجعلها تتسبب فى أضرار أو أمراض الا أن الخلل فى الية لا ينفى أن أصلها هو التصميم. بل انه من الملفت أن التأثير السلبى على المدى الطويل لهذه الاليات يتوافق تماما مع نظرية الانتروبيا الجينية / نظرية التدهور و التى تقول أن التكيفات فى مجملها عمليات تدهورية لا تطورية أى عكس نظرية التطور.

تحديث: بل انه من المفارقات المثيرة للذهول أنه-و فى أثناء بحث التطوريين عن الحلقة الانتقالية بين البر و البحر-فوجئ التطوريون بأن السمكة محل الدراسة-و هى سمكة ذات رئة و خياشيم-بمجرد نقلها الى البر يخضع جسدها الى تحولات مورفولوجية متعددة فى عظام الأطراف و العضلات و بعض الأعضاء كالرئة لتناسب الحياة البرية و هو أمر يحدث فى خلال جيل واحد فقط و قابل للتكرار...لا ملايين سنين أو تجربة و خطأ أو خطوة خطوة بل تحول سريع و واضح و مباشر مبرمج فى الكائن استجابة الى الضغط البيئى المتغير

Emily Standen is a scientist at the University of Ottawa, who studies Polypterus senegalus, AKA the Senegal bichir, a fish that not only has gills but also primitive lungs. Regular polypterus can breathe air at the surface, but they are “much more content” living underwater, she says. But when Standen took Polypterus that had spent their first few weeks of life in water, and subsequently raised them on land, their bodies began to change immediately. The bones in their fins elongated and became sharper, able to pull them along dry land with the help of wider joint sockets and larger muscles. Their necks softened. Their primordial lungs expanded and their other organs shifted to accommodate them. Their entire appearance transformed. “They resembled the transition species you see in the fossil record, partway between sea and land,” Standen told me. According to the traditional theory of evolution, this kind of change takes millions of years. But, says Armin Moczek, an extended synthesis proponent, the Senegal bichir “is adapting to land in a single generation”. He sounded almost proud of the fish...

Stephen Buranyi "Do we need a new theory of evolution?" The guardian (June 2022)

و الأمثلة كثيرة و متنوعة من كائنات مختلفة تستجيب بسرعة لتغيرات البيئة باحداث تغيرات مبرمجة فيها مسبقا فى فترة قصيرة

Colder weather makes it harder for the beetles to take off. But the researchers found that they responded to these conditions by growing larger wings. The crucial thing about such observations, which challenge the traditional understanding of evolution, is that these sudden developments all come from the same underlying genes. The species’s genes aren’t being slowly honed, generation by generation. Rather, during its early development it has the potential to grow in a variety of ways, allowing it to survive in different situations...“We believe this is ubiquitous across species,” says David Pfennig of the University of North Carolina at Chapel Hill. He works on spadefoot toads, amphibians the size of a Matchbox car. Spadefoots are normally omnivorous, but spadefoot tadpoles raised solely on meat grow larger teeth, more powerful jaws, and a hardy, more complex gut. Suddenly, they resemble a powerful carnivore, feeding on hardy crustaceans, and even other tadpoles.

Stephen Buranyi "Do we need a new theory of evolution?" The guardian (June 2022)

و مجرد اطلاق عبارات مطاطة على غرار "هذه من اليات التطور" لا ينفغى الغائية و البرمجة المسبقة الواضحة التى تتعارض مع منظور التغيرات العشوائية التى بلا هدف و لا غاية و تنتظر أن يحكم عليها الانتخاب الطبيعى كما أن برمجة هذه التغيرات تعمل فى اطار نطاق محدد من التكيفات حتى عبر ملايين السنين و ليست عملية مرنة بالشكل التطورى المزعوم القادر على انشاء هياكل و أعضاء غير موجودة مسبقا